mincreshape - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

mincreshape - corta um hiperlab de um arquivo minc (com reordenamento de dimensão)

SINOPSE

forma minúscula [ ] .mnc .mnc

DESCRIÇÃO

Mincreshape's trabalho principal é cortar um hiperlab de um arquivo minc e colocá-lo em um novo
arquivo minc. "O que é um hiperslab?", Você pergunta. É simplesmente uma caixa multidimensional especificada
com um índice inicial (um vetor fornecendo uma coordenada de voxel) e um vetor de contagem (um número de
voxels ao longo de cada eixo). Uma única fatia de um volume é um hiper-laboratório (com uma contagem de 1
na direção do corte), um pequeno bloco retirado de um grande volume é um hiperslab, um
o volume de eco único de um conjunto de dados de ressonância magnética multi-eco é um hiperlabo, um ponto de tempo fora de um
a aquisição dinâmica é um hiperlab - essa é a ideia. Confira o -Começar, -contagem e
-dimrange opções para obter mais detalhes sobre como fazer isso (e veja os exemplos!). Se você
estão puxando apenas um ponto ao longo de uma dimensão, você tem a opção de fazer o
dimensão desaparecer, então forma minúscula dá a você a capacidade de reduzir a dimensionalidade de
um arquivo minc. Além disso, você não está obrigado a especificar um hiperlab que está apenas dentro
o arquivo de entrada, você pode estender além dos limites das dimensões no arquivo de entrada, e
além disso, você pode fornecer uma contagem que inverterá os dados ao longo de uma dimensão.

Como se tudo isso não bastasse, forma minúscula tem a capacidade de reordenar dimensões. A maioria
O caso óbvio é converter uma imagem transversal em uma imagem coronal. Mas você pode digitar um
lista de nomes de dimensão para obter uma ordem arbitrária de dimensões.

Você quer mais!?! Está bem, está bem. Mincreshape faz todas as operações ICV da biblioteca minc
disponível na linha de comando. Para quem gosta de coisas definidas, um ICV é uma imagem
variável de conversão (não me pergunte por que a chamei assim) que basicamente permite que você diga
dados como vai se parecer. Em outras palavras, ele faz um monte de conversões para você.
Essas conversões incluem a alteração do tipo, intervalo e normalização dos valores de voxel,
expandir ou contrair imagens (por duplicação de voxel ou média) para dar um determinado
tamanho da imagem e conversão de imagens vetoriais em escalares.

Só para não ficar confuso, deixe-me dizer-lhe claramente aqui: forma minúscula faz todo o
Conversões ICV primeiro e, em seguida, o hiperlab e as coisas de reordenamento de dimensão são aplicadas a
o resultado disso. Então, se você quiser misturá-los (como -imgsize, -Começar, -contagem),
deixe claro em sua cabeça primeiro.

Ok, segure-se: aqui está uma lista de opções.

OPÇÕES

Observe que as opções podem ser especificadas de forma abreviada (desde que sejam exclusivas) e
pode ser fornecido em qualquer lugar na linha de comando.

Geral opções

-2 Crie arquivos de saída no formato MINC 2.0.

-espancar
Substitua um arquivo existente.

-noclobber
Não substitua um arquivo existente (padrão).

-verboso
Imprima informações de progresso para cada bloco de dados copiado (padrão). Um pedaço
varia em tamanho dependendo principalmente se você está reordenando dimensões ou não e
quão grande o buffer interno pode ter.

-quieto Não imprima informações de progresso.

-max_chunk_size_in_kb tamanho
Especifique o tamanho máximo do buffer de cópia (em kbytes). O padrão é 4096 kbytes
(4 meg).

Imagem conversão opções (pixel tipo e faixa):

O padrão para tipo, sinal e intervalo válido é usar aqueles do arquivo de entrada. Se o tipo for
especificado, o sinal e o intervalo válido são definidos como o padrão para esse tipo. Se o sinal é
especificado, o intervalo válido é definido como o padrão para o tipo e sinal.

-tipo de arquivo
Não faça nenhuma conversão de tipo (padrão).

-byte Armazene voxels de saída em formato inteiro de 8 bits.

-baixo Armazene voxels de saída em formato inteiro de 16 bits.

-int Armazene voxels de saída em formato inteiro de 32 bits.

-longo Substituída por -int.

-flutuador Armazene voxels de saída em formato de ponto flutuante de 32 bits.

