Este é o comando indigo-deco que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
indigo-deco - detecção de andaime de molécula e deconvolução do grupo R
SINOPSE
índigo-deco arquivos [parâmetros]
índigo-deco -h
DESCRIÇÃO
índigo-deco detecção de andaimes de moléculas de perfoms e desconvolução do grupo R. Aceitaram
os formatos são: Molfile, SDFile, RDFile, SMILES e CML.
OPÇÕES
índigo-deco aceita os seguintes parâmetros.
-h Imprimir mensagem de ajuda
-a Calcular andaime aproximado (o padrão é exato)
-s
Grave o andaime máximo encontrado no molfile
-S
Grave todos os scaffolds encontrados no arquivo SD
-l
Não calcule o andaime, mas carregue-o do arquivo
-sr
Grave scaffold com R-sites em um arquivo
-o
Grave as moléculas destacadas resultantes no arquivo
-r
Escreva moléculas resultantes com grupos r separados para o arquivo
criado Sem consideração aromática
-- Marca o fim das opções
EXEMPLOS
índigo-deco * .mol -o hl.sdf -s scaf.sdf
Lê moléculas de molfiles no diretório atual, salva o máximo de cadafalso encontrado
para scaf.mol e salve as moléculas destacadas em hl.sdf.
índigo-deco estrutura.mol muitos.sdf -s scaf.mol -S allscafs.sdf -r rg.sdf
Leia uma molécula de structure.mol e várias moléculas de many.sdf, salve
moléculas com r-rgoups para rg.sdf e salve todos os scaffolds encontrados em allscafs.sdf.
índigo-deco * .smi -d readyscaf.mol -o hl.sdf
Leia várias moléculas de cada arquivo SMILES no diretório atual, leia
andaime de readyscaf.mol e salve as moléculas destacadas em hl.sdf.
Use indigo-deco online usando serviços onworks.net
