LAshow - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

LAshow - exibe alinhamentos locais de arquivos .las

SINOPSE

LA show [-caroUF] [-iint(4)] [-wint(100)][-bint(10)] src1: db | dam [src2: db | dam] alinhar: las
[lê: FILE | lê: alcance ...]

DESCRIÇÃO

LA show produz uma lista impressa dos alinhamentos locais contidos no .las especificado
arquivo, de onde vêm as leituras a e b src1 ou a partir de src1 e src2, respectivamente. Se um
arquivo ou lista de intervalos de leitura é fornecido, então apenas as sobreposições para as quais o a-read está em
o conjunto especificado pelo arquivo ou lista são exibidos. Ver DBshow(1) para uma explicação de
como o arquivo e a lista de intervalos de leitura são interpretados.

OPÇÕES

-F Inverta as funções das leituras a e b no visor

-U Use letras maiúsculas para a sequência de DNA em vez da minúscula padrão

-irecuo
Defina o recuo para as exibições de desenho animado e / ou alinhamento, se forem solicitados.
(padrão: 4)

-bnum_symbols
Defina o número de símbolos em cada lado dos segmentos alinhados em um alinhamento
exibição. (padrão: 10)

-ww Este parâmetro é usado para os modos de exibição especificados por -a e -r. (predefinição:
100)

-o Exibir apenas alinhamentos que são sobreposições adequadas - isto é, onde uma sequência termina
ocorre em cada extremidade do alinhamento

DISPLAY MODOS
-c Renderização do alinhamento em desenho animado

-uma, -r Exibir um alinhamento do alinhamento local

A -a opção coloca exatamente w colunas por segmento da tela, enquanto o -r opção
coloca exatamente w símbolos a-read em cada segmento do display. o -r modo de exibição é
útil quando se deseja comparar visualmente dois alinhamentos envolvendo a mesma leitura. Se um
combinação do -c, -a e -r sinalizadores são definidos, em seguida, o desenho animado vem primeiro e, em seguida, o -a
alinhamento, e por último o -r alinhamento.

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