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mia-3dprealign-nonrigid - Online na nuvem

Execute mia-3dprealign-nonrigid no provedor de hospedagem gratuita OnWorks no Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

Este é o comando mia-3dprealign-nonrigid que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

PROGRAMA:

NOME


mia-3dprealign-nonrigid - Registro de uma série de imagens 3D.

SINOPSE


mia-3dprealign-nonrigid -i -o [opções]

DESCRIÇÃO


mia-3dprealign-nonrigid Este programa executa o registro não rígido de uma série de imagens por
primeiro registrando um subconjunto já alinhado das imagens para uma referência, e então por
registrando as imagens restantes usando referências sintéticas. O é uma versão 3D de G.
Wollny, MJ Ledesma-Cabryo, P.Kellman e A.Santos, "Exploiting Quasiperiodicity in
Motion Correction of Free-Breathing, "IEEE Transactions on Medical Imaging, 29(8), 2010.

OPÇÕES


Arquivo-IO
-i --in-file = (entrada, obrigatório); Io
imagens de entrada seguindo o padrão de nomenclatura nomeXXXX.ext Para arquivo compatível
tipos, consulte PLUGINS: 3dimage / io

-o --out-file = (saída, obrigatório); Io
base do nome do arquivo para arquivos registrados fornecidos como string de formato C Para suporte
tipos de arquivo, consulte PLUGINS: 3dimage / io

--save-referências
Salve referências sintéticas para arquivos refXXXX.v

Condições prévias & Pré-processando
-k --skip = 0
Ignorar imagens no início da série Ignorar imagens no início da série

--preskip = 20
Pular imagens no início + pular da série ao pesquisar por alto
imagem de contraste; pular imagens no início + pular da série ao pesquisar
para imagem de alto contraste

--postskip = 2
Pule as imagens no final da série ao procurar altos Contrats
imagemSulte as imagens no final da série ao pesquisar altos níveis de contraste
imagem

--max-candidatas = 20
número máximo de candidatos para imagem de referência global; número máximo de
candidatos para imagem de referência global

-S --cost-series = image: cost = [ngf: eval = ds]
Função Const a ser usada para a análise da função seriesConst a ser usada
para a análise da série Para plug-ins suportados veja
PLUGINS: 3dimage / fullcost

--ref-idx =
salvar o número do índice de referência para este arquivo

-R - referência global = -1
salvar o número do índice de referência para este arquivo salvar o número do índice de referência para este
filete

-D --max-subset-delta = 0
Delta máximo entre dois elementos do subconjunto pré-alinhado Delta máximo
entre dois elementos do subconjunto pré-alinhado

Registros
-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.01
Otimizador usado para minimizaçãoOptimizer usado para minimização Para
plug-ins suportados, consulte PLUGINS: minimizer / singlecost

-l --mr-levels = 3
níveis de resolução múltipla; níveis de resolução múltipla

-f --transForm = spline
tipo de transformação tipo de transformação Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 3dimage / transform

-1 --cost-subset = image: cost = [ngf: eval = ds]
Função de custo para registro durante a função de custo de registro do subconjunto
para registro durante o registro do subconjunto. Para obter os plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 3dimage / fullcost

-2 --cost-final = image: cost = ssd
Função de custo para registro durante o registro final Função de custo
para registro durante o registro final. Para obter os plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 3dimage / fullcost

Ajuda & Informação
-V --verbose = aviso
detalhamento de saída, mensagens de impressão de determinado nível e prioridades mais altas.
As prioridades com suporte começando no nível mais baixo são:
info - Mensagens de baixo nível
traçar - Rastreamento de chamada de função
falhar - Reportar falhas de teste
aviso - Avisos
erro - Reportar erros
depurar - Saída de depuração
mensagem - Mensagens normais
fatal - Reportar apenas erros fatais

--direito autoral
imprimir informações de direitos autorais

-h --ajuda
imprima esta ajuda

-? --uso
imprimir uma pequena ajuda

--versão
imprima o número da versão e saia

Processamento
--threads = -1
Número máximo de threads a serem usados ​​para processamento, este número deve ser menor
ou igual ao número de núcleos de processador lógico na máquina. (-1:
estimativa automática). Número máximo de threads a serem usados ​​para processamento,
o número deve ser menor ou igual ao número de núcleos de processador lógico em
a máquina. (-1: estimativa automática).

PLUGINS: 1d / spacialkernel


cdiff Kernel de filtro de diferença central, condições de limite de espelho são usadas.

(sem parâmetros)

gauss kernel do filtro Gauss espacial, os parâmetros suportados são:

w = 1; uint em [0, inf)
largura de meio filtro.

PLUGINS: 1d / splinebc


espelho Condições de limite de interpolação de spline que se espelham no limite

(sem parâmetros)

repetir Condições de limite de interpolação de spline que repete o valor no limite

(sem parâmetros)

zero Condições de limite de interpolação de spline que assume zero para valores fora

(sem parâmetros)

PLUGINS: 1d / splinekernel


bspline Criação de kernel B-spline, os parâmetros suportados são:

d = 3; int em [0, 5]
Grau de spline.

mães Criação de kernel OMoms-spline, os parâmetros suportados são:

d = 3; int em [3, 3]
Grau de spline.

