Este é o comando indigo-depict que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
indigo-retrata - molécula e utilidade de renderização de reação
SINOPSE
indigo infile. {mol, rxn, cml, smi} arquivo de saída. {png, svg, pdf} [parâmetros]
indigo infile. {cml, rdf, rdf.gz, sdf, sdf.gz, smi} arquivo de saída_% s. {png, svg, pdf} [parâmetros]
indigo arquivo.smi arquivo de saída. {cml, mol, rdf, rxn, sdf} [parâmetros]
indigo - SMILES arquivo de saída. {cml, mol, pdf, png, rxn, svg} [parâmetros]
indigo -Socorro
DESCRIÇÃO
indigo é usado para representar moléculas.
OPÇÕES
indigo pode ler arquivos de entrada ou código SMILES da entrada padrão. Estes podem ser
seguido por um ou mais dos seguintes parâmetros.
-w
Largura da imagem em pixels
-h
Altura da imagem em pixels
-ligação
Comprimento médio da ligação em pixels
-margens
Margens horizontais e verticais, em pixels. Sem margens por padrão
-espessura
Defina o fator de espessura relativo. O padrão é 1.0
-espessura da linha
Defina o fator de largura da linha de união. O padrão é 1.0
-rótulo
Defina o modo de exibição do rótulo do átomo. O padrão é terminal-hetero
-hidro
Mostre os hidrogênios implícitos. O padrão é on
- [de] arom
Força [des] aromatização
-estéreo
Modo de exibição de estereogrupos. O padrão é velho
-cdbwsa
Centralize ligações duplas que têm uma ligação estéreo adjacente (desativada por padrão)
-consulta Trate a entrada como uma molécula de consulta ou reação (desativada por padrão)
-inteligente
Trate a entrada como uma molécula ou reação de consulta SMARTS (desativada por padrão)
-idcampo
O campo SDF / RDF deve ser colocado no lugar de '% s' nos nomes dos arquivos salvos (o padrão é
molécula / número de reação)
-catalisadores
Posicionamento dos catalisadores de reação ao longo da seta. O padrão é acima e abaixo
-Comente
Comentário de texto a ser colocado acima da molécula ou reação. Sem valor padrão
-commentoffset
Espaço vertical (em pixels) entre o comentário e a estrutura
-comentário
Use o campo SDF / RDF especificado como um comentário
-nome do comentário
Use o nome da molécula / reação como um comentário
-comentário
Fator de tamanho da fonte do comentário de texto em relação à espessura da colagem. O padrão é 6
-comentários
Posição do comentário de texto (inferior por padrão)
-comentar <0..1>
Alinhamento do comentário de texto, um valor flutuante: 0 = esquerda, 0.5 = centro, 1 = certo
-coloração
Ativar / desativar coloração. O padrão é on
-hespessura
Ative o realce com linhas grossas e caracteres em negrito
-hlcor
Ative o realce com cores. Os valores dos componentes devem estar no intervalo [0 255 ..]
-bgcolor
Defina a cor de fundo. Os valores dos componentes devem estar no intervalo [0 255 ..]
-cor base
Defina a cor de primeiro plano padrão. Os valores dos componentes devem estar no intervalo [0 255 ..]
-aamcolor
Defina a cor dos índices AAM. Os valores dos componentes devem estar no intervalo [0 255 ..]
-dsgcolor
Defina a cor dos grupos de dados. Os valores dos componentes devem estar no intervalo [0 255 ..]
-comentário cor
Defina a cor do comentário. Os valores dos componentes devem estar no intervalo [0 255 ..]
- números de átomo
Mostrar números atômicos (apenas para fins de depuração)
-números de ligação
Mostrar números de títulos (apenas para fins de depuração)
-baseado em um
Inicie os índices de átomo e ligação a partir de um. O padrão é de zero
-Socorro Imprima esta mensagem de ajuda
EXEMPLOS
indigo arquivo.mol arquivo de saída.png -coloração WOW! -aro
indigo banco de dados.sdf molécula_% s.png -idcampo cdbregno -espessura 1.1
indigo banco de dados.smi banco de dados.sdf
indigo - CC. [O -] [* -] ([O -]) = O consulta.png -consulta
indigo - OCO >> CC (C) N reação.rxn
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