Este é o comando wb_command que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS
PROGRAMA:
NOME
wb_command - programa de linha de comando para realizar uma variedade de tarefas algorítmicas usando
volume, superfície e dados coordenados de cinza
SINOPSE
DESCRIÇÃO
-adicionar ao arquivo de especificação ADICIONE UM ARQUIVO A UM ARQUIVO DE ESPECIFICAÇÕES
wb_command -adicionar ao arquivo de especificação
- o arquivo de especificação a ser adicionado - a estrutura do
arquivo de dados - o caminho para o arquivo
O arquivo de especificação resultante sobrescreve o arquivo de especificação existente.
Se a especificação
arquivo não existe, ele é criado com metadados padrão.
A estrutura
o argumento deve ser um dos seguintes:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-backend-média-denso-roi COMANDO DE BACKEND CONNECTOME DB PARA ROI MÉDIO DENSO DE CIFTI
wb_command -backend-média-denso-roi
- lista separada por vírgulas de índices Cifti para calcular a média - Arquivo
escrever a linha média para
Este comando provavelmente não é o que você está procurando, tente
-cifti-médio-denso-roi. Leva a lista de arquivos cifti para calcular a média de
entrada padrão e grava sua saída como pequeno endian, inteiro de 32 bits de tamanho de linha
seguido pela linha como flutuadores de 32 bits.
-backend-Average-Roi-Correlation COMANDO DE BACKEND CONNECTOME DB PARA ROI MÉDIO DE CIFTI
CORRELAÇÃO
wb_command -backend-Average-Roi-Correlation
- lista separada por vírgulas de índices Cifti para calcular a média e depois
correlacionar
- arquivo para gravar a linha média
Este comando provavelmente não é o que você está procurando, tente
-cifti-Average-roi-Correlation. Leva a lista de arquivos cifti para calcular a média de
entrada padrão e grava sua saída como pequeno endian, inteiro de 32 bits de tamanho de linha
seguido pela linha como flutuadores de 32 bits.
-border-export-color-table ESCREVER NOMES DE FRONTEIRA E CORES COMO TEXTO
wb_command -border-export-color-table
- o arquivo de borda de entrada - output - o arquivo de texto de saída
[-class-colors] - use as cores da classe em vez das cores do nome
Pega os nomes e cores de cada borda e grava no mesmo formato que
-importação de etiqueta métrica espera. Por padrão, as bordas são coloridas pelo nome da borda,
especificar -classe-cores para colori-los por classe. Os valores-chave começam em 1
e siga a ordem das bordas no arquivo.
-border-file-export-to-caret5 EXPORTAR ARQUIVO DE FRONTEIRA PARA O FORMATO DE ARQUIVO CARET5
wb_command -border-file-export-to-caret5
- arquivo de borda da bancada - prefixo para o nome de
acento circunflexo 5 de saída
arquivos border / borderproj / bordercolor
[-superfície] - repetível - especifica uma superfície de entrada
- um arquivo de superfície para desprojeção de bordas
Um arquivo de borda do Workbench pode conter bordas para múltiplas estruturas e bordas
que são projetados e não projetados. Ele também contém uma tabela de cores para o
fronteiras.
Caret5 tem arquivos de projeção de borda (não projetada) e de borda (projetada). No
Além disso, cada borda Caret5 ou arquivo de projeção de borda normalmente contém dados para
uma única estrutura. Caret5 também usa um arquivo de cores de borda que associa cores
com os nomes das fronteiras.
Este comando tentará gerar os arquivos de projeção de bordas e bordas do Caret5.
Cada arquivo de projeção de borda / borda de saída conterá dados para uma estrutura, portanto
pode haver muitos arquivos criados. O nome da estrutura está incluído no nome de
cada borda ou arquivo de projeção de borda que é criado.
Um arquivo de cor de borda Caret5 também será produzido por este comando.
Fornecer superfície (s) como parâmetros de entrada é opcional, mas recomendado. Superfícies
podem ser necessários para criar as coordenadas projetadas e / ou não projetadas das fronteiras.
Se houver uma falha em produzir uma borda de saída ou projeção de borda devido a um
superfície ausente com a estrutura correspondente, uma mensagem de erro será exibida e
alguns arquivos de saída não serão criados.
Ao gravar novos arquivos, este comando sobrescreverá um arquivo com o mesmo nome.
-border-merge INCORPORAR ARQUIVOS DE FRONTEIRA EM UM NOVO ARQUIVO
wb_command -border-merge
- output - o arquivo de borda de saída
[-border] - repetível - especifica um arquivo de borda de entrada
- um arquivo de borda para usar as bordas de
[-selecionar] - repetível - seleciona uma única borda para usar
- o número da fronteira ou nome
[-up-to] - usa uma gama abrangente de fronteiras
- o número ou nome da última coluna a incluir
[-reverse] - usa o intervalo na ordem inversa
Pega um ou mais arquivos de borda e cria um novo arquivo de borda a partir das bordas em
Eles.
Exemplo: wb_command -border-merge fora da fronteira -fronteira primeira.fronteira -selecionar 1 -fronteira
segunda fronteira
Este exemplo pegaria a primeira borda de first.border, seguida por todas as bordas
de second.border e escreva-os em out.border.
-border-reamostra RESAMPLE UM ARQUIVO DE FRONTEIRA PARA UMA MALHA DIFERENTE
wb_command -border-reamostra
- o arquivo de borda para reamostrar - uma superfície esférica com
a malha que a métrica é
atualmente em
- uma superfície de esfera que está em registro com
e tem a malha de saída desejada
- output - o arquivo de borda de saída
Faz uma nova amostra de um arquivo de borda, considerando duas superfícies esféricas que estão no registro. Somente
as bordas que têm a mesma estrutura da esfera atual serão reamostradas.
- fronteira com rois FAÇA O ROIS MÉTRICO DAS FRONTEIRAS
wb_command - fronteira com rois
- a superfície em que as bordas são desenhadas - o arquivo de borda
- output - o arquivo de métrica de saída
[- fronteira] - cria ROI para apenas uma fronteira
- o nome da fronteira
[-inverso] - usa a seleção inversa (borda externa)
Por padrão, desenha ROIs dentro de todas as bordas no arquivo de borda, como métrica separada
colunas.
-border-to-vértices DESENHE FRONTEIRAS COMO VÉRTICAS EM UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -border-to-vértices
- a superfície em que as bordas são desenhadas - o arquivo de borda
- output - o arquivo de métrica de saída
[- fronteira] - cria ROI para apenas uma fronteira
- o nome da fronteira
Gera uma métrica com 1s nos vértices que seguem uma borda e 0s em outros lugares. Por
padrão, uma coluna de métrica separada é criada para cada borda.
-cifti-todos-rótulos-para-rois FAÇA O ROIS DE TODAS AS ETIQUETAS EM UM MAPA DE ETIQUETAS CIFTI
wb_command -cifti-todos-rótulos-para-rois
- o arquivo de etiqueta cifti de entrada - o número ou nome do mapa de etiqueta
usar - output - o arquivo cifti de saída
O arquivo cifti de saída tem uma coluna para cada rótulo no mapa de entrada especificado, outro
que o ??? rótulo, cada um dos quais contém um ROI de todos os coordenados cerebrais que são
definido para o rótulo correspondente.
-média cifti MÉDIA DE ARQUIVOS CIFTI
wb_command -média cifti
- saída - arquivo cifti de saída
[-excluir-outliers] - exclui outliers pelo desvio padrão de cada
elemento em arquivos - número de desvios padrão abaixo da média
para
incluir
- número de desvios padrão acima da média para
incluir
[-cifti] - repetível - especifica um arquivo de entrada
- o arquivo cifti de entrada
[-peso] - dê um peso para este arquivo
- o peso a ser usado
Faz a média de arquivos cifti juntos.
Arquivos sem -peso especificados são dados
um peso de 1.
If -excluir-outliers é especificado, em cada elemento, o
dados em todos os arquivos são tomados como um conjunto, sua média não ponderada e padrão de amostra
desvios são encontrados, e os valores fora do número especificado de desvios padrão
são excluídos da média (potencialmente ponderada) nesse elemento.
-cifti-médio-denso-roi MÉDIA DE LINHAS CIFTI EM TODOS OS ASSUNTOS POR ROI
wb_command -cifti-médio-denso-roi
- saída - arquivo cifti dscalar de saída
[-cifti-roi] - arquivo cifti contendo pesos combinados
- o arquivo roi cifti
[-in-memory] - armazena em cache o roi na memória para que não seja relido para
cada entrada cifti
[-left-roi] - pesos a serem usados para hempsfera esquerda
- o roi esquerdo como um arquivo métrico
[-right-roi] - pesos a serem usados para hempsfera direita
- o roi certo como um arquivo métrico
[-cerebelo-roi] - pesos a serem usados para a superfície do cerebelo
- o roi cerebelo como um arquivo métrico
[-vol-roi] - pesos de voxel a serem usados
- o arquivo de volume roi
[-left-area-surf] - especifica a superfície esquerda para correção da área do vértice
- o arquivo de superfície esquerdo
[-right-area-surf] - especifica a superfície certa para a correção da área do vértice
- o arquivo de superfície correto
[-cerebellum-area-surf] - especifique a superfície do cerebelo para a área do vértice
correção - o arquivo de superfície do cerebelo
[-cifti] - repetível - especifica um arquivo cifti de entrada
- um arquivo cifti para calcular a média entre
Linhas médias para cada mapa de ROI (s), em todos os arquivos.
Mapas de ROI são
tratadas como funções de ponderação, incluindo valores negativos.
Para a
eficiência, certifique-se de que tudo o que não se destina a ser usado é zero no
Mapa de ROI. Se -cifti-roi é especificado, -esquerda-roi, -direito-roi, -cerebelo-roi e
-vol-roi não deve ser especificado. Se vários arquivos ROI não Cifti forem especificados,
eles devem ter o mesmo número de colunas.
-cifti-Average-roi-Correlation CORRIGIR A MÉDIA DO ROI COM TODAS AS LINHAS, ENTÃO A MÉDIA ATRAVÉS
ASSUNTOS
wb_command -cifti-Average-roi-Correlation
- saída - arquivo cifti de saída
[-cifti-roi] - arquivo cifti contendo pesos combinados
- o arquivo roi cifti
[-in-memory] - armazena em cache o roi na memória para que não seja relido para
cada entrada cifti
[-left-roi] - pesos a serem usados para hempsfera esquerda
- o roi esquerdo como um arquivo métrico
[-right-roi] - pesos a serem usados para hempsfera direita
- o roi certo como um arquivo métrico
[-cerebelo-roi] - pesos a serem usados para a superfície do cerebelo
- o roi cerebelo como um arquivo métrico
[-vol-roi] - pesos de voxel a serem usados
- o arquivo de volume roi
[-left-area-surf] - especifica a superfície esquerda para correção da área do vértice
- o arquivo de superfície esquerdo
[-right-area-surf] - especifica a superfície certa para a correção da área do vértice
- o arquivo de superfície correto
[-cerebellum-area-surf] - especifique a superfície do cerebelo para a área do vértice
correção - o arquivo de superfície do cerebelo
[-cifti] - repetível - especifica um arquivo cifti de entrada
- um arquivo cifti para calcular a média entre
Linhas de médias para cada mapa de ROI (s), leva a correlação de cada ROI médio
para o resto das linhas no mesmo arquivo, então calcula a média dos resultados em todos
arquivos. ROIs são sempre tratados como funções de ponderação, incluindo valores negativos.
Para eficiência, certifique-se de que tudo o que não se destina a ser usado é zero em
o mapa de ROI. Se -cifti-roi é especificado, -esquerda-roi, -direito-roi, -cerebelo-roi,
e -vol-roi não deve ser especificado. Se vários arquivos ROI não Cifti forem especificados,
eles devem ter o mesmo número de colunas.
-cifti-mudança-timestep ALTERAR O TEMPO DE UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-mudança-timestep
- o arquivo cifti para modificar
[-row-timestep] - define o timestep ao longo das linhas
- segundos por passo de tempo
[-column-timestep] - define o timestep ao longo das colunas
- segundos por passo de tempo
Avisa se uma dimensão especificada não é pontos de tempo, caso contrário, modifica o passo de tempo,
e finalmente grava o resultado com o mesmo nome de arquivo se alguma dimensão for modificada.
NOTA: você provavelmente quer -linha-timestep, pois corresponde a .dtseries.nii
especificação. A outra opção está disponível apenas para integridade.
-cifti-converter DESCARREGUE A MATRIZ CIFTI EM OUTROS FORMATOS
wb_command -cifti-converter
[-to-gifti-ext] - converter para binário externo GIFTI
- o arquivo cifti de entrada - output - o arquivo gifti de saída
[-from-gifti-ext] - converte um GIFTI feito com este comando em um
CIFTI - o arquivo gifti de entrada - saída - a saída cifti
lima
[-reset-timepoints] - redefine o mapeamento ao longo das linhas para pontos de tempo,
tirando comprimento do arquivo gifti - o tempo desejado entre os quadros
- o deslocamento de tempo desejado do quadro inicial
[-unidade] - usa uma unidade diferente de tempo
- identificador de unidade (padrão SEGUNDO)
[-reset-scalars] - redefine o mapeamento ao longo das linhas para os escalares, tomando comprimento
do arquivo gifti
[-replace-binary] - substitui os dados por um arquivo binário
- o arquivo binário que contém dados de substituição
[-flip-endian] - byteswap o arquivo binário
[-transpor] - transpõe o arquivo binário
[-para-nifti] - converter para NIFTI1
- o arquivo cifti de entrada - output - o arquivo nifti de saída
[-from-nifti] - converte um arquivo NIFTI (1 ou 2) feito com este comando de volta
em CIFTI - o arquivo nifti de entrada - um arquivo cifti com
a (s) dimensão (ões) e mapeamento (ões)
que deveria ser usado
- output - o arquivo cifti de saída
[-reset-timepoints] - redefine o mapeamento ao longo das linhas para pontos de tempo,
tirando comprimento do arquivo nifti - o tempo desejado entre os quadros
- o deslocamento de tempo desejado do quadro inicial
[-unidade] - usa uma unidade diferente de tempo
- identificador de unidade (padrão SEGUNDO)
[-reset-scalars] - redefine o mapeamento ao longo das linhas para os escalares, tomando comprimento
do arquivo nifti
[-para-texto] - converte para um arquivo de texto simples
- o arquivo cifti de entrada - output - o arquivo de texto de saída
[-col-delim] - escolhe a string para colocar entre os elementos em uma linha
- a string a ser usada (o padrão é um caractere de tabulação)
[-from-text] - converter de texto simples para cifti
- o arquivo de texto de entrada - um arquivo cifti com o
dimensão (ões) e mapeamento (ões)
que deveria ser usado
- output - o arquivo cifti de saída
[-col-delim] - especifica a string que está entre os elementos em uma linha
- a string a ser usada (o padrão é qualquer espaço em branco)
[-reset-timepoints] - redefine o mapeamento ao longo das linhas para pontos de tempo,
tirando comprimento do arquivo de texto - o tempo desejado entre os quadros
- o deslocamento de tempo desejado do quadro inicial
[-unidade] - usa uma unidade diferente de tempo
- identificador de unidade (padrão SEGUNDO)
[-reset-scalars] - redefine o mapeamento ao longo das linhas para os escalares, tomando comprimento
do arquivo de texto
Este comando é usado para converter uma matriz CIFTI completa para / de formatos que podem ser
usado por programas que não entendem CIFTI. Se você quiser escrever um existente
Arquivo CIFTI com uma versão CIFTI diferente, consulte -conversão de arquivoE sua
-cifti-versão-converter opção. Se você quiser parte do arquivo CIFTI como uma métrica,
rótulo ou arquivo de volume, consulte -cifti-separar. Se você deseja criar um arquivo CIFTI
de arquivos de métrica e / ou volume, consulte o -cifti-criar-* comandos. Você deve
especifique exatamente um de -para-gifti-ext, -de-gifti-ext, -para-nifti, -de-nifti,
-para texto, ou -de-texto. O -transpor opção para -de-gifti-ext é necessário se o
o arquivo binário de substituição está na ordem das colunas principais. o -unidade opções aceitam estes
valores:
SEGUNDO HERTZ METER RADIAN
-cifti-converter-para-escalar ALTERAR A DIMENSÃO CIFTI PARA MAPAS ESCALARES NOMEADOS
wb_command -cifti-converter-para-escalar
- arquivo cifti de entrada - qual mapeamento alterar para mapas escalares,
ROW ou COLUMN - saída - arquivo cifti de saída
[-nome-arquivo] - especifica nomes para os mapas
- arquivo de texto contendo nomes de mapas, um por linha
Cria um novo arquivo cifti com os mesmos dados da entrada, mas com um dos
dimensões definidas para conter strings que identificam cada mapa. Especificar ROW irá
converter um arquivo dtseries em um arquivo dscalar.
-cifti-copy-mapeamento SUBSTITUA O MAPEAMENTO EM UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-copy-mapeamento
- o arquivo cifti para usar os dados de - qual direção
sobre para substituir o mapeamento - um arquivo cifti contendo
o mapeamento desejado - em que direção para usar o
mapeamento
da
- output - o arquivo cifti de saída
deve ter o mesmo comprimento ao longo da direção de substituição que
tem ao longo da direção do modelo. Cada argumento de direção deve ser
ROW ou COLUMN.
-cifti-correlação GERAR CORRELAÇÃO DE LINHAS EM UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-correlação
- arquivo cifti de entrada - saída - arquivo cifti de saída
[-roi-override] - executa a correlação de um subconjunto de linhas para todas as linhas
[-left-roi] - use um roi para hempsfera esquerda
- o roi esquerdo como um arquivo métrico
[-right-roi] - use um roi para hempsfera direita
- o roi certo como um arquivo métrico
[-cerebelo-roi] - use um roi para cerebelo
- o roi cerebelo como um arquivo métrico
[-vol-roi] - use um roi para o volume
- o arquivo roi de volume
[-cifti-roi] - usa um arquivo cifti para rois combinado
- o arquivo cifti roi
[-pesos] - especifica os pesos das colunas
- arquivo de texto contendo um peso por coluna
[-fisher-z] - aplica a pequena transformação z de Fisher (ou seja, artanh) à correlação
[-no-demean] - em vez de correlação, faz o produto escalar das linhas, então
normalizar pela diagonal
[-covariância] - calcula a covariância em vez de correlação
[-mem-limit] - restringe o uso de memória
- limite de memória em gigabytes
Para cada linha (ou cada linha dentro de uma roi se -roi-substituir é especificado), correlate
para todas as outras linhas. o -cifti-roi subopção para -roi-substituir pode não ser especificado
com qualquer outra subopção - * - roi, mas você pode especificar as outras subopções - * - roi
juntos.
Quando se utiliza o -pescador-z opção, a saída NÃO é uma pontuação Z, é artanh (r), para
faça mais matemática nesta saída, considere usar -cifti-matemática.
Restringir o uso de memória fará com que ele calcule a saída em blocos e se
o tamanho do arquivo de entrada é superior a 70% do limite de memória, ele também irá ler
o arquivo de entrada conforme as linhas são necessárias, resultando em várias passagens pela entrada
arquivo (uma vez por bloco). O limite de memória não precisa ser um número inteiro, você também pode
especifique 0 para calcular uma única linha de saída por vez (isso pode ser muito lento).
-cifti-gradiente de correlação CORRIGIR LINHAS CIFTI E TOMAR GRADIENTE
wb_command -cifti-gradiente de correlação
- o cifti de entrada - saída - a saída cifti
[-esuperfície] - especifica a superfície esquerda a ser usada
- o arquivo de superfície esquerdo
[-esquerda-corrigida-áreas] - áreas de vértice para usar em vez de computação
eles da superfície esquerda - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-right-surface] - especifica a superfície certa para usar
- o arquivo de superfície correto
[-áreas corrigidas à direita] - áreas de vértice para usar em vez de computação
eles da superfície certa - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-cerebellum-surface] - especificar a superfície do cerebelo a ser usada
- o arquivo de superfície do cerebelo
[-cerebellum-corrected-areas] - áreas de vértice para usar em vez de
computando-os da superfície do cerebelo - o vértice corrigido
áreas, como uma métrica
[-surface-presmooth] - suavizar na superfície antes de calcular o
gradiente - o sigma para o alisamento da superfície gaussiana
kernel, em mm
[-volume-presmooth] - suaviza o volume antes de calcular o gradiente
- o sigma para o kernel de suavização de volume gaussiano,
em mm
[-undo-fisher-z] - aplique a transformação z pequena de Fisher inversa ao
entrada
[-fisher-z] - aplica a pequena transformação z de fisher às correlações
antes de pegar o gradiente
[-surface-exclude] - exclui vértices perto de cada vértice semente de
computação - distância geodésica do vértice da semente para a exclusão
zona, em mm
[-volume-exclude] - exclui voxels perto de cada voxel de semente do cálculo
- distância do voxel de semente para a zona de exclusão, em mm
[-covariância] - calcula a covariância em vez de correlação
[-mem-limit] - restringe o uso de memória
- limite de memória em gigabytes
Para cada estrutura, calcule a correlação das linhas na estrutura e tome
os gradientes das linhas resultantes e, em seguida, calcule a média deles. Limite de memória não precisa
para ser um inteiro, você também pode especificar 0 para usar o mínimo de memória possível (este
pode ser muito lento).
-cifti-criar-denso-do-modelo CRIAR CIFTI COM MAPA DENSO DE CORRESPONDÊNCIA
wb_command -cifti-criar-denso-do-modelo
- arquivo para coincidir com as coordenações cerebrais de - saída - o
arquivo cifti de saída
[-series] - cria um arquivo dtseries em vez de um dscalar
- incremento entre os pontos da série - valor inicial da série
[-unidade] - seleciona a unidade para a série (padrão SEGUNDO)
- identificador de unidade
[-volume-all] - especifica um arquivo de volume de entrada para todos os dados de voxel
- o arquivo de volume de entrada
[-from-cropped] - a entrada é cortada para o tamanho dos dados do voxel
no arquivo de modelo
[-cifti] - repetível - usa dados de entrada de um arquivo cifti
- arquivo cifti contendo dados de entrada
[-métrica] - repetível - usa dados de entrada de um arquivo métrico
- em qual estrutura colocar o arquivo de métrica - entrada
arquivo métrico
[-label] - repetível - usa dados de entrada de arquivos de etiqueta de superfície
- em qual estrutura colocar o arquivo de etiqueta - etiqueta de entrada
lima
[-volume] - repetível - usa um arquivo de volume para um único volume
dados da estrutura - em qual estrutura colocar o arquivo de volume
- o arquivo de volume de entrada
[-from-cropped] - a entrada é cortada para o tamanho do volume
estrutura
Este comando ajuda a criar um novo arquivo dscalar, dtseries ou dlabel cifti que
corresponde ao espaço de coordenação cerebral usado em outro arquivo cifti. O arquivo de modelo deve
ter o espaço de coordenação cerebral desejado no mapeamento ao longo da direção da coluna (para
dtseries, dscalar, dlabel e symmetric dconn (este é sempre o caso). Todas as entradas
Os arquivos cifti devem ter um mapeamento de modelos cerebrais ao longo da coluna e usar o mesmo volume
espaço e / ou vértice de superfície contam como o modelo para estruturas que eles contêm.
