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PROGRAMA:

NOME

prof - preditor de estrutura secundária e acessibilidade ao solvente

SINOPSE

professor [ARQUIVO DE ENTRADA+] [OPÇÕES]

DESCRIÇÃO

A estrutura secundária é prevista por um sistema de classificação de redes neurais em um esperado
precisão média> 72% para os três estados hélice, vertente e loop (Rost & Sander, PNAS,
1993, 90, 7558-7562; Rost & Sander, JMB, 1993, 232, 584-599; e Rost & Sander,
Proteins, 1994, 19, 55-72; avaliação da precisão). Avaliado no mesmo conjunto de dados,
PROFsec é classificado com dez pontos percentuais mais alta precisão de três estados do que métodos que usam
apenas informações de sequência única e em mais de seis pontos percentuais acima de,
por exemplo, um método que usa informações de alinhamento com base em estatísticas (Levin, Pascarella, Argos &
Garnier, Prot. Engng., 6, 849-54, 1993). As previsões do PHDsec têm três características principais:

1. precisão aprimorada por meio de informações evolutivas de alinhamentos de sequência múltipla
2. melhorou a previsão da fita beta por meio de um procedimento de treinamento equilibrado
3. previsão mais precisa de segmentos de estrutura secundária usando um sistema de vários níveis

A acessibilidade do solvente é prevista por uma classificação do método de rede neural em uma correlação
coeficiente (correlação entre o solvente relativo experimentalmente observado e previsto
acessibilidade) de 0.54 com validação cruzada em um conjunto de 238 proteínas globulares (Rost & Sander,
Proteins, 1994, 20, 216-226; avaliação da precisão). A saída da rede neural
códigos para 10 estados de acessibilidade relativa. Expresso em unidades da diferença
entre predição por modelagem de homologia (melhor método) e predição aleatória (pior
método), o PROFacc é cerca de 26 pontos percentuais superior a uma rede neural comparável
usando três estados de saída (enterrado, intermediário, exposto) e não usando nenhuma informação de
alinhamentos múltiplos.

Hélices transmembrana em proteínas de membrana integral são previstas por um sistema de neurônios
redes. A deficiência do sistema de rede é que, muitas vezes, hélices muito longas são
previsto. Estes são cortados por um filtro empírico. A previsão final (Rost et al.,
Protein Science, 1995, 4, 521-533; avaliação de precisão) tem uma expectativa por resíduo
precisão de cerca de 95%. O número de falsos positivos, ou seja, hélices transmembrana
previsto em proteínas globulares, é cerca de 2%. A previsão da rede neural de
hélices transmembrana (PHDhtm) é refinado por um algoritmo semelhante a programação dinâmica. Esse
método resultou em previsões corretas de todas as hélices transmembrana para 89% do 131
proteínas usadas em um teste de validação cruzada; mais de 98% das hélices transmembrana foram
previsto corretamente. A saída deste método é usada para prever a topologia, ou seja, o
orientação do termo N em relação à membrana. A precisão esperada do
a previsão da topologia é> 86%. A precisão da previsão é maior do que a média para eucarióticos
proteínas e abaixo da média para procariontes. PHDtopology é mais preciso do que todos
outros métodos testados em conjuntos de dados idênticos.

Se nenhuma opção de arquivo de saída (como --fileRdb or --fileOut) recebe o RDB formatado
saída é escrita em ./INPUTFILENAME.prof onde 'prof' substitui a extensão do
Arquivo de entrada. Na falta de extensão, '.prof' é anexado ao nome do arquivo de entrada.

saída formato
O formato RDB é auto-anotado, veja exemplos de resultados em / share / profphd / prof / exa.

REFERÊNCIAS

Rost, B. e Sander, C. (1994a). Combinando informações evolutivas e redes neurais para
prever a estrutura secundária da proteína. Proteínas, 19(1), 55-72.
Rost, B. e Sander, C. (1994b). Conservação e previsão de acessibilidade a solventes em
famílias de proteínas. Proteínas, 20(3), 216-26.
Rost, B., Casadio, R., Fariselli, P. e Sander, C. (1995). Hélices transmembrana
previsto com 95% de precisão. Protein Sci, 4(3), 521-33.

OPÇÕES

Veja cada palavra-chave para obter mais ajuda. A maioria deles pode estar quebrada.

um padrão de conectividade alternativo (padrão = 3)

3 preveja seg + acc + htm

acc prever acessibilidade de solvente, apenas

ali adiciona alinhamento aos arquivos de saída PROF 'legíveis por humanos'

arco
arquitetura do sistema (por exemplo: SGI64 | SGI5 | SGI32 | SUNMP | ALPHA)

ascii
escrever arquivos de saída PROF 'legíveis por humanos'

melhor
PROF com melhor precisão e maior tempo de execução

ambos
prever estrutura secundária e acessibilidade de solvente

dados,
dados = para HTML out: apenas as partes das previsões escritas

depurar
manter a maioria dos arquivos intermediários, imprimir mensagens de depuração

dirTrabalho
diretório de trabalho, padrão: um diretório temporário de File :: Temp :: tempdir. Deve ser totalmente
caminho qualificado.

