idba - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

idba_hybrid - Iterative de Bruijn Graph Assembler para dados de sequenciamento híbrido

SINOPSE

idba_híbrido -r leia.fa -o diretório_saída [--referência ref.fa]

DESCRIÇÃO

IDBA-Tran é um assembler de leitura curta iterativo De Bruijn Graph De Novo para transcriptoma.
É puramente de novo assembler baseado apenas em leituras de sequenciamento de RNA. IDBA-Tran usa local
montagem para reconstruir k-mers ausentes em transcrições de baixa expressão e, em seguida, emprega
corte progressivo em contigs para separar o gráfico em componentes. Cada componente
corresponde a um gene na maioria dos casos e não contém muitas transcrições. Uma heurística
O algoritmo baseado em leituras de pares é então usado para encontrar as isoformas.

OPÇÕES

-o, --Fora arg (= fora)
diretório de saída

-r, --leitura arg
arquivo de leitura fasta (<= 128)

--read_level_2 arg
emparelhados lê fasta para andaimes de segundo nível

--read_level_3 arg
emparelhados lê fasta para andaimes de terceiro nível

--read_level_4 arg
a extremidade emparelhada lê fasta para andaimes de quarto nível

--read_level_5 arg
emparelhados lê fasta para andaimes de quinto nível

-l, --long_read arg
arquivo de leitura longa do fasta (> 128)

--referência arg
genoma de referência

--vison arg (= 20)
valor mínimo de k (<= 124)

--maxk arg (= 100)
valor máximo de k (<= 124)

--Passo arg (= 20)
incremento de k-mer de cada iteração

--inner_mink arg (= 10)
valor k mínimo interno

--inner_step arg (= 5)
incremento interno de k-mer

--prefixo arg (= 3)
comprimento do prefixo usado para construir a tabela sub k-mer

--min_count arg (= 2)
multiplicidade mínima para filtrar k-mer ao construir o gráfico

--min_suporte arg (= 1)
suporte mínimo em cada iteração

--num_threads arg (= 0)
número de processos

--seed_kmer arg (= 30)
tamanho kmer semente para alinhamento

--min_contig arg (= 200)
tamanho mínimo de contig

--min_região arg (= 500)
tamanho mínimo da região no genoma de referência

--semelhante arg (= 0.95)
similaridade para alinhamento

--max_mismatch arg (= 3)
má combinação de correção de erro

--min_pares arg (= 3)
número mínimo de pares

--max_gap arg (= 50)
lacuna máxima na referência

--no_local
não use montagem local

--nenhuma cobertura
não itere na cobertura

--no_correct
não faça correção

--pré_correção
realizar pré-correção antes da montagem

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