Se algum arquivo de entrada contiver dados de rótulo, os arquivos de entrada com dados não-rótulo não são
permitido, e o -Series opção não pode ser usada.
Qualquer estrutura que não seja coberta por uma entrada é preenchida com zeros ou não rotulada
chave.
o argumento de -métrica, -rótulo or -volume deve ser um dos
A seguir:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
O argumento para -unidade deve ser um dos seguintes:
SEGUNDO HERTZ METER RADIAN
-cifti-criar-denso-escalar CRIAR UM ARQUIVO ESCALAR CIFTI DENSO
wb_command -cifti-criar-denso-escalar
- output - o arquivo cifti de saída
[-volume] - componente de volume
- arquivo de volume contendo todos os dados de voxel para todos os volumes
estruturas
- arquivo de volume de rótulo contendo rótulos para cifti
estruturas
[-esquerda-métrica] - métrica para a superfície esquerda
- o arquivo métrico
[-roi-left] - roi de vértices para usar a partir da superfície esquerda
- o ROI como um arquivo métrico
[-right-metric] - métrica para a superfície esquerda
- o arquivo métrico
[-roi-right] - roi de vértices para usar da superfície direita
- o ROI como um arquivo métrico
[-cerebelo-métrica] - métrica para o cerebelo
- o arquivo métrico
[-roi-cerebelo] - roi de vértices para usar da superfície direita
- o ROI como um arquivo métrico
Todos os arquivos de entrada devem ter o mesmo número de colunas / subvolumes.
Preço:
os componentes especificados estarão no cifti de saída.
Os nomes dos mapas serão
retirado de um dos arquivos de entrada.
Pelo menos um componente deve ser
Especificadas.
O volume do rótulo deve ter alguns dos nomes dos rótulos de
nesta lista, todos os outros nomes de rótulos serão ignorados:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-cifti-criar-série temporal densa CRIAR UM TEMPO DENSO CIFTI
wb_command -cifti-criar-série temporal densa
- output - o arquivo cifti de saída
[-volume] - componente de volume
- arquivo de volume contendo todos os dados de voxel para todos os volumes
estruturas
- arquivo de volume de rótulo contendo rótulos para cifti
estruturas
[-esquerda-métrica] - métrica para a superfície esquerda
- o arquivo métrico
[-roi-left] - roi de vértices para usar a partir da superfície esquerda
- o ROI como um arquivo métrico
[-right-metric] - métrica para a superfície esquerda
- o arquivo métrico
[-roi-right] - roi de vértices para usar da superfície direita
- o ROI como um arquivo métrico
[-cerebelo-métrica] - métrica para o cerebelo
- o arquivo métrico
[-roi-cerebelo] - roi de vértices para usar da superfície direita
- o ROI como um arquivo métrico
[-timestep] - definir o passo de tempo
- o intervalo de tempo, em segundos (padrão 1.0)
[-timestart] - definir a hora de início
- o tempo no primeiro quadro, em segundos (padrão 0.0)
[-unidade] - usa uma unidade diferente de tempo
- identificador de unidade (padrão SEGUNDO)
Todos os arquivos de entrada devem ter o mesmo número de colunas / subvolumes.
Preço:
os componentes especificados estarão no cifti de saída.
Pelo menos um
componente deve ser especificado.
O volume do rótulo deve ter alguns dos
nomes de rótulos desta lista, todos os outros nomes de rótulos serão ignorados:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
O -unidade opção aceita estes valores:
SEGUNDO HERTZ METER RADIAN
-cifti-criar-rótulo CRIAR UM ARQUIVO DE ETIQUETA CIFTI
wb_command -cifti-criar-rótulo
- output - o arquivo cifti de saída
[-volume] - componente de volume
- arquivo de volume contendo os dados do rótulo - rótulo
arquivo de volume com nomes de estrutura cifti para
definir as parcelas de volume
[-left-label] - arquivo de rótulo para a superfície esquerda
- o arquivo de etiqueta
[-roi-left] - roi de vértices para usar a partir da superfície esquerda
- o ROI como um arquivo métrico
[-right-label] - rótulo para a superfície esquerda
- o arquivo de etiqueta
[-roi-right] - roi de vértices para usar da superfície direita
- o ROI como um arquivo métrico
[-cerebelo-rótulo] - rótulo para o cerebelo
- o arquivo de etiqueta
[-roi-cerebelo] - roi de vértices para usar da superfície direita
- o ROI como um arquivo métrico
Todos os arquivos de entrada devem ter o mesmo número de colunas / subvolumes.
Preço:
os componentes especificados estarão no cifti de saída.
Pelo menos um
componente deve ser especificado.
O -volume opção de -cifti-criar-rótulo requer dois argumentos de volume, o
argumento de volume de rótulo contém todos os rótulos que você deseja exibir (por exemplo, núcleos do
tálamo), enquanto o argumento parcel-volume inclui todas as estruturas CIFTI que você
deseja incluir dados em (por exemplo, THALAMUS_LEFT, THALAMUS_RIGHT). Se você só quer
os rótulos nos voxels são os nomes das estruturas, você pode usar o mesmo arquivo para ambos
argumentos. O volume da parcela deve usar alguns dos nomes dos rótulos desta lista, todos
outros nomes de rótulos no volume da parcela serão ignorados:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-cifti-criar-série escalar IMPORTAR DADOS DA SÉRIE PARA CIFTI
wb_command -cifti-criar-série escalar
- Arquivo de entrada - saída - arquivo cifti de saída
[-transpor] - use se as linhas do arquivo de texto estiverem ao longo do escalar
dimensão
[-nome-arquivo] - use um arquivo de texto para definir nomes na dimensão escalar
- arquivo de texto contendo nomes, um por linha
[-series] - definir as unidades e valores da série
- a unidade a ser usada - o valor no primeiro ponto da série - a
intervalo entre os pontos da série
Converta um arquivo de texto contendo séries de comprimento igual em um arquivo cifti. O texto
arquivo deve ter linhas compostas por números separados por espaços em branco, sem
newlines entre as linhas.
o o argumento deve ser um dos seguintes:
SEGUNDO HERTZ METER RADIAN
-cifti-correlação cruzada CORRIGIR UM ARQUIVO CIFTI COM OUTRO ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-correlação cruzada
- primeiro arquivo cifti de entrada - segundo arquivo cifti de entrada
- saída - arquivo cifti de saída
[-pesos] - especifica os pesos das colunas
- arquivo de texto contendo um peso por coluna
[-fisher-z] - aplica a pequena transformação z de Fisher (ou seja, artanh) à correlação
[-mem-limit] - restringe o uso de memória
- limite de memória em gigabytes
Correlaciona cada rown em com cada linha em .
O
mapeamento ao longo das colunas em torna-se o mapeamento ao longo das linhas na saída.
Quando se utiliza o -pescador-z opção, a saída NÃO é uma pontuação Z, é artanh (r), para
faça mais matemática nesta saída, considere usar -cifti-matemática.
Restringir o uso de memória fará com que ele calcule a saída em blocos, por
lendo através várias vezes.
-cifti-dilatar DILATE UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-dilatar
- o arquivo cifti de entrada - qual dimensão dilatar junto,
ROW ou COLUMN - a distância para dilatar nas superfícies, em mm
- a distância para dilatar no volume, em mm -
output - o arquivo cifti de saída
[-esuperfície] - especifica a superfície esquerda a ser usada
- o arquivo de superfície esquerdo
[-esquerda-corrigida-áreas] - áreas de vértice para usar em vez de computação
eles da superfície esquerda - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-right-surface] - especifica a superfície certa para usar
- o arquivo de superfície correto
[-áreas corrigidas à direita] - áreas de vértice para usar em vez de computação
eles da superfície certa - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-cerebellum-surface] - especificar a superfície do cerebelo a ser usada
- o arquivo de superfície do cerebelo
[-cerebellum-corrected-areas] - áreas de vértice para usar em vez de
computando-os da superfície do cerebelo - o vértice corrigido
áreas, como uma métrica
[-bad-brainordinate-roi] - especifica um roi de brainordinates para sobrescrever,
ao invés de zeros - arquivo cifti dscalar ou dtseries, valores positivos
denotar
Brainordinates para ter seus valores substituídos
[-próximo] - use o valor mais próximo ao dilatar dados não rotulados
[-merged-volume] - trata os componentes do volume como se fossem um único
componente
Para todos os valores de dados designados como ruins, se eles forem próximos a um valor bom ou estiverem dentro
a distância especificada de um bom valor no mesmo tipo de modelo, substitua o valor
com uma média ponderada de distância de bons valores próximos, caso contrário, defina o valor para
zero. Se -mais próximo for especificado, ele usará o valor do valor bom mais próximo
dentro do intervalo, em vez de uma média ponderada.
.As opções de áreas corrigidas - * - são destinadas a dilatar na média do grupo
superfícies, mas é apenas uma correção aproximada para a redução da estrutura
em uma superfície média de grupo.
If -mau-cérebro-roi é especificado, todos os valores, incluindo aqueles com valor
zero, são bons, exceto para locais com um valor positivo no ROI. Se for
não especificado, apenas valores iguais a zero são ruins.
-cifti-estimar-fwhm ESTIMATIVA FWHM SUAVEIS DE UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-estimar-fwhm
- o arquivo cifti de entrada
[-merged-volume] - trata os componentes do volume como se fossem um único
componente
[-coluna] - apenas estimativas de saída para uma coluna
- o número da coluna
[-superfície] - repetível - especifica uma superfície de entrada
- para que estrutura usar esta superfície - o arquivo de superfície
Estimar a suavidade dos componentes do arquivo cifti, imprimindo as estimativas
para a saída padrão. Se -volume mesclado é usado, todos os voxels são usados como um único
componente, em vez de separados por estrutura.
deve ser um dos seguintes:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-cifti-export-mapeamento denso ESCREVER ÍNDICE PARA MAPEAMENTO DE ELEMENTOS COMO TEXTO
wb_command -cifti-export-mapeamento denso
- o arquivo cifti - de qual direção exportar o mapeamento,
ROW ou COLUMN
[-volume-all] - exporta o mapeamento de todos os voxels
- output - o arquivo de texto de saída
[-no-cifti-index] - não escreve o índice cifti no arquivo de saída
[-estrutura] - escreve a estrutura a que cada voxel pertence na saída
lima
[-superfície] - repetível - exporta o mapeamento de uma estrutura de superfície
- a estrutura para produzir - output - o arquivo de texto de saída
[-no-cifti-index] - não escreve o índice cifti no arquivo de saída
[-volume] - repetível - exporta o mapeamento de uma estrutura de volume
- a estrutura para produzir - output - o arquivo de texto de saída
[-no-cifti-index] - não escreve o índice cifti no arquivo de saída
Este comando produz arquivos de texto que descrevem o mapeamento de índices cifti para
vértices de superfície ou voxels. Todos os índices são baseados em zero. O formato padrão para
-superfície são linhas do formulário:
O formato padrão para -volume e -volume-todos são linhas do formulário:
-cifti-extrema ENCONTRAR EXTREMA EM UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-extrema
- o cifti de entrada - a distância mínima entre extremos
do mesmo
tipo, para componentes de superfície
- a distância mínima entre extremos do mesmo
tipo, para componentes de volume
- em qual dimensão encontrar extremos ao longo, ROW ou COLUMN -
saída - a saída cifti
[-esuperfície] - especifica a superfície esquerda a ser usada
- o arquivo de superfície esquerdo
[-right-surface] - especifica a superfície certa para usar
- o arquivo de superfície correto
[-cerebellum-surface] - especificar a superfície do cerebelo a ser usada
- o arquivo de superfície do cerebelo
[-surface-presmooth] - suavizar na superfície antes de encontrar extremos
- o sigma para o alisamento da superfície gaussiana
kernel, em mm
[-volume-presmooth] - suaviza os componentes do volume antes de encontrar extremos
- o sigma para o kernel de suavização de volume gaussiano,
em mm
[-limiar] - ignora pequenos extremos
- o maior valor a considerar por ser um mínimo - o menor
valor a considerar por ser um máximo
[-merged-volume] - trata os componentes do volume como se fossem um único
componente
[-sum-maps] - produz a soma dos mapas extremos em vez de cada mapa
separadamente
[-consolidate-mode] - use a consolidação de mínimos locais em vez de um
grande bairro
[-only-maxima] - encontra apenas o máximo
[-only-minima] - encontre apenas o mínimo
Encontra localizações espaciais em um arquivo cifti que tem valores mais extremos do que todos
locais próximos no mesmo componente (superfície ou estrutura de volume). A entrada
O arquivo cifti deve ter um mapeamento de modelos cerebrais ao longo da direção especificada. COLUNA
é a direção que funciona em dtseries e dscalar. Para dconn, se for simétrico
use COLUMN, caso contrário, use ROW.
-cifti-false-correlação COMPARE A CORRELAÇÃO LOCALMENTE E ATRAVÉS / ATRAVÉS DE SULCI / GYRI
wb_command -cifti-false-correlação
- o arquivo cifti a ser usado para correlação <3D-dist> - distância 3D máxima
verificar em torno de cada vértice - distância geodésica máxima a ser usada para
vizinho
correlação
- distância geodésica mínima a ser usada para vizinhança
correlação
- output - o arquivo cifti dscalar de saída
[-esuperfície] - especifica a superfície esquerda a ser usada
- o arquivo de superfície esquerdo
[-dump-text] - despeja as medidas brutas usadas em um arquivo de texto
- o arquivo de texto de saída
[-right-surface] - especifica a superfície certa para usar
- o arquivo de superfície correto
[-dump-text] - despeja as medidas brutas usadas em um arquivo de texto
- o arquivo de texto de saída
[-cerebellum-surface] - especificar a superfície do cerebelo a ser usada
- o arquivo de superfície do cerebelo
[-dump-text] - despeja as medidas brutas usadas em um arquivo de texto
- o arquivo de texto de saída
Para cada vértice, calcule a correlação média dentro de uma faixa geodésica
distâncias que não cruzam um sulco / giro, e a correlação com o mais próximo
vértice cruzando um sulco / giro. Um vértice é considerado cruzar um sulco / giro se
a distância 3D é inferior a um terço da distância geodésica. O arquivo de saída
contém a proporção entre essas correlações e alguns mapas adicionais para ajudar
explicar a proporção.
-cifti-encontrar clusters CLUSTERS DE FILTRO POR ÁREA / VOLUME
wb_command -cifti-encontrar clusters
- o cifti de entrada - limite para dados de superfície
valores - limite para área de aglomerado de superfície, em mm ^ 2
- limite para valores de dados de volume -
limite para o tamanho do cluster de volume, em mm ^ 3 - qual dimensão usar para
informação espacial, ROW ou
COLUNA
- saída - a saída cifti
[-menos-que] - encontre valores menores que , ao invés de
maior
[-esuperfície] - especifica a superfície esquerda a ser usada
- o arquivo de superfície esquerdo
[-corrected-areas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las
da superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-right-surface] - especifica a superfície certa para usar
- o arquivo de superfície correto
[-corrected-areas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las
da superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-cerebellum-surface] - especificar a superfície do cerebelo a ser usada
- o arquivo de superfície do cerebelo
[-corrected-areas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las
da superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-cifti-roi] - pesquisar apenas nas regiões de interesse
- as regiões nas quais pesquisar, como um arquivo cifti
[-merged-volume] - trata os componentes do volume como se fossem um único
componente
[-size-ratio] - ignora clusters menores do que uma determinada fração do
maior cluster na estrutura - fração da estrutura
maior área de aglomerado - fração do maior cluster da estrutura
volume
[-distance] - ignora os clusters além de uma determinada distância do
maior cluster na estrutura - quão longe do maior
cluster, um cluster pode
ser, borda a borda, em mm
- quão longe do maior cluster um cluster pode estar,
borda a borda, em mm
[-start] - começa a rotular os clusters a partir de um valor diferente de 1
- o valor para dar ao primeiro cluster encontrado
Produz um arquivo cifti com números inteiros diferentes de zero para todos os coordenados cerebrais dentro de um grande
cluster suficiente e zeros em outro lugar. Os inteiros denotam a associação do cluster (por
padrão, o primeiro cluster encontrado usará o valor 1, o segundo cluster 2, etc). A entrada
O arquivo cifti deve ter um mapeamento de modelos cerebrais na dimensão escolhida, colunas para
.dtseries e para .dconn. O ROI deve ter um mapeamento de modelos cerebrais ao longo
colunas, correspondendo exatamente ao mapeamento da direção escolhida no arquivo de entrada.
Os dados fora da ROI são ignorados.
-cifti-gradiente TOMAR GRADIENTE DE UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-gradiente
- o cifti de entrada - em qual dimensão levar o gradiente,
ROW ou COLUMN - saída - a saída cifti
[-esuperfície] - especifica a superfície esquerda a ser usada
- o arquivo de superfície esquerdo
[-esquerda-corrigida-áreas] - áreas de vértice para usar em vez de computação
eles da superfície esquerda - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-right-surface] - especifica a superfície certa para usar
- o arquivo de superfície correto
[-áreas corrigidas à direita] - áreas de vértice para usar em vez de computação
eles da superfície certa - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-cerebellum-surface] - especificar a superfície do cerebelo a ser usada
- o arquivo de superfície do cerebelo
[-cerebellum-corrected-areas] - áreas de vértice para usar em vez de
computando-os da superfície do cerebelo - o vértice corrigido
áreas, como uma métrica
[-surface-presmooth] - suavizar na superfície antes de calcular o
gradiente - o sigma para o alisamento da superfície gaussiana
kernel, em mm
[-volume-presmooth] - suavizar na superfície antes de calcular o gradiente
- o sigma para o kernel de suavização de volume gaussiano,
em mm
[-average-output] - mostra a média dos mapas de magnitude de gradiente
em vez de cada mapa de gradiente separadamente
[-vetores] - vetores de gradiente de saída
- saída - os vetores, como um arquivo dscalar
Executa cálculo de gradiente em cada componente do arquivo cifti e, opcionalmente,
calcula a média dos gradientes resultantes. o -vetores e -saída média opções não podem
ser usados juntos. Você deve especificar uma superfície para cada estrutura de superfície no
arquivo cifti. A direção COLUMN deve ser mais rápida e é a direção que funciona
em dtseries. Para dconn, você provavelmente quer ROW, a menos que esteja usando
-saída média.
-cifti-label-adjacência FAÇA A MATRIZ DE ADJACÊNCIA DE UM ARQUIVO DE ETIQUETA CIFTI
wb_command -cifti-label-adjacência
- o arquivo de etiqueta cifti de entrada - saída - a saída cifti
matriz de adjacência pconn
[-esuperfície] - especifica a superfície esquerda a ser usada
- o arquivo de superfície esquerdo
[-right-surface] - especifica a superfície certa para usar
- o arquivo de superfície correto
[-cerebellum-surface] - especificar a superfície do cerebelo a ser usada
- o arquivo de superfície do cerebelo
Encontre voxels adjacentes à face e vértices conectados que têm valores de rótulo diferentes,
e conte-os para cada par. Coloque as contagens resultantes em uma parcela
arquivo de conectividade, com a diagonal sendo zero. Isso dá uma estimativa aproximada de
quão longa ou expansiva é a borda entre dois rótulos.
-tabela de exportação de rótulo cifti TABELA DE ETIQUETA DE EXPORTAÇÃO DE CIFTI COMO TEXTO
wb_command -tabela de exportação de rótulo cifti
- o arquivo de etiqueta cifti de entrada - o número ou nome do mapa de etiqueta
usar - output - o arquivo de texto de saída
Pega a tabela de rótulos do mapa de rótulos cifti e grava em um formato de texto
combinando com o que é esperado por -cifti-label-importação.
-cifti-label-importação FAÇA UM ARQUIVO DE ETIQUETA CIFTI A PARTIR DE UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-label-importação
- o arquivo cifti de entrada - arquivo de texto contendo os valores
e nomes para rótulos - output - o arquivo de etiqueta cifti de saída
[-discard-others] - defina quaisquer valores não mencionados na lista de rótulos para o
??? rótulo
[-unlabeled-value] - define o valor que será interpretado como não rotulado
- o valor numérico para não rotulado (padrão 0)
[-drop-unused-labels] - remove quaisquer valores de rótulo não usados do rótulo
mesa
Cria um arquivo de etiqueta cifti a partir de um arquivo cifti com valores semelhantes a etiqueta.
Vocês
pode especificar a string vazia ('' funcionará em linux / mac) para ,
que será tratado como se fosse um arquivo vazio. O arquivo de lista de rótulos deve ter
linhas do seguinte formato:
Não especifique a chave "sem rótulo" no arquivo, presume-se que 0 significa que não
etiquetado a menos -valor não rotulado é especificado. Os nomes das etiquetas devem estar em um separado
linha, mas pode conter espaços ou outros caracteres incomuns (mas não nova linha).
O espaço em branco é cortado em ambas as extremidades do nome do rótulo, mas é mantido se estiver no
meio de um rótulo. Os valores de vermelho, verde, azul e alfa devem ser inteiros de
0 a 255, e irá especificar a cor com a qual o rótulo é desenhado (alfa de 255 significa
opaco, que provavelmente é o que você deseja). Por padrão, ele definirá novos nomes de rótulos
com nomes de LABEL_ # para quaisquer valores encontrados que não sejam mencionados na lista
arquivo, especifique -descartar-outros em vez disso, defina-os como a chave "sem rótulo".
-cifti-label-to-roi FAÇA UMA ETIQUETA CIFTI EM UM ROI
wb_command -cifti-label-to-roi
- o arquivo de etiqueta cifti de entrada - saída - a saída cifti
arquivo escalar
[-nome] - selecionar rótulo pelo nome
- o nome do rótulo do qual você deseja um roi
[-key] - seleciona rótulo por chave
- a chave da etiqueta da qual você deseja um roi
[-map] - seleciona um único mapa de rótulo para usar
- o número ou nome do mapa
Para cada mapa em , um mapa é criado em onde todos os locais
etiquetado com ou com uma chave de recebem o valor 1, e
todos os outros locais recebem 0. Exatamente um dos -nome e -chave deve ser especificado.
