king-probe - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

king-probe - Avalie e visualize o empacotamento interatômico de proteínas

DESCRIÇÃO

Sintaxe: probe input.pdb >> out.kin

ou: probe [sinalizadores] "padrão src" ["padrão alvo"] pdbfiles ... >> out.kin

Sinalizadores:
-Auto auto intersecção: src -> src (padrão)

-Ambos cruzam as duas maneiras: src <=> targ

-Uma vez intersecção única: src -> targ

-Fora superfície externa de van der Waals de src (superfície de contato com solvente)

-AUTObondrot nome do arquivo
ler e processar um arquivo autobondrot

atalhos:

< > igual a: -4H -mc -a -auto "altA ogt33"

-PADRÕES
igual a: < >, mas permite alguns outros sinalizadores

-SC Superfície igual a: -solta -rad1.4 -Fora "não água"

-Expor
igual a: -solta -rad1.4 -Fora (nota: padrão de suprimentos do usuário)

-A superfície
igual a: -solta -rad0.0 -adicionar1.4 -Fora "não água"

-ACESSO
igual a: -solta -rad0.0 -adicionar1.4 -Fora (nota: padrão de suprimentos do usuário)

-SCAN0 igual a: -4H -mc -auto "alta blt40 ogt33"

-SCAN1 igual a: -4H -uma vez "sc alta blt40 ogt33" "alta blt40 ogt65, (não é água ogt33)"

-DUMPAtominfo
conte os átomos na seleção: src

(observe que AMBOS e ONCE requerem dois padrões enquanto

OUT, SELF e DUMPATOMINFO requerem apenas um padrão)

-Implícito
hidrogênios implícitos

-Explícito
hidrogênios explícitos (padrão)

-Densidade#
definir densidade de pontos (padrão 16 pontos / sq A)

-Raio#. #
definir o raio da sonda (padrão 0.25 A)

-ADDvdw#. #
deslocamento adicionado aos raios de Van der Waals (padrão 0.0)

-ESCALEvdw#. # fator de escala para raios de Van der Waals (padrão 1.0)

-COS Escala#. #
escala C = O raios de Van der Waals do carbono (padrão 0.94)

-Espigão desenhe ponta em vez de pontos (padrão)

-Espigão#. #
definir escala de pico (padrão = 0.5)

-NOSpique
desenhe apenas pontos

-HB Regular#. # sobreposição máxima para Hbonds regulares (padrão = 0.6)

-HBC carregada#. # sobreposição máxima para Hbonds carregados (padrão = 0.8)

-Guarda manter átomos não selecionados (padrão)

-Derrubar soltar átomos não selecionados

-Limite limitar os pontos de relevo à distância máxima ao beijar (padrão)

-NOLIMit
não limite os pontos de colisão

-Lente adicione a palavra-chave da lente ao arquivo parente

-NOLENS
não adicione a palavra-chave da lente ao arquivo kin (padrão)

-MC incluem interações mainchain-> mainchain

-HETs incluir pontos para grupos HET não aquáticos (padrão)

-NOHETs
excluir pontos para grupos HET não aquáticos

-ÁGUAS
incluir pontos na água (padrão)

-NOWATERS
excluir pontos para regar

-WAT2wat
mostrar pontos entre as águas

-DUMPH2O
inclui água H? lista de vetores na saída

-4H estender a remoção de pontos da cadeia de ligação para 4 para H (padrão)

-3 limite a remoção de pontos da cadeia de ligação a 3

-2 limite a remoção de pontos da cadeia de ligação a 2

-1 limite a remoção de pontos da cadeia de ligação a 1

-IGNORAR queda explícita de "padrão": ignorar átomos selecionados por padrão

-DOCHO
reconhecer CH..O Hbonds

-CHO#. #
fator de escala para pontuação CH..O Hbond (padrão = 0.5)

-Polar H
use raios curtos de hidrogênios polares (padrão)

-NOPolarH
não encurte os raios dos hidrogênios polares

-NOFACEhbond não identifique HBonds para faces aromáticas

-Nome "nome" especifica o nome do grupo (padrão "pontos")

-DOTMASTER
nome do grupo usado como mestre extra = {nome} nas listas

-NOGrupo
não gere a instrução @group na saída de formato .kin

-KINimagem
adicione a instrução @kinemage 1 ao início da saída de formato .kin

-Contagem de pontos
produz uma contagem de pontos - não uma lista de pontos

-Unformado
saída de informação de ponto bruta

nome: pat: tipo: srcAtom: targAtom: mingap: gap: spX:
spY: spZ: spikeLen: score: stype: ttype: x: y: z: sBval: tBval:

-OFORMAT
informação de ponto de saída formatada para exibição em O

-XV FORMATO
informação de ponto de saída formatada para exibição em XtalView

-UMA LINHA
produzir uma linha: contatos: por: gravidade: tipo:

-GAPcolor
pontos coloridos por quantidade de lacuna (padrão)

-ATOMcor
pontos coloridos por tipo de átomo

-BASEcor
pontos coloridos por tipo de ácido nucléico

-COLORBase
pontos coloridos por lacuna e tipo de base de ácido nucleico

-OUTCOLOR "nome" especifica a cor do ponto para -FORA (padrão "cinza")

-GAPPeso#
definir peso para lacunas de pontuação (padrão 0.25)

