Este é o comando masai_mapper que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
masai_mapper - Mapeador Masai
SINOPSE
masai_mapper [OPÇÕES]
DESCRIÇÃO
Masai é um mapeador de leitura rápida e precisa baseado em sementes aproximadas e múltiplas
retrocedendo.
See http://www.seqan.de/projects/masai para obter mais informações.
(c) Copyright 2011-2012 de Enrico Siragusa.
-h, --Socorro
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--versão
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Opções de mapeamento:
-milímetros, --modo de mapeamento STR
Selecione o modo de mapeamento. Um de todos, tudo de melhor e tudo de melhor. Padrão: qualquer melhor.
-mb, --mapping-bloco NUM
Número máximo de leituras a serem mapeadas de uma vez. No intervalo [10000..inf]. Predefinição:
2147483647.
-e, --erros NUM
Número máximo de erros por leitura. No intervalo [0..32]. Padrão: 5.
-sl, - comprimento da semente NUM
Comprimento mínimo da semente. No intervalo [10..100]. Padrão: 33.
-ng, - sem lacunas
Não alinhe leituras com lacunas.
Opções de índice de genoma:
-x, --índice STR
Selecione o tipo de índice do genoma. Um de esa, sa, qgram e fm. Padrão: sa.
-xp, --index-prefixo STR
Especifique um nome de prefixo de índice de genoma. Padrão: use o prefixo do nome do arquivo do genoma.
Opções de saída:
-o, --arquivo de saída ARQUIVO
Especifique um arquivo de saída. Padrão: use o prefixo lê o nome do arquivo. Tipos de arquivos válidos
são: raw e sam.
-nc, - sem charuto
Não produza string CIGAR. Isso afeta apenas a saída do SAM.
Opções de depuração:
-nv, --no-verify
Não verifique ocorrências de seed.
-WL, --sem despejo
Não despeje os resultados.
-nm, --não-múltiplo
Desative o retrocesso múltiplo.
VERSÃO
versão do masai_mapper: 0.7.1 [14053] Última atualização 2013-05-16
Use masai_mapper online usando serviços onworks.net