Especificar -map usar apenas um mapa de .
-cifti-matemática AVALIE A EXPRESSÃO NOS ARQUIVOS CIFTI
wb_command -cifti-matemática
- a expressão a avaliar, entre aspas - saída - o
arquivo cifti de saída
[-fixnan] - substitui os resultados NaN por um valor
- valor para substituir NaN por
[-override-mapping-check] - não verifica os mapeamentos para compatibilidade,
apenas verifique o comprimento
[-var] - repetível - um arquivo cifti para usar como uma variável
- o nome da variável, conforme usado na expressão - o cifti
arquivo para usar como esta variável
[-select] - repetível - seleciona um único índice de uma dimensão
- a dimensão para selecionar (base 1) - o índice a ser usado (baseado em 1)
[-repetir] - repete os valores selecionados para cada índice de produção em
esta dimensão
Este comando avalia em cada elemento da matriz independentemente. Lá
deve ser pelo menos um -var opção (para obter o layout de saída), mesmo se o
especificado nele não é usado em .
Para selecionar uma única coluna de um arquivo 2D (a maioria dos arquivos cifti são 2D), use -selecionar 1
, Onde é baseado em 1. Para selecionar uma única linha de um arquivo 2D, use
-selecionar 2 . Onde -selecionar não é usado, os arquivos cifti devem ser compatíveis
mapeamentos (por exemplo, modelos cerebrais e mapeamentos de parcelas devem corresponder exatamente, exceto para
nomes de parcelas). Usar -override-mapping-check para pular esta verificação.
Nomes de arquivos não são válidos em , use um nome de variável e um -var opção com
Coincidindo para especificar um arquivo de entrada. O formato de é tão
segue:
As expressões consistem em constantes, variáveis, operadores, parênteses e funções,
em notação infixa, como 'exp (-x + 3) * escala '. Variáveis são strings de qualquer
comprimento, usando os caracteres az, AZ, 0-9 e _, mas não pode assumir o nome de um
constante nomeada. Atualmente, há apenas uma constante nomeada, PI. Os operadores
são +, -, *, /, ^,>, <,> =, <=, ==,! =,!, &&, ||. Estes se comportam como em C, exceto
que ^ é exponenciação, ou seja, pow (x, y), e tem maior precedência do que outros
operadores binários (também, '-3 ^ -4 ^ -5' significa '- (3 ^ (- (4 ^ -5)))'). O <=,> =, == e! =
operadores recebem uma pequena quantidade de espaço de manobra, igual a um milionésimo do
menor dos valores absolutos dos valores sendo comparados.
A comparação e os operadores lógicos retornam 0 ou 1, você pode fazer o mascaramento com expressões
como 'x * (máscara> 0)'. Para todos os operadores lógicos, uma entrada é considerada verdadeira sse
é maior que 0. A expressão '0 <x <5' não está sintaticamente errada, mas
NÃO fará o que é desejado, porque é avaliado da esquerda para a direita, ou seja, '((0
x) <5) ', que sempre retornará 1, pois os dois resultados possíveis de uma comparação são
menor que 5. Um aviso é gerado se uma expressão desse tipo for detectada.
Use algo como 'x> 0 && x <5' para obter o comportamento desejado.
Espaços em branco entre os elementos são ignorados, 'sin (2 * x)' é equivalente a
'sin (2 * x)', mas 'está em (2 * x)' é um erro. A multiplicação implícita não é permitida,
a expressão '2x' será analisada como uma variável. Os parênteses são (), não use
[] ou {}. As funções requerem parênteses, a expressão 'sin x' é um erro.
As seguintes funções são suportadas:
sin: 1 argumento, o seno do argumento (as unidades são radianos) cos: 1 argumento, o
cosseno do argumento (as unidades são radianos) tan: 1 argumento, a tangente do
argumento (unidades são radianos) asin: 1 argumento, o inverso do seno do argumento,
em radianos acos: 1 argumento, o inverso do cosseno do argumento, em radianos
atan: 1 argumento, o inverso da tangente do argumento, em radianos atan2: 2
argumentos, atan2 (y, x) retorna o inverso da tangente de
(y / x), em radianos, determinando o quadrante pelo sinal de ambos os argumentos
sinh: 1 argumento, o seno hiperbólico do argumento cosh: 1 argumento, o
cosseno hiperbólico do argumento tanh: 1 argumento, a tangente hiperbólica do
argumento asinh: 1 argumento, o seno hiperbólico inverso do argumento acosh: 1
argumento, o cosseno hiperbólico inverso do argumento atanh: 1 argumento, o
tangente hiperbólica inversa do argumento ln: 1 argumento, o logaritmo natural de
o argumento exp: 1 argumento, a constante e elevada à potência do argumento
log: 1 argumento, o logaritmo de base 10 do argumento sqrt: 1 argumento, o quadrado
raiz do argumento abs: 1 argumento, o valor absoluto do argumento floor: 1
argumento, o maior inteiro não maior que o argumento round: 1 argumento, o
o número inteiro mais próximo, com laços arredondados a partir de
zero
ceil: 1 argumento, o menor inteiro não menor que o argumento min: 2 argumentos,
min (x, y) retorna y se (x> y), caso contrário x max: 2 argumentos, max (x, y) retorna y
if (x <y), x caso contrário mod: 2 argumentos, mod (x, y) = x - y * floor (x / y), ou 0 se
y == 0 clamp: 3 argumentos, clamp (x, baixo, alto) = min (máx (x, baixo), alto)
-cifti-merge MERGE CIFTI TIMESERIES, SCALAR, OU LABEL FILES
wb_command -cifti-merge
- saída - arquivo cifti de saída
[-cifti] - repetível - especifica um arquivo cifti de entrada
- um arquivo cifti para usar colunas de
[-coluna] - repetível - seleciona uma única coluna para usar
- o índice da coluna (começando em 1)
[-up-to] - usa um intervalo inclusivo de colunas
- o índice da última coluna a incluir
[-reverse] - usa o intervalo na ordem inversa
Dados de entrada de arquivos CIFTI que têm mapeamentos correspondentes ao longo das colunas, e para os quais
os mapeamentos ao longo das linhas são do mesmo tipo, todas as séries, escalares ou rótulos, este
comando concatena as colunas especificadas horizontalmente (as linhas se tornam mais longas).
Exemplo: wb_command -cifti-merge out.dtseries.nii -cifti primeiro.dtseries.nii -coluna
1 -cifti segundo.dtseries.nii
Este exemplo pegaria a primeira coluna de first.dtseries.nii, seguida por todos
colunas de second.dtseries.nii e grave essas colunas em out.dtseries.nii.
-cifti-merge-denso MERGE ARQUIVOS CIFTI AO LONGO DA DIMENSÃO DENSA
wb_command -cifti-merge-denso
- com qual dimensão unir, ROW ou COLUMN - saída -
o arquivo cifti de saída
[-cifti] - repetível - especifica um arquivo cifti de entrada
- um arquivo cifti para mesclar
Os arquivos cifti de entrada devem ter mapeamentos correspondentes ao longo da direção não
especificado, e o mapeamento ao longo da direção especificada deve ser modelos cerebrais.
-cifti-pairwise-correlação CORRIGIR LINHAS PAREADAS ENTRE DOIS ARQUIVOS CIFTI
wb_command -cifti-pairwise-correlação
- primeiro arquivo cifti de entrada - segundo arquivo cifti de entrada
- saída - arquivo cifti de saída
[-fisher-z] - aplica a pequena transformação z de Fisher (ou seja, artanh) à correlação
Para cada linha em , correlacione-o com a mesma linha em , e coloque o
resultar na mesma linha de , que tem apenas uma coluna.
-paleta cifti DEFINIR PALETA EM UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -paleta cifti
- a entrada cifti - o modo de mapeamento - saída - o
arquivo cifti de saída
[-coluna] - seleciona uma única coluna para mapas escalares
- o número ou nome da coluna
[-pos-percent] - porcentagem min / max para coloração de dados positiva
- o percentil para os dados menos positivos - a
percentil para os dados mais positivos
[-neg-percent] - porcentagem min / max para coloração de dados negativos
- o percentil para os dados menos negativos - a
percentil para os dados mais negativos
[-pos-user] - valores mín. / máx. do usuário para coloração de dados positiva
- o valor para os dados menos positivos - O valor que
para os dados mais positivos
[-neg-user] - valores mín. / máx. do usuário para coloração de dados negativa
- o valor para os dados menos negativos - O valor que
para os dados mais negativos
[-interpolar] - interpolar cores
- booleano, se interpolar
[-disp-pos] - exibe dados positivos
- booleano, se exibir
[-disp-neg] - exibe dados positivos
- booleano, se exibir
[-disp-zero] - exibe dados mais próximos de zero do que o corte mínimo
- booleano, se exibir
[-palette-name] - define a paleta usada
- o nome da paleta
[-limiar] - definir o limite
- configuração de limite - mostrar valores dentro ou fora dos limites
- limite inferior - limite superior
NOTA: O arquivo de saída deve ser um arquivo diferente do arquivo de entrada.
Para mapas escalares, por padrão, a paleta é alterada para cada mapa, especifique -coluna
para alterar apenas um mapa. As configurações de paleta não especificadas serão obtidas do
primeira coluna para mapas escalares, e da paleta de arquivo existente para outro mapeamento
tipos. o o argumento deve ser um dos seguintes:
MODE_AUTO_SCALE MODE_AUTO_SCALE_ABSOLUTE_PERCENTAGE MODE_AUTO_SCALE_PERCENTAGE
MODE_USER_SCALE
o argumento para -nome da paleta deve ser um dos seguintes:
PSYCH PSYCH-NO-NONE ROY-BIG ROY-BIG-BL Laranja-Amarelo Cinza_Interp_Positive
Gray_Interp clear_brain videen_style fidl raich4_clrmid raich6_clrmid HSB8_clrmid
RBGYR20 RBGYR20P POS_NEG vermelho-amarelo azul-azul claro FSL power_surf fsl_red fsl_green
fsl_blue fsl_yellow JET256
o argumento para -limiar deve ser um dos seguintes:
THRESHOLD_TYPE_OFF THRESHOLD_TYPE_NORMAL
o argumento para -limiar deve ser um dos seguintes:
THRESHOLD_TEST_SHOW_OUTSIDE THRESHOLD_TEST_SHOW_INSIDE
-cifti-mapeamento de pacote para rótulo CRIAR DLABEL DE ARQUIVO PARCELADO
wb_command -cifti-mapeamento de pacote para rótulo
- o arquivo parcelado de entrada - qual dimensão tomar
mapa de parcela de, ROW ou COLUMN - um arquivo cifti com o desejado
mapeamento denso ao longo
coluna
- output - o arquivo de etiqueta densa de saída
Este comando irá gerar um arquivo dlabel, útil para fazer a mesma parcelação para
outro arquivo denso.
Para ptseries, pscalar, plabel, pconn e pdconn, usando ROW para vai
<span class="word" data-word="work." style="--word-index: 2; translate: none; rotate: none; scale: none; transform: translate(0px, 0px); opacity: 1;">work.</span>
-cifti-parcelado PARCELAR UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-parcelado
- o arquivo cifti a ser dividido em parcelas - um arquivo de etiqueta cifti para usar
para a parcela - qual mapeamento para distribuir, ROW ou COLUMN
- saída - arquivo cifti de saída
Cada etiqueta no arquivo de etiqueta cifti será tratada como um pacote, e todas as linhas ou
as colunas dentro do pacote são calculadas em conjunto para formar a linha ou coluna de saída.
Se ROW for especificado, o mapeamento de entrada ao longo das linhas deve ser coordenado pelo cérebro, e
o mapeamento de saída ao longo das linhas será parcelas, o que significa que as colunas serão calculadas
juntos. Para dtseries ou dscalar, use COLUMN.
-cifti-reduzir EXECUTE A OPERAÇÃO DE REDUÇÃO AO LONGO DAS LINHAS CIFTI
wb_command -cifti-reduzir
- o arquivo cifti para reduzir - o operador de redução a usar
- output - o arquivo cifti de saída
[-exclude-outliers] - exclui outliers de cada linha por padrão
desvio - número de desvios padrão abaixo da média para
incluir
- número de desvios padrão acima da média para
incluir
Para cada linha cifti, pega os dados ao longo de uma linha como um vetor e executa o
redução especificada nele, colocando o resultado na coluna de saída única naquele
fileira. Os operadores de redução são os seguintes:
MAX: o valor máximo MIN: o valor mínimo INDEXMAX: o índice baseado em 1 do
valor máximo INDEXMIN: o índice baseado em 1 do valor mínimo SUM: soma todos os valores
PRODUTO: multiplique todos os valores MEAN: a média dos dados STDEV: o padrão
desvio (denominador N) SAMPSTDEV: o desvio padrão da amostra (N-1
denominador) VARIANCE: a variância dos dados MEDIAN: a mediana dos dados
MODE: o modo dos dados COUNT_NONZERO: o número de elementos diferentes de zero no
dados,
-cifti-reordenar REORDENAR AS PACOTES OU MAPAS DE ESCALAR / ETIQUETA EM UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-reordenar
- arquivo cifti dividido em parcelas - qual dimensão reordenar
junto com ROW ou COLUMN - um arquivo de texto contendo a ordem desejada
transformação - output - o arquivo cifti reordenado
O mapeamento ao longo da direção especificada deve ser parcels, scalars ou labels. Para
pscalar ou ptseries, use COLUMN para reordenar os pacotes. Para dlabel, use ROW. o
o arquivo deve conter índices baseados em 1 separados por espaços em branco (espaços,
newlines, tabs, etc), com tantos índices quanto tem ao longo do especificado
dimensão. Esses índices especificam qual índice atual deve terminar naquele
posição, por exemplo, se o pedido atual é 'ABC D', e o pedido desejado é
'DAB C', o arquivo de texto deve conter '4 1 2 3'.
-cifti-substituir-estrutura SUBSTITUA OS DADOS EM UMA ESTRUTURA EM UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-substituir-estrutura
- o cifti para modificar - qual dimensão interpretar como um
mapa único, ROW ou COLUMN
[-volume-all] - substitui os dados em todos os componentes do volume
- o volume de entrada
[-from-cropped] - a entrada é cortada para o tamanho dos dados
[-discard-unused-labels] - ao operar em um arquivo dlabel, elimine qualquer
chaves de rótulo não utilizadas da tabela de rótulo
[-label] - repetível - substitui os dados em um componente de rótulo de superfície
- a estrutura para substituir os dados - o arquivo de etiqueta de entrada
[-métrica] - repetível - substitui os dados em um componente de superfície
- a estrutura para substituir os dados de - a métrica de entrada
[-volume] - repetível - substitui os dados em um componente de volume
- a estrutura para substituir os dados de - o volume de entrada
[-from-cropped] - a entrada é cortada para o tamanho do componente
Você deve especificar pelo menos um dos -métrica, -rótulo, -volume, ou -volume-todos para esta
comando para fazer qualquer coisa. Os volumes de entrada devem estar alinhados com a saída de
-cifti-separar. Para dtseries / dscalar, use COLUMN, e se sua matriz for
totalmente simétrico, COLUMN é mais eficiente. O argumento da estrutura deve ser um de
o seguinte:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-cifti-reamostra RESAMPLE UM ARQUIVO CIFTI PARA UM NOVO ESPAÇO CIFTI
wb_command -cifti-reamostra
- o arquivo cifti para reamostrar - a direção da entrada
que deve ser reamostrado - um arquivo cifti contendo o espaço cifti
para reamostrar para - a direção do modelo a ser usado como o
espaço de reamostragem
- especificar um método de reamostragem de superfície - especifique um
método de interpolação de volume - output - o arquivo cifti de saída
[-superfície-maior] - use o maior peso em vez da média ponderada quando
fazendo reamostragem de superfície
[-volume-predilate] - dilate os componentes do volume antes da reamostragem
- distância, em mm, para dilatar
[-superfície-pós-dilatação] - dilatar os componentes da superfície após a reamostragem
- distância, em mm, para dilatar
[-afino] - usa uma transformação afim nos componentes de volume
- o arquivo afim a ser usado
[-flirt] - DEVE ser usado se afinidade for afinidade de flerte
- o volume da fonte usado ao gerar o afim
- o volume alvo usado ao gerar o afim
[-warpfield] - usa um warpfield nos componentes de volume
- o campo de guerra para usar
[-fnirt] - DEVE ser usado se estiver usando um campo de guerra fnirt
- o volume da fonte usado ao gerar o
Warpfield
[-esquerda-esferas] - especifica as esferas para reamostragem da superfície esquerda
- uma esfera com a mesma malha da esquerda atual
à superfície dos talhos,
- uma esfera com a nova malha esquerda que está em registro
com a esfera atual
[-left-area-surfs] - especifica as superfícies à esquerda para fazer a área do vértice
correção baseada em - uma superfície anatômica esquerda relevante com
atual
malha
- uma superfície anatômica esquerda relevante com nova malha
[-left-area-metrics] - especifica as métricas da área do vértice esquerdo para fazer a área
correção baseada em - um arquivo métrico com áreas de vértice para o
atual
malha
- um arquivo métrico com áreas de vértice para a nova malha
[-right-spheres] - especifica as esferas para a reamostragem da superfície direita
- uma esfera com a mesma malha da direita atual
à superfície dos talhos,
- uma esfera com a nova malha direita que está em registro
com a esfera atual
[-right-area-surfs] - especifica as superfícies certas para fazer a área do vértice
correção baseada em - uma superfície anatômica direita relevante com
atual
malha
- uma superfície anatômica direita relevante com nova malha
[-right-area-metrics] - especifica as métricas da área do vértice direito para fazer a área
correção baseada em - um arquivo métrico com áreas de vértice para o
atual
malha
- um arquivo métrico com áreas de vértice para a nova malha
[-cerebellum-spheres] - especificar esferas para reamostragem da superfície do cerebelo
- uma esfera com a mesma malha da corrente
superfície do cerebelo
- uma esfera com a nova malha de cerebelo que está em
registrar-se com a esfera atual
[-cerebellum-area-surfs] - especifica as superfícies do cerebelo para fazer o vértice
correção de área com base em - uma superfície anatômica do cerebelo relevante
com
malha atual
- uma superfície anatômica do cerebelo relevante com nova malha
[-cerebellum-area-metrics] - especifica as métricas da área do vértice do cerebelo para
fazer correção de área com base em - um arquivo métrico com áreas de vértice para
o atual
malha
- um arquivo métrico com áreas de vértice para a nova malha
Faça uma nova amostra dos dados cifti para um espaço de coordenação cerebral diferente.
Use COLUMN para
a direção para reamostrar dscalar, dlabel ou dtseries.
Reamostragem de ambos
dimensões de um dconn requer a execução deste comando duas vezes, uma vez com COLUMN e
uma vez com ROW. Se você está reamostrando um dconn e sua máquina tem uma grande quantidade
de memória, você pode considerar usar -cifti-resample-dconn-memória para evitar escrever
e relendo um arquivo intermediário. Se as esferas não forem especificadas para uma superfície
estrutura que existe nos arquivos cifti, seus dados são copiados sem reamostragem ou
dilatação. A dilatação é feita com o método 'mais próximo', e é feita em
para dados de superfície. Os componentes do volume são preenchidos antes da dilatação para que a dilatação
não atinge a borda da caixa delimitadora do componente.
Os métodos de reamostragem recomendados são ADAP_BARY_AREA e CUBIC (cubic spline),
exceto para dados de rótulo que devem usar ADAP_BARY_AREA e ENCLOSING_VOXEL.
o o argumento deve ser um dos seguintes:
ENCLOSING CUBICO_VOXEL TRILINEAR
o o argumento deve ser um dos seguintes:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
-cifti-resample-dconn-memória USE MUITA MEMÓRIA PARA REEMBOLSAR DCONN
wb_command -cifti-resample-dconn-memória
- o arquivo cifti para reamostrar - um arquivo cifti contendo
o espaço cifti para reamostrar para - a direção do modelo
para usar como o
espaço de reamostragem
- especificar um método de reamostragem de superfície - especifique um
método de interpolação de volume - output - o arquivo cifti de saída
[-superfície-maior] - use o maior peso em vez da média ponderada quando
fazendo reamostragem de superfície
[-volume-predilate] - dilate os componentes do volume antes da reamostragem
- distância, em mm, para dilatar
[-superfície-pós-dilatação] - dilatar os componentes da superfície após a reamostragem
- distância, em mm, para dilatar
[-afino] - usa uma transformação afim nos componentes de volume
- o arquivo afim a ser usado
[-flirt] - DEVE ser usado se afinidade for afinidade de flerte
- o volume da fonte usado ao gerar o afim
- o volume alvo usado ao gerar o afim
[-warpfield] - usa um warpfield nos componentes de volume
- o campo de guerra para usar
[-fnirt] - DEVE ser usado se estiver usando um campo de guerra fnirt
- o volume da fonte usado ao gerar o
Warpfield
[-esquerda-esferas] - especifica as esferas para reamostragem da superfície esquerda
- uma esfera com a mesma malha da esquerda atual
à superfície dos talhos,
- uma esfera com a nova malha esquerda que está em registro
com a esfera atual
[-left-area-surfs] - especifica as superfícies à esquerda para fazer a área do vértice
correção baseada em - uma superfície anatômica esquerda relevante com
atual
malha
- uma superfície anatômica esquerda relevante com nova malha
[-left-area-metrics] - especifica as métricas da área do vértice esquerdo para fazer a área
correção baseada em - um arquivo métrico com áreas de vértice para o
atual
malha
- um arquivo métrico com áreas de vértice para a nova malha
[-right-spheres] - especifica as esferas para a reamostragem da superfície direita
- uma esfera com a mesma malha da direita atual
à superfície dos talhos,
- uma esfera com a nova malha direita que está em registro
com a esfera atual
[-right-area-surfs] - especifica as superfícies certas para fazer a área do vértice
correção baseada em - uma superfície anatômica direita relevante com
atual
malha
- uma superfície anatômica direita relevante com nova malha
[-right-area-metrics] - especifica as métricas da área do vértice direito para fazer a área
correção baseada em - um arquivo métrico com áreas de vértice para o
atual
malha
- um arquivo métrico com áreas de vértice para a nova malha
[-cerebellum-spheres] - especificar esferas para reamostragem da superfície do cerebelo
- uma esfera com a mesma malha da corrente
superfície do cerebelo
- uma esfera com a nova malha de cerebelo que está em
registrar-se com a esfera atual
[-cerebellum-area-surfs] - especifica as superfícies do cerebelo para fazer o vértice
correção de área com base em - uma superfície anatômica do cerebelo relevante
com
malha atual
- uma superfície anatômica do cerebelo relevante com nova malha
[-cerebellum-area-metrics] - especifica as métricas da área do vértice do cerebelo para
fazer correção de área com base em - um arquivo métrico com áreas de vértice para
o atual
malha
- um arquivo métrico com áreas de vértice para a nova malha
Este comando faz a mesma coisa que executar -cifti-reamostra duas vezes, mas usa memória
até aproximadamente 2x o tamanho que o arquivo intermediário teria. Isto é
porque o dconn intermediário é mantido na memória, ao invés de escrito no disco, e
os componentes antes e depois da reamostragem / dilatação devem estar na memória no
mesmo tempo durante o cálculo relevante. Se as esferas não forem especificadas para um
estrutura de superfície que existe nos arquivos cifti, seus dados são copiados sem
reamostragem ou dilatação. A dilatação é feita com o método 'mais próximo', e é feita em
para dados de superfície. Os componentes do volume são preenchidos antes da dilatação, portanto
essa dilatação não atinge a borda da caixa delimitadora do componente.
o o argumento deve ser um dos seguintes:
ENCLOSING CUBICO_VOXEL TRILINEAR
o o argumento deve ser um dos seguintes:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
-cifti-strict-dense-map EXCLUIR BRAINORDINATES DE UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-strict-dense-map
- o cifti de entrada - qual dimensão alterar o mapeamento
em, ROW ou COLUMN - saída - a saída cifti
[-cifti-roi] - arquivo cifti contendo rois combinado
- o rois como um arquivo cifti
[-left-roi] - vértices para usar do hemisfério esquerdo
- o roi esquerdo como um arquivo métrico
[-right-roi] - vértices para usar do hemisfério direito
- o roi certo como um arquivo métrico
[-cerebelo-roi] - vértices para usar do cerebelo
- o roi cerebelo como um arquivo métrico
[-vol-roi] - voxels para usar
- o arquivo de volume roi
Grava uma versão modificada de , onde todos os coordenados cerebrais fora do
roi (s) especificado (s) são removidos do arquivo. Se -cifti-roi é especificado, nenhum outro
- * - a opção roi pode ser especificada. Se não estiver usando -cifti-roi, qualquer - * - opções roi não
presente irá descartar a estrutura relevante, se presente no arquivo de entrada.