PLUGINS: 3dimage / combinador


absdiff Combinador de imagens 'absdiff'

(sem parâmetros)

adicionar Combinador de imagens 'adicionar'

(sem parâmetros)

div Combinador de imagens 'div'

(sem parâmetros)

mul Combinador de imagens 'mul'

(sem parâmetros)

abaixo Combinador de imagens 'sub'

(sem parâmetros)

PLUGINS: 3dimage / custo


lncc correlação cruzada normalizada local com suporte de mascaramento., parâmetros suportados
são:

w = 5; uint em [1, 256]
meia largura da janela usada para avaliar a cruz localizada
correlação.

mi Informações mútuas baseadas em spline parzen., Os parâmetros suportados são:

corte = 0; flutuar em [0, 40]
Porcentagem de pixels para cortar em intensidades altas e baixas para remover
valores atípicos.

mbins = 64; uint em [1, 256]
Número de caixas de histograma usadas para a imagem em movimento.

mkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
Núcleo de spline para hinstograma de parzen de imagem em movimento. Para plug-ins suportados
veja PLUGINS: 1d / splinekernel

rbins = 64; uint em [1, 256]
Número de caixas de histograma usadas para a imagem de referência.

kernel = [bspline: d = 0]; fábrica
Núcleo de spline para hinstograma de parzen de imagem de referência. Para plug compatível
ver PLUGINS: 1d / splinekernel

NCC correlação cruzada normalizada.

(sem parâmetros)

ngf Esta função avalia a semelhança da imagem com base no gradiente normalizado
Campos. Dados campos de gradiente normalizados $ _S $ da imagem src e $ _R $ do
imagem ref vários avaliadores são implementados., os parâmetros suportados são:

avaliação = ds; ditar
subtipo de plugin (sq, ds, ponto, cruz). Os valores suportados são:
ds - quadrado da diferença em escala
ponto - kernel do produto escalar
atravessar - kernel de produto cruzado

ssd Custo da imagem 3D: soma das diferenças quadradas, os parâmetros suportados são:

autothresh = 0; flutuar em [0, 1000]
Use o mascaramento automático da imagem em movimento, tomando apenas os valores de intensidade
em contas que são maiores do que o limite fornecido.

norma = 0; bool
Defina se a métrica deve ser normalizada pelo número de pixels da imagem.

ssd-automask
Custo da imagem 3D: soma das diferenças quadradas, com automascaramento baseado em
limites, os parâmetros suportados são:

rthresh = 0; Duplo
Valor de intensidade limite para imagem de referência.

Sthresh = 0; Duplo
Valor de intensidade limite para a imagem de origem.

PLUGINS: 3dimagem / filtro


passa banda filtro passa-banda de intensidade, os parâmetros suportados são:

max = 3.40282e + 38; flutuador
máximo da banda.

minutos = 0; flutuador
mínimo da banda.

binarizar filtro binarizar imagem, os parâmetros suportados são:

max = 3.40282e + 38; flutuador
máximo do intervalo aceito.

minutos = 0; flutuador
mínimo do intervalo aceito.

fechar próximo morfológico, os parâmetros suportados são:

sugerir = preto; fragmento
uma dica no conteúdo da imagem principal (preto | branco).

forma = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estruturante. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

combiner Combine duas imagens com o operador combinador fornecido. se 'reverso' estiver definido para
false, o primeiro operador é a imagem passada pelo pipeline de filtro e
a segunda imagem é carregada do arquivo fornecido com o parâmetro 'imagem' o
momento em que o filtro é executado., os parâmetros suportados são:

imagem = (entrada, obrigatório, string)
segunda imagem necessária no combinador.

op = (obrigatório, fábrica)
Combinador de imagens a ser aplicado às imagens. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 3dimage / combinador

reverso = 0; bool
inverta a ordem em que as imagens passaram para o combinador.

converter filtro de conversão de formato de pixel de imagem, os parâmetros suportados são:

a = 1; flutuador
parâmetro de conversão linear a.

b = 0; flutuador
parâmetro de conversão linear b.

mapa, = optar; ditar
mapeamento de conversão. Os valores suportados são:
optar - aplique uma transformação linear que mapeia o intervalo de entrada real para
toda a gama de produção
alcance - aplicar transformação linear que mapeia o tipo de dados de entrada
intervalo para o intervalo de tipo de dados de saída
cópia - copiar dados ao converter
linear - aplique a transformação linear x -> a * x + b
optstat - aplicar uma transformação linear que mapeia com base na média de entrada e
variação para toda a faixa de saída

representante = ubyte; ditar
tipo de pixel de saída. Os valores suportados são:
Nenhum - nenhum tipo de pixel definido
flutuar - ponto flutuante de 32 bits
sbyte - assinado 8 bits
Ulong - 64 bits sem sinal
duplo - ponto flutuante de 64 bits
sint - assinado 32 bits
ushor - 16 bits sem sinal
curto - assinado 16 bits
uint - 32 bits sem sinal
comprido - assinado 64 bits
bocado - dados binários
ubyte - 8 bits sem sinal

colheita Recorte uma região de uma imagem, a região é sempre fixada à imagem original
tamanho no sentido de que o intervalo fornecido é mantido., os parâmetros suportados são:

final = [[4294967295,4294967295,4294967295]]; transmitível
fim da faixa de corte, máximo = (-1, -1, -1).

