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mincaverage - Online na nuvem

Execute mincaverage no provedor de hospedagem gratuita OnWorks no Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

Este é o comando mincaverage que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

PROGRAMA:

NOME


mincaverage - arquivos minc médios

SINOPSE


mincaverage [ ] .mnc [ .mnc ...] .mnc

DESCRIÇÃO


Mincaverage calcula a média de arquivos minc juntos. Uma gama de comportamentos opcionais é permitida como
bem: volumes de pré-normalização, criando um volume de desvio padrão, com média sobre um
dimensão especificada dos arquivos de entrada.

OPÇÕES


Observe que as opções podem ser especificadas de forma abreviada (desde que sejam exclusivas) e
pode ser fornecido em qualquer lugar na linha de comando.

Geral opções


-2 Crie um arquivo de saída no formato MINC 2.0.

-espancar
Substitua um arquivo existente.

-noclobber
Não substitua um arquivo existente (padrão).

-verboso
Imprima informações de progresso para cada bloco de dados copiado (padrão).

-quieto Não imprima informações de progresso.

-depurar Imprima informações extras (por exemplo, fatores de normalização).

-lista de arquivos nome do arquivo
Especifique um arquivo contendo uma lista de nomes de arquivos de entrada. Se "-" for fornecido, então o arquivo
nomes são lidos de stdin. Se esta opção for fornecida, então não deve haver entrada
nomes de arquivos especificados na linha de comando. Linhas vazias no arquivo de entrada são
ignorado.

-max_buffer_size_in_kb tamanho do buffer
Especifique o tamanho máximo dos buffers internos (em kbytes). O padrão é 4096
kbytes.

saída tipo opções


Essas opções controlam a precisão de armazenamento e o tamanho dos valores de voxel individuais no
arquivo de saída.

-tipo de arquivo
Não faça nenhuma conversão de tipo (padrão).

-byte Escreva valores inteiros de 8 bits.

-baixo Escreva valores inteiros de 16 bits.

-int Escreva valores inteiros de 32 bits.

-longo Substituído por -int.

-flutuador Escreva valores de ponto flutuante de precisão simples.

-Duplo
Escreva valores de ponto flutuante de precisão dupla.

-assinado Escreva os valores como inteiros com sinal (padrão para curto e longo). Ignorado por
tipos de ponto flutuante.

- sem assinatura
Escreva os valores como inteiros sem sinal (padrão para byte). Ignorado por flutuar
tipos de pontos.

-alcance minutos max
especifica o intervalo válido de valores de voxel de saída em sua representação inteira.
O padrão é o intervalo completo para o tipo e sinal. Esta opção é ignorada por
valores de ponto flutuante. Para que tenha algum efeito, você deve especificar um tipo.

Média opções


-normalizar
Normalize os volumes para sua média global antes de calculá-los (com base na média
de voxels com valor superior a 2 por cento da faixa completa acima do mínimo).

- não normalizar
Não normaliza os volumes (padrão).

-sdfile sdfile.mnc
Especifique o nome de um arquivo de desvio padrão de saída, a ser calculado adicionalmente
a média normalmente calculada.

-weightfile arquivo de peso.mnc
Especifique um arquivo de peso voxel cumulativo de saída (padrão = nenhum).

-copy_header
Copie todas as informações adicionais do cabeçalho do primeiro arquivo de entrada (padrão
para um arquivo de entrada).

-nocopy_header
Não copie informações adicionais do cabeçalho (padrão para muitos arquivos de entrada).

-avgdim dimname
Especifique o nome de uma dimensão sobre a qual devemos calcular a média (ou calcular
desvio padrão). Se a normalização for feita, ela ainda se aplica apenas a separar
somente arquivos - nenhuma normalização é feita em um arquivo.

-binarizar
Binarize os volumes de entrada antes de calcular a média. A binarização está feita
especificando um intervalo de valores que contribuem com 1 para a média. Normalização de
a entrada não é permitida ao executar a binarização.

-binrange minutos max
Especifique o intervalo de valores para binarização.

-binvalue valor
Especifique um único valor legal (inteiro) para binarização. O intervalo é definido como +/-
0.5 em torno desse valor para obter um arredondamento efetivo dos valores de entrada.

-ignore_abaixo valor
Não inclua voxels abaixo deste valor na média e sd

-ignore_acima valor
Não inclua voxels acima deste valor na média e sd

-chão valor
Sinônimo de -ignore_abaixo

-ignore_acima valor
Sinônimo de -ignore_acima

-pesos
Especifique uma série de pesos para calcular a média. O número de valores de ponderação deve
corresponder ao número de arquivos de entrada e os valores devem ser fornecidos como um único
argumento com vírgulas ou espaços como separadores. A soma dos pesos não deve ser
zero. Se os pesos são usados ​​com uma dimensão média, então apenas um arquivo de entrada pode
ser especificado.

-width_weighted
Esta opção só pode ser usada ao calcular a média em uma dimensão (-avgdim opção). Isto
especifica que a ponderação deve ser feita usando a variável de largura que corresponde
para a dimensão média. Por exemplo, usando -width_weighted com -avgdim tempo
usará a variável de largura de tempo para ponderar os valores.

-min_weight valor
Isso especifica o peso mínimo (número de volumes se nenhum peso for especificado)
necessário para calcular uma média válida. Se o peso cumulativo para um voxel for
abaixo desse limite, a média e o DP relatado será 0. Isso normalmente
ser útil se os valores forem excluídos usando qualquer um dos -ignorar opções ou por valores NaN
no (s) volume (s) de entrada.

-min_weight_fraction valor
Igual a -min_weight, mas especificado como uma fração da soma dos pesos de entrada
(ou o número de volumes de entrada, se nenhum peso for especificado).

Generic opções por todos os comandos:


-Socorro Imprime o resumo das opções da linha de comando e sai.

-versão
Imprima o número da versão do programa e saia.

Use mincaverage online usando serviços onworks.net


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