loadPulses - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

loadPulses - informação de pulso de sequenciamento de carga

SINOPSE

carregarPulsos BasFileName cmpNomeArquivo [opções]

DESCRIÇÃO

carregarPulsos carrega informações de pulso de sequenciamento, como distância entre pulsos ou qualidade
informações no arquivo cmp.h5. Isso permite que se analise cinética e qualidade
informações por coluna de alinhamento.

OPÇÕES

BasFileName
A entrada {bas, pls} .h5 ou input.fofn.

cmpNomeArquivo
O arquivo cmp.h5 no qual carregar as informações de pulso.

-Métricas valor
Uma lista de métricas separadas por vírgulas (sem espaços).

As opções válidas são:
WhenStarted, QualityValue, InsertionQV, MergeQV, DeletionQV, DeletionTag,
SubstitutionTag, SubstitutionQV, PreBaseFrames, IPD, StartFrame, PulseWidth,
WidthInFrames, Light, pkmid, ClassifierQV, PulseIndex

As opções padrão são:
QualityValue, ClassifierQV, StartFrame, PulseWidth, WidthInFrames, pkmid,
IPD

-failOnMissingData
Saia se algum campo de dados estiver faltando na entrada bas.h5 ou pls.h5 que está
necessário para carregar uma métrica. Defualt é um aviso.

-por ler
Carregue as informações de pulso por leitura, em vez de métricas de buffer.

-bimétrico
Carregue as informações de pulso por métrica e não por leitura. Isso usa mais memória do que
-por ler, mas pode ser mais rápido.

-maxElementos valor
Defina um limite para o tamanho do arquivo pls / bas para armazenar em buffer -bimétrico (valor padrão:
máximo int). Usar -por ler se o limite for excedido.

-maxMemória valor
Defina um limite (em GB) na memória para armazenar dados com -bimétrico (valor padrão: 4
GB). Usar -por ler se o limite for excedido.

-metaNElementos valor
Defina o número de elementos no cache de metadados para leitura do arquivo bas / bax / pls.h5.

-rawNElementsvalor
Defina o número de elementos no cache de dados brutos para ler o arquivo bas / bax / pls.h5.

-rawChunkSize valor
Defina o tamanho do bloco do cache de dados brutos para ler o arquivo bas / bax / pls.h5.

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