gt-extractfeat - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gt-extractfeat - Extrai recursos fornecidos no arquivo GFF3 do arquivo de sequência.

SINOPSE

gt extrato de façanha [opção ...] [GFF3_file]

DESCRIÇÃO

-Tipo [corda]
definir o tipo de recursos a serem extraídos (padrão: indefinido)

-Junte [sim | não]
junte sequências de recursos no mesmo subgráfico em um único (padrão: não)

-traduzir [sim | não]
traduzir as características (de uma sequência de DNA) em proteína (padrão: não)

-seqid [sim | não]
adicionar ID de sequência de recursos extraídos para descrições FASTA (padrão: não)

-alvo [sim | não]
adicionar ID (s) de destino de recursos extraídos para descrições FASTA (padrão: não)

-coordenadas [sim | não]
adicionar localização de recursos extraídos para descrições FASTA (padrão: não)

-retainidas [sim | não]
usar atributos de ID de recursos extraídos como descrições FASTA (padrão: não)

-gcódigo [valor]
especifique o código genético a ser usado (padrão: 1)

-seqfile [nome do arquivo]
definir o arquivo de sequência de onde tirar as sequências (padrão: indefinido)

-encseq [nome do arquivo]
definir o nome do índice da sequência codificada a partir do qual tirar as sequências (padrão:
Indefinido)

-seqfiles
definir os arquivos de sequência dos quais extrair os recursos de uso -- para encerrar a lista
de arquivos de sequência

-matchdesc [sim | não]
pesquisar as descrições de sequência dos arquivos de entrada para os IDs de sequência desejados (em
GFF3), relatando a primeira correspondência (padrão: não)

-matchdescstart [sim | não]
correspondem exatamente às descrições da sequência dos arquivos de entrada para a sequência desejada
IDs (em GFF3) do início ao primeiro espaço em branco (padrão: não)

-usedesc [sim | não]
usar descrições de sequência para mapear os IDs de sequência (em GFF3) para a sequência real
entradas. Se uma descrição contiver um intervalo de sequência (por exemplo, III: 1000001..2000000), o
a primeira parte é usada como ID de sequência (III) e a posição da primeira faixa como deslocamento
(1000001) (padrão: não)

-mapeamento da região [corda]
definir arquivo contendo região de sequência para mapeamento de arquivo de sequência (padrão: indefinido)

-v [sim | não]
ser prolixo (padrão: não)

-largura [valor]
definir largura de saída para impressão de sequência FASTA (0 desativa a formatação) (padrão: 0)

-o [nome do arquivo]
redirecionar a saída para o arquivo especificado (padrão: indefinido)

-gzip [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado gzip (padrão: não)

-bzip2 [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado bzip2 (padrão: não)

-força [sim | não]
forçar a gravação no arquivo de saída (padrão: não)

-Socorro
exibir ajuda e sair

-versão
exibir informações de versão e sair

Números de código genético para opção -gcódigo:

1: Padrão 2: Vertebrado Mitocondrial 3: Levedura Mitocondrial 4: Molde Mitocondrial;
Protozoário Mitocondrial; Coelenterate Mitocondrial; Mycoplasma; Spiroplasma 5:
Invertebrado Mitocondrial 6: Ciliate Nuclear; Dasycladacean Nuclear; Hexamita Nuclear 9:
Equinoderma mitocondrial; Flatworm Mitocondrial 10: Euplotídeo Nuclear 11: Bacteriano,
Archaeal and Plant Plastid 12: Levedura alternativa Nuclear 13: Ascidian Mitocondrial 14:
Flatworm Mitocondrial Alternativo 15: Blepharisma Macronuclear 16: Clorofícea
Mitocondrial 21: Trematódeo Mitocondrial 22: Scenedesmus obliquus Mitocondrial 23:
Thraustochytrium Mitocondrial 24: Pterobranchia Mitocondrial 25: Divisão Candidata SR1
e Gracilibacteria

Formato de arquivo para opção -mapeamento da região:

O arquivo fornecido para a opção -regionmapping define um “mapeamento”. Um mapeamento mapeia o
entradas de região de sequência fornecidas no GFF3_arquivo para um arquivo de sequência contendo o
sequência correspondente. Os mapeamentos podem ser definidos em uma das duas formas a seguir:

mapeamento = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}

or

mapeamento de função (sequence_region)
return "hs_ref _" .. sequence_region .. ". fa.gz"
final

A primeira forma define uma Lua (http://www.lua.org) tabela chamada "mapeamento" que mapeia cada
região de sequência para o arquivo de sequência correspondente. O segundo define uma função Lua
“Mapeamento”, que deve retornar o nome do arquivo de sequência quando é chamado com o
sequence_region como argumento.

RELATÓRIOS INSETOS

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