gt-extractseq - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

gt-extractseq - Extrai sequências de determinado (s) arquivo (s) de sequência ou fastaindex.

SINOPSE

gt extrair seq [opção ...] [arquivo (s) de sequência] | fastaindex

DESCRIÇÃO

-de compos [valor]
extrair sequência desta posição contando de 1 em (padrão: 0)

-topos [valor]
extrair a sequência até esta posição contando de 1 em (padrão: 0)

-Combine [corda]
extraia todas as sequências cuja descrição corresponda ao padrão fornecido. O padrão dado
deve ser uma expressão regular estendida válida. (padrão: indefinido)

-chaves [nome do arquivo]
extrair substrings para chaves no arquivo especificado (padrão: indefinido)

-largura [valor]
definir largura de saída para impressão de sequência FASTA (0 desativa a formatação) (padrão: 0)

-o [nome do arquivo]
redirecionar a saída para o arquivo especificado (padrão: indefinido)

-gzip [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado gzip (padrão: não)

-bzip2 [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado bzip2 (padrão: não)

-força [sim | não]
forçar a gravação no arquivo de saída (padrão: não)

-Socorro
exibir ajuda e sair

-versão
exibir informações de versão e sair

A opção -keys permite extrair substrings ou sequências da sequência dada
arquivo ou de um índice fasta. As substrings a serem extraídas são especificadas em um arquivo de chave
dado como argumento para esta opção. O arquivo da chave deve conter linhas do formulário

k

or

kij

onde k é uma string (a chave) e os opcionais i e j são inteiros positivos, de modo que
i⇐j. k é a chave e os números opcionais i e j especificam a primeira posição do
substring e a última posição da substring a ser extraída. As posições são
contado de 1. Se k for idêntico à corda entre o primeiro e o segundo
ocorrência do símbolo | em um cabeçalho fasta, então o cabeçalho fasta e o correspondente
seqüência é produzida. Por exemplo, no cabeçalho fasta

> tr | A0AQI4 | A0AQI4_9ARCH Putativa monooxigenase de amônia (fragmento)

a chave fasta é A0AQI4. Se i e j forem especificados, a substring correspondente
é mostrado no formato fasta. No último caso, o cabeçalho da sequência formatada fasta em
a saída começa com

> kij

seguido pelo cabeçalho fasta original original.

Se a entrada da sequência forem arquivos fasta, o seguinte será válido:

· Linhas duplicadas no arquivo de entrada levam a apenas uma sequência na saída

· As sequências são produzidas de acordo com a ordem nos arquivos de sequência originais

· A formatação da saída pode ser controlada pelas opções -largura, -o, -gzip e
-bzip2

Se a entrada da sequência vier de um índice fasta (veja abaixo), o seguinte é válido:

· Opção -largura É necessário

· Opção -o, -gzip e -bzip2 não funciona

· As sequências são produzidas na ordem em que as chaves correspondentes aparecem no arquivo da chave

Se o final da lista de argumentos contém apenas um nome de arquivo, digamos fastaindex, então ele é
verificado se existe um arquivo fastaindex.kys. Isso faz parte do índice fasta, que é
construído chamando a ferramenta de sufixação da seguinte forma:

sufixador gt -protein -ssp -tis -des -sds -kys -indexname fastaindex \
-db arquivodeentrada1 [arquivodeentrada2 ..]

Isso lê os arquivos de sequência de proteínas fornecidos para a opção -db e cria vários arquivos:

· Um arquivo fastaindex.esq representando a seqüência.

· Um arquivo fastaindex.ssp ​​especificando as posições do separador de sequência.

· Um arquivo fastaindex.des mostrando os cabeçalhos fasta linha por linha.

· Um arquivo fastaindex.sds fornecendo as posições do delimitador do cabeçalho da sequência.

· Um arquivo fastaindex.kys contendo as chaves nos arquivos fasta.

Para que o comando sufixador funcione, as chaves do formato | chave | no cabeçalho fasta deve
satisfazer as seguintes restrições:

· Todos eles devem ter o mesmo comprimento, não mais do que 128 e não mais do que 1

· Eles têm que aparecer em ordem lexicográfica

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