Este é o comando micro_razers que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
micro_razers
SINOPSE
micro_razers [OPÇÕES]
DESCRIÇÃO
MicroRazerS usa uma estratégia de mapeamento baseada em prefixo para mapear pequenas leituras de RNA, possivelmente
contendo a sequência do adaptador 3 '.
(c) Copyright 2009 de Anne-Katrin Emde.
-h, --Socorro
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--versão
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Opções Principais ::
-o, --resultado ARQUIVO
Altere o nome do arquivo de saída. Predefinição: .resultado.
-rr, - taxa de reconhecimento NUM
definir a porcentagem da taxa de reconhecimento no intervalo [80..100]. Padrão: 100.
-sL, - comprimento da semente NUM
comprimento da semente No intervalo [10..inf]. Padrão: 16.
-sE, --seed-error
permitir um erro na semente
-f, --frente
o mapa lê apenas para as vertentes à frente.
-r, --marcha ré
mapa lê apenas para inverter as vertentes.
-mN, --match-N
'N' corresponde a todos os outros personagens
-m, --max-hits NUM
produza apenas NUM dos melhores acertos no intervalo [1..inf]. Padrão: 100.
-pa, --purge-ambíguo
limpar leituras com mais do que as melhores correspondências de max-hits
-lm, --Memória baixa
diminuir o uso de memória em detrimento do tempo de execução
-v, --verbose
modo verboso
-vv, --vverbose
modo muito detalhado
Opções de formato de saída:
-do, --Formato de saída NUM
Defina o formato de saída. 0 = formato MicroRazerS, 1 = SAM. No intervalo [0..1].
-a, --alinhamento
descartar o alinhamento para cada partida
-gn, - nomeação de genoma NUM
Selecione como os genomas são nomeados. 0 = usar Fasta id, 1 = enumerar começando com 1. Em
intervalo [0..1]. Padrão: 0.
-rn, --read-nomeação NUM
Selecione como as leituras são nomeadas. 0 = usar Fasta id, 1 = enumerar começando com 1. Em
intervalo [0..1]. Padrão: 0.
-tão, --ordem de classificação NUM
Selecione como as correspondências são classificadas. 0 = número lido, 1 = posição do genoma. Dentro do alcance
[0..1]. Padrão: 0.
-pf, --posição-formato NUM
Selecione a numeração da posição inicial / final (consulte a seção Coordenadas abaixo). 0 = espaço de lacuna,
1 = espaço de posição. No intervalo [0..1]. Padrão: 0.
VERSÃO
micro_razers versão: 1.0.1 Última atualização em julho de 2009
Use micro_razers online usando serviços onworks.net