começo = [[0,0,0]]; transmitível
início da faixa de cultivo.

dilata Filtro de dilatação de pilha de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

sugerir = preto; fragmento
uma dica no conteúdo da imagem principal (preto | branco).

forma = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estruturante. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

distância Avalie a transformação de distância 3D de uma imagem. Se a imagem for uma máscara binária,
então o resultado da transformação da distância em cada ponto corresponde ao euclidiano
distância para a máscara. Se a imagem de entrada tiver um valor de pixel escalar, então o
este escalar é interpretado como campo alto e o valor por pixel adiciona ao
distância.

(sem parâmetros)

reduzir Reduza a escala da imagem de entrada usando um determinado tamanho de bloco para definir a escala
fator. Antes de dimensionar, a imagem é filtrada por um filtro de suavização para
elimine dados de alta frequência e evite artefatos de aliasing., compatível
os parâmetros são:

b = [[1,1,1]]; 3dlimites
tamanho do bloco.

bx = 1; uint em [1, inf)
tamanho do bloco na direção x.

by = 1; uint em [1, inf)
tamanho do bloco na direção y.

bz = 1; uint em [1, inf)
tamanho do bloco na direção z.

núcleo = gauss; fragmento
kernel do filtro de suavização a ser aplicado, o tamanho do filtro é estimado
com base no tamanho do bloco ..

corroer Filtro de erosão da pilha de imagens 3D, os parâmetros suportados são:

sugerir = preto; fragmento
uma dica no conteúdo da imagem principal (preto | branco).

forma = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estruturante. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

gauss Filtro gauss 3D isotrópico, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [0, inf)
parâmetro de largura do filtro.

gradnorm Imagem 3D para filtro de norma de gradiente

(sem parâmetros)

máscara de crescimento Use uma máscara binária de entrada e uma imagem de referência em escala de cinza para fazer o crescimento da região
adicionando os pixels da vizinhança de um pixel já adicionado, se houver um menor
intensidade que está acima do limite fornecido., os parâmetros suportados são:

minutos = 1; flutuador
limite inferior para o crescimento da máscara.

ref = (entrada, obrigatório, string)
imagem de referência para o crescimento da região da máscara.

forma = 6n; fábrica
máscara de bairro. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

invertido filtro de inversão de intensidade

(sem parâmetros)

isovoxel Este filtro dimensiona uma imagem para tornar o tamanho do voxel isométrico e seu tamanho para
correspondem ao valor fornecido, os parâmetros suportados são:

interp = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de interpolação a ser usado. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

tamanho = 1; flutuar em (0, inf)
tamanho do voxel do alvo isométrico.

kmeans Filtro k-means imagem 3D. Na imagem de saída, o valor do pixel representa o
a associação de classe e os centros de classe são armazenados como atributos na imagem.,
os parâmetros suportados são:

c = 3; int em [2, inf)
número de aulas.

rótulo Um filtro para rotular os componentes conectados de uma imagem binária., Compatível
os parâmetros são:

n = 6n; fábrica
máscara de bairro. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

mapa de etiquetas Filtro de imagem para remapear os IDs do rótulo. Aplicável apenas a imagens com valor inteiro
intensidades / rótulos., os parâmetros suportados são:

mapa, = (entrada, obrigatório, string)
Arquivo de mapeamento de etiqueta.

escala de rótulos
Um filtro que cria apenas voxels de saída que já foram criados na entrada
imagem. O escalonamento é feito usando um algoritmo de votação que seleciona o alvo
valor de pixel com base na contagem de pixels mais alta de um determinado rótulo no
região de origem correspondente. Se a região compreende dois rótulos com o mesmo
contagem, aquele com o menor número vence., os parâmetros suportados são:

fora do tamanho = (obrigatório, 3dbounds)
tamanho do alvo fornecido como dois valores separados por vírgulas.

carregar Carregue a imagem de entrada de um arquivo e use-a para substituir a imagem atual no
pipeline., os parâmetros suportados são:

filete = (entrada, obrigatório, string)
nome do arquivo de entrada a partir do qual carregar ..

lvdownscale
Este é um filtro de escala inferior de votação de rótulo. Ele redimensiona uma imagem 3D por blocos.
Para cada bloco, o rótulo (diferente de zero) que aparece na maioria das vezes no bloco é
emitido como pixel de saída na imagem de destino. Se dois rótulos aparecerem com o mesmo número
muitas vezes, aquele com o menor valor absoluto vence., os parâmetros suportados são:

b = [[1,1,1]]; 3dlimites
tamanho do bloco para o downscaling. Cada bloco será representado por um pixel
na imagem alvo ..

máscara Mascare uma imagem, uma imagem é tirada da lista de parâmetros e a outra de
a entrada de filtro normal. Ambas as imagens devem ter as mesmas dimensões e uma deve
seja binário. Os atributos da imagem que vem através do pipeline de filtro são
preservado. O tipo de pixel de saída corresponde à imagem de entrada que não é
binário., os parâmetros suportados são:

entrada = (entrada, obrigatório, string)
segundo nome de arquivo de imagem de entrada.

