hhmake - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

hhmake - construir um HMM a partir de um alinhamento de entrada ou converter entre o formato HMMER e HHsearch
formato

SINOPSE

hhmake -i lima [opções]

DESCRIÇÃO

HHmake versão 2.0.16 (janeiro de 2013) Construir um HMM a partir de um alinhamento de entrada em A2M, A3M ou
Formato FASTA ou converta entre o formato HMMER (.hmm) e o formato HHsearch (.hhm). Remmert
M, Biegert A, Hauser A e Soding J. HHblits: sequência de proteína iterativa ultrarrápida
pesquisar pelo alinhamento HMM-HMM. Nat. Methods 9: 173-175 (2011). (C) Johannes Soeding,
Michael Remmert, Andreas Biegert, Andreas Hauser

-i
alinhamento de consulta (A2M, A3M ou FASTA) ou consulta HMM

saída opções:
-o
Arquivo HMM a ser gravado (padrão = )

-a
Arquivo HMM a ser anexado a

-v
modo detalhado: 0: sem saída de tela 1: apenas advertências 2: detalhado

-seq
máx. número de sequências de consulta / modelo exibidas (def = 10) Cuidado com transbordamentos! Tudo
essas sequências são armazenadas na memória.

-contras faça a sequência consenso da sequência mestre da consulta MSA

-nome
use este nome para HMM (padrão: use o nome da primeira sequência)

Filtrar consulta de alinhamento de sequência múltipla

-Eu iria [0,100] identidade de sequência de pares máxima (%) (def = 90)

-dif [0, inf [
filtrar MSA selecionando o conjunto mais diverso de sequências, mantendo pelo menos este número
seqs em cada bloco MSA de comprimento 50 (def = 100)

-cov [0,100] cobertura mínima com consulta (%) (def = 0)

-qid [0,100] identidade de sequência mínima com consulta (%) (def = 0)

-qsc [0,100] pontuação mínima por coluna com consulta (definição = -20.0)

-neff [1, inf]
diversidade alvo de alinhamento (padrão = desligado)

Entrada alinhamento formato:
-M a2m usa A2M / A3M (padrão): maiúsculas = Match; minúsculas = inserir; '-' = Excluir; '.' =
lacunas alinhadas às inserções (podem ser omitidas)

-M primeiro
use FASTA: colunas com resíduo na 1ª sequência são estados de correspondência

-M [0,100]
use FASTA: colunas com menos de X% de lacunas são estados de correspondência

Pseudoconta (computador) opções:
-pcm 0-2 dependência de posição da mistura de pc 'tau' (modo pc, padrão = 0)

0: sem pseudo contagens:
ta = 0

1: constante
ta = um

2: dependente da diversidade: tau = a / (1 + ((Neff [i] -1) / b) ^ c) (Neff [i]: número de
seqs eficazes em MSA local em torno da coluna i) 3: pseudocontas de diversidade constante

-pca [0,1] mistura geral de pseudocontagem (def = 1.0)

-pcb [1, inf [valor limite de Neff para -pcm 2 (def = 1.5)

-pcc [0,3] expoente de extinção c para -pcm 2 (def = 1.0)

-pre_pca [0,1]
Mistura de pseudocontagem PREFILTER (definição = 0.8)

-pre_pcb [1, inf [limite PREFILTER para Neff (def = 1.8)

Específico do contexto pseudo-contagens:
-nocontxt
use matriz de substituição em vez de pseudocontas específicas do contexto

-contxt arquivo de contexto para computação de pseudocontas específicas de contexto
(padrão =. / data / context_data.lib)

-cslib
arquivo de estado da coluna para pré-filtragem rápida do banco de dados (padrão =. / data / cs219.lib)

Exemplo: hhmake -i teste.a3m

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