go2fmtp - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

go2fmt, go2obo_xml, go2owl, go2rdf_xml, go2obo_text - ferramenta de conversão e seus invólucros

SINOPSE

go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology / *. ontology
go2fmt.pl -w obo_xml -e errlog.xml ontology / gene_ontology.obo

DESCRIÇÃO

analisa qualquer arquivo de ontologia de estilo GO / OBO e grava em um formato diferente

ARGUMENTOS
-e ARQUIVO DE ERRO

grava erros de análise em XML - o padrão é STDERR (não deve haver erros de análise no
arquivos formados)

-p FORMATO

determina qual analisador usar; se não for especificado, fará uma estimativa com base no arquivo
sufixo. Veja abaixo os formatos

-w | escritor FORMATO

formato de saída - veja a lista abaixo

- | xslt XSLT

O nome ou nome do arquivo de uma transformação XSLT

Pode ser um caminho absoluto para um arquivo em qualquer lugar do sistema de arquivos ou pode apenas
seja o nome do xslt; por exemplo

go2fmt.pl -xslt oboxml_to_owl go.obo

Se o nome for especificado, primeiro de tudo $ GO_ROOT / xml / xsl / *. Xsl será pesquisado; E se
GO_ROOT não está definido, então o diretório de módulos perl onde GO está instalado será pesquisado (o
xslts será instalado aqui automaticamente se você seguir o processo normal de instalação)

-use_cache
Se essa opção for especificada, o modo de cache será ativado.

Com o modo de cache, na primeira vez que você analisa um arquivo, um arquivo adicional será
exportado em um formato especial de análise rápida. Este arquivo terá o mesmo nome
como o arquivo original, exceto que terá o sufixo ".cache".

Na próxima vez que você analisar o arquivo, este programa verificará automaticamente a existência
do arquivo ".cache". Se existir e for mais recente do que o arquivo que você especificou, este
é analisado em vez disso. Se não existir, é reconstruído.

Isso trará uma melhoria de velocidade para b dos formatos de saída abaixo (como
pathlist). A maioria dos formatos de saída funcionam com análise baseada em eventos, portanto, o armazenamento em cache do objeto traz
nenhum benefício e, na verdade, será mais lento do que ignorar o cache

FORMATOS
formatos graváveis ​​são

ir_ont
Arquivos com sufixo ".ontologia"

Eles armazenam os DAGs de ontologia

go_def
Arquivos com sufixo ".defs"

go_xref
Referências de banco de dados externo para termos GO

Arquivos com sufixo "2go" (por exemplo, ec2go, metacyc2go)

go_assoc
Anotações de genes ou produtos gênicos usando GO

Arquivos com o prefixo "associação de genes".

obo_texto
Arquivos com sufixo ".obo"

Esta é uma nova substituição de formato de arquivo para os formatos de arquivo simples GO existentes. Isto
lida com ontologias, definições e xrefs (mas não associações)

obo_xml
Arquivos com sufixo ".obo.xml" ou ".obo-xml"

Esta é a versão XML do formato de arquivo plano OBO acima

prólogo
fatos do prólogo - você precisará de um compilador / interpretador do prólogo para usá-los. Você pode
raciocinar sobre esses fatos usando Obol ou o próximo projeto Bio-LP

representação tabular simples (com perdas) tbl

resumo
pode ser usado em arquivos de ontologia e arquivos de associação

lista de caminhos
mostra todos os caminhos para a raiz

formato OWL da coruja (padrão: OWL-DL)

OWL é um formato padrão W3C para ontologias

Você precisará dos arquivos XSL da distribuição go-dev completa para executá-lo; veja o XML
seção emhttp://www.godatabase.org/dev>

obj_yaml
uma representação YAML de um objeto GO :: Model :: Graph

obj_armazenável
Um dump do objeto perl GO :: Model :: Graph. Você precisa de Storable from CPAN para isso para
trabalhar. Isso se destina a armazenar objetos em cache no sistema de arquivos, para acesso rápido. o
representação obj_storable pode não ser portátil

texto_html
Um formato de saída OBO html ified

godb_prestore
XML que mapeia diretamente para o esquema relacional GODB (pode então ser carregado usando
stag-storenode.pl)

chadodb_prestore
XML que mapeia diretamente para o esquema relacional Chado (pode então ser carregado usando
stag-storenode.pl)

DOCUMENTAÇÃO
<http://www.godatabase.org/dev>

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