significar Filtro médio de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
largura de meio filtro.

mediana filtro 3d mediano, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
parâmetro de largura do filtro.

mlv Filtro de imagem 3D de média de mínima variação, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
parâmetro de largura do filtro.

msnormalizador
Filtro de normalização de sigma médio de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
largura de meio filtro.

aberto Os parâmetros morfológicos abertos e suportados são:

sugerir = preto; fragmento
uma dica no conteúdo da imagem principal (preto | branco).

forma = [esfera: r = 2]; fábrica
elemento estruturante. Para obter os plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / shape

reorientar Filtro de reorientação de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

mapa, = xyz; ditar
mapeamento de orientação a ser aplicado. Os valores suportados são:
p-zxy - permutar x-> y-> z-> x
r-x180 - girar em torno do eixo x no sentido horário 180 graus
xyz - manter a orientação
p-yzx - permutar x-> z-> y-> x
r-z180 - girar em torno do eixo z no sentido horário 180 graus
r-y270 - girar em torno do eixo y no sentido horário 270 graus
f-xz - flip xz
f-yz - flip yz
r-x90 - girar em torno do eixo x no sentido horário 90 graus
r-y90 - girar em torno do eixo y no sentido horário 90 graus
r-x270 - girar em torno do eixo x no sentido horário 270 graus
r-z270 - girar em torno do eixo z no sentido horário 270 graus
r-z90 - girar em torno do eixo z no sentido horário 90 graus
f-xy - flip xy
r-y180 - girar em torno do eixo y no sentido horário 180 graus

redimensionar Redimensione uma imagem. Os dados originais são centralizados na nova imagem de tamanho.,
os parâmetros suportados são:

tamanho = [[0,0,0]]; transmitível
novo tamanho da imagem, um tamanho 0 indica para manter o tamanho do
dimensão correspondente ..

areia filtro 3d sal e pimenta, os parâmetros suportados são:

debulhar = 100; flutuar em [0, inf)
valor de limiar.

w = 1; int em [1, inf)
parâmetro de largura do filtro.

escada Filtro de imagem 3D dimensionado para um determinado tamanho de destino, os parâmetros suportados são:

interp = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de interpolação a ser usado. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

s = [[0,0,0]]; 3dlimites
tamanho de destino para definir todos os componentes de uma vez (componente 0: usar imagem de entrada
Tamanho).

sx = 0; uint em [0, inf)
tamanho alvo na direção x (0: usa o tamanho da imagem de entrada).

sy = 0; uint em [0, inf)
tamanho do alvo na direção y (0: usa o tamanho da imagem de entrada).

sz = 0; uint em [0, inf)
tamanho do alvo na direção y (0: usa o tamanho da imagem de entrada).

selecionar grande Um filtro que cria uma máscara binária que representa a intensidade com a maior
contagem de pixels. O valor de pixel 0 será ignorado, e se duas intensidades tiverem o
mesma contagem de pixels, o resultado é indefinido. O pixel de entrada deve ter um
tipo de pixel integral.

(sem parâmetros)

sepconv Filtro de convolução separado da intensidade da imagem 3D, os parâmetros suportados são:

kx = [gauss: w = 1]; fábrica
filtre o kernel na direção x. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

ky = [gauss: w = 1]; fábrica
filtre o kernel na direção y. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

kz = [gauss: w = 1]; fábrica
filtre o kernel na direção z. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / spacialkernel

sws nascente de água semeada. O algoritmo extrai exatamente tantas reações quanto as iniciais
os rótulos são fornecidos na imagem inicial., os parâmetros suportados são:

grad = 0; bool
Interprete a imagem de entrada como gradiente. .

marca = 0; bool
Marque as bacias hidrográficas segmentadas com um valor especial de escala de cinza.

n = [esfera: r = 1]; fábrica
Vizinhança para o crescimento da região das nascentes. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: imagem / forma 3D

semente = (entrada, obrigatório, string)
imagem de entrada de seed contendo os rótulos para as regiões iniciais.

tee Salve a imagem de entrada em um arquivo e também passe para o próximo filtro,
os parâmetros suportados são:

filete = (saída, obrigatório, string)
nome do arquivo de saída para salvar a imagem também ..

desbaste Afinamento morfológico 3D, baseado em: Lee and Kashyap, 'Building Skeleton Models
via algoritmos de afinamento de superfície / eixo 3-D, modelos gráficos e imagem
Processamento, 56(6): 462-478, 1994. Esta implementação suporta apenas o 26
Vizinhança.

