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masai_mapper - Online na nuvem

Execute masai_mapper no provedor de hospedagem gratuita OnWorks no Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

Este é o comando masai_mapper que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

PROGRAMA:

NOME


masai_mapper - Mapeador Masai

SINOPSE

masai_mapper [OPÇÕES]

DESCRIÇÃO

Masai é um mapeador de leitura rápida e precisa baseado em sementes aproximadas e múltiplas
retrocedendo.

Vejo http://www.seqan.de/projects/masai Para obter mais informações.

(c) Copyright 2011-2012 de Enrico Siragusa.

-h, --Socorro

Exibe esta mensagem de ajuda.

--versão

Exibir informações de versão

Opções de mapeamento:

-milímetros, --modo de mapeamento STR

Selecione o modo de mapeamento. Um de todos, tudo de melhor e tudo de melhor. Padrão: qualquer melhor.

-mb, --mapping-block NUM

Número máximo de leituras a serem mapeadas de uma vez. No intervalo [10000..inf]. Predefinição:
2147483647.

-e, --erros NUM

Número máximo de erros por leitura. No intervalo [0..32]. Padrão: 5.

-sl, - comprimento da semente NUM

Comprimento mínimo da semente. No intervalo [10..100]. Padrão: 33.

-ng, - sem lacunas

Não alinhe leituras com lacunas.

Opções de índice de genoma:

-x, --índice STR

Selecione o tipo de índice do genoma. Um de esa, sa, qgram e fm. Padrão: sa.

-xp, --index-prefix STR

Especifique um nome de prefixo de índice de genoma. Padrão: use o prefixo do nome do arquivo do genoma.

Opções de saída:

-o, --arquivo de saída ARQUIVO

Especifique um arquivo de saída. Padrão: use o prefixo lê o nome do arquivo. Tipos de arquivos válidos
são: raw e sam.

-nc, - sem charuto

Não produza string CIGAR. Isso afeta apenas a saída do SAM.

Opções de depuração:

-nv, --no-verify

Não verifique ocorrências de seed.

-WL, --sem despejo

Não despeje os resultados.

-nm, --não-múltiplo

Desative o retrocesso múltiplo.

VERSÃO

versão do masai_mapper: 0.7.1 [14053] Última atualização 2013-05-16

Use masai_mapper online usando serviços onworks.net


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