-cifti-roi-média MÉDIA DE LINHAS EM UM ÚNICO ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-roi-média
- o arquivo cifti para linhas médias de - arquivo de texto de saída de
os valores médios
[-cifti-roi] - arquivo cifti contendo rois combinado
- o rois como um arquivo cifti
[-left-roi] - vértices para usar do hemisfério esquerdo
- o roi esquerdo como um arquivo métrico
[-right-roi] - vértices para usar do hemisfério direito
- o roi certo como um arquivo métrico
[-cerebelo-roi] - vértices para usar do cerebelo
- o roi cerebelo como um arquivo métrico
[-vol-roi] - voxels para usar
- o arquivo de volume roi
Faça a média das linhas que estão dentro das ROIs especificadas e escreva o resultado
linha média para um arquivo de texto, separados por novas linhas. Se -cifti-roi é especificado,
-esquerda-roi, -direito-roi, -cerebelo-roi e -vol-roi não deve ser especificado.
-cifti-rois-de-extrema CRIAR MAPAS CIFTI ROI A PARTIR DE MAPAS EXTREMA
wb_command -cifti-rois-de-extrema
- o cifti de entrada - limite de distância geodésica do vértice, em mm
- limite de distância euclidiana do centro do voxel, em mm - que
dimensionar um mapa extremo ao longo, ROW ou COLUMN - saída - a saída
cifti
[-esuperfície] - especifica a superfície esquerda a ser usada
- o arquivo de superfície esquerdo
[-right-surface] - especifica a superfície certa para usar
- o arquivo de superfície correto
[-cerebellum-surface] - especificar a superfície do cerebelo a ser usada
- o arquivo de superfície do cerebelo
[-gaussian] - gera kernels gaussianos em vez de ROIs planos
- o sigma para o kernel gaussiano de superfície, em mm - a
sigma para o volume do kernel gaussiano, em mm
[-overlap-logic] - como lidar com ROIs sobrepostos, padrão ALLOW
- o método de resolução de sobreposições
[-merged-volume] - trata os componentes do volume como se fossem um único
componente
Para cada valor diferente de zero em cada mapa, faça um mapa com um ROI em torno desse local.
Se o -gaussiano opção for especificada, então os kernels gaussianos normalizados são produzidos
em vez de ROIs. o argumento para - lógica de sobreposição deve ser um de ALLOW,
MAIS PRÓXIMO ou EXCLUIR. ALLOW é o padrão e significa que as ROIs são tratadas
independentemente e podem se sobrepor. MAIS PRÓXIMO significa que os ROIs não podem se sobrepor, e que
nenhuma ROI contém vértices que estão mais próximos de um vértice original diferente. EXCLUIR significa
que os ROIs não podem se sobrepor e que qualquer vértice dentro da faixa de mais de um ROI
não pertence a nenhum ROI.
-cifti-separar ESCREVA UMA ESTRUTURA CIFTI COMO MÉTRICA, ETIQUETA OU VOLUME
wb_command -cifti-separar
- o cifti para separar um componente de - para qual direção
separar em componentes, ROW ou COLUMN
[-volume-all] - separa todas as estruturas de volume em um arquivo de volume
- saída - o volume de saída
[-roi] - também exibe o roi do qual os voxels têm dados
- saída - o volume de saída roi
[-label] - produz um arquivo de rótulo de volume indicando a localização de
estruturas - output - o volume de saída do rótulo
[-crop] - cortar o volume para o tamanho dos dados em vez de usar o
tamanho do volume original
[-label] - repetível - separa um modelo de superfície em um rótulo de superfície
Arquivo - a estrutura para produzir - output - o rótulo de saída
lima
[-roi] - também produz o roi cujos vértices possuem dados
- saída - a métrica de saída roi
[-métrica] - repetível - separa um modelo de superfície em um arquivo métrico
- a estrutura para produzir - saída - a métrica de saída
[-roi] - também produz o roi cujos vértices possuem dados
- saída - a métrica de saída roi
[-volume] - repetível - separa uma estrutura de volume em um arquivo de volume
- a estrutura para produzir - saída - o volume de saída
[-roi] - também exibe o roi do qual os voxels têm dados
- saída - o volume de saída roi
[-crop] - cortar o volume para o tamanho do componente em vez de usar
o tamanho do volume original
Para dtseries, dscalar e dlabel, use COLUMN para , e se você tiver um
dconn simétrico, COLUMN é mais eficiente.
Você deve especificar pelo menos um dos -métrica, -volume-todos, -volume, ou -rótulo para esta
comando para fazer qualquer coisa. Os volumes de saída irão se alinhar espacialmente com seus originais
posições, sejam cortadas ou não.
Para cada argumento, use uma das seguintes strings:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-suavização cifti SUAVIZAR UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -suavização cifti
- o cifti de entrada - o sigma para a superfície gaussiana
kernel de alisamento,
em mm
- o sigma para o kernel de suavização de volume gaussiano, em
mm
- qual dimensão suavizar, ROW ou COLUMN - saída -
a saída cifti
[-esuperfície] - especifica a superfície esquerda a ser usada
- o arquivo de superfície esquerdo
[-esquerda-corrigida-áreas] - áreas de vértice para usar em vez de computação
eles da superfície esquerda - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-right-surface] - especifica a superfície certa para usar
- o arquivo de superfície correto
[-áreas corrigidas à direita] - áreas de vértice para usar em vez de computação
eles da superfície certa - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-cerebellum-surface] - especificar a superfície do cerebelo a ser usada
- o arquivo de superfície do cerebelo
[-cerebellum-corrected-areas] - áreas de vértice para usar em vez de
computando-os da superfície do cerebelo - o vértice corrigido
áreas, como uma métrica
[-cifti-roi] - suavizar apenas nas regiões de interesse
- as regiões a serem suavizadas, como um arquivo cifti
[-fix-zeros-volume] - trata os valores de zero no volume como dados ausentes
[-fix-zeros-surface] - trata os valores de zero na superfície como ausentes
dados,
[-merged-volume] - suavizar os limites da estrutura subcortical
O arquivo cifti de entrada deve ter um mapeamento de modelos cerebrais na dimensão escolhida,
colunas para .dtseries e para .dconn. Por padrão, os dados em diferentes
estruturas é suavizado de forma independente (ou seja, suavização "restrita por parcela"), então
estruturas de volume que se tocam não suavizam ao longo desta fronteira. Especificamos
-volume mesclado ignorar esses limites. A suavização de superfície usa o
Método de suavização GEO_GAUSS_AREA.
As opções de áreas corrigidas - * - destinam-se a quando for inevitável suavizar
superfícies médias do grupo, é apenas uma correção aproximada para a redução de
estrutura em uma superfície média do grupo. É melhor suavizar os dados em
indivíduos antes de calcular a média, quando viável.
O -corrigir-zeros-* as opções tratarão valores de zero como falta de dados e não usarão
esse valor ao gerar os valores suavizados, mas irá preencher zeros com
valores extrapolados. O ROI deve ter um mapeamento de modelos cerebrais ao longo das colunas,
correspondendo exatamente ao mapeamento da direção escolhida no arquivo de entrada. Dados
fora da ROI é ignorado.
-cifti-estatísticas ESTATÍSTICAS AO LONGO DAS COLUNAS CIFTI
wb_command -cifti-estatísticas
- o cifti de entrada
[-reduzir] - usar uma operação de redução
- a operação de redução
[-percentil] - fornece o valor em um percentil
- o percentil para encontrar
[-coluna] - exibe apenas a saída para uma coluna
- o índice da coluna (começando em 1)
[-roi] - considera apenas os dados dentro de uma roi
- o roi, como um arquivo cifti
[-match-maps] - cada coluna de entrada usa a coluna correspondente
do arquivo roi
[-show-map-name] - imprime o índice da coluna e o nome antes de cada saída
Para cada coluna da entrada, um único número é impresso, resultante da
redução especificada ou operação de percentil. Usar -coluna para dar saída apenas para um
coluna única. Usar -Rei para considerar apenas os dados dentro de uma região. Exatamente um de
-reduzir or -percentil deve ser especificado.
O argumento para o -reduzir a opção deve ser uma das seguintes:
MAX: o valor máximo MIN: o valor mínimo INDEXMAX: o índice baseado em 1 do
valor máximo INDEXMIN: o índice baseado em 1 do valor mínimo SUM: soma todos os valores
PRODUTO: multiplique todos os valores MEAN: a média dos dados STDEV: o padrão
desvio (denominador N) SAMPSTDEV: o desvio padrão da amostra (N-1
denominador) VARIANCE: a variância dos dados MEDIAN: a mediana dos dados
MODE: o modo dos dados COUNT_NONZERO: o número de elementos diferentes de zero no
dados,
-cifti-transpor TRANSPORAR UM ARQUIVO CIFTI
wb_command -cifti-transpor
- o arquivo cifti de entrada - output - o arquivo cifti de saída
[-mem-limit] - restringe o uso de memória
- limite de memória em gigabytes
A entrada deve ser um arquivo cifti bidimensional.
A saída é um arquivo cifti
onde cada linha na entrada é uma coluna na saída.
-cifti-vetor-operação FAÇA UMA OPERAÇÃO DE VETOR EM ARQUIVOS CIFTI
wb_command -cifti-vetor-operação
- primeiro arquivo de entrada de vetor - segundo arquivo de entrada vetorial
- que operação vetorial fazer - output - o arquivo de saída
[-normalize-a] - normaliza os vetores da primeira entrada
[-normalize-b] - normaliza os vetores da segunda entrada
[-normalize-output] - normaliza os vetores de saída (não é válido para ponto
produtos)
[-magnitude] - mostra a magnitude do resultado (não é válido para ponto
produtos)
Faz uma operação vetorial em dois arquivos cifti (que devem ter um múltiplo de 3
colunas). Qualquer uma das entradas pode ter vários vetores (mais de 3 colunas),
mas não ambos (pelo menos um deve ter exatamente 3 colunas). O -magnitude e
-normalize-saída as opções não podem ser especificadas em conjunto ou com uma operação que
retorna um escalar (produto escalar). O parâmetro deve ser um dos
A seguir:
DOT CROSS ADICIONAR SUBTRATO
-estatísticas ponderadas cifti ESTATÍSTICAS PONDERADAS AO LONGO DAS COLUNAS CIFTI
wb_command -estatísticas ponderadas cifti
- o cifti de entrada
[-pesos-espaciais] - use a área do vértice e o volume do voxel como pesos
[-left-area-surf] - use uma superfície para as áreas do vértice esquerdo
- a superfície esquerda para usar
[-right-area-surf] - use uma superfície para as áreas do vértice direito
- a superfície certa para usar
[-cerebellum-area-surf] - use uma superfície para as áreas do vértice do cerebelo
- a superfície do cerebelo a ser usada
[-left-area-metric] - use um arquivo métrico para as áreas do vértice esquerdo
- arquivo métrico contendo áreas do vértice esquerdo
[-right-area-metric] - use um arquivo métrico para as áreas do vértice direito
- arquivo métrico contendo áreas do vértice direito
[-cerebellum-area-metric] - use um arquivo métrico para o vértice do cerebelo
áreas - arquivo métrico contendo o vértice do cerebelo
áreas
[-cifti-pesos] - usa um arquivo cifti contendo pesos
- os pesos a serem usados, como um arquivo cifti
[-coluna] - exibe apenas a saída para uma coluna
- a coluna a ser usada (base 1)
[-roi] - considera apenas os dados dentro de uma roi
- o roi, como um arquivo cifti
[-match-maps] - cada coluna de entrada usa a coluna correspondente
do arquivo roi
[-média] - calcular a média ponderada
[-stdev] - cálculo do desvio padrão ponderado
[-sample] - estimar a desv. padrão da população a partir da amostra
[-percentil] - computar percentil ponderado
- o percentil para encontrar
[-sum] - calcular a soma ponderada
[-show-map-name] - imprime o índice do mapa e o nome antes de cada saída
Se o mapeamento ao longo da coluna for de modelos cerebrais, para cada coluna da entrada, o
operação especificada é feita em cada superfície e em todos os voxels, e os resultados
são impressos separadamente. Para outros tipos de mapeamento, a operação é feita em cada
coluna, e um número por mapa é impresso. Exatamente um de -spaciais-pesos or
-cifti-pesos deve ser especificado. Usar -coluna para dar saída apenas para um único
coluna. Usar -Rei para considerar apenas os dados dentro de uma região. Exatamente um de -significar,
-stdev, -percentil or -soma deve ser especificado.
utilização -soma com -spaciais-pesos (ou com -cifti-pesos e um cifti contendo
pesos de significado semelhante) é equivalente a integração em relação à área e
volume.
-class-add-membro
Adicione membros aos arquivos de cabeçalho de classe (.h) e de implementação (.cxx).
[-adicionar a arquivos] [-m ] ...
Se o -adicionar a arquivos não é especificado, o código para o cabeçalho e implementação
os arquivos são impressos no terminal.
Se o -adicionar a arquivos for especificado, espera-se que os arquivos de classe estejam no
diretório atual e nomeado .mão .cxx. O arquivo de cabeçalho
deve conter este texto em sua seção privada:
// ADD_NEW_MEMBERS_AQUI
O arquivo de implementação deve conter este texto em sua seção pública:
// ADD_NEW_METHODS_HERE
Se qualquer uma dessas cadeias de texto estiver faltando, o código que teria sido adicionado ao
o (s) arquivo (s) é (são) impresso (s) no terminal.
Para cada membro, três strings de texto separadas por um espaço devem ser fornecidas e
são o nome do membro, seu tipo de dados e uma descrição do membro. Se o
descrição contém espaços a descrição deve ser colocada entre aspas duplas ("").
Se o tipo de dados começar com uma letra maiúscula, presume-se que seja o nome de um
classe. Neste caso, getters const e não const são criados, mas não setter
é criado. Caso contrário, espera-se que o tipo de dados seja um tipo primitivo e um
getter e um setter são criados. Observe que AString e QString são tratados como
tipos primitivos.
-class-criar
Crie arquivos de cabeçalho de classe (.h) e de implementação (.cxx).
Uso:
[-copy] [-event-class ] [-event-listener] [-no-parent] [-parent
]
OPÇÕES
-cópia de
Adiciona construtor de cópia e operador de atribuição
-classe de evento
Ao criar uma subclasse de evento, usar esta opção irá definir automaticamente o
classe pai para Evento e coloque o valor de tipo enumerado de evento dado no
parâmetro para o construtor da classe Event.
Para o não há necessidade de acrescentá-lo com "EventTypeEnum ::".
-event-ouvinte
Implemente o EventListenerInterface para que a classe possa escutar eventos.
-nenhum pai
A classe criada não é derivada de nenhuma outra classe. Por padrão, a classe pai é
CaretObject.
-pai
Especifique a classe pai (derivada de). Por padrão, a classe pai é
CaretObject.
-cena
Implemente o SceneableInterface para que as instâncias da classe possam ser restauradas
de e salvos em cenas.
-cene-sub-classe
Adiciona métodos que podem ser chamados pela superclasse para que esta subclasse possa salvar
e restaurar dados de e para as cenas.
Esta opção só deve ser usada ao criar uma classe cuja superclasse implementa
o SceneableInterface
-class-criar-algoritmo
Crie arquivos de cabeçalho (.h) e implementação (.cxx) de classe de algoritmo.
Uso:
algoritmo-classe-nome
Nome obrigatório da classe de algoritmo que DEVE começar com "Algoritmo"
opção de linha de comando
Alternância de linha de comando necessária para algoritmo.
Pequena descrição
Descrição curta obrigatória entre aspas duplas.
-class-criar-enum
Crie arquivos de cabeçalho de tipo enumerado (.h) e de implementação (.cxx).
Uso:
enum-nome da classe
Nome do tipo enumerado.
Deve terminar em "Enum"
número de valores
Número de valores no tipo enumerado.
numeração automática
Códigos inteiros gerados automaticamente correspondentes aos valores enumerados.
Os valores para este parâmetro são "true" e "false".
[enum-name-1] [enum-name-2] ... [enum-name-N]
Nomes opcionais para os valores enumerados.
Se o número de nomes listados for maior que o parâmetro "número de valores", o
"número de valores" se tornará o número de nomes. Se o número de nomes for é
menor que o "número de valores", entradas vazias serão criadas.
-class-criar-operação
Crie arquivos de cabeçalho de classe de operação (.h) e de implementação (.cxx).
Uso:
[-sem parâmetros]
operação-classe-nome
Nome obrigatório da classe de operação que DEVE começar com "Operação"
opção de linha de comando
Alternância de linha de comando necessária para operação.
Pequena descrição
Descrição curta obrigatória entre aspas duplas.
-sem parâmetros
Parâmetro opcional se a operação não usar parâmetros.
-convert-afim CONVERTER UM ARQUIVO AFINADO ENTRE AS CONVENÇÕES
wb_command -convert-afim
[-de-mundo] - a entrada é um afinidade do 'mundo' NIFTI
- a entrada afim
[-from-flirt] - a entrada é uma matriz de flerte
- a entrada afim - o volume da fonte usado ao gerar
a entrada
refinado
- o volume alvo usado ao gerar a entrada
refinado
[-para-mundo] - grava a saída como um NIFTI 'mundo' afim
- saída - a saída afim
[-para-flertar] - repetível - grava a saída como uma matriz de flerte
- saída - a saída afim - o volume que você deseja
aplicar a transformação para - o espaço-alvo que você deseja transformar
volume para
partida
As matrizes mundiais NIFTI podem ser usadas diretamente nas coordenadas mm via matriz
multiplicação, eles usam o sistema de coordenadas NIFTI, ou seja, X positivo está certo,
Y positivo é anterior e Z positivo é superior.
Você deve especificar exatamente um -a partir de opção, mas você pode especificar vários -para
opções, e qualquer -para opção que leva volumes pode ser especificada mais de uma vez.
-converter-fibra-orientações CONVERTER VOLUMES DE PARÂMETRO DE BINGHAM PARA ARQUIVO DE ORIENTAÇÃO DE FIBRA
wb_command -converter-fibra-orientações
- volume de rótulos de estrutura cifti - saída - a saída
arquivo de orientação de fibra
[-fibra] - repetível - especifica os volumes dos parâmetros para uma fibra
- resistência média da fibra - desvio padrão da resistência da fibra
- ângulo teta - ângulo phi - ângulo psi - ka bingham
parâmetro - parâmetro bingham kb
Pega parâmetros bingham pré-computados de arquivos de volume e os converte para o
formato workbench usa para exibição. O o argumento deve ser um rótulo
volume, onde os rótulos usam estas strings:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-converter-matriz4-para-matriz2 GERA UM CIFTI MATRIX2 DE MATRIX4 WBSPARSE
wb_command -converter-matriz4-para-matriz2
- um arquivo wbsparse matrix4 - saída - o total
contagens de fibras, como um arquivo cifti
[-distances] - distância média de trajetória de saída
- saída - as distâncias, como um arquivo cifti
Este comando cria um arquivo cifti a partir das contagens de fibras em um arquivo wbsparse matrix4,
e opcionalmente um segundo arquivo cifti das distâncias.
-convert-matrix4-to-workbench-esparso CONVERTER UMA MATRIZ 3 DE 4 ARQUIVOS PARA UM ARQUIVO SPARSE DE BANCADA DE TRABALHO
wb_command -convert-matrix4-to-workbench-esparso
- o primeiro arquivo matrix4 - o segundo arquivo matrix1
- o terceiro arquivo matrix4 - o arquivo .fiberTEMP.nii
este arquivo de trajetória se aplica
para
- lista de trigêmeos de índice de voxel de substância branca, conforme usado no
matriz de trajetória
- saída - o arquivo esparso do ambiente de trabalho de saída
[-surface-seed] - especifica o espaço de semente da superfície
- arquivo roi métrico de todos os nós usados no espaço de semente
[-volume-seed] - especifique o espaço do volume da semente
- arquivo cifti para usar os mapeamentos de volume de -
dimensão ao longo do arquivo cifti para obter o mapeamento,
ROW ou COLUMN
Converte a saída da matriz 4 de probtrackx para o formato de arquivo esparso do ambiente de trabalho.
Exatamente um de -superfície-sementes e -volume-sementes deve ser especificado.