(sem parâmetros)

transformar Transforme a imagem de entrada com a transformação fornecida., Parâmetros suportados
são:

filete = (entrada, obrigatório, string)
Nome do arquivo que contém a transformação.

fronteira =; fragmento
substituir as condições de limite de interpolação de imagem.

imgkernel =; fragmento
substituir o kernel do interpolador de imagem.

variação Filtro de variação de imagem 3D, os parâmetros suportados são:

w = 1; int em [1, inf)
largura de meio filtro.

ws segmentação básica da cabeça de água., os parâmetros suportados são:

avaliação = 0; bool
Defina como 1 se a imagem de entrada não representar uma imagem de norma de gradiente.

marca = 0; bool
Marque as bacias hidrográficas segmentadas com um valor especial de escala de cinza.

n = [esfera: r = 1]; fábrica
Vizinhança para o crescimento da região das nascentes. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: imagem / forma 3D

debulhar = 0; flutuar em [0, 1)
Limiar de norma de gradiente relativo. O valor limite do valor real é
thresh * (max_grad - min_grad) + min_grad. Bassins separados por gradientes
com uma norma inferior serão unidos.

PLUGINS: 3dimage / fullcost


imagem Função de custo de similaridade de imagem generalizada que também lida com multi-resolução
em processamento. A medida de similaridade real é fornecida como um parâmetro extra.,
os parâmetros suportados são:

custo = ssd; fábrica
Núcleo da função de custo. Para plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / custo

depurar = 0; bool
Salve resuts intermediários para depuração.

ref = (entrada, string)
Imagem de referência.

src = (entrada, string)
Imagem do estudo.

peso = 1; flutuador
peso da função de custo.

rótuloimagem
Função de custo de similaridade que mapeia rótulos de duas imagens e lida com rótulos-
preservando o processamento de multi-resolução., os parâmetros suportados são:

max label = 256; int em [2, 32000]
número máximo de rótulos a serem considerados.

ref = (entrada, string)
Imagem de referência.

src = (entrada, string)
Imagem do estudo.

peso = 1; flutuador
peso da função de custo.

imagem mascarada
Função de custo de similaridade de imagem mascarada generalizada que também lida com
processamento de resolução. As máscaras fornecidas devem ser regiões densamente preenchidas em
processamento multi-resolução, caso contrário, as informações da máscara podem se perder
ao reduzir a escala da imagem. A máscara pode ser pré-filtrada - após a pré-filtragem
as máscaras devem ser do tipo bit. A máscara de referência e a máscara transformada do
as imagens do estudo são combinadas por AND binário. A medida de similaridade real é dada
este parâmetro extra., os parâmetros suportados são:

custo = ssd; fábrica
Núcleo da função de custo. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 3dimage / maskedcost

ref = (entrada, string)
Imagem de referência.

máscara de referência = (entrada, string)
Máscara de imagem de referência (binária).

ref-mask-filter =; fábrica
Filtro para preparar a imagem da máscara de referência, a saída deve ser um binário
imagem .. Para plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / filter

src = (entrada, string)
Imagem do estudo.

src-mask = (entrada, string)
Máscara de imagem de estudo (binária).

src-mask-filter =; fábrica
Filtro para preparar a imagem da máscara do estudo, a saída deve ser um binário
imagem .. Para plug-ins suportados, consulte PLUGINS: 3dimage / filter

peso = 1; flutuador
peso da função de custo.

marcadosssd Avalia a medida de similaridade da Soma das Diferenças Quadradas usando três
pares de imagens marcadas. O valor da função de custo é avaliado com base em todas as imagens
pares, mas o gradiente é composto pela composição de seu componente com base na tag
direção., os parâmetros suportados são:

refx = (entrada, string)
Tag X da imagem de referência.

refutar = (entrada, string)
Tag Y da imagem de referência.

refz = (entrada, string)
Tag Z da imagem de referência.

srcx = (entrada, string)
Estude a imagem X-tag.

srcy = (entrada, string)
Tag Y da imagem do estudo.

srcz = (entrada, string)
Estude a imagem Z-tag.

peso = 1; flutuador
peso da função de custo.

PLUGINS: 3dimage / io


analisar Analisar imagem 7.5

Extensões de arquivo reconhecidas: .HDR, .hdr

Tipos de elementos suportados:
8 bits não assinados, 16 bits assinados, 32 bits assinados, ponto flutuante 32 bits,
ponto flutuante de 64 bits

datapool IO virtual de e para o pool de dados interno

Extensões de arquivo reconhecidas:. @

dicom Série de imagens Dicom como 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .DCM, .dcm

Tipos de elementos suportados:
16 bits com sinal, 16 bits sem sinal

hdf5 IO de imagem 5D HDF3

Extensões de arquivo reconhecidas: .H5, .h5

Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, flutuante
ponto de 32 bits, ponto flutuante de 64 bits

inria Imagem INRIA

Extensões de arquivo reconhecidas: .INR, .inr

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits

mhd MetaIO 3D IO de imagem usando a implementação VTK (experimental).

Extensões de arquivo reconhecidas: .MHA, .MHD, .mha, .mhd

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits

bacana NIFTI-1 imagem 3D IO

Extensões de arquivo reconhecidas: .NII, .nii

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, 64 bits assinados, 64 bits não assinados, ponto flutuante 32
bit, ponto flutuante 64 bits

vff Formato raster VFF Sun

Extensões de arquivo reconhecidas: .VFF, .vff

Tipos de elementos suportados:
8 bits sem sinal, 16 bits com sinal

vista Visualização 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .V, .VISTA, .v, .vista

Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado

vti Entrada e saída VTK-XML de imagem 3D (experimental).