-Duplo
Armazene voxels de saída em formato de ponto flutuante de 64 bits.

-assinado
Escreva os valores como inteiros com sinal (padrão para curto e longo). Ignorado por
tipos de ponto flutuante.

- sem assinatura
Escreva os valores como inteiros sem sinal (padrão para byte). Ignorado por flutuar
tipos de pontos.

-intervalo_válido minutos max
especifica o intervalo válido de valores de voxel de saída em sua representação inteira.
O padrão é o intervalo completo para o tipo e sinal. Esta opção é ignorada por
valores de ponto flutuante.

-intervalo_imagem minutos max
Normalize imagens para um determinado valor real mínimo e máximo (não o valor de voxel).

-normalizar
Normalize imagens para mínimo e máximo reais para todo o arquivo de entrada.

- não normalizar
Não normaliza imagens (padrão).

-nopixfill
Não converta valores fora do intervalo no arquivo de entrada, apenas copie-os.

-pixfill
Substitua os valores fora do intervalo no arquivo de entrada pelo menor valor possível (padrão).

-pixfillvalor valor
Especifique um novo valor de pixel para substituir os valores fora do intervalo no arquivo de entrada.

Imagem conversão opções (dimensão direção e Tamanho):

-escalar
Converta imagens vetoriais em imagens escalares (uma imagem vetorial é aquela com dimensão_vetorial
como a dimensão de variação mais rápida). A dimensão do vetor é removida e os valores são
média.

-noscalar
Não converta imagens vetoriais em imagens escalares (padrão).

+ direção
Inverta as imagens para dar um valor de passo positivo para eixos espaciais. Observe que a inversão
de eixos espaciais só se aplica a "dimensões da imagem". Estes são os dois mais rápidos
dimensões variáveis ​​(não vetoriais) no arquivo. Se você quiser virar uma não-imagem
dimensão, você pode convertê-la em uma dimensão de imagem com -diminuir nome obscuro= -1 (O
-1 significa realmente não alterar o tamanho). Confira os exemplos.

-direção
Inverta as imagens para dar um valor de passo negativo para eixos espaciais.

-qualquer direção
Não vire imagens ao longo de eixos espaciais (padrão).

+ xdirecção
Vire as imagens para obter um valor xspace: step positivo (da esquerda para a direita).

-xdirecção
Vire as imagens para dar xspace negativo: valor do passo (da direita para a esquerda).

-xanydirection
Não vire imagens ao longo do eixo x.

+ ydirecção
Inverta as imagens para fornecer espaço y positivo: valor do passo (posterior para anterior).

-ydireção
Inverta as imagens para obter o espaço y negativo: valor do passo (anterior para posterior).

-yanydireção
Não vire imagens ao longo do eixo y.

+ zdirecção
Vire as imagens para dar espaço z positivo: valor do passo (inferior para superior).

-zdireção
Vire as imagens para obter zspace negativo: valor do passo (superior para inferior).

-zanydireção
Não vire imagens ao longo do eixo z.

- manter o olhar
Preserve a proporção de aspecto ao redimensionar as imagens. Isso significa que os voxels são replicados
(ou pela média) o mesmo número de vezes ao longo de cada dimensão da imagem.

-nokeepaspect
Não force a preservação da proporção ao redimensionar as imagens (padrão).

-imgsize tamanho
Especifique o tamanho de imagem desejado (usado se -tamanho da linha or -colsize não fornecido).

-tamanho da linha tamanho
Especifique o número desejado de linhas na imagem.

-colsize tamanho
Especifique o número desejado de colunas na imagem.

-diminuir dimensão=tamanho
Especifique o tamanho de uma dimensão nomeada (dimensão=tamanho) Observe que apenas o redimensionamento
aplica-se a "dimensões de imagem" - geralmente as duas de variação mais rápida (não vetorial)
dimensões. Para fazer o redimensionamento de dimensão, todas as dimensões de variação mais rápida até o
dimensão nomeada são transformadas em dimensões de imagem, e estas são então afetadas por
as opções de direção. O nome e o tamanho da dimensão devem estar em uma linha de comando
argumento, então se você usar espaços (o que está certo), lembre-se de usar aspas para ocultá-los
da casca.

Remodelando opções:

-transversal
Escreva fatias transversais.

-sagital
Escreva fatias sagitais.

-coronal
Escreva as fatias coronais.