-convert-warpfield CONVERTER UM CAMPO DE GUERRA ENTRE CONVENÇÕES
wb_command -convert-warpfield
[-de-mundo] - a entrada é um campo de guerra NIFTI 'mundial'
- o campo de guerra de entrada
[-from-fnirt] - a entrada é um campo de guerra fnirt
- o campo de guerra de entrada - o volume da fonte usado quando
gerando a entrada
Warpfield
[-para-mundo] - escreve a saída como um campo de guerra NIFTI 'mundial'
- output - o warpfield de saída
[-to-fnirt] - repetível - grava a saída como um campo de guerra de flerte
- output - o warpfield de saída - o volume que você deseja
aplique o campo de guerra a
Os campos de guerra mundiais NIFTI podem ser usados diretamente nas coordenadas mm através da amostragem do
três subvolumes na coordenada e adicionando os valores amostrados à coordenada
vetor, eles usam o sistema de coordenadas NIFTI, ou seja, X é da esquerda para a direita, Y é
posterior para anterior e Z é inferior para superior.
NOTA: este comando não inverte o campo de dobra, e para deformar uma superfície, você deve
use o inverso do campo de guerra que distorce o volume correspondente.
Você deve especificar exatamente um -a partir de opção, mas você pode especificar vários -para
opções, e qualquer -para opção que leva volumes pode ser especificada mais de uma vez.
-create-assinado-distance-volume CRIAR VOLUME DE DISTÂNCIA ASSINADO DA SUPERFÍCIE
wb_command -create-assinado-distance-volume
- a superfície de entrada - um volume no espaço de saída desejado
(escurece, espaçamento, origem) - saída - o volume de saída
[-roi-out] - produz um volume roi de onde a saída foi calculada
valor - output - o volume roi de saída
[-fill-value] - especifica um valor para colocar em todos os voxels que não
atribuída uma distância - valor a ser preenchido (padrão 0)
[-exact-limit] - especifica a distância para a saída exata
- distância em mm (padrão 5)
[-approx-limit] - especifica a distância para saída aproximada
- distância em mm (padrão 20)
[-aprovada-vizinhança] - vizinhança voxel para cálculo aproximado
- tamanho do cubo da vizinhança medido do centro à face, em
voxels (padrão 2 = 5x5x5)
[-enrolamento] - método de enrolamento para teste de superfície de ponto interno
- nome do método (padrão EVEN_ODD)
Calcula a função de distância sinalizada da superfície.
Distância exata é
calculado encontrando o ponto mais próximo em qualquer triângulo de superfície do centro de
o voxel. A distância aproximada é calculada começando com essas distâncias, usando
método de dijkstra com uma vizinhança de voxels. Especificando muito pequeno de um exato
distância pode produzir resultados inesperados. Especificadores válidos para métodos de enrolamento são
como se segue:
EVEN_ODD (padrão) NEGATIVO NONZERO NORMAIS
O método NORMALS usa as normais de triângulos e arestas, ou o triângulo mais próximo
atingido por um raio do ponto. Este método pode ser um pouco mais rápido, mas é apenas
confiável para uma superfície fechada que não se cruza. Todos os outros
métodos contam os cruzamentos de entrada (positivo) e de saída (negativo) de um raio vertical de
o ponto, então conta como interno se o total for ímpar, negativo ou diferente de zero,
respectivamente.
-estimativa-fibra-binghams ESTIMATIVA AS DISTRIBUIÇÕES DA ORIENTAÇÃO DA FIBRA DAS AMOSTRAS BEDPOSTX
wb_command -estimativa-fibra-binghams
- amostras de resistência da fibra 1 - fibra 1 teta
amostras - amostras de fibra 1 phi - fibra 1
amostras de força - amostras de fibra 2 teta -
amostras de fibra 2 phi - amostras de resistência de fibra 3
- amostras de fibra 3 teta - fibra 3 phi
amostras - volume de rótulos de estrutura cifti - saída -
arquivo de distribuição de fibra cifti de saída
Este comando faz uma estimativa de uma distribuição bingham para cada fibra
orientação em cada voxel que é rotulado como um identificador de estrutura. Essas rotulagens
vem do argumento, que deve ter rótulos que correspondam ao
seguintes strings:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-produtos de fibra COMPUTE DOT PRODUTOS DE ORIENTAÇÕES DE FIBRA COM NORMAIS DE SUPERFÍCIE
wb_command -produtos de fibra
- a superfície limite branca / cinza - a orientação da fibra
Arquivo - a distância máxima de qualquer nó de superfície de uma fibra
a população pode ser, em mm
- teste contra a superfície para ver se uma população de fibra deve
ser usado
- saída - a métrica de produtos escalares - saída - uma métrica
dos valores f das distribuições de fibra
Para cada vértice, este comando encontra a população de fibra mais próxima que satisfaça o
teste e calcula o valor absoluto do produto escalar da superfície
direção normal e média normalizada de cada fibra. O teste deve
seja INSIDE, OUTSIDE ou ANY, o que faz com que o comando use apenas fibra
populações que estão dentro da superfície, fora da superfície, ou não se importam com quais
direção que vem da superfície. Cada população de fibra é produzida em um separado
coluna métrica.
-conversão de arquivo ALTERAR A VERSÃO DO FORMATO DE ARQUIVO
wb_command -conversão de arquivo
[-border-version-convert] - escreve um arquivo de borda com uma versão diferente
- o arquivo de borda de entrada - a versão do formato para escrever como,
1 ou 3 (2 não
existir)
- output - o arquivo de borda de saída
[-surface] - deve ser especificado se a entrada for da versão 1
- use este arquivo de superfície para estrutura e número de
vértices, ignorar bordas em outras estruturas
[-nifti-version-convert] - escreve um arquivo nifti com uma versão diferente
- o arquivo nifti de entrada - a versão nifti para escrever como -
output - o arquivo nifti de saída
[-cifti-version-convert] - escreve um arquivo cifti com uma versão diferente
- o arquivo cifti de entrada - a versão cifti para escrever como
- output - o arquivo cifti de saída
Você só pode especificar uma opção de nível superior.
-informações do arquivo LISTE INFORMAÇÕES SOBRE O CONTEÚDO DE UM ARQUIVO
wb_command -informações do arquivo
- arquivo de dados
[-no-map-info] - não mostra as informações do mapa para arquivos que suportam mapas
[-only-step-interval] - suprime a saída normal, imprime o intervalo
entre mapas
[-only-number-of-maps] - suprime a saída normal, imprime o número de mapas
[-only-map-names] - suprime a saída normal, imprime os nomes de todos os mapas
Liste informações sobre o conteúdo de um arquivo de dados.
Apenas um -só opção
pode ser especificado.
As informações listadas quando não -só opção está presente
depende do tipo de arquivo de dados.
-foci-get-projeção-vértice OBTER PROJEÇÃO VERTEX PARA FOCI
wb_command -foci-get-projeção-vértice
- o arquivo foci - a superfície relacionada ao arquivo foci
- output - o arquivo de métrica de saída
[-nome] - selecione um foco pelo nome
- o nome do foco
Para cada foco, uma coluna é criada em , e o vértice com mais
influência em sua projeção é atribuído um valor de 1 nessa coluna, com todos os outros
vértices 0. Se -nome for usado, apenas um focus será usado.
-coordenadas da lista de focos SAÍDA DE COORDENADAS FOCI EM UM ARQUIVO DE TEXTO
wb_command -coordenadas da lista de focos
- arquivo foci de entrada - saída - a coordenada de saída
arquivo de texto
[-names-out] - exibe os nomes dos focus
- output - arquivo de texto para colocar nomes de focus em
Produza as coordenadas para cada focus no arquivo focus e, opcionalmente, o focus
nomes em um segundo arquivo de texto.
-foci-reamostragem FOCO DO PROJETO PARA UMA SUPERFÍCIE DIFERENTE
wb_command -foci-reamostragem
- o arquivo foci de entrada - output - o arquivo foci de saída
[-esq-superfícies] - as superfícies esquerdas para reamostragem
- a superfície em que os focos são projetados atualmente - a
superfície para projetar os focos
[-right-surface] - as superfícies certas para reamostragem
- a superfície em que os focos são projetados atualmente - a
superfície para projetar os focos
[-cerebellum-surface] - as superfícies do cerebelo para reamostragem
- a superfície em que os focos são projetados atualmente - a
superfície para projetar os focos
[-discard-distance-from-surface] - ignore a distância que os focos estão acima
ou abaixo da superfície atual
[-restore-xyz] - coloque as coordenadas xyz originais nos focus, em vez
do que as coordenadas obtidas a partir da projeção
Desprojeta os focos do para a estrutura, em seguida, projeta-os para
. Se os focos tiverem distâncias significativas acima ou abaixo da superfície, use
superfícies anatômicas. Se os focos estiverem na superfície, use esferas registradas
e as opções -descartar-distância-da-superfície e -restaurar-xyz.
-gifti-todos-etiquetas-para-rois FAÇA ROIS DE TODAS AS ETIQUETAS EM UMA COLUNA GIFTI
wb_command -gifti-todos-etiquetas-para-rois
- o arquivo de etiqueta gifti de entrada - o número ou nome do mapa de etiqueta
usar - output - o arquivo de métrica de saída
O arquivo de métrica de saída tem uma coluna para cada rótulo no mapa de entrada especificado,
diferente do ??? rótulo, cada um contendo um ROI de todos os vértices que são
definido para o rótulo correspondente.
-gifti-converter Converter arquivo GIFTI para codificação diferente
Uso:
codificação de presente
Codificação GIFTI necessária.
arquivo de entrada-gifti
Nome do arquivo GIFTI de entrada obrigatório.
arquivo-gifti de saída
Nome do arquivo GIFTI de saída necessário.
Codificações GIFTI válidas:
ASCII BASE64_BINARY GZIP_BASE64_BINARY EXTERNAL_FILE_BINARY
-gifti-label-adicionar-prefixo ADICIONE PREFIXO A TODOS OS NOMES DE LABEL EM UM ARQUIVO DE LABEL GIFTI
wb_command -gifti-label-adicionar-prefixo
- o arquivo de etiqueta de entrada - a string de prefixo a ser adicionada -
output - o arquivo de etiqueta de saída
Para cada rótulo diferente de '???', acrescente ao nome do rótulo.
-gifti-label-to-roi FAÇA UMA ETIQUETA DE GIFTI EM UMA MÉTRICA DE ROI
wb_command -gifti-label-to-roi
- o arquivo de etiqueta gifti de entrada - saída - a métrica de saída
lima
[-nome] - selecionar rótulo pelo nome
- o nome do rótulo do qual você deseja um roi
[-key] - seleciona rótulo por chave
- a chave da etiqueta da qual você deseja um roi
[-map] - seleciona um único mapa de rótulo para usar
- o número ou nome do mapa
Para cada mapa em , um mapa é criado em onde todos os locais
etiquetado com ou com uma chave de recebem o valor 1, e
todos os outros locais recebem 0. Exatamente um dos -nome e -chave deve ser especificado.
Especificar -map usar apenas um mapa de .
-rótulo-dilatar DILATE UM ARQUIVO DE ETIQUETAS
wb_command -rótulo-dilatar
- o rótulo de entrada - a superfície para dilatar -
distância em mm para dilatar os rótulos - output - o arquivo de etiqueta de saída
[-bad-vertex-roi] - especifica um roi de vértices para sobrescrever, em vez de
vértices com a chave sem etiqueta - arquivo métrico, valores positivos denotam
vértices para ter
seus valores substituídos
[-coluna] - selecione uma única coluna para dilatar
- o número ou nome da coluna
[-áreas corrigidas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las a partir
a superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
Preenche as informações do rótulo para todos os vértices designados como ruins, até o especificado
distância de outras etiquetas. Se -ruim-vértice-roi é especificado, todos os vértices,
incluindo aqueles com a chave sem etiqueta, são bons, exceto para vértices com um
valor positivo no ROI. Se não for especificado, apenas vértices com o
chaves não rotuladas são ruins.
-tabela de exportação de rótulo EXPORTAR TABELA DE ETIQUETA DE GIFTI COMO TEXTO
wb_command -tabela de exportação de rótulo
- o arquivo de etiqueta de entrada - output - o arquivo de texto de saída
Pega a tabela de rótulos do arquivo de rótulos gifti e grava em um formato de texto
combinando com o que é esperado por -importação de etiqueta métrica.
-rótulo-máscara MASCARAR UM ARQUIVO DE ETIQUETA
wb_command -rótulo-máscara
- o arquivo de etiqueta a ser mascarado - a métrica da máscara - saída -
o arquivo de etiqueta de saída
[-coluna] - seleciona uma única coluna
- o número ou nome da coluna
Por padrão, o rótulo de saída é uma cópia do rótulo de entrada, mas com o 'não usado'
etiqueta sempre que a métrica da máscara não for positiva. E se -coluna é especificado, o
a saída contém apenas uma coluna, a versão mascarada da coluna de entrada especificada.
-rótulo-mesclagem MERGE ARQUIVOS DE LABEL EM UM NOVO ARQUIVO
wb_command -rótulo-mesclagem
- output - o rótulo de saída
[-label] - repetível - especifica um rótulo de entrada
- um arquivo de etiqueta para usar colunas de
[-coluna] - repetível - seleciona uma única coluna para usar
- o número ou nome da coluna
[-up-to] - usa um intervalo inclusivo de colunas
- o número ou nome da última coluna a incluir
[-reverse] - usa o intervalo na ordem inversa
Pega um ou mais arquivos de etiqueta e constrói um novo arquivo de etiqueta concatenando
colunas deles. Os arquivos de entrada devem ter o mesmo número de vértices e o
mesma estrutura.
Exemplo: wb_command -rótulo-mesclagem out.label.gii -rótulo primeiro.label.gii -coluna 1
-rótulo segundo.rótulo.gii
Este exemplo pegaria a primeira coluna de first.label.gii e todos os subvolumes
de second.label.gii e escreva-os em out.label.gii.
-label-modificar-chaves ALTERAR OS VALORES-CHAVE EM UM ARQUIVO DE LABEL
wb_command -label-modificar-chaves
- o arquivo de etiqueta de entrada - arquivo de texto com chave antiga e nova
valores - saída - arquivo de etiqueta de saída
[-coluna] - seleciona uma única coluna para usar
- o número ou nome da coluna
deve ter linhas no formato 'oldkey newkey', assim:
3 5 5 8 8 2
Isso mudaria o rótulo atual com a tecla '3' para usar a tecla '5' ao invés, 5
usaria 8 e 8 usaria 2. Qualquer colisão nos valores-chave resulta no rótulo
que não foi especificado no arquivo de remapeamento sendo remapeado para um outro não utilizado
chave. Remapeando mais de uma chave para a mesma nova chave, ou a mesma chave para mais de
uma nova chave resulta em um erro. Isso não mudará a aparência do arquivo
quando exibido, ele mudará as chaves nos dados ao mesmo tempo.
-reamostra de rótulo RESAMPLE UM ARQUIVO DE LABEL PARA UMA MALHA DIFERENTE
wb_command -reamostra de rótulo
- o arquivo de etiqueta para reamostrar - uma superfície esférica com
a malha que o arquivo de etiqueta é
atualmente em
- uma superfície de esfera que está em registro com
e tem a malha de saída desejada
- o nome do método - output - o arquivo de etiqueta de saída
[-area-surfs] - especifica as superfícies para fazer a correção da área do vértice com base em
- uma superfície anatômica relevante com
malha
- uma superfície anatômica relevante com malha
[-area-metrics] - especifica as métricas da área do vértice para fazer a correção da área com base
sobre - um arquivo métrico com áreas de vértice para
malha
- um arquivo métrico com áreas de vértice para malha
[-current-roi] - use um roi de entrada na malha atual para excluir dados não
vértices - o roi, como um arquivo métrico
[-valid-roi-out] - produz o ROI dos vértices que obtiveram dados de válidos
vértices de origem - saída - o roi de saída como uma métrica
[-maior] - usa apenas o rótulo do vértice com o maior peso
Faz uma nova amostra de um arquivo de etiqueta, considerando duas superfícies esféricas que estão no registro. Se o
método faz correção de área, exatamente um dos -área-surfs or -métricas de área devemos ser
Especificadas.
O -maior opção resulta no comportamento do vértice mais próximo quando usado com BARCENTRICO,
ele usa o valor do vértice de origem que possui o maior peso. Quando -maior
não é especificado, os pesos dos vértices são somados de acordo com qual rótulo eles
correspondem a, e o rótulo com a maior soma é usado.
O o argumento deve ser um dos seguintes:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
O método ADAP_BARY_AREA é recomendado para dados de rótulo, porque deveria ser
melhor na resolução de vértices que estão perto de vários rótulos, ou no caso de
redução da resolução.
- etiqueta para borda DESENHE FRONTEIRAS EM TORNO DE ETIQUETAS
wb_command - etiqueta para borda
- a superfície a ser usada para informações do vizinho - a entrada
arquivo de etiqueta - output - o arquivo de borda de saída
[-colocação] - defina o quão longe ao longo dos pontos de borda da borda são desenhados
- fração ao longo da borda de dentro do vértice (padrão 0.33)
[-coluna] - seleciona uma única coluna
- o número ou nome da coluna
Para cada etiqueta, encontra todas as arestas da malha que cruzam o limite da etiqueta,
e traça fronteiras através deles. Por padrão, isso é feito em todas as colunas no
arquivo de entrada, usando o nome do mapa como o nome da classe para a fronteira.
-metadata-remove-proveniência REMOVER INFORMAÇÕES DE PROVENIÊNCIA DE METADADOS DE ARQUIVOS
wb_command -metadata-remove-proveniência
- o arquivo para remover informações de proveniência de -
output - o nome para salvar o arquivo modificado como
Remove os campos de metadados de proveniência adicionados pelo ambiente de trabalho durante o processamento.
-metadados-string-substituir SUBSTITUA UMA CADEIA EM TODOS OS METADADOS DE UM ARQUIVO
wb_command -metadados-string-substituir
- o arquivo para substituir os metadados em - a string para encontrar
- a string a ser substituída com - saída
- o nome para salvar o arquivo modificado como
[-sensível a maiúsculas e minúsculas] - corresponde também à variação de maiúsculas e minúsculas
Substitui todas as ocorrências de nos metadados e nomes de mapas de
com .
-conversão de métrica CONVERTER ARQUIVO MÉTRICO PARA FALSIFICAR NIFTI
wb_command -conversão de métrica
[-to-nifti] - converter métrica em nifti
- a métrica a ser convertida - output - o arquivo nifti de saída
[-from-nifti] - converter nifti em métrico
- o arquivo nifti para converter - arquivo de superfície para usar o número de
nós e estrutura de - output - o arquivo de métrica de saída
O objetivo deste comando é converter entre arquivos métricos e nifti1 para que
programas gifti-unaware podem operar nos dados. Você deve especificar exatamente um dos
as opções.
-metric-dilatar DILATE UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -metric-dilatar
- a métrica para dilatar - a superfície para calcular -
distância em mm para dilatar - saída - a métrica de saída
[-bad-vertex-roi] - especifica um roi de vértices para sobrescrever, em vez de
vértices com valor zero - arquivo métrico, valores positivos denotam
vértices para ter
seus valores substituídos
[-data-roi] - especifica uma roi de onde há dados
- arquivo métrico, valores positivos denotam vértices que têm
dados,
[-coluna] - selecione uma única coluna para dilatar
- o número ou nome da coluna
[-mais próximo] - usa o valor bom mais próximo em vez de uma média ponderada
[-linear] - preenche os valores com interpolação linear ao longo do mais forte
gradiente
[-expoente] - usa um expoente diferente na função de ponderação
- expoente 'n' para usar em (área / (distância ^ n)) como o
função de ponderação (padrão 2)
[-áreas corrigidas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las a partir
a superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
Para todos os vértices métricos designados como ruins, se forem vizinhos a um não ruim
vértice com dados ou estão dentro da distância especificada de tal vértice, substitua o
valor com uma média ponderada de distância de vértices não ruins próximos que têm dados,
caso contrário, defina o valor como zero. Não importa quão pequeno é, a dilatação vai
sempre use pelo menos os vértices vizinhos imediatos. Se -mais próximo é especificado,
iráusar o valor do vértice não mau mais próximo com dados dentro do intervalo
de uma média ponderada.
If -ruim-vértice-roi é especificado, apenas vértices com um valor positivo na ROI são
ruim. Se não for especificado, apenas vértices que possuem dados, com valor zero,
são ruins. Se -data-roi não for especificado, todos os vértices são considerados como tendo dados.
Observe que o -áreas corrigidas opção usa uma correção aproximada para a mudança
em distâncias ao longo de uma superfície média de grupo.
-metric-estimado-fwhm ESTIMATIVA FWHM SUAVEIS DE UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -metric-estimado-fwhm
- a superfície a ser usada para informações de distância e vizinhança -
a métrica de entrada
[-roi] - usa apenas dados dentro de um ROI
- o arquivo de métrica a ser usado como ROI
[-coluna] - selecione uma única coluna para estimar a suavidade de
- o número ou nome da coluna
Estima a suavidade das colunas métricas, imprimindo as estimativas para o padrão
saída. Essas estimativas ignoram a variação no espaçamento dos vértices.
-métrica-extrema ENCONTRAR EXTREMA EM UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -métrica-extrema
- a superfície a ser usada para informações de distância - a métrica para
encontre o extremo de - a distância mínima entre extremos identificados de
o mesmo
tipo
- saída - a saída extrema metric
[-presmooth] - suaviza a métrica antes de encontrar extremos
- o sigma para o kernel de alisamento gaussiano, em mm
[-roi] - ignora os valores fora da área selecionada
- a área para encontrar extremos, como uma métrica
[-limiar] - ignora pequenos extremos
- o maior valor a considerar por ser um mínimo - o menor
valor a considerar por ser um máximo
[-sum-colunas] - produz a soma das colunas extremos em vez de cada
coluna separadamente
[-consolidate-mode] - use a consolidação de mínimos locais em vez de um
grande bairro
[-only-maxima] - encontra apenas o máximo
[-only-minima] - encontre apenas o mínimo
[-coluna] - selecione uma única coluna para encontrar extremos em
- o número ou nome da coluna
Encontra extremos em um arquivo métrico, de modo que não haja dois extremos do mesmo tipo
dentro de de cada um. Os extremos são rotulados como -1 para mínimos, 1 para
máximo, 0 caso contrário. Se -apenas-máximas or -somínimo for especificado, então
ignorar extremos não do tipo especificado. Essas opções são mutuamente exclusivas.
If -Rei é especificado, não apenas os dados fora da roi não são usados, mas qualquer vértice em
a borda do ROI nunca será contada como um extremo, no caso de o ROI cortar
através de um gradiente, o que, de outra forma, geraria extremos onde deveria haver
Nenhum.
If -sum-colunas é especificado, essas colunas extremos são somadas, e a saída tem
uma única coluna com este resultado.