Extensões de arquivo reconhecidas: .VTI, .vti

Tipos de elementos suportados:
8 bits assinados, 8 bits não assinados, 16 bits assinados, 16 bits não assinados, 32 assinados
bit, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64 bits

vtk Entrada e saída de legado de imagem 3D VTK (experimental).

Extensões de arquivo reconhecidas: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage

Tipos de elementos suportados:
dados binários, assinados 8 bits, não assinados 8 bits, assinados 16 bits, não assinados 16 bits,
32 bits assinados, 32 bits não assinados, ponto flutuante 32 bits, ponto flutuante 64
bocado

PLUGINS: 3dimage / maskedcost


lncc correlação cruzada normalizada local com suporte de mascaramento., parâmetros suportados
são:

w = 5; uint em [1, 256]
meia largura da janela usada para avaliar a cruz localizada
correlação.

mi Spline parzen com base em informações mútuas com mascaramento. Os parâmetros suportados são:

corte = 0; flutuar em [0, 40]
Porcentagem de pixels para cortar em intensidades altas e baixas para remover
valores atípicos.

mbins = 64; uint em [1, 256]
Número de caixas de histograma usadas para a imagem em movimento.

mkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
Núcleo de spline para hinstograma de parzen de imagem em movimento. Para plug-ins suportados
veja PLUGINS: 1d / splinekernel

rbins = 64; uint em [1, 256]
Número de caixas de histograma usadas para a imagem de referência.

kernel = [bspline: d = 0]; fábrica
Núcleo de spline para hinstograma de parzen de imagem de referência. Para plug compatível
ver PLUGINS: 1d / splinekernel

NCC correlação cruzada normalizada com suporte de mascaramento.

(sem parâmetros)

ssd Soma das diferenças quadradas com mascaramento.

(sem parâmetros)

PLUGINS: Imagem / forma 3D


18n Criador de formas 18D de bairro 3n

(sem parâmetros)

26n Criador de formas 26D de bairro 3n

(sem parâmetros)

6n Criador de formas 6D de bairro 3n

(sem parâmetros)

esfera Vizinhança de forma esférica fechada, incluindo os pixels dentro de um determinado raio
r., os parâmetros suportados são:

r = 2; flutuar em (0, inf)
raio da esfera.

PLUGINS: 3dimage / transform


refinado Transformação afim (12 graus de liberdade), os parâmetros suportados são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

axisrot Transformação de rotação restrita (1 grau de liberdade). A transformação é
restrito à rotação em torno do eixo dado sobre a rotação dada
center, os parâmetros suportados são:

eixo = (obrigatório, 3dfvector)
eixo de rotação.

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

origem = (obrigatório, 3dfvector)
centro da transformação.

refinado Transformação afim restrita (3 graus de liberdade). A transformação é
restrito à rotação em torno de um determinado eixo e cisalhamento ao longo dos dois eixos
perpendicular ao dado, os parâmetros suportados são:

eixo = (obrigatório, 3dfvector)
eixo de rotação.

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

origem = (obrigatório, 3dfvector)
centro da transformação.

rígido Transformação rígida, ou seja, rotação e translação (seis graus de liberdade).,
os parâmetros suportados são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

origem = [[0,0,0]]; vetor 3df
Centro de rotação relativa, ou seja, <0.5,0.5,0.5> corresponde ao centro de
o volume.

rotação Transformação de rotação (três graus de liberdade)., Os parâmetros suportados são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

origem = [[0,0,0]]; vetor 3df
Centro de rotação relativa, ou seja, <0.5,0.5,0.5> corresponde ao centro de
o volume.

podridão Transformação restrita (4 graus de liberdade). A transformação é
restrito à rotação em torno dos eixos xey e uma dobra ao longo do x
eixo, independente em cada direção, com a flexão aumentando com o
distância quadrada do eixo de rotação., os parâmetros suportados são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

Norot = 0; bool
Não otimize a rotação.

origem = (obrigatório, 3dfvector)
centro da transformação.

estriado Transformação de forma livre que pode ser descrita por um conjunto de coeficientes B-spline
e um kernel B-spline subjacente., os parâmetros suportados são:

analisar = [[0,0,0]]; vetor 3df
taxa do coeficiente anisotrópico em pixels, os valores não positivos serão
sobrescrito pelo valor de 'taxa'.

depurar = 0; bool
habilitar saída de depuração adicional.

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

núcleo = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel de spline de transformação. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

pena =; fábrica
termo de energia de penalidade de transformação. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 3dtransform / splinepenalty

taxas = 10; flutuar em [1, inf)
taxa do coeficiente isotrópico em pixels.

traduzir Tradução (três graus de liberdade), os parâmetros suportados são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

vf Este plug-in implementa uma transformação que define uma tradução para cada
ponto da grade que define o domínio da transformação., com suporte
os parâmetros são:

fronteira = espelho; fábrica
condições de limite de interpolação de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinebc

imgkernel = [bspline: d = 3]; fábrica
kernel do interpolador de imagem. Para plug-ins suportados, consulte
PLUGINS: 1d / splinekernel