Sabe trabalhar.

doEval
Avaliação DO para lista (apenas para estruturas e listas conhecidas)

doFilterHssp
filtrar o arquivo HSSP de entrada (excluindo alguns pares)

doHtmfil
Filtrar a previsão da membrana (padrão)

façaHtmisit
VERIFIQUE a força da hélice da membrana prevista (padrão)

doHtmref
Refine a previsão da membrana (padrão)

doHtmtop
Topologia da hélice da membrana DO (padrão)

DSSP
converter PROF em formato DSSP

expandir
expanda as inserções ao converter a saída para o formato MSF

rápido
PROF com menor precisão e maior velocidade

arquivoCasp
nome da saída PROF no formato CASP (arquivo.caspProf)

arquivoDssp
nome da saída PROF no formato DSSP (file.dsspProf)

arquivoHtml
nome da saída PROF em formato HTML (file.htmlProf)

arquivoMsf
nome da saída PROF em formato MSF (file.msfProf)

arquivoNotHtm
nome do arquivo sinalizando que nenhuma hélice de membrana foi encontrada

arquivoOut
nome da saída PROF em formato RDB (file.rdbProf)

Sabe trabalhar.

arquivoProf
nome da saída PROF em formato legível por humanos (arquivo.prof)

Quebrado.

arquivoRdb
nome da saída PROF em formato RDB (file.rdbProf)

Sabe trabalhar.

arquivoSaf
nome da saída PROF em formato SAF (arquivo.safProf)

filtro
filtrar o arquivo HSSP de entrada (excluindo alguns pares)

Bom estado, com sinais de uso
PROF com boa precisão e velocidade moderada

gráfico
adicionar gráfico ASCII aos arquivos de saída PROF 'legíveis por humanos'

htm use: 'htm = 'dá uma hélice transmembrana mínima detectada, o padrão é' htm = 0 '
(resp. htm = 0.8) números menores mais falsos positivos e menos falsos negativos!

argumento html
'hmtl' ou 'html = 'escrever formato HTML de previsão' html 'resultará em
que a saída PROF é convertida para HTML 'html = body' restringe o arquivo HTML ao
A parte da tag HTML_BODY 'html = head' restringe o arquivo HTML à parte da tag HTML_HEADER
'html = all' fornece HEADER e BODY

manterConv
manter a conversão do arquivo de entrada para o formato HSSP

argumento keepFilter
<* | doKeepFilter = 1> manter o arquivo HSSP filtrado

argumento keepHssp
<* | doKeepHssp = 1> manter o arquivo HSSP intermediário

argumento keepNetDb
<* | doKeepNetDb = 1> mantenha o (s) arquivo (s) DbNet intermediário

argumento da lista
<* | isList = 1> o arquivo de entrada é uma lista de arquivos

msf converter PROF em formato MSF

agradável
dê 'nice-D' para definir o valor agradável (prioridade) do trabalho

semProfHead
NÃO copie o arquivo com as tabelas no diretório local

sem pesquisa
abreviação de doSearchFile = 0, ou seja, nenhuma pesquisa de arquivos DB

Noascii
suprimir a gravação de arquivos de resultado ASCII (ou seja, legíveis por humanos)

nãohtml
suprimir a gravação de arquivos de resultado HTML

noice
o trabalho não será bacana, ou seja, não será executado com prioridade mais baixa

nãoEval
NÃO verifique a precisão, mesmo quando estruturas conhecidas

notHtmfil
NÃO filtre a previsão da membrana

nãoHtmisit
NÃO verifique se a hélice da membrana é forte o suficiente

nãoHtmref
NÃO refine a previsão da membrana

notHtmtop
NÃO membrana em hélice topologia

nresPerLineAli
Número de caracteres usados ​​para o arquivo MSF. Padrão: 50.

númerosMin
Número mínimo de resíduos para executar a rede, caso contrário, prd = symbolPrdShort. Padrão: 9.

júri de seleção
Adiciona PHD ao júri. Padrão: `normal, usePHD '.

Muitos outros parâmetros alteram o padrão para este como um efeito colateral, a lista é
não abrangente:

phd, nophd, / ^ para (3 | Ambos | Sec | Acc | Htm | CapH | CapE | CapHE) /, / ^ para? /, jct

para3
Arquivo de parâmetro para sec + acc + htm. Padrão: ` /net/PROFboth_best.par '.

paraAcc
Arquivo de parâmetro para acc. Padrão: ` /net/PROFacc_best.par '.

paraAmbos
Arquivo de parâmetro para seg + acc. Padrão: ` /net/PROFboth_best.par '.

parasec
Arquivo de parâmetro por seg. Padrão: ` /net/PROFsec_best.par '.

riSubAc
Índice mínimo de confiabilidade (RI) para o subconjunto PROFacc. Padrão: 4.

riSubSec
Índice mínimo de confiabilidade (RI) para o subconjunto PROFsec. Padrão: 5.

riSubSym
Símbolo para resíduos previstos com RI <riSubSec / Acc. Padrão: `. '.

pular
problemas, manual, dicas, notação, txt, conhecido, FEITO, Data, data, aa, Lhssp, numaa,
código

saf converter PROF em formato SAF

scrAddHelp
scrGoal
comutação de rede neural

scrHelpText
Formatos de arquivo de entrada aceitos:
hssp, dssp, msf, saf, fastamul, pirmul, fasta, pir, gcg, suíço

tela
list_of_files (ou arquivo único) parameter_file

scrNome
prof

scrNarg
2

sec prever estrutura secundária, apenas

silencioso
nenhuma informação escrita na tela - este é o padrão

pularFalta
não aborte se o arquivo de entrada estiver faltando!

arquivo fonte
prof

teste
é apenas um teste (mais rápido)

traduzir-jobid-em-param-values
String 'jobid' é substituída por $ par {jobid}

tst execução rápida através do programa, baixa precisão

usuário
nome de usuário

--versão
Versão impressa

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