Este é o comando gt-ltrharvest que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online Windows ou emulador online MAC OS
PROGRAMA:
NOME
gt-ltrharvest - Prever retrotransposons LTR.
SINOPSE
gt colheita [opção ...] -index
DESCRIÇÃO
-índice [corda]
especifique o nome do índice de matriz de sufixo aprimorado (obrigatório) (padrão: indefinido)
-alcance [começo final]
especifique o intervalo na (s) sequência (s) de entrada em que os pares LTR são pesquisados (padrão:
[0..0])
-semente [valor]
especifique o comprimento mínimo da semente para repetições exatas (padrão: 30)
-minlenltr [valor]
especifique o comprimento mínimo para cada LTR (padrão: 100)
-maxlenltr [valor]
especifique o comprimento máximo para cada LTR (padrão: 1000)
-mindistltr [valor]
especifique a distância mínima das posições iniciais LTR (padrão: 1000)
-maxdistltr [valor]
especifique a distância máxima das posições iniciais LTR (padrão: 15000)
-semelhante [valor]
especificar limite de similaridade no intervalo [1..100%] (padrão: 85.000000)
-mintsd [valor]
especifique o comprimento mínimo para cada TSD (padrão: 4)
-maxtsd [valor]
especifique o comprimento máximo para cada TSD (padrão: 20)
-motivo [corda]
especifique 2 nucleotídeos startmotif + 2 nucleotides endmotif: ** (padrão: indefinido)
-motivos [valor]
especifique o número máximo de incompatibilidades no motivo [0,3] (padrão: 4)
-vic [valor]
especifique o número de nucleotídeos (à esquerda e à direita) que serão pesquisados
para TSDs e / ou motivos em torno do limite 5 'e 3' dos retrotransposons LTR previstos
(padrão: 60)
- sobreposições [...]
especificar não | melhor | todos (padrão: melhor)
-xdrop [valor]
especifique xdropbelowscore para alinhamento de extensão (padrão: 5)
-esteira [valor]
especifique matchscore para alinhamento de extensão (padrão: 2)
-mis [valor]
especifique mismatchscore para alinhamento de extensão (padrão: -2)
-ins [valor]
especifique insertionscore para o alinhamento da extensão (padrão: -3)
-del [valor]
especifique deletionscore para alinhamento de extensão (padrão: -3)
-v [sim | não]
modo detalhado (padrão: não)
sobre [sim | não]
mostrar velho saída tabular em vez de GFF3 em stdout (padrão: sim)
-seqids [sim | não]
use descrições de sequência em vez de números de sequência na saída GFF3 (padrão: não)
-md5 [sim | não]
adicionar hashes MD5 a seqids na saída GFF3 (padrão: não)
-saída longa [sim | não]
saída de motivo / TSD adicional (padrão: não)
-Fora [corda]
especificar nome do arquivo de saída FASTA (padrão: indefinido)
-externo [corda]
especifique o nome do arquivo de saída FASTA para regiões internas (padrão: indefinido)
-gff3 [corda]
especificar nome do arquivo de saída GFF3 (padrão: indefinido)
-Deslocamento [valor]
deslocamento adicionado às coordenadas GFF3 (padrão: 0)
-Varredura [sim | não]
escaneie o índice sequencialmente em vez de mapeá-lo inteiramente na memória (padrão: sim)
-Socorro
exibir ajuda para opções básicas e sair
-ajuda +
exibir ajuda para todas as opções e sair
-versão
exibir informações de versão e sair
ADICIONAL INFORMAÇÃO
Para obter informações detalhadas, consulte o manual do ltrharvest.
RELATÓRIOS INSETOS
Reportar bugs para[email protegido]>.
Use gt-ltrharvest online usando serviços onworks.net