Por padrão, um ponto de dados é um extremo apenas se for mais extremo do que qualquer outro
ponto de dados que está dentro a partir dele. Se -modo consolidado é usado, isso
em vez disso, começa encontrando todos os pontos de dados que são mais extremos do que seus imediatos
vizinhos, então, enquanto houver qualquer extremo dentro um do outro, pegue
os dois extremos mais próximos um do outro e mesclá-los em um por uma média ponderada
com base em quantos extremos originais foram mesclados em cada um.
Por padrão, todas as colunas de entrada são usadas sem suavização, use -coluna para especificar um
coluna única para usar, e -presmooth para suavizar a entrada antes de encontrar o
extremo.
-métrica-falsa-correlação COMPARE A CORRELAÇÃO LOCALMENTE E ATRAVÉS / ATRAVÉS DE SULCI / GYRI
wb_command -métrica-falsa-correlação
- a superfície para calcular distância geodésica e 3D com - a
métrica para correlacionar <3D-dist> - distância 3D máxima para verificar em torno de cada vértice
- distância geodésica máxima a ser usada para vizinhança
correlação
- distância geodésica mínima a ser usada para vizinhança
correlação
- saída - a métrica de saída
[-roi] - seleciona uma região de interesse que possui dados
- a região, como um arquivo métrico
[-dump-text] - despeja as medidas brutas usadas em um arquivo de texto
- o arquivo de texto de saída
Para cada vértice, calcule a correlação média dentro de uma faixa geodésica
distâncias que não cruzam um sulco / giro, e a correlação com o mais próximo
vértice cruzando um sulco / giro. Um vértice é considerado cruzar um sulco / giro se
a distância 3D é inferior a um terço da distância geodésica. O arquivo de saída
contém a proporção entre essas correlações e alguns mapas adicionais para ajudar
explicar a proporção.
-buracos de preenchimento métrico PREENCHA OS FUROS EM UMA MÉTRICA DE ROI
wb_command -buracos de preenchimento métrico
- a superfície a ser usada para informações do vizinho - o ROI de entrada
métrica - saída - a métrica de ROI de saída
[-áreas corrigidas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las a partir
a superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
Encontra todas as áreas conectadas que não estão incluídas no ROI e as grava em
todos, exceto o maior, em termos de área de superfície.
-metric-find-clusters CLUSTERS DE FILTRO POR ÁREA DE SUPERFÍCIE
wb_command -metric-find-clusters
- a superfície para calcular - a métrica de entrada
- limite para valores de dados - limite para
área do cluster, em mm ^ 2 - saída - a métrica de saída
[-menos-que] - encontre valores menores que , ao invés de
maior
[-roi] - selecione uma região de interesse
- o roi, como uma métrica
[-áreas corrigidas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las a partir
a superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-coluna] - seleciona uma única coluna
- o número ou nome da coluna
[-size-ratio] - ignora clusters menores do que uma determinada fração do
maior aglomerado no mapa - fração da área do maior cluster
[-distance] - ignora os clusters além de uma determinada distância do
maior aglomerado - quão longe do maior cluster um cluster pode estar,
Beira
para a borda, em mm
[-start] - começa a rotular os clusters a partir de um valor diferente de 1
- o valor para dar ao primeiro cluster encontrado
Produz uma métrica com inteiros diferentes de zero para todos os vértices dentro de um grande o suficiente
cluster e zeros em outro lugar. Os inteiros denotam associação de cluster (por padrão,
o primeiro cluster encontrado usará o valor 1, o segundo cluster 2, etc). Por padrão, os valores
Maior que são considerados em um cluster, use -Menor que para
teste para valores menores que o limite. Para aplicar isso como uma máscara aos dados, ou
para fazer limites mais complicados, consulte -métrica-matemática.
-metric-gradiente GRADIENTE DE SUPERFÍCIE DE UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -metric-gradiente
- a superfície para calcular o gradiente - a métrica para
calcular o gradiente de - saída - a magnitude do gradiente
[-presmooth] - suaviza a métrica antes de calcular o gradiente
- o sigma para o kernel de alisamento gaussiano, em mm
[-roi] - selecione uma região de interesse para obter o gradiente de
- a área para obter o gradiente, como uma métrica
[-match-colunas] - para cada coluna de entrada, use a coluna correspondente
do roi
[-vetores] - vetores de gradiente de saída
- saída - os vetores como um arquivo métrico
[-coluna] - selecione uma única coluna para calcular o gradiente de
- o número ou nome da coluna
[-áreas corrigidas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las a partir
a superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[- médios-normais] - calcula a média dos normais de cada vértice com seu
vizinhos antes de usá-los para calcular o gradiente
Em cada vértice, os vizinhos imediatos são desdobrados em um plano tangente ao
superfície no vértice (especificamente, perpendicular ao normal). O gradiente é
calculado usando uma regressão entre as posições desdobradas dos vértices e
seus valores. O gradiente é então dado pelas inclinações da regressão, e
reconstruído como um vetor gradiente 3D. Por padrão, leva o gradiente de todos
colunas, sem pré-suavização, em toda a superfície, sem fazer a média do
normais da superfície entre os vizinhos.
Ao usar -áreas corrigidas, observe que é uma correção aproximada. Fazendo
alisamento em superfícies individuais antes da média / gradiente é o preferido, quando
possível, a fim de fazer uso da estrutura de superfície original.
Especificar um ROI irá restringir o gradiente para usar apenas os dados de onde o ROI
métrica é positiva e a saída de zeros em qualquer lugar em que a métrica de ROI não seja positiva.
Por padrão, a primeira coluna da métrica roi é usada para todas as colunas de entrada. Quando
-match-colunas é especificado para o -Rei opção, a entrada e as métricas de roi devem ter
o mesmo número de colunas, e para cada índice da coluna de entrada, a mesma coluna
índice é usado na métrica roi. Se o -match-colunas opção para -Rei é usado
enquanto o -coluna opção também é usada, o número de colunas da métrica roi deve
corresponder à métrica de entrada e usará a coluna roi com o índice do
coluna de entrada selecionada.
A métrica de saída do vetor é organizada de forma que os componentes X, Y e Z de um
coluna de entrada única são colunas consecutivas.
-importação de etiqueta métrica IMPORTAR UM ARQUIVO DE ETIQUETA GIFTI DE UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -importação de etiqueta métrica
- o arquivo de métrica de entrada - arquivo de texto contendo os valores
e nomes para rótulos - output - o arquivo de etiqueta gifti de saída
[-discard-others] - defina quaisquer valores não mencionados na lista de rótulos para o
??? rótulo
[-unlabeled-value] - define o valor que será interpretado como não rotulado
- o valor numérico para não rotulado (padrão 0)
[-coluna] - seleciona uma única coluna para importar
- o número ou nome da coluna
[-drop-unused-labels] - remove quaisquer valores de rótulo não usados do rótulo
mesa
Cria um novo arquivo de etiqueta gifti a partir de um arquivo métrico com valores semelhantes a etiqueta. Você pode
especifique a string vazia ('' funcionará em linux / mac) para , que
será tratado como se fosse um arquivo vazio. O arquivo de lista de rótulos deve ter linhas de
o seguinte formato:
Não especifique a chave "sem rótulo" no arquivo, presume-se que 0 significa que não
etiquetado a menos -valor não rotulado é especificado. Os nomes das etiquetas devem estar em um separado
linha, mas pode conter espaços ou outros caracteres incomuns (mas não nova linha).
O espaço em branco é cortado em ambas as extremidades do nome do rótulo, mas é mantido se estiver no
meio de um rótulo. Os valores de vermelho, verde, azul e alfa devem ser inteiros de
0 a 255, e irá especificar a cor com a qual o rótulo é desenhado (alfa de 255 significa
opaco, que provavelmente é o que você deseja). Por padrão, ele definirá novos nomes de rótulos
com nomes de LABEL_ # para quaisquer valores encontrados que não sejam mencionados na lista
arquivo, especifique -descartar-outros para, em vez disso, definir esses voxels para a chave "sem etiqueta".
-máscara-métrica MÁSCARA UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -máscara-métrica
- a métrica de entrada - a métrica da máscara - saída - o
métrica de saída
[-coluna] - seleciona uma única coluna
- o número ou nome da coluna
Por padrão, a métrica de saída é uma cópia da métrica de entrada, mas com zeros
sempre que a métrica da máscara não for positiva. E se -coluna é especificado, a saída
contém apenas uma coluna, a versão mascarada da coluna de entrada especificada.
-métrica-matemática AVALIE A EXPRESSÃO EM ARQUIVOS MÉTRICOS
wb_command -métrica-matemática
- a expressão a avaliar, entre aspas - saída - o
métrica de saída
[-fixnan] - substitui os resultados NaN por um valor
- valor para substituir NaN por
[-var] - repetível - uma métrica para usar como uma variável
- o nome da variável, conforme usado na expressão - a métrica
arquivo para usar como esta variável
[-coluna] - seleciona uma única coluna
- o número ou nome da coluna
[-repetir] - reutilizar uma única coluna para cada coluna de cálculo
Este comando avalia em cada vértice da superfície de forma independente. Lá
deve ser pelo menos um -var opção (para obter a estrutura, número de vértices e
número de colunas de), mesmo se o especificado nele não é usado em
. Todas as métricas devem ter o mesmo número de vértices. Nomes de arquivos são
não é válido em , use um nome de variável e um -var opção com correspondência
para especificar um arquivo de entrada. Se o -coluna opção é dada a qualquer -var
opção, apenas uma coluna é usada desse arquivo. Se -repetir é especificado, o arquivo
deve ter apenas uma coluna ou ter o -coluna opção especificada. Todos os arquivos
que não usa -repetir deve ter o mesmo número de colunas solicitadas para serem usadas.
O formato de é o seguinte:
As expressões consistem em constantes, variáveis, operadores, parênteses e funções,
em notação infixa, como 'exp (-x + 3) * escala '. Variáveis são strings de qualquer
comprimento, usando os caracteres az, AZ, 0-9 e _, mas não pode assumir o nome de um
constante nomeada. Atualmente, há apenas uma constante nomeada, PI. Os operadores
são +, -, *, /, ^,>, <,> =, <=, ==,! =,!, &&, ||. Estes se comportam como em C, exceto
que ^ é exponenciação, ou seja, pow (x, y), e tem maior precedência do que outros
operadores binários (também, '-3 ^ -4 ^ -5' significa '- (3 ^ (- (4 ^ -5)))'). O <=,> =, == e! =
operadores recebem uma pequena quantidade de espaço de manobra, igual a um milionésimo do
menor dos valores absolutos dos valores sendo comparados.
A comparação e os operadores lógicos retornam 0 ou 1, você pode fazer o mascaramento com expressões
como 'x * (máscara> 0)'. Para todos os operadores lógicos, uma entrada é considerada verdadeira sse
é maior que 0. A expressão '0 <x <5' não está sintaticamente errada, mas
NÃO fará o que é desejado, porque é avaliado da esquerda para a direita, ou seja, '((0
x) <5) ', que sempre retornará 1, pois os dois resultados possíveis de uma comparação são
menor que 5. Um aviso é gerado se uma expressão desse tipo for detectada.
Use algo como 'x> 0 && x <5' para obter o comportamento desejado.
Espaços em branco entre os elementos são ignorados, 'sin (2 * x)' é equivalente a
'sin (2 * x)', mas 'está em (2 * x)' é um erro. A multiplicação implícita não é permitida,
a expressão '2x' será analisada como uma variável. Os parênteses são (), não use
[] ou {}. As funções requerem parênteses, a expressão 'sin x' é um erro.
As seguintes funções são suportadas:
sin: 1 argumento, o seno do argumento (as unidades são radianos) cos: 1 argumento, o
cosseno do argumento (as unidades são radianos) tan: 1 argumento, a tangente do
argumento (unidades são radianos) asin: 1 argumento, o inverso do seno do argumento,
em radianos acos: 1 argumento, o inverso do cosseno do argumento, em radianos
atan: 1 argumento, o inverso da tangente do argumento, em radianos atan2: 2
argumentos, atan2 (y, x) retorna o inverso da tangente de
(y / x), em radianos, determinando o quadrante pelo sinal de ambos os argumentos
sinh: 1 argumento, o seno hiperbólico do argumento cosh: 1 argumento, o
cosseno hiperbólico do argumento tanh: 1 argumento, a tangente hiperbólica do
argumento asinh: 1 argumento, o seno hiperbólico inverso do argumento acosh: 1
argumento, o cosseno hiperbólico inverso do argumento atanh: 1 argumento, o
tangente hiperbólica inversa do argumento ln: 1 argumento, o logaritmo natural de
o argumento exp: 1 argumento, a constante e elevada à potência do argumento
log: 1 argumento, o logaritmo de base 10 do argumento sqrt: 1 argumento, o quadrado
raiz do argumento abs: 1 argumento, o valor absoluto do argumento floor: 1
argumento, o maior inteiro não maior que o argumento round: 1 argumento, o
o número inteiro mais próximo, com laços arredondados a partir de
zero
ceil: 1 argumento, o menor inteiro não menor que o argumento min: 2 argumentos,
min (x, y) retorna y se (x> y), caso contrário x max: 2 argumentos, max (x, y) retorna y
if (x <y), x caso contrário mod: 2 argumentos, mod (x, y) = x - y * floor (x / y), ou 0 se
y == 0 clamp: 3 argumentos, clamp (x, baixo, alto) = min (máx (x, baixo), alto)
-mesclagem métrica MESMO ARQUIVOS MÉTRICOS EM UM NOVO ARQUIVO
wb_command -mesclagem métrica
- saída - a métrica de saída
[-métrica] - repetível - especifica uma métrica de entrada
- um arquivo de métrica para usar colunas de
[-coluna] - repetível - seleciona uma única coluna para usar
- o número ou nome da coluna
[-up-to] - usa um intervalo inclusivo de colunas
- o número ou nome da última coluna a incluir
[-reverse] - usa o intervalo na ordem inversa
Pega um ou mais arquivos de métrica e constrói um novo arquivo de métrica concatenando
colunas deles. Os arquivos de métrica de entrada devem ter o mesmo número de vértices
e mesma estrutura.
Exemplo: wb_command -mesclagem métrica out.func.gii -métrica primeiro.func.gii -coluna 1
-métrica segundo.func.gii
Este exemplo pegaria a primeira coluna de first.func.gii, seguida por todos
colunas de second.func.gii e grave essas colunas em out.func.gii.
-paleta-métrica DEFINIR A PALETA DE UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -paleta-métrica
- a métrica a ser modificada - o modo de mapeamento
[-coluna] - seleciona uma única coluna
- o número ou nome da coluna
[-pos-percent] - porcentagem min / max para coloração de dados positiva
- o percentil para os dados menos positivos - a
percentil para os dados mais positivos
[-neg-percent] - porcentagem min / max para coloração de dados negativos
- o percentil para os dados menos negativos - a
percentil para os dados mais negativos
[-pos-user] - valores mín. / máx. do usuário para coloração de dados positiva
- o valor para os dados menos positivos - O valor que
para os dados mais positivos
[-neg-user] - valores mín. / máx. do usuário para coloração de dados negativa
- o valor para os dados menos negativos - O valor que
para os dados mais negativos
[-interpolar] - interpolar cores
- booleano, se interpolar
[-disp-pos] - exibe dados positivos
- booleano, se exibir
[-disp-neg] - exibe dados positivos
- booleano, se exibir
[-disp-zero] - exibe dados mais próximos de zero do que o corte mínimo
- booleano, se exibir
[-palette-name] - define a paleta usada
- o nome da paleta
[-limiar] - definir o limite
- configuração de limite - mostrar valores dentro ou fora dos limites
- limite inferior - limite superior
O arquivo de métrica original é substituído pela versão modificada.
By
padrão, todas as colunas do arquivo de métrica são ajustadas para as novas configurações, use o
-coluna opção de alterar apenas uma coluna. Configurações de mapeamento não especificadas em
as opções serão retiradas da primeira coluna. O o argumento deve ser um de
o seguinte:
MODE_AUTO_SCALE MODE_AUTO_SCALE_ABSOLUTE_PERCENTAGE MODE_AUTO_SCALE_PERCENTAGE
MODE_USER_SCALE
o argumento para -nome da paleta deve ser um dos seguintes:
PSYCH PSYCH-NO-NONE ROY-BIG ROY-BIG-BL Laranja-Amarelo Cinza_Interp_Positive
Gray_Interp clear_brain videen_style fidl raich4_clrmid raich6_clrmid HSB8_clrmid
RBGYR20 RBGYR20P POS_NEG vermelho-amarelo azul-azul claro FSL power_surf fsl_red fsl_green
fsl_blue fsl_yellow JET256
o argumento para -limiar deve ser um dos seguintes:
THRESHOLD_TYPE_OFF THRESHOLD_TYPE_NORMAL
o argumento para -limiar deve ser um dos seguintes:
THRESHOLD_TEST_SHOW_OUTSIDE THRESHOLD_TEST_SHOW_INSIDE
-métrica-reduzir EXECUTE A OPERAÇÃO DE REDUÇÃO ATRAVÉS DAS COLUNAS MÉTRICAS
wb_command -métrica-reduzir
- a métrica para reduzir - o operador de redução a usar
- saída - a métrica de saída
[-exclude-outliers] - exclui outliers de cada vetor por padrão
desvio - número de desvios padrão abaixo da média para
incluir
- número de desvios padrão acima da média para
incluir
Para cada vértice da superfície, leva os dados através das colunas como um vetor e executa
a redução especificada nele, colocando o resultado na coluna de saída única em
esse vértice. Os operadores de redução são os seguintes:
MAX: o valor máximo MIN: o valor mínimo INDEXMAX: o índice baseado em 1 do
valor máximo INDEXMIN: o índice baseado em 1 do valor mínimo SUM: soma todos os valores
PRODUTO: multiplique todos os valores MEAN: a média dos dados STDEV: o padrão
desvio (denominador N) SAMPSTDEV: o desvio padrão da amostra (N-1
denominador) VARIANCE: a variância dos dados MEDIAN: a mediana dos dados
MODE: o modo dos dados COUNT_NONZERO: o número de elementos diferentes de zero no
dados,
-regressão -métrica MÉTRICAS DE REGRESS FORA DE UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -regressão -métrica
- a métrica para regressar de - saída - a métrica de saída
[-roi] - só regredir dentro de um roi
- a área a ser usada para regressão, como uma métrica
[-coluna] - seleciona uma única coluna da qual regressar
- o número ou nome da coluna
[-remove] - repetível - especifica uma métrica para regressar
- o arquivo métrico a ser usado
[-remove-column] - seleciona uma coluna para usar, ao invés de todas
- o número ou nome da coluna
[-manter] - repetível - especifica uma métrica para incluir na regressão, mas não
remover - o arquivo métrico a ser usado
[-keep-column] - seleciona uma coluna para usar, ao invés de todas
- o número ou nome da coluna
Para cada regressor, sua média na superfície é subtraída de seus dados. Cada
o mapa de entrada é então regredido contra estes e um termo constante. O resultado
declives regressivos de todos os regressores especificados com -retirar são multiplicados com seus
respectivos mapas de regressor, e estes são subtraídos do mapa de entrada.
-metric-remove-ilhas REMOVER ILHAS DE UMA MÉTRICA DE ROI
wb_command -metric-remove-ilhas
- a superfície a ser usada para informações do vizinho - o ROI de entrada
métrica - saída - a métrica de ROI de saída
[-áreas corrigidas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las a partir
a superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
Encontra todas as áreas conectadas no ROI e zera todas, exceto a maior, em
termos de área de superfície.
-reamostragem métrica RESAMPLE UM ARQUIVO MÉTRICO PARA UMA MALHA DIFERENTE
wb_command -reamostragem métrica
- o arquivo métrico para reamostrar - uma superfície esférica com
a malha que a métrica é
atualmente em
- uma superfície de esfera que está em registro com
e tem a malha de saída desejada
- o nome do método - saída - a métrica de saída
[-area-surfs] - especifica as superfícies para fazer a correção da área do vértice com base em
- uma superfície anatômica relevante com
malha
- uma superfície anatômica relevante com malha
[-area-metrics] - especifica as métricas da área do vértice para fazer a correção da área com base
sobre - um arquivo métrico com áreas de vértice para
malha
- um arquivo métrico com áreas de vértice para malha
[-current-roi] - use um roi de entrada na malha atual para excluir dados não
vértices - o roi, como um arquivo métrico
[-valid-roi-out] - produz o ROI dos vértices que obtiveram dados de válidos
vértices de origem - saída - o roi de saída como uma métrica
[-maior] - usa apenas o valor do vértice com o maior peso
Faz uma nova amostra de um arquivo métrico, considerando duas superfícies esféricas que estão no registro. Se o
método faz correção de área, exatamente um dos -área-surfs or -métricas de área devemos ser
Especificadas.
O -atual-roi opção apenas mascara a entrada, a saída pode ser ligeiramente dilatada em
comparação, considere usar -máscara-métrica na saída ao usar -atual-roi.
O -maior opção resulta no comportamento do vértice mais próximo quando usado com BARCENTRICO,
em vez de fazer uma média ponderada, ele usa o valor do vértice de origem que
tem o maior peso para cada vértice de destino. Isso se destina principalmente a
reamostrando métricas de ROI.
O o argumento deve ser um dos seguintes:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
O método ADAP_BARY_AREA é recomendado para dados métricos comuns, porque
deve usar todos os dados durante a redução da resolução, ao contrário de BARYCENTRIC.
-métrica-rois-de-extrema CRIAR MAPAS DE ROI MÉTRICO DE MAPS EXTREMA
wb_command -métrica-rois-de-extrema
- a superfície a ser usada para distância geodésica - a métrica de entrada
Arquivo - limite de distância geodésica do vértice, em mm - saída -
o arquivo de métrica de saída
[-gaussian] - gera um kernel gaussiano em vez de um ROI plano
- o sigma para o kernel gaussiano, em mm
[-roi] - selecione uma região de interesse para usar
- a área a ser usada, como uma métrica
[-overlap-logic] - como lidar com ROIs sobrepostos, padrão ALLOW
- o método de resolução de sobreposições
[-coluna] - seleciona uma única coluna de entrada para usar
- o número ou nome da coluna
Para cada valor diferente de zero em cada mapa, faça um mapa com um ROI em torno desse local.
Se o -gaussiano opção for especificada, então os kernels gaussianos normalizados são produzidos
em vez de ROIs. o argumento para - lógica de sobreposição deve ser um de ALLOW,
MAIS PRÓXIMO ou EXCLUIR. ALLOW é o padrão e significa que as ROIs são tratadas
independentemente e podem se sobrepor. MAIS PRÓXIMO significa que os ROIs não podem se sobrepor, e que
nenhuma ROI contém vértices que estão mais próximos de um vértice original diferente. EXCLUIR significa
que os ROIs não podem se sobrepor e que qualquer vértice dentro da faixa de mais de um ROI
não pertence a nenhum ROI.
