Este é o comando minclookup que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
minclookup - executa conversões de tabela de pesquisa em arquivos minc
SINOPSE
Minclookup [ ] .mnc .mnc
DESCRIÇÃO
Minclookup executará uma operação de tabela de pesquisa em cada voxel de um arquivo minc. Uma pesquisa
A tabela consiste em uma lista de valores de entrada com valores de saída correspondentes. Cada voxel do
o arquivo de entrada é encontrado na tabela de pesquisa e o valor de saída correspondente é escrito.
Esses valores de saída podem ser valores escalares ou vetoriais, por exemplo, uma pesquisa de cores
tabela teria quatro colunas: uma coluna para os valores de entrada e uma coluna para cada vermelho,
valores de saída verde e azul.
As tabelas de pesquisa podem ter uma de duas formas: contínuo or discreto.
Uma tabela de pesquisa contínua serve para tratar os valores de voxel como valores contínuos (reais) e
converter valores fazendo interpolação entre os valores fornecidos na tabela de pesquisa. UMA
a tabela de pesquisa discreta trata os valores de entrada como inteiros e os trata de forma completa
entradas independentes, sem interpolação.
O uso mais comum de tabelas de pesquisa contínua é para converter valores de intensidade em
Cores RGB. Para tornar as tabelas de pesquisa mais simples, os valores de entrada são todos redimensionados no
intervalo de zero a um. Por padrão, o menor valor no arquivo mapeia para zero e o maior
mapeia para um. Este valor é então encontrado na tabela de pesquisa, geralmente entre duas entradas em
a tabela (a tabela é sempre classificada em ordem crescente de valores de entrada). Linear
a interpolação é então feita em cada coluna de saída e o valor (ou valores) resultante é
escrito no arquivo de saída. Se houver mais de um valor de saída por valor de entrada, então
a dimensão vector_dimension é adicionada ao arquivo de saída com comprimento igual ao número
de colunas de saída na tabela de pesquisa. Para valores de entrada fora da faixa de zero a um, o
o valor da tabela mais próximo é usado.
As tabelas de pesquisa discreta geralmente são usadas para remapear os valores dos rótulos. Cada valor de entrada é
tratado como um número inteiro (não é redimensionado) e se for encontrado na tabela de pesquisa, então
o valor (ou valores) correspondente é gravado no arquivo de saída. Se não for encontrado,
então, um valor nulo é escrito (zero por padrão). Nenhuma interpolação é feita com discreto
tabelas de pesquisa - para obter um valor de saída não nulo, deve haver uma entrada na tabela.
OPÇÕES
Observe que as opções podem ser especificadas de forma abreviada (desde que sejam exclusivas) e
pode ser fornecido em qualquer lugar na linha de comando.
Geral opções
-2 Crie um arquivo de saída no formato MINC 2.0.
-espancar
Substitua um arquivo existente.
-noclobber
Não substitua um arquivo existente (padrão).
-no_clobber
Sinônimo de -noclobber.
-verboso
Imprima informações de progresso para cada bloco de dados copiado (padrão).
-quieto Não imprima informações de progresso.
-tamanho do buffer tamanho
Especifique o tamanho máximo dos buffers internos (em kbytes). O padrão é 10 MB.
-tipo de arquivo
Crie um arquivo de saída com o mesmo tipo do primeiro arquivo de entrada (padrão).
-byte Armazene cada voxel como um número inteiro de 8 bits.
-baixo Armazene cada voxel como um número inteiro de 16 bits.
-int Armazene cada voxel como um número inteiro de 32 bits.
-longo Substituída por -int.
-flutuador Armazene cada voxel no formato de ponto flutuante de 32 bits.
-Duplo
Armazene cada voxel no formato de ponto flutuante de 64 bits.
-assinado
Crie um arquivo de saída com dados armazenados em um tipo assinado. Esta opção não faz sentido
quando usado com formatos de dados de ponto flutuante, que são sempre assinados.
- sem assinatura
Crie um arquivo de saída com dados armazenados em um tipo não assinado. Esta opção é
sem sentido quando usado com formatos de dados de ponto flutuante.
-intervalo_válido minutos max
Escale valores inteiros de voxel para ficar entre os valores minutos e max. Por padrão
valores inteiros de voxel serão escalados para usar todo o intervalo do tipo base. Esse
opção não faz sentido quando usada com formatos de dados de ponto flutuante.
Lookup mesa opções
-cinzento Use uma tabela de pesquisa cinza para escrever os valores RGB (padrão).
