Este é o comando indexdb_rna que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador Windows online ou emulador MAC OS online
PROGRAMA:
NOME
indexdb_rna - ferramenta para filtragem, mapeamento e leitura de NGS de seleção de OTU (indexdb)
SINOPSE
indexdb_rna --ref db.fasta, db.idx [OPÇÕES]
DESCRIÇÃO
SortMeRNA é uma ferramenta de análise de sequência biológica para filtrar, mapear e selecionar OTU
NGS lê. O algoritmo principal é baseado em sementes aproximadas e permite rápido e
análises sensíveis de sequências de nucleotídeos. A principal aplicação do SortMeRNA é a filtragem
rRNA de dados metatranscriptômicos. Aplicações adicionais incluem seleção de OTU e
atribuição de taxonomia disponível através de QIIME v1.9 + (http://qiime.org -v1.9.0-rc1).
SortMeRNA recebe como entrada um arquivo de leituras (formato fasta ou fastq) e um ou vários rRNA
arquivo (s) de banco de dados e separa rRNA e leituras rejeitadas em dois arquivos especificados pelo
do utilizador. Opcionalmente, pode fornecer alinhamentos locais de alta qualidade de leituras de rRNA contra o
banco de dados rRNA. SortMeRNA funciona com dados Illumina, 454, Ion Torrent e PacBio, e pode
produz alinhamentos do tipo SAM e BLAST.
OPÇÕES
OBRIGATÓRIO OPÇÕES
--ref STRING, STRING
Arquivo de referência FASTA, arquivo de índice
Exemplo:
--ref /caminho/para/arquivo1.fasta,/caminho/para/index1
Se passar vários arquivos de sequência de referência, separe-os por ':'
Exemplo:
--ref /caminho/f1.fasta,/caminho/index1:/caminho/f2.fasta,caminho/index2
OPCIONAL OPÇÕES
--velozes BOOL
opção sugerida para alinhar ~ 99% das espécies relacionadas (padrão: desligado)
--confidencial BOOL
opção sugerida para alinhar ~ 75-98% das espécies relacionadas (padrão: ativado)
--tmpdir STRING
diretório onde escrever arquivos temporários
-m INT a quantidade de memória (em Mbytes) para construir o índice (padrão: 3072)
-L INT comprimento da semente (padrão: 18)
--max_pos INT
número máximo de posições para armazenar para cada L-mer exclusivo (padrão: 10000, configuração
--max_pos 0 irá armazenar todas as posições)
-v BOOL
detalhado
-h BOOL
ajudar
Use indexdb_rna online usando serviços onworks.net