-dimordem dim1,dim2,dim3, ...
Especifique a ordem das dimensões, onde escuro? são os nomes das dimensões. Você pode dar
menos dimensões do que as existentes no arquivo: são consideradas as mais rápidas de variação
dimensões no arquivo de saída (então -transversal é exatamente equivalente a -dimordem
zspace, yspace, xspace) Novamente, espaços são permitidos entre os nomes, mas lembre-se de
esconda-os da casca com aspas.

-dimrange escurecer=começo[,contar]
Especifique o intervalo de subscritos de dimensão para dimensão escurecer. Se contar está faltando ou
0, então significa 1, mas remova a dimensão do arquivo de saída (um
a contagem de 1 manterá uma dimensão de tamanho 1). Um negativo contar significa inverter os dados
ao longo dessa dimensão - neste caso começo especifica a coordenada de voxel mais alta
para a dimensão (-dimrange xspace = 3, -3 dá uma versão invertida de
-dimrange xspace = 1,3) As opções -Começar e -contagem fornecer uma maneira alternativa de
especifique as mesmas informações.

-Começar coordenada0,coordenada1,coordenada2, ...

Especifica o canto inicial do hiperlab (as coordenadas vão do mais lento variando
dimensão para mais rápido). Se menos coordenadas forem fornecidas do que as dimensões existentes no
arquivo, então presume-se que se apliquem às dimensões de variação mais lentas e ao
as coordenadas restantes são definidas como 0. Veja -dimrange para mais detalhes. Ambos -Começar e
-contagem dê vetores que correspondem às dimensões do arquivo de entrada após a imagem
opções de conversão (ICV) foram aplicadas.

-contagem size0,size1,size2, ...
Especifica os comprimentos das bordas do hiperlab para ler (as coordenadas vão do mais lento variando
dimensão para mais rápido). Se menos tamanhos forem fornecidos do que as dimensões existentes no arquivo,
então, presume-se que se apliquem às dimensões de variação mais lentas e ao restante
os tamanhos são definidos para o tamanho total da dimensão. Ver -dimrange para mais detalhes.
Ambos -Começar e -contagem dê vetores que correspondem às dimensões do arquivo de entrada após
as opções de conversão de imagem (ICV) foram aplicadas.

Desaparecido dados, opções:

-Sem preenchimento
Use o valor zero para pontos fora do volume de entrada (padrão).

-preencher Use um valor de preenchimento para pontos fora do volume de entrada (valor mínimo possível).

-preencher valor valor
Especifique um valor de preenchimento para pontos fora do volume de entrada (este é um valor real,
não é um valor de pixel).

Generic opções para todos os comandos:

-Socorro Imprime o resumo das opções da linha de comando e sai.

-versão
Imprima o número da versão do programa e saia.

EXEMPLOS:

Suponha que temos um volume com dimensões zspace, yspace, xspace (que é transversal)
e tamanhos 128, 256, 256. Se quisermos obter a fatia 40 dele (mantendo a coordenada
informações para a dimensão zspace), então podemos usar

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,1

Alternativamente, podemos usar

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40,0,0 -count 1,256,256

Ou simplesmente

mincreshape original.mnc new.mnc -start 40 -count 1

Se quiséssemos nos livrar da dimensão zspace, poderíamos usar

mincreshape original.mnc new.mnc -dimrange zspace = 40,0

Vamos pegar um bloco do meio e virá-lo ao longo do xspace:

mincreshape original.mnc novo.mnc \
-início 40,10,240 -contagem 1,200, -200

Mas por que se conter? Vamos sair dos limites:

mincreshape original.mnc novo.mnc \
-start 40, -100,340 -count 1,200, -200

Se você quiser um volume sagital, use este:

mincreshape original.mnc new.mnc -sagital

Que tal algumas cabeças laterais - vire x e y. E converta para byte para economizar espaço enquanto
estamos nisso:

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace, yspace -byte

Você gosta de armazenar volumes na ordem x, y, z (z variando mais rápido! Conheço algumas pessoas que
faça!)? OK.

mincreshape original.mnc new.mnc -dimorder xspace, yspace, zspace

Mas você é minimalista (e não se importa em arriscar). Aqui está a mesma coisa (mas
pode quebrar para outro arquivo):

mincreshape original.mnc novo.mnc -dimorder zspace

Vamos ter certeza de que todas as dimensões têm um atributo de etapa negativo (ver opção + direção
para alguns detalhes):

mincreshape original.mnc new.mnc -direction -dimsize zspace = -1

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