-cinzento Sinônimo de -cinzento.
-metal quente
Use uma tabela de pesquisa de metal quente para escrever os valores RGB.
-espectral
Use uma tabela de pesquisa espectral (arco-íris) para escrever os valores RGB.
-invertido
Inverta a tabela de pesquisa para que o valor máximo seja zero e o mínimo
o valor mapeia para um. Aplica-se apenas a tabelas de pesquisa contínua.
-noinvert
Não inverta a tabela de pesquisa - os mapas mínimos para zero e os mapas máximos para
um (padrão).
-alcance minutos max
Especifique o intervalo de valores que deve ser mapeado para o intervalo da tabela de pesquisa
(o padrão é a gama completa do arquivo de entrada).
-mínimo minutos
Especifique o valor de entrada que mapeia para o valor mínimo na tabela de pesquisa.
-máximo max
Especifique o valor de entrada que mapeia para o valor máximo na tabela de pesquisa.
-tabela de pesquisa [lima | -]
Especifique o nome de um arquivo que contém a tabela de pesquisa. Se - é dado, a pesquisa
a tabela é lida a partir da entrada padrão. O arquivo deve ter pelo menos duas colunas:
a primeira coluna fornece os valores de entrada; as outras colunas fornecem o correspondente
valores de saída. Para uma tabela de pesquisa contínua, a primeira coluna deve conter um
valor entre zero e um, inclusive Entradas explícitas para zero e um devem
geralmente ser dado. Para uma tabela de pesquisa discreta, a primeira coluna deve conter
valores inteiros. Se mais de uma coluna de saída for fornecida, o arquivo de saída irá
tem a dimensão dimensão_vetorial com um comprimento igual ao número de saída
colunas. As linhas da tabela serão classificadas se necessário para que o primeiro
coluna está em ordem crescente.
-lut_string string de tabela de pesquisa
Especifique a tabela de pesquisa completa como uma única string. O caractere ponto-e-vírgula ";"
é usado para separar linhas.
-contínuo
A tabela de pesquisa é contínua (consulte a descrição acima): os valores de entrada são tratados como
valores contínuos (reais) e são redimensionados para a faixa de zero a um antes de serem
olhou para cima; a interpolação é feita entre os valores da tabela. Este é o padrão
comportamento.
-discreto
A tabela de pesquisa é discreta (consulte a descrição acima): os valores de entrada são tratados como
inteiros e nenhuma interpolação é feita entre os valores de entrada.
-valor_nulo string de valor nulo
Especifique um valor nulo a ser usado com tabelas de pesquisa discretas quando um valor não é
encontrado na tabela de pesquisa. Este valor deve ser especificado como uma lista separada por vírgulas
de valores, com o mesmo número de valores que as colunas de saída na tabela de pesquisa.
Generic opções para todos os comandos:
-Socorro Imprime o resumo das opções da linha de comando e sai.
-versão
Imprima o número da versão do programa e saia.
EXEMPLOS
Para obter imagens RGB de metal quente de um arquivo de ressonância magnética:
minclookup -hotmetal entrada.mnc saída.mnc
Para converter os rótulos em um arquivo de rótulo minc, use -discrete:
minclookup -discrete -lookup_table arquivo de pesquisa \
in_labels.mnc out_labels.mnc
onde lookupfile é um arquivo que contém entradas para mapear o rótulo 2 a 4 e o rótulo 3 a 5:
2 4
3 5
Você também pode especificar esta tabela de pesquisa na linha de comando:
minclookup -discrete -lut_string '2 4; 3 5' \
in_labels.mnc out_labels.mnc
Para obter um arquivo RGB cinza, com vermelho para valores menores que o mínimo e verde para valores
maior que o mínimo, você pode dar duas entradas zero e duas entradas um. O primeiro
zero é usado para valores negativos, o segundo zero é usado para interpolação para o próximo
entrada. Não há ambigüidade sobre como lidar com um valor de exatamente zero porque o primeiro
e os últimos valores da tabela são tratados de uma maneira especial para garantir que sejam
tratado como dentro do intervalo se esse tipo de situação de duas entradas ocorrer.
minclookup -lookup_table - input.mnc output.mnc <
0 1 0 0
0 0 0 0
1 1 1 1
1 0 1 0
EOF
Para inverter uma imagem escalar, você pode usar minclookup:
minclookup -lut_string '0 1; 1 0' in.mnc out.mnc
Use minclookup online usando serviços onworks.net
