Este é o comando ipig que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
ipig - Integrando PSMs nas visualizações do navegador do Genome
SINOPSE
porco <psm arquivo> | -g | -c | -cg [ ]
DESCRIÇÃO
iPiG visa a integração de combinações de espectro de peptídeos (PSMs) de espectrometria de massa
(MS) identificações de peptídeos em visualizações genômicas fornecidas pelo navegador do genoma, como
como o navegador do genoma UCSC (http://genome.ucsc.edu/).
iPiG pega PSMs do formato padrão MS mzIdentML (* .mzid) ou em formato de texto e
fornece resultados em formatos de rastreamento de genoma (arquivos BED e GFF3), que podem ser facilmente
importado para navegadores do genoma.
OPÇÕES
<psm arquivo>
indica o arquivo com as correspondências do espectro de peptídeo (mzid / txt)
-g, -gui
inicia a interface gráfica do usuário do iPiG
-c, -ao controle
inicia o controle do gene, os arquivos necessários devem ser indicados na configuração
lima
-CG, -controlgui
inicia a interface gráfica do usuário do controle de gene
-d, -baixador
inicia o download gui
um arquivo de configuração diferente pode ser indicado (caso contrário, ipig.conf é carregado por
predefinição)
requisitos adicionais:
usando um modo não-gui, um arquivo de configuração (ipig.conf por padrão) deve conter vários
parâmetros adicionais, por exemplo, indicando o genoma de referência etc.
em um modo gui (-g e -CG), parâmetros adicionais podem ser indicados de duas maneiras, dentro
a interface ou também com um arquivo de configuração.
dê uma olhada em readme.txt e ipig.conf para exemplos e mais detalhes sobre o
parâmetros adicionais
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