mauveAligner - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mauveAligner - construção eficiente de múltiplos alinhamentos de genoma

SINOPSE

mauveAligner [opções] ...
nome do arquivo>

DESCRIÇÃO

Os algoritmos de alinhamento mauveAligner e ProgressiveMauve foram implementados como
programas de linha de comando incluídos no software Mauve para download. Quando fugir do
linha de comando, esses programas fornecem opções ainda não disponíveis na interface gráfica.

OPÇÕES

--output =Nome do arquivo de saída.
Imprime na tela por padrão

--mães Encontre apenas MUMs, não tente determinar blocos colineares localmente (LCBs)

- sem recursão Não execute identificação de âncora recursiva (implica
--no-gapped-direction)

--no-lcb-extensão Se estiver determinando LCBs, não tente estender os LCBs

--seed-size =Tamanho inicial da correspondência da semente, o padrão é log_2 (comprimento médio de seq.)

--max-extension-iterations =Limite as extensões LCB a este número de tentativas,
o padrão é 4

--eliminar inclusões Elimine inclusões vinculadas em correspondências de subconjunto.

--peso =Peso LCB mínimo em pares de base por sequência

--match-input =Use o arquivo de correspondência especificado em vez de procurar por correspondências

--lcb-match-input Indica que o arquivo de entrada de correspondência contém correspondências que foram
agrupados em LCBs

--lcb-input =Use o arquivo lcb especificado em vez de construir LCBs (ignora LCB
geração)

--scratch-path =Para genomas grandes, use um diretório para armazenamento de dados temporários.
Deve ser dado duas ou mais vezes para com caminhos diferentes.

--id-matrix =Gerar estatísticas LCB e gravá-las no arquivo especificado

--island-size =Encontre ilhas maiores do que o número fornecido

--island-output =A saída ilumina o arquivo dado (requer - tamanho da ilha)

--backbone-size =Encontre trechos de backbone mais longos do que o número dado de bp

--max-backbone-gap =Permitir que o backbone seja interrompido por lacunas até este comprimento em
bp

--backbone-output =A saída ilumina o arquivo dado (requer - tamanho da ilha)

--coverage-output =Produzir uma lista de cobertura para o arquivo especificado (- para stdout)

--repetições Gera um mapa de repetição. Apenas uma sequência pode ser especificada

--output-guide-tree =Escreva uma árvore guia para o arquivo designado

--colinear Suponha que as sequências de entrada sejam colineares - elas não têm rearranjos

Vazio alinhamento controles:
--no-gapped-direction Não execute um alinhamento com lacunas

--max-gapped-aligner-length =Número máximo de pares de bases com os quais tentar o alinhamento
o alinhador com espaçamento

--min-recursive-gap-length =Tamanho mínimo das lacunas que o Mauve executará recursivamente
Ancoragem MUM ativada (o padrão é 200)

Assinado permutação matriz opções:
--permutation-matrix-output =Escreva os LCBs como uma matriz de permutação assinada para
o arquivo fornecido

--permutation-matrix-min-weight =Uma matriz de permutação será escrita para cada
conjunto de LCBs com peso entre este valor e o valor de --peso

Alinhamento saída opções:
--alignment-output-dir =Produz um conjunto de arquivos de alinhamento (um por LCB) para um
determinado diretório

--alignment-output-format =Seleciona o formato de saída para --alignment-output-dir

--output-align =Escreva um alinhamento de formato XMFA para o arquivo designado

Os formatos de saída de alinhamento suportados são: phylip, clustal, msf, nexus, mega, codon

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