med2ris - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

med2ris - converte dados bibliográficos Medline / Pubmed para o formato RIS

SINOPSE

med2ris [-e mais logado] [-f de codificação] [-h] [-i] [-l nível de log] [-EU arquivo de log] [-o lima]
[-O lima] [-q] [-t para-codificação] [-T tipo] [-s caminho]

DESCRIÇÃO

med2ris converte dados de referência Pubmed em dados RIS. O conversor entende tanto o
formato Pubmed marcado (que superficialmente se assemelha a RIS) e o formato XML de acordo com
que o Artigo PubMed DTD[1] Na maioria dos casos, med2ris é capaz de detectar automaticamente a entrada
tipo de dados.

OPÇÕES

-e destino de registro
log-destination pode ter os valores 0, 1 ou 2, ou as strings equivalentes stderr,
syslogou lima, respectivamente. Este valor especifica para onde vão as informações do log.
0 (zero) significa que as mensagens são enviadas para stderr. Eles estão imediatamente disponíveis no
tela, mas eles podem interferir com a saída do comando. 1 irá enviar a saída para o
instalação de syslog. Lembre-se de que o syslog deve ser configurado para aceitar mensagens de log
a partir de programas de usuário, consulte o syslog(8) página de manual para mais informações. Tipo Unix
os sistemas geralmente salvam essas mensagens em /var/log/user.log. 2 irá enviar as mensagens para
um arquivo de log personalizado que pode ser especificado com o -L opção.

-f de codificação
Selecione a codificação de caracteres de entrada. As codificações com suporte dependem da plataforma e
geralmente pode ser encontrado em iconv_open(3). Se nenhuma codificação for especificada, ISO-8859-1 aka
Latin-1 é assumido.

-h
Exibe a tela de ajuda e uso e sai.

-i
Gerar informações adicionais sobre tags desconhecidas ou não utilizadas. Principalmente útil para depurar o
conversão se o formato de entrada mudou.

-l nível de registro
Especifique a prioridade até a qual os eventos são registrados. Este é um número entre 0
e 7 ou uma das cordas emergir, alerta, crit, errar, aviso, aviso prévio, info, depurar,
respectivamente (consulte também as definições de nível de log). -1 desativa o registro completamente. Um baixo
nível de log como 0 significa que apenas as mensagens mais críticas são registradas. Um tronco mais alto
nível significa que eventos menos críticos também são registrados. 7 incluirá depuração
mensagens. O último pode ser prolixo e abundante, então você deseja evitar este nível de registro
a menos que você precise rastrear problemas.

-L arquivo de log
Especifique o caminho completo para um arquivo de log que receberá as mensagens de log. Normalmente, este
seria / var / log / refdba.

-o lima
Enviar saída para lima. Se lima existir, seu conteúdo será sobrescrito.

-O lima
Enviar saída para lima. Se lima existir, a saída será anexada.

-q
Comece sem ler os arquivos de configuração. O cliente usará o tempo de compilação
padrões para todos os valores que você não define com opções de linha de comando.

-t para-codificação
Selecione a codificação de caracteres de saída. As codificações com suporte dependem da plataforma e
geralmente pode ser encontrado em iconv_open(3). Se nenhuma codificação for especificada, ISO-8859-1 aka
Latin-1 é assumido.

-T tipo
Substitui a detecção automática de tipo. Valores permitidos para tipo são "tag" e "xml"
para o formato Pubmed marcado e o formato XML Pubmed, respectivamente.

-y confdir
Especifique o diretório onde os arquivos de configuração global estão. Nota: Por padrão, todos
Os aplicativos RefDB procuram seus arquivos de configuração em um diretório que é especificado
durante a etapa de configuração ao construir o pacote. Ou seja, você não precisa do -y
opção a menos que você use binários pré-compilados em locais incomuns, por exemplo, realocando um
pacote rpm.

CONFIGURAÇÃO

med2ris avalia o arquivo med2risrc para inicializar a si mesmo.

mesa 1. med2risrc
┌────────────┬───────────────────────┬─────────────────────────────┬───────────────────────── ────────────┐
│Variável │ Padrão │ Comentário │
├────────────┼───────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────── ────────────┤
│outfile │ (nenhum) │ O arquivo de saída padrão │
│ │ │ nome. │
├────────────┼───────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────── ────────────┤
│outappend │ t │ Determina se │
│ │ │ saída é anexada (t)│
│ │ │ para um arquivo existente ou │
│ │ │ substitui (f) um │
│ │ │ arquivo existente. │
├────────────┼───────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────── ────────────┤
│nmapped │ t │ Se definido para t, desconhecido │
│ │ │ tags nos dados de entrada │
│ │ │ será exibido após │
│ │ │ a marcação; o │
│ │ │ os dados resultantes podem ser │
│ │ │ inspecionado e depois │
│ │ │ enviado através sede para │
│ │ │ tire esses │
│ │ │ linhas adicionais. Se definido │
│ │ │ para f, tags desconhecidas irão │
│ │ │ ser gentilmente ignorado. │
├────────────┼───────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────── ────────────┤
│from_enc │ ISO-8859-1 │ A codificação de caracteres │
│ │ │ dos dados de entrada │
├────────────┼───────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────── ────────────┤
│to_enc │ ISO-8859-1 │ A codificação de caracteres │
│ │ │ dos dados de saída │
├────────────┼───────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────── ────────────┤
│logfile │ /var/log/med2ris.log │ O caminho completo de um │
│ │ │ arquivo de log personalizado. Este é │
│ │ │ usado apenas se logdest for │
│ │ │ definido apropriadamente. │
├────────────┼───────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────── ────────────┤
│logdest │ 1 │ O destino do │
│ │ │ informações de log. 0 = │
│ │ │ imprimir em stderr; 1 = use │
│ │ │ o recurso de syslog; 2 = │
│ │ │ usar um arquivo de log personalizado. │
│ │ │ Este último precisa de um │
│ │ │ configuração adequada de │
│ │ │ arquivo de log. │
├────────────┼───────────────────────┼─────────────────────────────┼───────────────────────── ────────────┤
│loglevel │ 6 │ O nível de registro até │
│ │ │ quais mensagens serão │
│ │ │ enviado. Uma configuração baixa (0) │
│ │ │ permite apenas o máximo │
│ │ │ mensagens importantes, um │
│ │ │ configuração alta (7) permite │
│ │ │ todas as mensagens, incluindo │
│ │ │ mensagens de depuração. -1 significa │
│ │ │ nada será registrado. │
└────────────┴───────────────────────┴─────────────────────────────┴───────────────────────── ────────────┘

DADOS EM PROCESSAMENTO

Palavras-chave com vários subtítulos MeSH são divididas em várias palavras-chave com um MeSH
subtítulo cada. Isso simplifica muito a pesquisa de subtítulos MeSH.

med2ris não valida os arquivos de entrada. Ou seja, os arquivos de entrada devem seguir o
regras das fontes de dados, caso contrário, os resultados da conversão não são previsíveis.

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