Este é o comando ugene que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
UGENE - suíte de bioinformática integrada
SINOPSE
ugene -ui
ugene [OPÇÕES]
DESCRIÇÃO
UGENE é um ambiente de plataforma cruzada para análise de sequências de DNA e proteínas. UGENE
integra os algoritmos computacionais de bioinformática mais populares e fornece GUI
e interface de linha de comando para realizar análises complexas dos dados genômicos.
As principais características de UGENE:
* Visualização e análise de sequências de DNA ou proteínas anotadas
* Visualização e edição de cromatogramas
* Visualizador 3D integrado para arquivos nos formatos PDB e MMDB
* Suporte integrado de solicitações de pesquisa para bancos de dados NCBI
* Alinhamento de sequência múltipla usando MUSCLE3, MUSCLE4 e KAlign
* Perfis HMM construídos e pesquisados, com base na fonte de HMMER2 e HMMER3
* Algoritmos modernos de previsão de estrutura secundária de proteínas baseados em GORIV e PsiPred
* Análise filogenética com Phylip
* Projeto de primers de PCR usando o pacote Primer3
* Clonagem in silico
* Pesquise locais de ligação de fator de transcrição em sequências de DNA usando SITECON
* Pesquisa por enzimas de restrição e integração com REBASE
* Pesquise por repetições diretas e invertidas
* Conjunto de referência de DNA usando Bowtie
* Retrotradução da proteína
* Pesquise ORFs
* Designer para fluxos de trabalho computacionais complexos e consultas
UGENE tem estrutura modular e quase toda sua funcionalidade vem dentro de plugins.
Internamente UGENE é projetado com suporte de paralelismo para lucrar com o uso
computadores multicore. Cada tarefa computacional em UGENE é executado em segundo plano e faz
não bloqueia a interação do usuário com a interface gráfica.
OPÇÕES
-ui executar a versão GUI do UGENE
--Socorro imprimir uma mensagem de uso resumindo brevemente todas as opções de linha de comando e o programa
versão e saia.
--licença
despejar informações de licença
--task = or nome-do-esquema> [opções de esquema]
executar determinado esquema de fluxo de trabalho
--status-bar-ocultar
não mostra a barra de status da tarefa
--ini-file =
carregar arquivo de configurações UGENE personalizado
--log-no-show-nível
não mostra o nível de mensagem no log
--log-no-show-data
não mostrar informações de data e hora no log
--log-no-show-categoria
não mostrar categoria de mensagem no log
--log-level-trace
mostrar mensagens de log de rastreamento
--log-nível-nenhum
não mostrar mensagens de log
--log-level-info
mostrar mensagens de log de informações e erros (padrão)
--log-level-error
mostrar apenas mensagens de log de erros
--log-level-detalhes
mostrar mensagens de log de detalhes
--log-color-saída
mensagens de saída coloridas
--task-remote-machine =
executar tarefas fornecidas em determinada máquina remota
--ugene-fica-vivo
não pare o ugene depois de terminar as tarefas dadas
--transl =
carregar traduções do idioma especificado. O idioma é especificado como um ISO de duas letras
639 código de idioma
COMANDOS
UGENE tem comandos para a maioria dos recursos significativos. Os comandos podem ser executados como
ugene [argumentos de comando]
ugene --task = [argumentos de comando]
Veja a ajuda para cada comando em execução ugene --help = .
A lista de comandos disponíveis pode ser descarregada usando ugene --ajuda.
Use ugene online usando serviços onworks.net