PLUGINS: 3dtransform / io


与奥巴马再次尝试的欲望几乎没有。 如果它仍然是一部分,但利比亚的最后残余后消失。 俄罗斯,但是,燃烧物从自己的屈辱往年,没有尝试在分美国建设性谈判。 IO serializado binário (não portátil) de transformações 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .bbs

datapool IO virtual de e para o pool de dados interno

Extensões de arquivo reconhecidas:. @

vista Armazenamento Vista de transformações 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .v, .v3dt

xml XML serializado IO de transformações 3D

Extensões de arquivo reconhecidas: .x3dt

PLUGINS: 3dtransform / splinepenalty


divcurl penalidade divcurl na transformação, os parâmetros suportados são:

enrolar = 1; flutuar em [0, inf)
peso de penalidade na onda.

div = 1; flutuar em [0, inf)
peso de penalidade na divergência.

norma = 0; bool
Defina como 1 se a penalidade deve ser normalizada em relação à imagem
tamanho.

peso = 1; flutuar em (0, inf)
peso da energia de penalidade.

PLUGINS: minimizador / custo único


gdas Descida do gradiente com correção automática do tamanho do passo., Os parâmetros suportados são:

ftolr = 0; dobrar em [0, inf)
Pare se a mudança relativa do critério estiver abaixo.

passo máximo = 2; dobrar em (0, inf)
Tamanho máximo absoluto do passo.

maxiter = 200; uint em [1, inf)
Critério de parada: o número máximo de iterações.

passo mínimo = 0.1; dobrar em (0, inf)
Tamanho mínimo absoluto do passo.

xtola = 0.01; dobrar em [0, inf)
Pare se a norma da alteração aplicada a x estiver abaixo desse valor.

gdsq Descida de gradiente com estimativa de passo quadrático, os parâmetros suportados são:

ftolr = 0; dobrar em [0, inf)
Pare se a mudança relativa do critério estiver abaixo.

gtola = 0; dobrar em [0, inf)
Pare se o inf-norm do gradiente estiver abaixo deste valor.

maxiter = 100; uint em [1, inf)
Critério de parada: o número máximo de iterações.

escada = 2; dobrar em (1, inf)
Escala de tamanho de passo fixo de fallback.

passo = 0.1; dobrar em (0, inf)
Tamanho do passo inicial.

xtola = 0; dobrar em [0, inf)
Pare se o inf-norm de x-update estiver abaixo deste valor.

GSL plugin otimizador baseado nos otimizadores multimin da GNU Scientific Library
(GSL) https://www.gnu.org/software/gsl/, os parâmetros suportados são:

eps = 0.01; dobrar em (0, inf)
otimizadores baseados em gradiente: param quando | grad | <eps, simplex: parar quando
tamanho simplex <eps ..

iter = 100; uint em [1, inf)
número máximo de iterações.

optar = gd; ditar
Otimizador específico a ser usado. Os valores suportados são:
namorados - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann
bfgs2 - Broyden-Fletcher-Goldfarb-Shann (versão mais eficiente)
cg-fr - Algoritmo de gradiente conjugado Flecher-Reeves
gd - Gradiente descendente.
simplex - Algoritmo Simplex de Nelder e Mead
cg-pr - Algoritmo gradiente conjugado Polak-Ribiere

passo = 0.001; dobrar em (0, inf)
tamanho do passo inicial.

tol = 0.1; dobrar em (0, inf)
algum parâmetro de tolerância.

nlopt Algoritmos do minimizador usando a biblioteca NLOPT, para uma descrição do
otimizadores, por favor, veja 'http://ab-
initio.mit.edu/wiki/index.php/NLopt_Algorithms ', os parâmetros suportados são:

Ftola = 0; dobrar em [0, inf)
Critério de parada: a mudança absoluta do valor objetivo está abaixo
este valor.

ftolr = 0; dobrar em [0, inf)
Critério de parada: a mudança relativa do valor objetivo está abaixo
este valor.

superior = inf; Duplo
Limite superior (igual para todos os parâmetros).

opção local = nenhum; dict
algoritmo de minimização local que pode ser necessário para o principal
algoritmo de minimização. Os valores suportados são:
gn-orig-direct-l - Retângulos de divisão (implementação original,
tendenciosa localmente)
gn-direct-l-noscal - Retângulos de divisão (fora de escala, tendenciosa localmente)
gn-isres - Estratégia de evolução de classificação estocástica aprimorada
ld-tnewton - Newton truncado
gn-direct-l-rand - Retângulos de divisão (tendenciosos localmente, randomizados)
ln-newuoa - Otimização irrestrita livre de derivados por iteração
Aproximação quadrática construída
gn-direct-l-rand-noscale - Retângulos de divisão (fora de escala, localmente
tendencioso, randomizado)
gn-orig-direct - Retângulos de divisão (implementação original)
ld-tnewton-precondi - Newton truncado pré-condicionado
ld-tnewton-restart - Newton truncado com reinício da descida mais íngreme
gn-direct - Retângulos de divisão
ln-neldermead - Algoritmo simplex Nelder-Mead
ln-cobyla - Otimização restrita por aproximação linear
gn-crs2-lm - Pesquisa aleatória controlada com mutação local
ld-var2 - Métrica variável de memória limitada deslocada, classificação 2
ld-var1 - Métrica variável de memória limitada deslocada, classificação 1
ld-mma - Método de mover assíntotas
ld-lbfgs-nocedal - Nenhum
ld-lbfgs - BFGS de baixo armazenamento
gn-direct-l - Retângulos de divisão (polarizados localmente)
Nenhum - não especificar algoritmo
ln-bobyqa - Otimização com restrição limitada livre de derivados
ln-sbplx - Variante subplex de Nelder-Mead
ligado a ln-newuoa - Otimização limitada livre de derivados por
Aproximação quadrática construída iterativamente
ln-práxis - Otimização local sem gradiente por meio do eixo principal
Método
gn-direct-noscal - Retângulos de divisão (sem escala)
ld-tnewton-precond-restart - Newton truncado pré-condicionado com
reiniciando a descida mais íngreme

