Este é o comando mirabait que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
mirabait - seleciona leituras de uma coleção de leitura
SINOPSE
mirabait [-f ] [-t [-t ...]] [-iklor] arquivo de isca
DESCRIÇÃO
mirabait seleciona leituras de uma coleção de leitura que são parcialmente semelhantes ou iguais a
sequências definidas como iscas alvo. A similaridade é definida encontrando um ajustável pelo usuário
número de k-mers comuns (sequências de k bases consecutivas) que são iguais na isca
sequências e as sequências selecionadas a serem selecionadas, tanto para frente quanto para trás
direção do complemento.
OPÇÕES
-f
carregue este tipo de arquivos de projeto, onde fromtype é:
sequências caf do CAF
sequências maf de MAF
sequências phd de um PHD
sequências gbf de um GBF
sequências fasta de um FASTA
sequências fastq de um FASTQ
-t
escreva as sequências para este tipo (várias menções de -t são autorizadas):
sequências fasta para FASTA
sequências fastq para FASTQ
sequências caf para CAF
sequências maf para MAF
nomes de sequência txt para arquivo de texto
-k k-mer, comprimento da isca em bases (<32, padrão = 31)
-n Min. número de iscas k-mer necessárias (padrão = 1)
-i Golpe inverso: grava apenas sequências que não acertam a isca
-r Sem verificação da direção reversa do complemento
-o Compensação de qualidade fastq (apenas para -f = 'fastq') Compensação de valores de qualidade em FASTQ
Arquivo. Padrão: 33 Um valor de 0 tenta reconhecer automaticamente.
-f
carregue este tipo de arquivos de projeto, onde fromtype é:
sequências caf do CAF
sequências maf de MAF
sequências phd de um PHD
sequências gbf de um GBF
sequências fasta de um FASTA
sequências fastq de um FASTQ
-t
escreva as sequências para este tipo (várias menções de -t são autorizadas):
sequências fasta para FASTA
sequências fastq para FASTQ
sequências caf para CAF
sequências maf para MAF
nomes de sequência txt para arquivo de texto
-k k-mer, comprimento da isca em bases (<32, padrão = 31)
-n Min. número de iscas k-mer necessárias (padrão = 1)
-i Golpe inverso: grava apenas sequências que não acertam a isca
-r Sem verificação da direção reversa do complemento
-o Compensação de qualidade fastq (apenas para -f = 'fastq') Compensação de valores de qualidade em FASTQ
Arquivo. Padrão: 33 Um valor de 0 tenta reconhecer automaticamente.
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