Este é o comando gt-eval que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gt-eval - Compare arquivos de anotação e mostre medidas de precisão (previsão vs. referência).
SINOPSE
gt avaliação arquivo_referência arquivo_previsão
DESCRIÇÃO
-nuc [sim | não]
avaliar o nível de nucleotídeo (o consumo de memória é proporcional aos tamanhos dos arquivos de entrada)
(padrão: sim)
-ltr [sim | não]
avaliar uma predição de retrotransposon LTR em vez de uma predição de gene (todos
Os elementos LTR_retrotransposon são considerados como tendo uma fita indeterminada) (padrão:
não)
-ltrdelta [valor]
definir o delta permitido para as bordas LTR para serem consideradas iguais (padrão: 20)
-v [sim | não]
ser prolixo (padrão: não)
-o [nome do arquivo]
redirecionar a saída para o arquivo especificado (padrão: indefinido)
-gzip [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado gzip (padrão: não)
-bzip2 [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado bzip2 (padrão: não)
-força [sim | não]
forçar a gravação no arquivo de saída (padrão: não)
-Socorro
exibir ajuda e sair
-versão
exibir informações de versão e sair
O programa mostra valores de sensibilidade e especificidade para certos tipos de recursos (por exemplo,
gene, mRNA e exon). Para alguns tipos de recursos, o número de recursos ausentes e errados de
esse tipo também é mostrado. Desse modo, "ausente" significa o número de recursos desse tipo de
a “referência” sem sobreposição a um recurso desse tipo da “previsão”. Vice
versa, "errado" denota o número de características desse tipo da "previsão" sem
sobrepor a um recurso desse tipo da “referência”.
RELATÓRIOS INSETOS
Reportar bugs para[email protected]>.
Use gt-eval online usando serviços onworks.net