-metric-rois-to-border DESENHE FRONTEIRAS EM TORNO DA ROIS MÉTRICA
wb_command -metric-rois-to-border
- a superfície a ser usada para informações do vizinho - a métrica de entrada
contendo ROIs - o nome a ser usado para a classe das bordas de saída
- output - o arquivo de borda de saída
[-colocação] - defina o quão longe ao longo dos pontos de borda da borda são desenhados
- fração ao longo da borda de dentro do vértice (padrão 0.33)
[-coluna] - seleciona uma única coluna
- o número ou nome da coluna
Para cada coluna ROI, encontra todas as arestas da malha que cruzam o limite do
ROI e traça fronteiras através deles. Por padrão, isso é feito em todas as colunas em
o arquivo de entrada, usando o nome do mapa como o nome da borda.
-alisamento métrico SUAVIZAR UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -alisamento métrico
- a superfície para alisar - a métrica para suavizar
- o sigma para a função de kernel gaussiana, em mm
- saída - a métrica de saída
[-roi] - seleciona uma região de interesse para suavizar
- o roi deve ser suavizado, como uma métrica
[-match-colunas] - para cada coluna de entrada, use a coluna correspondente
do roi
[-fix-zeros] - trata os valores zero como não sendo dados
[-coluna] - seleciona uma única coluna para suavizar
- o número ou nome da coluna
[-áreas corrigidas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las a partir
a superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
[-método] - seleciona o método de suavização, padrão GEO_GAUSS_AREA
- o nome do método de alisamento
Suavize um arquivo métrico em uma superfície.
Por padrão, suaviza todas as colunas de entrada
em toda a superfície, especifique -coluna para usar apenas uma coluna de entrada, e -Rei para
suavizar apenas onde o roi metric é maior que 0, gerando zeros em outro lugar.
Ao usar -Rei, os dados de entrada fora da ROI não são usados para calcular a suavização
valores. Por padrão, a primeira coluna da métrica roi é usada para todas as entradas
colunas. Quando -match-colunas é especificado para o -Rei opção, a entrada e roi
as métricas devem ter o mesmo número de colunas e, para cada índice da coluna de entrada,
o mesmo índice de coluna é usado na métrica roi. Se o -match-colunas opção para
-Rei é usado enquanto o -coluna opção também é usada, o número de colunas deve
corresponder entre o roi e a métrica de entrada, e usará a coluna roi com o
índice da coluna de entrada selecionada.
O -fixar zeros opção faz com que a suavização não use um valor de entrada se for zero,
mas ainda escreva um valor suavizado para o vértice. Isso é útil para zeros que
indicam falta de informação, impedindo-os de puxar para baixo a intensidade de
vértices próximos, enquanto dá ao zero um valor extrapolado.
O -áreas corrigidas opção destina-se a quando é inevitável suavizar em um
superfície média do grupo, é apenas uma correção aproximada para a redução de
estrutura em uma superfície média do grupo. É melhor suavizar os dados em
indivíduos antes de calcular a média, quando viável.
Valores válidos para são:
GEO_GAUSS_AREA - usa um kernel geodésico gaussiano e normaliza com base no vértice
área para trabalhar de forma mais confiável em superfícies irregulares
GEO_GAUSS_EQUAL - usa um kernel gaussiano geodésico e normaliza assumindo cada
vértice tem igual importância
GEO_GAUSS - corresponde à suavização geodésica gaussiana do caret5, mas não verifica
grãos por terem importância desigual
O método GEO_GAUSS_AREA é o padrão porque geralmente é a escolha correta.
GEO_GAUSS_EQUAL pode ser a escolha correta quando a soma dos valores dos vértices é maior
significativa, em seguida, a integral de superfície (soma de valores. * áreas), por exemplo, quando
suavizando áreas de vértice (a soma é a área total da superfície, enquanto a superfície
integral é a soma dos quadrados das áreas dos vértices). O método GEO_GAUSS não é
recomendado, ele existe principalmente para replicar métodos de estudos feitos com caret5's
suavização geodésica.
-estatísticas-métricas ESTATÍSTICAS ESPACIAIS EM UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -estatísticas-métricas
- a métrica de entrada
[-reduzir] - usar uma operação de redução
- a operação de redução
[-percentil] - fornece o valor em um percentil
- o percentil para encontrar
[-coluna] - exibe apenas a saída para uma coluna
- o número ou nome da coluna
[-roi] - considera apenas os dados dentro de uma roi
- o roi, como um arquivo métrico
[-match-maps] - cada coluna de entrada usa a coluna correspondente
do arquivo roi
[-show-map-name] - imprime o índice do mapa e o nome antes de cada saída
Para cada coluna da entrada, um único número é impresso, resultante da
redução especificada ou operação de percentil. Usar -coluna para dar saída apenas para um
coluna única. Usar -Rei para considerar apenas os dados dentro de uma região. Exatamente um de
-reduzir or -percentil deve ser especificado.
O argumento para o -reduzir a opção deve ser uma das seguintes:
MAX: o valor máximo MIN: o valor mínimo INDEXMAX: o índice baseado em 1 do
valor máximo INDEXMIN: o índice baseado em 1 do valor mínimo SUM: soma todos os valores
PRODUTO: multiplique todos os valores MEAN: a média dos dados STDEV: o padrão
desvio (denominador N) SAMPSTDEV: o desvio padrão da amostra (N-1
denominador) VARIANCE: a variância dos dados MEDIAN: a mediana dos dados
MODE: o modo dos dados COUNT_NONZERO: o número de elementos diferentes de zero no
dados,
-metric-tfce FAÇA TFCE EM UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -metric-tfce
- a superfície para calcular - a métrica para executar o TFCE
- saída - a métrica de saída
[-presmooth] - suaviza a métrica antes de executar TFCE
- o sigma para o kernel de alisamento gaussiano, em mm
[-roi] - selecione uma região de interesse para executar o TFCE
- a área para executar o TFCE, como uma métrica
[-parâmetros] - definir parâmetros para TFCE integral
- expoente para a área do cluster (padrão 1.0) - expoente para o valor limite
(padrão 2.0)
[-coluna] - seleciona uma única coluna
- o número ou nome da coluna
[-áreas corrigidas] - áreas de vértice para usar em vez de computá-las a partir
a superfície - as áreas do vértice corrigidas, como uma métrica
O aprimoramento do cluster sem limite é um método para aumentar o valor relativo de
regiões que formariam clusters em um teste de limite padrão. Isto é
realizado avaliando a integral de:
e (h, p) ^ E * h ^ H * dh
em cada vértice p, onde h varia de 0 ao valor máximo nos dados, e e (h,
p) é a extensão do cluster contendo o vértice p no limiar h. Negativo
os valores são aprimorados de forma semelhante negando os dados, executando o mesmo processo e
negando o resultado.
Ao usar -presmooth com -áreas corrigidas, observe que é um valor aproximado
correção dentro do algoritmo de suavização (a correção TFCE é exata). Fazendo
alisamento em superfícies individuais antes de calcular a média / TFCE é preferido, quando possível,
para melhor vincular o tamanho do kernel de suavização ao tamanho do recurso original.
O método TFCE é explicado em: Smith SM, Nichols TE., "Threshold-free cluster
aprimoramento: abordando problemas de suavização, dependência de limite e
localização na inferência de cluster. "Neuroimage. 2009 de janeiro de 1;44(1): 83-98. PMID:
18501637
-mapeamento de métrica para volume ARQUIVO MÉTRICO DO MAPA PARA VOLUME
wb_command -mapeamento de métrica para volume
- o arquivo de métrica de entrada - a superfície a partir da qual usar as coordenadas
- um arquivo de volume no espaço de volume de saída desejado -
output - o arquivo de volume de saída
[-nearest-vertex] - use o valor do vértice mais próximo do voxel
Centro - a que distância da superfície mapear valores para voxels, em mm
[-ribbon-constrained] - usa algoritmo de mapeamento com restrição de faixa de opções
- a superfície interna da fita - a superfície externa de
a fita
[-voxel-subdiv] - divisões do voxel ao estimar os pesos do voxel
- número de subdivisões, padrão 3
Mapeia valores de um arquivo de métrica em um arquivo de volume.
Você deve especificar
exatamente uma opção de método de mapeamento.
O -vértice mais próximo método usa o
valor do vértice mais próximo ao centro do voxel (útil para valores inteiros). O
-ribbon-restrito método usa o mesmo método que em -mapeamento de volume para superfície,
em seguida, usa os pesos ao contrário.
-operação de vetor métrico FAÇA UMA OPERAÇÃO DE VETOR EM ARQUIVOS MÉTRICOS
wb_command -operação de vetor métrico
- primeiro arquivo de entrada de vetor - segundo arquivo de entrada vetorial
- que operação vetorial fazer - output - o arquivo de saída
[-normalize-a] - normaliza os vetores da primeira entrada
[-normalize-b] - normaliza os vetores da segunda entrada
[-normalize-output] - normaliza os vetores de saída (não é válido para ponto
produtos)
[-magnitude] - mostra a magnitude do resultado (não é válido para ponto
produtos)
Faz uma operação vetorial em dois arquivos métricos (que devem ter um múltiplo de 3
colunas). Qualquer uma das entradas pode ter vários vetores (mais de 3 colunas),
mas não ambos (pelo menos um deve ter exatamente 3 colunas). O -magnitude e
-normalize-saída as opções não podem ser especificadas em conjunto ou com uma operação que
retorna um escalar (produto escalar). O parâmetro deve ser um dos
A seguir:
DOT CROSS ADICIONAR SUBTRATO
-metric-vector-direction-roi ENCONTRE SE OS VETORES APONTAM PARA UM ROI
wb_command -metric-vector-direction-roi
- a superfície para calcular - o roi para encontrar o mais curto
caminho para - saída - a métrica de saída
[-roi] - não calcula para vértices fora de uma roi
- a região a ser computada dentro, como uma métrica
Em cada vértice, calcule o vetor ao longo do início do caminho mais curto para a ROI.
-estatísticas ponderadas por métrica ESTATÍSTICAS ESPACIAIS PESADAS EM UM ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -estatísticas ponderadas por métrica
- a métrica de entrada
[-area-surface] - usar áreas de vértice como pesos
- a superfície a ser usada para áreas de vértice
[-weight-metric] - usa pesos de um arquivo de métrica
- arquivo métrico contendo os pesos
[-coluna] - exibe apenas a saída para uma coluna
- o número ou nome da coluna
[-roi] - considera apenas os dados dentro de uma roi
- o roi, como um arquivo métrico
[-match-maps] - cada coluna de entrada usa a coluna correspondente
do arquivo roi
[-média] - calcular a média ponderada
[-stdev] - cálculo do desvio padrão ponderado
[-sample] - estimar a desv. padrão da população a partir da amostra
[-percentil] - computar percentil ponderado
- o percentil para encontrar
[-sum] - calcular a soma ponderada
[-show-map-name] - imprime o índice do mapa e o nome antes de cada saída
Para cada coluna da entrada, um único número é impresso, resultante da
operação especificada. Usar -coluna para fornecer saída apenas para uma única coluna. Usar
-Rei para considerar apenas os dados dentro de uma região. Exatamente um de -reduzir or
-percentil deve ser especificado, e exatamente um de -significar, -stdev, -percentil or
-soma deve ser especificado.
utilização -soma com -área-superfície (ou -peso-métrica com uma métrica contendo similar
dados) é equivalente à integração em relação à área de superfície. Por exemplo, se
você deseja encontrar a área de superfície dentro de uma roi, faça o seguinte:
$ wb_command -métrica-ponderada-estatísticas roi.func.gii -sum -área-superfície
espessura média.surf.gii
-informações legais EXIBIR INFORMAÇÕES SOBRE UM ARQUIVO NIFTI / CIFTI
wb_command -informações legais
- o arquivo nifti / cifti para examinar
[-print-header] - exibe o conteúdo do cabeçalho
[-print-matrix] - exibe os valores na matriz (apenas cifti)
[-print-xml] - imprime o XML cifti (somente cifti)
[-version] - converte o XML para uma versão CIFTI específica (o padrão é
a versão cifti do arquivo) - a versão CIFTI a ser usada
Você deve especificar pelo menos um -imprimir-* opção.
-probtrackx-ponto-convert CONVERTER UM ARQUIVO .DOT DE PROBTRACKX PARA CIFTI
wb_command -probtrackx-ponto-convert
- arquivo .dot de entrada - saída - arquivo cifti de saída
[-row-voxels] - o mapeamento de saída ao longo de uma linha será voxels
- um arquivo de texto contendo índices IJK para os voxels
usava
- um volume de etiqueta com as dimensões e forma utilizada, com
rótulos de estrutura
[-row-surface] - o mapeamento de saída ao longo de uma linha será vértices de superfície
- um arquivo métrico com valores positivos em todos os nós usados
[-row-cifti] - obtém o mapeamento ao longo de uma linha de um arquivo cifti
- o arquivo cifti para obter o mapeamento - qual dimensão para
leve o mapeamento consigo, ROW ou COLUMN
[-col-voxels] - o mapeamento de saída ao longo de uma coluna será voxels
- um arquivo de texto contendo índices IJK para os voxels
usava
- um volume de etiqueta com as dimensões e forma utilizada, com
rótulos de estrutura
[-col-surface] - o mapeamento de saída ao longo de uma coluna será a superfície
vértices - um arquivo métrico com valores positivos em todos os nós usados
[-col-cifti] - obtém o mapeamento ao longo de uma coluna de um arquivo cifti
- o arquivo cifti para obter o mapeamento - qual dimensão para
leve o mapeamento consigo, ROW ou COLUMN
[-transpor] - transpor a matriz de entrada
[-make-symmetric] - transforma a entrada de meio quadrado em saída de matriz completa
NOTA: exatamente um -linha opção e um -col opção deve ser usada.
Se o arquivo de entrada não tiver seus índices classificados na ordem correta, este
comando pode demorar mais do que o esperado. Especificando -transpor vai transpor o
matriz de entrada antes de tentar colocar seus valores no arquivo cifti, que é
atualmente necessário para pelo menos matrix2 para exibi-lo como pretendido. Como
O arquivo cifti é exibido com base no qual -linha opção é especificada: se -voxels de linha
for especificado, ele exibirá os dados nas fatias de volume. Os nomes dos rótulos no
o (s) volume (s) de rótulo devem ter os seguintes nomes; outros nomes são ignorados:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
-set-map-names DEFINIR O NOME DE UM OU MAIS MAPAS EM UM ARQUIVO
wb_command -set-map-names
- o arquivo para definir os nomes dos mapas de
[-nome-arquivo] - use um arquivo de texto para substituir todos os nomes de mapas
- arquivo de texto contendo nomes de mapas, um por linha
[-mapa] - repetível - especifica um mapa para definir o nome de
- o índice do mapa para alterar o nome de - o nome a ser definido para o
mapa,
Define o nome de um ou mais mapas para métrica, forma, rótulo, volume, escalar cifti ou
arquivos de etiqueta cifti. Se o -nome-arquivo opção não é especificada, o -map opção deve
ser especificado pelo menos uma vez. O -map opção não pode ser usada quando -nome-arquivo is
Especificadas.
-set-estrutura DEFINIR A ESTRUTURA DE UM ARQUIVO DE DADOS
wb_command -set-estrutura
- o arquivo para definir a estrutura de - a estrutura a ser definida
o arquivo para
[-surface-type] - define o tipo de superfície (usado apenas se o arquivo for um
arquivo de superfície) - nome do tipo de superfície
[-surface-secondary-type] - define o tipo secundário de uma superfície (apenas
usado se o arquivo for um arquivo de superfície) - nome do tipo secundário de superfície
O arquivo existente é modificado e reescrito com o mesmo nome de arquivo.
Válido
os valores para o nome da estrutura são:
CÓRTEX_ESQUERDA CÓRTEX_CEREBELO ACCUMBENS_ESQUERDA ACCUMBENS_DIREITA ALL_GREY_MATTER
ALL_WHITE_MATTER AMYGDALA_LEFT AMYGDALA_RIGHT BRAIN_STEM CAUDATE_LEFT CAUDATE_RIGHT
CEREBELLAR_WHITE_MATTER_LEFT CEREBELLAR_WHITE_MATTER_RIGHT CEREBELLUM_LEFT
CEREBELLUM_DIREITA CEREBRAL_WHITE_MATTER_ESQUERDA CEREBRAL_WHITE_MATTER_DIREITA CÓRTEX
DIENCEPHALON_VENTRAL_LEFT DIENCEPHALON_VENTRAL_RIGHT HIPOCAMPO_LEFT
HIPPOCAMPUS_RIGHT INVÁLIDO OTHER OTHER_GREY_MATTER OTHER_WHITE_MATTER PALLIDUM_LEFT
PALLIDUM_RIGHT PUTAMEN_LEFT PUTAMEN_RIGHT THALAMUS_LEFT THALAMUS_RIGHT
Os nomes válidos para o tipo de superfície são:
RECONSTRUÇÃO DESCONHECIDA ANATÔMICA INFLATED VERY_INFLATED SPHERICAL SEMI_SPHERICAL
CASCO PLANO ELIPSOIDE
Os nomes válidos para o tipo secundário de superfície são:
INVALID GREY_WHITE MIDTHICKNESS PIAL
-mostra cena TRANSFERÊNCIA DE CENA OFFSCREEN PARA UM ARQUIVO DE IMAGEM
wb_command -mostra cena
- arquivo de cena - nome ou número (começando em um)
da cena em
o arquivo de cena
- nome do arquivo de imagem de saída - largura da (s) imagem (ns) de saída
- altura da (s) imagem (ns) de saída
Renderize o conteúdo das janelas do navegador exibidas em uma cena em arquivos de imagem. O
o nome do arquivo de imagem deve ser semelhante a "capture.png". Se houver apenas uma imagem para
renderizar, o nome da imagem não mudará. Se houver mais de uma imagem para renderizar,
um índice será inserido no nome da imagem: "capture_01.png", "capture_02.png"
etc.
O formato da imagem é determinado pela extensão do arquivo de imagem. Formatos de imagem
disponíveis neste sistema são:
bmp ico jpeg jpg png ppm tif tiff xbm xpm
Nota: os formatos de imagem disponíveis podem variar de acordo com o sistema operacional.
-distância-sinalizada-à-superfície COMPUTE A DISTÂNCIA ASSINADA DE UMA SUPERFÍCIE PARA OUTRA
wb_command -distância-sinalizada-à-superfície
- a superfície de comparação para medir a distância sinalizada em
- a superfície de referência que define a distância sinalizada
função
- saída - a métrica de saída
[-enrolamento] - método de enrolamento para teste de superfície de ponto interno
- nome do método (padrão EVEN_ODD)
Calcule a função de distância sinalizada da superfície de referência em cada vértice em
a superfície de comparação. NOTA: esta relação NÃO é simétrica, a linha de um
vértice para o ponto mais próximo na superfície 'ref' (aquele que define o sinal
função de distância) só se alinhará com a normal da superfície 'ref'. Válido
especificadores para métodos de enrolamento são os seguintes:
EVEN_ODD (padrão) NEGATIVO NONZERO NORMAIS
O método NORMALS usa as normais de triângulos e arestas, ou o triângulo mais próximo
atingido por um raio do ponto. Este método pode ser um pouco mais rápido, mas é apenas
confiável para uma superfície fechada que não se cruza. Todos os outros
métodos contam os cruzamentos de entrada (positivo) e de saída (negativo) de um raio vertical de
o ponto, então conta como interno se o total for ímpar, negativo ou diferente de zero,
respectivamente.
-spec-arquivo-mesclagem MERGULHE DOIS ARQUIVOS DE ESPECIFICAÇÕES EM UM
wb_command -spec-arquivo-mesclagem
- primeiro arquivo de especificações a mesclar - segundo arquivo de especificação a ser mesclado
- saída - arquivo de especificação de saída
O arquivo de especificação de saída contém cada arquivo que está em qualquer um dos arquivos de especificação de entrada.
-superfície-afinidade-regressão REGRESS O AFINE TRANSFORME ENTRE SUPERFÍCIES NA MESMA MALHA
wb_command -superfície-afinidade-regressão
- a superfície para deformar - a superfície para coincidir com as coordenadas de
- output - o arquivo afim de saída
Use a regressão linear para calcular um afinidade que minimiza a soma dos quadrados do
coordenar as diferenças entre a superfície de destino e a superfície de origem empenada.
Observe que isso tem uma tendência de reduzir a superfície que está sendo empenada. A saída
é escrito como uma matriz NIFTI 'mundial', consulte -convert-afim para convertê-lo para uso em
outro software.
-superfície-aplicar-afim APLICAR AFFINE TRANSFORM PARA O ARQUIVO DE SUPERFÍCIE
wb_command -superfície-aplicar-afim
- a superfície para transformar - o arquivo afim - saída
- a superfície transformada de saída
[-flirt] - DEVE ser usado se afinidade for afinidade de flerte
- o volume da fonte usado ao gerar o afim
- o volume alvo usado ao gerar o afim
Para matrizes de flerte, você deve usar o -flerte opção, porque matrizes de flerte não são
uma descrição completa da transformação de coordenadas que eles representam. Se o -flerte
opção não estiver presente, o afim deve ser um nifti 'mundo' afim, que pode ser
obtido com o -convert-afim comando ou aff_conv do pacote 4dfp.
-superfície-aplicar-warpfield APLICAR WARPFIELD AO ARQUIVO DE SUPERFÍCIE
wb_command -superfície-aplicar-warpfield
- a superfície para transformar - o campo de guerra INVERSE
- saída - a superfície transformada de saída
[-fnirt] - DEVE ser usado se estiver usando um campo de guerra fnirt
- o campo de guerra avançado
NOTA: deformar uma superfície requer o INVERSO do campo de dobra usado para deformar o
volume com o qual se alinha. O cabeçalho da dobra para a frente é necessário para o -fnirt
opção a fim de interpretar corretamente os deslocamentos no campo de guerra fnirt.
Se o -fnirt opção não estiver presente, o campo de guerra deve ser um nifti 'mundo'
warpfield, que pode ser obtido com o -convert-warpfield comando.
-superfície-média ARQUIVOS DE SUPERFÍCIE MÉDIA JUNTOS
wb_command -superfície-média
- saída - a superfície média de saída
[-stddev] - calcula o desvio padrão da amostra 3D
- saída - a métrica de saída para amostra 3D
desvio padrão
[- incerteza] - computar caret5 'incerteza'
- saída - a métrica de saída para incerteza
[-surf] - repetível - especifica uma superfície para incluir na média
- um arquivo de superfície para calcular a média
O desvio padrão da amostra 3D é calculado como 'sqrt (sum (squaredlength (xyz -
média (xyz))) / (n - 1)) '.