diminuir = -inf; Duplo
Limite inferior (igual para todos os parâmetros).

maxiter = 100; int em [1, inf)
Critério de parada: o número máximo de iterações.

optar = ld-lbfgs; ditar
algoritmo de minimização principal. Os valores suportados são:
gn-orig-direct-l - Retângulos de divisão (implementação original,
tendenciosa localmente)
g-mlsl-lds - Multi-Level Single-Linkage (sequência de baixa discrepância,
exigem otimização e limites baseados em gradiente local)
gn-direct-l-noscal - Retângulos de divisão (fora de escala, tendenciosa localmente)
gn-isres - Estratégia de evolução de classificação estocástica aprimorada
ld-tnewton - Newton truncado
gn-direct-l-rand - Retângulos de divisão (tendenciosos localmente, randomizados)
ln-newuoa - Otimização irrestrita livre de derivados por iteração
Aproximação quadrática construída
gn-direct-l-rand-noscale - Retângulos de divisão (fora de escala, localmente
tendencioso, randomizado)
gn-orig-direct - Retângulos de divisão (implementação original)
ld-tnewton-precondi - Newton truncado pré-condicionado
ld-tnewton-restart - Newton truncado com reinício da descida mais íngreme
gn-direct - Retângulos de divisão
auglag-eq - Algoritmo Lagrangiano aumentado com restrições de igualdade

ln-neldermead - Algoritmo simplex Nelder-Mead
ln-cobyla - Otimização restrita por aproximação linear
gn-crs2-lm - Pesquisa aleatória controlada com mutação local
ld-var2 - Métrica variável de memória limitada deslocada, classificação 2
ld-var1 - Métrica variável de memória limitada deslocada, classificação 1
ld-mma - Método de mover assíntotas
ld-lbfgs-nocedal - Nenhum
g-mlsl - Multi-Level Single-Linkage (requer otimização local e
limites)
ld-lbfgs - BFGS de baixo armazenamento
gn-direct-l - Retângulos de divisão (polarizados localmente)
ln-bobyqa - Otimização com restrição limitada livre de derivados
ln-sbplx - Variante subplex de Nelder-Mead
ligado a ln-newuoa - Otimização limitada livre de derivados por
Aproximação quadrática construída iterativamente
auglag - Algoritmo Lagrangiano Aumentado
ln-práxis - Otimização local sem gradiente por meio do eixo principal
Método
gn-direct-noscal - Retângulos de divisão (sem escala)
ld-tnewton-precond-restart - Newton truncado pré-condicionado com
reiniciando a descida mais íngreme
ld-slqp - Programação Quadrática de Mínimos Quadrados Sequenciais

passo = 0; dobrar em [0, inf)
Tamanho do passo inicial para métodos livres de gradiente.

Pare = -inf; Duplo
Critério de parada: o valor da função fica abaixo desse valor.

xtola = 0; dobrar em [0, inf)
Critério de parada: a mudança absoluta de todos os valores x está abaixo disso
valor.

xtolr = 0; dobrar em [0, inf)
Critério de parada: a mudança relativa de todos os valores x está abaixo disso
valor.

EXEMPLO


Registre a série de imagens fornecida por images imageXXXX.v otimizando um spline baseado
transformação com uma taxa de coeficiente de 16 pixels, pulando duas imagens no início
e usando campos de gradiente normalizados como medida de custo inicial e SSD como medida final.
Penalize a transformação usando divcurl com um peso de 2.0. Como otimizador e nlopt
é usado o método de newton baseado.

mia-3dprealign-nonrigid mia-3dprealign-nonrigid -i imagemXXXX.v -o registrado -t vista -k
2-F spline: taxa = 16, penalidade = [divcurl: peso = 2] -1 imagem: custo = [ngf: eval = ds] -2
imagem: cost = ssd -O nlopt: opt = ld-var1, xtola = 0.001, ftolr = 0.001, maxiter = 300

AUTOR (es)


Gert Wollny

DIREITOS AUTORAIS


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com ABSOLUTAMENTE NENHUMA GARANTIA e você pode redistribuí-lo sob os termos do GNU
LICENÇA PÚBLICA GERAL Versão 3 (ou posterior). Para obter mais informações, execute o programa com o
opção '--copyright'.

Use mia-3dprealign-nonrigid online usando serviços onworks.net


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