Este é o comando gt-fingerprint que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gt-fingerprint - Computa impressões digitais MD5 para cada sequência dada em um conjunto de sequência
arquivos.
SINOPSE
gt impressão digital [opção ...] arquivo_de_sequência [...]
DESCRIÇÃO
-Verifica [nome do arquivo]
compare todas as impressões digitais contidas no arquivo de lista de verificação fornecido com as somas de verificação em determinado
sequência_files (s). A comparação é bem-sucedida, se todas as impressões digitais fornecidas em
checkfile pode ser encontrado no (s) sequence_file (s) na mesma quantidade e vice-versa
versa. (padrão: indefinido)
-duplicatas [sim | não]
mostra impressões digitais duplicadas de um determinado sequence_file (s). (padrão: não)
-extrair [corda]
extrair a (s) sequência (s) com a impressão digital fornecida do (s) arquivo (s) de sequência e mostrá-los
em stdout. (padrão: indefinido)
-largura [valor]
definir largura de saída para impressão de sequência FASTA (0 desativa a formatação) (padrão: 0)
-o [nome do arquivo]
redirecionar a saída para o arquivo especificado (padrão: indefinido)
-gzip [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado gzip (padrão: não)
-bzip2 [sim | não]
escrever arquivo de saída compactado bzip2 (padrão: não)
-força [sim | não]
forçar a gravação no arquivo de saída (padrão: não)
-Socorro
exibir ajuda e sair
-versão
exibir informações de versão e sair
Se nenhuma opção -Verifica nem opção -duplicatas é usado, as impressões digitais para todos
as sequências são mostradas em stdout.
A impressão digital de uma sequência não diferencia maiúsculas de minúsculas. Assim, impressão digital MD5 de dois idênticos
as sequências serão as mesmas, mesmo que uma tenha uma máscara suave.
EXEMPLOS
Calcular lista (unificada) de impressões digitais:
impressão digital $ gt U89959_ests.fas | classificar | uniq> U89959_ests.checklist_uniq
Compare as impressões digitais:
impressão digital $ gt -verifique U89959_ests.checklist_uniq U89959_ests.fas
950b7715ab6cc030a8c810a0dba2dd33 only in sequence_file(s)
Certifique-se de que um arquivo de sequência não contenha duplicatas (não é o caso aqui):
$ gt fingerprint -duplica U89959_ests.fas
950b7715ab6cc030a8c810a0dba2dd33 2
impressão digital gt: erro: duplicatas encontradas: 1 de 200 (0.500%)
Extraia a sequência com a impressão digital fornecida:
$ gt fingerprint -extract 6d3b4b9db4531cda588528f2c69c0a57 U89959_ests.fas
> SQ; 8720010
TTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCTGACAAAACCCCAAGACTCAATTTAATCAATCCTCAAATTTACATGATAC
CAACGTAATGGGAGCTTAAAAATA
RETORNO VALORES
· 0 tudo correu bem (-Verifica: a comparação foi bem-sucedida; -duplicatas: não
duplicatas encontradas)
· 1 ocorreu um erro (-Verifica: a comparação não foi bem-sucedida; -duplicatas:
duplicatas encontradas)
RELATÓRIOS INSETOS
Reportar bugs para[email protected]>.
Use gt-fingerprint on-line usando serviços onworks.net