-BUMPPeso# definir escala relativa para pontos de pontuação (padrão 10.0)

-HBPeso#
definir escala relativa para pontuação Hbonds (padrão 4.0)

-DIVBaixo#. #
Divisão para categorias Bump (padrão -0.4)

-DIVAlto#. #
Divisão para categorias de contato (padrão 0.25)

-MINOCocupação#. #
A ocupação abaixo disso é igual a zero (padrão 0.02)

-Elemento
adicionar botões mestre para diferentes elementos na saída de kin

-NOHBOUT
não enviar contatos para HBonds

-NOCLASHOUT
não envie contatos para choques

-NOVDWOUT
não enviar contatos para interações de van der Waals

-APENAS BADOUT
colisão ruim apenas de saída ruim (contatos de sobreposição severa)

-RESUMO
lista de saída de resumo de contatos e conflitos

-UMA LINHA
lista de resumo de saída on-line

-AVISOS
não exibe o ticker do nome do resíduo durante o processamento

-STDBONDs
assume apenas padrões de ligação padrão em resíduos padrão

-NOPARENTE
não ligue os hidrogênios com base na tabela de átomos pesados ​​pais

-SEGID use o campo PDB SegID para discriminar entre os resíduos

-OLDU gerar estilo antigo -u saída: kissEdge2BullsEye, etc

-Verbose
modo detalhado (padrão)

-Referência
exibir string de referência

-Alterar
exibir uma lista de mudanças do programa

-Quieto modo silencioso

-Ajuda mostrar aviso de ajuda expandido (inclui outros sinalizadores)

-VERSÃO
versão de uma linha para stdout

Elementos de padrão: (devem ser colocados entre aspas na linha de comando)

ARQUIVO # dentro do arquivo #

MODELO # dentro do modelo #

CADEIAaa
dentro da corrente um

SEGaaaa
identificador de segmento aaaa (onde _ representa em branco)

ALTa conformação alternativa a

ATOMaaaa
nome do átomo aaaa (onde _ representa em branco) (todos os 4 caracteres são usados, então H seria
ATOM_H__)

Resíduo RESaaa aaa

# resíduo #

# um resíduo #, insira um

# - # intervalo de resíduos # (inserir códigos ignorados)

um tipo de resíduo por códigos de uma letra (por exemplo, y)

tipo de resíduo aaa por códigos de três letras (por exemplo, tyr)

ALL, PROTEIN, MC, SC, BASE, ALPHA, BETA, NITROGEN, CARBON,
OXIGÊNIO, ENXOFRE, FÓSFORO, HIDROGÊNIO, METAL, POLAR,
NÃO POLAR, CARREGADO, DOADOR, ACEITOR, AROMÁTICO, METIL, HET, ÁGUA, DNA, RNA

todos ou um subconjunto dos átomos

OLT # Ocupação menor que # (porcentagem inteira)

OGT # Ocupação maior que # (porcentagem inteira)

BLT # valor B menor que # (inteiro)

BGT # Valor B maior que # (inteiro)

INSa Insira o código a (onde _ representa em branco)

DENTRO DE #. # DE #. #, #. #, #. #
átomos a uma distância do ponto

Os padrões podem ser combinados em listas separadas por vírgulas, como o significado de "trp, phe, tyr"
TRP ou PHE ou TYR.

Os padrões separados por espaços em branco devem ser todos verdadeiros, como o significado de "chainb 1-5"
resíduos 1 a 5 na cadeia B.

Você também pode agrupar padrões com parênteses, separar vários padrões com |
significando 'ou' e escolha o complemento com NOT como em "não arquivo1" significando não em
arquivo 1.

Um arquivo autobondrot é semelhante a outros arquivos de entrada PDB, mas inclui informações
identificar átomos sujeitos a rotações e outras transformações.

Exemplo de fragmento de arquivo autobondrot mostrando rotação de ligação Calpha-Cbeta e um
função de penalidade de torção para esta rotação

ATOM 1 CB TYR 61 34.219 17.937 4.659 1.00 0.00

bondrot: chi1: 78.7:
0:359:5:33.138:18.517: 5.531:34.219:17.937: 4.659

cos: -3: 60: 3: ATOM 1 1HB TYR 61 34.766 18.777 4.206 1.00 0.00
ATOM 1 2HB TYR 61 34.927 17.409 5.315 1.00 0.00 ATOM 1 CG
TYR 61 33.836 16.989 3.546 1.00 0.00 ...

Os comandos do Autobondrot usam dois pontos para separar os valores Transformações:
BONDROT:id:currAng:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

TRANS: id:currpos:start:end:stepSz:x1:y1:z1:x2:y2:z2

NULL # manequim

Funções de polarização:
COS: escala: phaseOffset: frequência POLY: escala: deslocamento: polinomialDegree CONST: valor

Ramificação:
SALVAR e RESTAURAR ou "(" e ")"

(por exemplo, para girar cada Chi e os metilos para a isoleucina o

a sequência é: rotChi1 / SAVE / rotChi2 / rotCD1 / RESTORE / rotCG2)

Definir orientação: GO: ângulo1: ângulo2: ... Incluir arquivos: @filename Comentários:
# texto de comentário

probe: versão 2.13.110909, Copyright 1996-2011, J. Michael Word

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