A incerteza é uma medida legada usada no acento circunflexo 5 e é calculada como 'soma (comprimento (xyz
- média (xyz))) / n '.
-surface-mais próximo-vértice ENCONTRE O VERTEX DE SUPERFÍCIE MAIS PRÓXIMO PARA AS COORDENADAS
wb_command -surface-mais próximo-vértice
- a superfície a ser usada - arquivo de texto com coordenadas
- output - o arquivo de texto de saída com números de vértices
Para cada triplo de coordenada XYZ, encontre o vértice mais próximo na superfície e envie
seu número de vértice em um arquivo de texto.
-superfície-coordenadas-para-métrica FAÇA UM ARQUIVO MÉTRICO DE COORDENADAS DE SUPERFÍCIE
wb_command -superfície-coordenadas-para-métrica
- a superfície para usar as coordenadas de - saída - o
métrica de saída
Coloca as coordenadas da superfície em um arquivo métrico de 3 mapas, como x, y, z.
-superfície-córtex-camada CRIAR SUPERFÍCIE APROXIMANDO UMA CAMADA CORTICAL
wb_command -superfície-córtex-camada
- a superfície da matéria branca - a superfície pial
- em qual fração de volume colocar a camada - saída -
a superfície de saída
[-placement-out] - saída da colocação como uma fração de distância do pial
para branco - saída - métrica de saída
[-untwist] - opção temporária para comparar métodos, especifique para usar o antigo
método
As superfícies de entrada devem ter correspondência de vértice.
A superfície de saída
é gerado colocando vértices entre as duas superfícies de modo que o
o volume dentro de qualquer pequeno pedaço das superfícies novas e brancas é a fração dada
do volume do mesmo patch entre as superfícies pial e branca (ou seja,
especificando 0 daria a superfície branca, 1 daria a superfície pial).
-superfície-criar-esfera GERAR UMA ESFERA COM ÁREAS DE VERTEX CONSISTENTES
wb_command -superfície-criar-esfera
- número desejado de vértices - saída - a saída
esfera
Gera uma esfera dividindo regularmente os triângulos de um icosaedro, por vir
o mais próximo possível do número desejado de vértices, e modificando-o para ter
áreas de vértices muito semelhantes para todos os vértices. Para gerar um par de correspondência de vértice
esferas esquerda e direita, use este comando, então -superfície-flip-lr para gerar o
outra esfera, então -set-estrutura em cada. Por exemplo:
$ wb_command -surface-create-sphere 6000 Sphere.6k.R.surf.gii
$ wb_command -surface-flip-lr Sphere.6k.R.surf.gii Sphere.6k.L.surf.gii
$ wb_command -set-estrutura Sphere.6k.R.surf.gii CORTEX_RIGHT
$ wb_command -set-estrutura Sphere.6k.L.surf.gii CORTEX_LEFT
-reamostra de corte de superfície AMOSTRAGEM DE UMA SUPERFÍCIE CORTADA
wb_command -reamostra de corte de superfície
- o arquivo de superfície para reamostrar - uma superfície esférica
com a malha que a superfície de entrada
está actualmente em
- uma superfície de esfera que está em registro com
e tem a malha de saída desejada
- output - o arquivo de superfície de saída
Faz uma nova amostra de um arquivo de superfície, considerando duas superfícies esféricas que estão no registro.
A reamostragem baricêntrica é usada, porque geralmente é melhor para a reamostragem
superfícies e porque é necessário descobrir a nova topologia de qualquer maneira.
-superfície-distorção MEDIR A DISTORÇÃO ENTRE SUPERFÍCIES
wb_command -superfície-distorção
- a superfície de referência - o distorcido
superfície - saída - a métrica de distorção de saída
[-smooth] - suaviza os dados da área
- o sigma do kernel de alisamento em mm
[-caret5-method] - use o método de distorção de superfície do caret5
[- método da borda] - calcula a distorção dos comprimentos das bordas em vez das áreas
Este comando, quando não estiver usando -método caret5 or -método de borda, é equivalente a usar
-áreas-vértice-superfície em cada superfície, suavizando ambas as métricas de saída com o
Método GEO_GAUSS_EQUAL na superfície de onde vieram, se -suave é especificado, e
em seguida, usando a fórmula 'ln (distorcida / referência) /ln(2) 'nos resultados suavizados.
Ao usar -método caret5, ele usa o método de distorção de superfície do caret5, que
pega o log de base 2 da proporção das áreas dos ladrilhos e, em seguida, calcula a média desses resultados em
cada vértice e, a seguir, suaviza o resultado na superfície de referência.
Ao usar -método de borda, -suave opção é ignorada, e a saída de cada
vértice é a média de 'abs (ln (refEdge / distortEdge) /ln(2)) 'sobre todas as bordas
conectado ao vértice.
-superfície-flip-lr ESPELHE UMA SUPERFÍCIE ATRAVÉS DO AVIÃO YZ
wb_command -superfície-flip-lr
- a superfície para virar - saída - a superfície invertida de saída
Este comando nega a coordenada x de cada vértice e vira a superfície
normais, de modo que você tenha uma superfície de lateralidade oposta com as mesmas características
e correspondência de nó, com normais consistentes com a superfície original. que
é, se a superfície de entrada tiver normais voltados para fora, a superfície de saída também
têm normais voltados para fora.
-surface-flip-normais VIRAR TODAS AS TELHAS EM UMA SUPERFÍCIE
wb_command -surface-flip-normais
- a superfície para inverter os normais de - saída - a saída
à superfície dos talhos,
Inverte todos os triângulos em uma superfície, resultando em normais de superfície sendo invertidos
outra direção (para dentro vs para fora). Se você transformar uma superfície com um afim
que tem determinante negativo, ou um campo de dobra que da mesma forma vira a superfície, você
pode acabar com uma superfície que tem normais apontando para dentro, que pode ter tela
problemas. Usar este comando resolverá esse problema.
-superfície-gerada-inflada GERAR DE SUPERFÍCIE INFLADO
wb_command -superfície-gerada-inflada
- a superfície anatômica - saída -
a superfície inflada de saída - saída - a saída muito
superfície inflada
[-iterations-scale] - dimensionamento de iterações opcional
- valor de escala de iterações
Gere superfícies infladas e muito infladas. As superfícies de saída são 'combinadas'
(têm o mesmo intervalo XYZ) para a superfície anatômica. Na maioria dos casos, uma escala de iterações
de 1.0 (padrão) é suficiente. No entanto, se a superfície contém um grande número de
nós (150,000), tente uma escala de iterações de 2.5.
-superfície-geodésica-distância COMPUTA A DISTÂNCIA GEODÉSICA DE UM VERTEX PARA TODA A SUPERFÍCIE
wb_command -superfície-geodésica-distância
- a superfície para calcular - o vértice para calcular geodésico
distância de - saída - a métrica de saída
[-naive] - use apenas vizinhos, não rasteje triângulos (não recomendado)
[-limit] - parar a uma certa distância
- distância em mm para parar em
A menos que -limite é especificado, calcula a distância geodésica do especificado
vértice para todos os outros. O resultado é gerado como um arquivo de métrica de coluna única, com um
valor de -1 para vértices para os quais a distância não foi calculada. Se -ingênuo não é
especificado, ele usa não apenas vizinhos imediatos, mas também vizinhos derivados de
rastejando por pares de triângulos que compartilham uma borda.
-superfície-geodésica-rois DESENHE ROIS LIMITADO GEODÉSICO NAS VERTICES
wb_command -superfície-geodésica-rois
- a superfície para desenhar - limite de distância geodésica do vértice,
em mm - um arquivo de texto contendo os vértices para desenhar ROIs
por aí
- saída - a métrica de saída
[-gaussian] - gera um kernel gaussiano em vez de um ROI plano
- o sigma para o kernel gaussiano, em mm
[-overlap-logic] - como lidar com ROIs sobrepostos, padrão ALLOW
- o método de resolução de sobreposições
[-nomes] - nomeia as colunas do arquivo de texto
- um arquivo de texto contendo nomes de colunas, um por linha
Para cada vértice no arquivo de lista, uma coluna na métrica de saída é criada e um
A ROI em torno desse vértice é desenhada nessa coluna. Cada coluna métrica terá zeros
fora da distância geodésica espaçada por , e por padrão terá um
valor de 1.0 dentro dele. Se o -gaussiano opção é especificada, os valores dentro
o ROI, em vez disso, formará um gaussiano com o valor especificado de sigma, normalizado
de modo que a soma dos valores diferentes de zero na coluna métrica seja 1.0. O
argumento para - lógica de sobreposição deve ser ALLOW, CLOSEST ou EXCLUDE. ALLOW é o
padrão e significa que as ROIs são tratadas de forma independente e podem se sobrepor. MAIS PRÓXIMO
significa que os ROIs não podem se sobrepor e que nenhum ROI contém vértices mais próximos
para um vértice de semente diferente. EXCLUIR significa que os ROIs não podem se sobrepor e que qualquer
vértice dentro da faixa de mais de um ROI não pertence a nenhum ROI.
-superfície-inflação INFLAÇÃO DE SUPERFÍCIE
wb_command -superfície-inflação
- a superfície anatômica - o arquivo de superfície para
inflar - número de ciclos de suavização
- força de suavização (faixas [0.0 - 1.0])
- suavizando iterações - fator de inflação
- saída - arquivo de superfície de saída
Inflar uma superfície executando ciclos que consistem em alisamento seguido por
inflação (para corrigir o encolhimento causado pelo alisamento).
-informações de superfície EXIBIR INFORMAÇÕES SOBRE UMA SUPERFÍCIE
wb_command -informações de superfície
- Superfície para a qual as informações são exibidas
As informações sobre a superfície são exibidas, incluindo vértices, triângulos, caixa delimitadora,
e espaçamento.
-superfície-correspondência SUPERFÍCIE DE CORRESPONDÊNCIA
wb_command -superfície-correspondência
- Superfície de correspondência (referência) - Arquivo
contendo superfície que será transformada - Arquivo de superfície
depois da transformação
O arquivo de superfície de entrada será transformado de modo que seus intervalos de coordenadas (limites
caixa) coincidir com o arquivo Match Surface
-superfície-modificar-esfera MUDE O RÁDIO E OPCIONALMENTE RECENTRE UMA ESFERA
wb_command -superfície-modificar-esfera
- a esfera para modificar - o raio que a esfera de saída deve
ter - saída - a esfera de saída
[-recenter] - recentralize a esfera por meio da caixa delimitadora
Este comando pode ser útil se você tiver usado -reamostra de superfície para reamostrar uma esfera,
que pode sofrer de problemas geralmente não presentes em
-surface-sphere-project-unoject. Se a esfera já deveria estar centrada em torno
a origem, usando -recentralizar ainda pode mudá-lo ligeiramente antes de mudar o raio,
o que é provavelmente indesejável.
Se não está perto de esférico, ou não está centrado em torno da origem e
-recentralizar não é usado, um aviso é impresso.
-superfície-normais SAÍDA VERTEX NORMALS COMO ARQUIVO MÉTRICO
wb_command -superfície-normais
- a superfície para produzir os normais de - saída - o normal
vetores
Calcula os vetores normais do arquivo de superfície e os gera como uma coluna de 3
arquivo métrico.
-reamostra de superfície RESAMPLE UMA SUPERFÍCIE PARA UMA MALHA DIFERENTE
wb_command -reamostra de superfície
- o arquivo de superfície para reamostrar - uma superfície esférica
com a malha que a superfície de entrada
está actualmente em
- uma superfície de esfera que está em registro com
e tem a malha de saída desejada
- o nome do método - output - o arquivo de superfície de saída
[-area-surfs] - especifica as superfícies para fazer a correção da área do vértice com base em
- uma superfície relevante com malha - uma
superfície relevante com malha
[-area-metrics] - especifica as métricas da área do vértice para fazer a correção da área com base
sobre - um arquivo métrico com áreas de vértice para
malha
- um arquivo métrico com áreas de vértice para malha
Faz uma nova amostra de um arquivo de superfície, considerando duas superfícies esféricas que estão no registro. Se
o método faz correção de área, exatamente um dos -área-surfs or -métricas de área devo
ser especificado. Esta opção não é usada em circunstâncias normais, mas é fornecida para
completude.
O o argumento deve ser um dos seguintes:
ADAP_BARY_AREA BARYCENTRIC
O método BARICÊNTRICO é recomendado para superfícies anatômicas, a menos que sejam
bastante áspero, a fim de minimizar o alisamento.
Para superfícies de corte (incluindo mapas planos), use -reamostra de corte de superfície.
Em vez de reamostrar uma superfície esférica, o -surface-sphere-project-unoject
comando é recomendado.
- suavização da superfície SUAVIZAÇÃO DE SUPERFÍCIE
wb_command - suavização da superfície
- a lima de superfície para alisar - força de alisamento
(intervalos [0.0 - 1.0]) - suavizando iterações -
output - arquivo de superfície de saída
Suaviza uma superfície, calculando a média dos nós com seus vizinhos.
-surface-sphere-project-unoject DEFORMAR UMA ESFERA DE ACORDO COM UM REGISTRO
wb_command -surface-sphere-project-unoject
- a esfera com a malha de saída desejada - uma
esfera que se alinha com esfera dentro - esfera-projeto-para
deformado para o espaço de saída - saída - a esfera de saída
Cada vértice de é projetado para obter
pesos baricêntricos, que são então usados para desprojetar de .
Isso resulta em uma esfera com a topologia de , mas as coordenadas mudaram
pela deformação entre e .
e deve ter a mesma topologia de cada
outro, mas pode ter topologia diferente.
-superfície a superfície-3d-distância COMPUTA A DISTÂNCIA ENTRE VÉRTICOS CORRESPONDENTES
wb_command -superfície a superfície-3d-distância
- a superfície para comparar com a referência - a
superfície para usar como referência - saída - as distâncias de saída
[-vetores] - produz os vetores de deslocamento
- saída - os vetores de saída
Calcula a diferença vetorial entre os vértices de cada superfície com o mesmo
indexar, as (comp - ref), e emitir as magnitudes e, opcionalmente, o deslocamento
vetores.
-áreas-vértice-superfície MEDIR A ÁREA DE SUPERFÍCIE CADA VÉRTEX É RESPONSÁVEL POR
wb_command -áreas-vértice-superfície
- a superfície para medir - saída - a métrica de saída
Cada vértice obtém um terço da área de cada triângulo do qual faz parte.
-superfície-cunha-volume MEDIR O VOLUME POR VERTEX ENTRE AS SUPERFÍCIES
wb_command -superfície-cunha-volume
- a superfície interna - a superfície externa -
saída - a métrica de saída
Calcule o volume da área de cada vértice de uma superfície para outra. As superfícies
deve ter correspondência de nó.
-teste de unidade
-reamostra afim de volume RESAMPLE VOLUME USANDO AFFINE TRANSFORM
wb_command -reamostra afim de volume
- volume para reamostrar - o arquivo afim a ser aplicado
- um arquivo de volume no espaço de volume que você deseja para o
saída
- o método de reamostragem - saída - o volume de saída
[-flirt] - DEVE ser usado se afinidade for afinidade de flerte
- o volume da fonte usado ao gerar o afim
- o volume alvo usado ao gerar o afim
Faça uma nova amostra de um arquivo de volume com uma transformação afim.
O recomendado
os métodos são CUBIC (cubic spline) para a maioria dos dados e ENCLOSING_VOXEL para os dados do rótulo.
O parâmetro deve ser um dos:
ENCLOSING CUBICO_VOXEL TRILINEAR
-volume-todos-rótulos-para-rois FAÇA ROIS DE TODAS AS ETIQUETAS EM UM QUADRO DE VOLUME
wb_command -volume-todos-rótulos-para-rois
- o arquivo de etiqueta de volume de entrada - o número ou nome da etiqueta
mapa para usar - output - o arquivo de volume de saída
O volume de saída tem um quadro para cada rótulo no quadro de entrada especificado, outro
que o ??? rótulo, cada um contendo um ROI de todos os voxels definidos para o
etiqueta correspondente.
-plano de captura de volume INTERPOLAR A IMAGEM DO PLANO ATRAVÉS DO VOLUME
wb_command -plano de captura de volume
- o arquivo de volume a partir do qual interpolar - o nome ou número de
o subvolume a ser usado - tipo de interpolação - largura da imagem de saída,
em pixels - altura da imagem de saída, em pixels - valor a renderizar
tão preto - valor para renderizar como branco - coordenada x de
a parte inferior esquerda da imagem de saída - coordenada y da parte inferior
esquerda da imagem de saída - coordenada z da parte inferior esquerda do
imagem de saída - coordenada x da parte inferior direita da saída
imagem - coordenada y da parte inferior direita da imagem de saída
- coordenada z do canto inferior direito da imagem de saída
- coordenada x do canto superior esquerdo da imagem de saída -
coordenada y do canto superior esquerdo da imagem de saída - coordenada z do
canto superior esquerdo da imagem de saída - saída - a imagem de saída
NOTA: Se você deseja gerar uma imagem com todos os recursos da GUI
renderização, veja -mostra cena.
Renderiza uma imagem de um plano arbitrário por meio do arquivo de volume, com um simples
paleta linear em tons de cinza. O parâmetro deve ser um dos:
ENCLOSING CUBICO_VOXEL TRILINEAR
-volume-cópia-extensões COPIAR OS DADOS ESTENDIDOS PARA OUTRO ARQUIVO DE VOLUME
wb_command -volume-cópia-extensões
- o arquivo de volume contendo os dados do voxel a serem usados
- o arquivo de volume contendo as extensões a serem usadas - saída - o
volume de saída
[-drop-unknown] - não copie extensões que o workbench não entenda
Este comando copia as informações em um arquivo de volume que não é uma parte crítica do
o cabeçalho padrão ou matriz de dados, por exemplo, nomes de mapas, configurações de paleta, tabelas de rótulos.
If -pagar-desconhecido não é especificado, ele também copia tipos semelhantes de conjunto de informações
por outro software.
-volume-criar CRIAR UM ARQUIVO DE VOLUME EM BRANCO
wb_command -volume-criar
- comprimento da primeira dimensão - comprimento da segunda dimensão -
comprimento da terceira dimensão - saída - o volume de saída
[-prumo] - definido via ordem do eixo e espaçamento / deslocamento
- uma string como 'XYZ' que especifica qual índice está ao longo
qual dimensão espacial
- mudança na coordenada x de incrementar o relevante
índice
- mudança na coordenada y de incrementar o relevante
índice
- mudança na coordenada z a partir do incremento do relevante
índice
- a coordenada x do primeiro voxel - a coordenada y de
o primeiro voxel - a coordenada z do primeiro voxel
[-sform] - definido por meio de uma forma nifti
- aumento na coordenada x a partir do incremento do índice i
- aumento na coordenada x a partir do incremento do índice j - aumentar em
coordenada x do incremento do índice k - coordenada x do primeiro voxel
- aumento na coordenada y a partir do incremento do índice i
- aumento na coordenada y a partir do incremento do índice j - aumentar em
coordenada y a partir do incremento do índice k - coordenada y do primeiro voxel
- aumento na coordenada z a partir do incremento do índice i
- aumento na coordenada z a partir do incremento do índice j - aumentar em
Coordenada z do incremento do índice k - coordenada z do primeiro voxel
Cria um arquivo de volume cheio de zeros.
Exatamente um de -prumo or -formar
deve ser especificado.
-volume-dilatar DILATE UM ARQUIVO DE VOLUME
wb_command -volume-dilatar
- o volume a dilatar - distância em mm para dilatar -
método de dilatação para usar - saída - o volume de saída
[-bad-voxel-roi] - especifica um roi de voxels para substituir, em vez de
voxels com valor zero - arquivo de volume, valores positivos denotam voxels para
seus valores substituídos
[-data-roi] - especifica uma roi de onde há dados
- arquivo de volume, valores positivos denotam voxels que têm
dados,
[-subvolume] - selecione um único subvolume para dilatar
- o número ou nome do subvolume
Para todos os voxels designados como ruins, se eles estiverem próximos a um voxel não ruim com
dados ou estão dentro da distância especificada de tal voxel, substitua o valor no
voxel ruim com um valor calculado a partir de voxels não ruins próximos que possuem dados,
caso contrário, defina o valor como zero. Não importa quão pequeno é, a dilatação vai
use sempre pelo menos os voxels do rosto vizinho.
Por padrão, voxels que possuem dados com o valor 0 são ruins, especifique -bad-voxel-roi
para contar apenas voxels como ruins se eles forem selecionados pelo roi. Se -data-roi não é
especificado, presume-se que todos os voxels tenham dados.
Valores válidos para são:
NEAREST - use o valor do voxel bom mais próximo PESADO - use um ponderado
média baseada na distância
-volume-estimativa-fwhm ESTIMATIVA FWHM SUAVIDADE DE UM VOLUME
wb_command -volume-estimativa-fwhm
- o volume de entrada
[-roi] - usa apenas dados dentro de um ROI
- o volume a ser usado como ROI
[-subvolume] - selecione um único subvolume para estimar a suavidade de
- o número ou nome do subvolume
Estima a suavidade do volume de entrada nas direções X, Y e Z separadamente,
imprimir as estimativas na saída padrão. Se -subvolume não é especificado, cada
o subvolume é estimado e exibido separadamente.
-volume-extremo ENCONTRE O EXTREMA EM UM ARQUIVO DE VOLUME
wb_command -volume-extremo
- arquivo de volume para encontrar os extremos de - a distância mínima
entre extremos identificados do mesmo
tipo
- output - o volume dos extremos de saída
[-presmooth] - suaviza o volume antes de encontrar extremos
- o sigma para o kernel de alisamento gaussiano, em mm
[-roi] - ignora os valores fora da área selecionada
- a área para encontrar extremos em
[-limiar] - ignora pequenos extremos
- o maior valor a considerar por ser um mínimo - o menor
valor a considerar por ser um máximo
[-sum-subvols] - produz a soma dos extremos subvolumes em vez de cada
subvolume separadamente
[-consolidate-mode] - use a consolidação de mínimos locais em vez de um
grande bairro
[-only-maxima] - encontra apenas o máximo
[-only-minima] - encontre apenas o mínimo
[-subvolume] - selecione um único subvolume para encontrar extremos em
- o número ou nome do subvolume
Encontra extremos em um arquivo de volume, de modo que não haja dois extremos do mesmo tipo
dentro de de cada um. Os extremos são rotulados como -1 para mínimos, 1 para
máximo, 0 caso contrário. Se -apenas-máximas or -somínimo for especificado, então
ignorar extremos não do tipo especificado. Essas opções são mutuamente exclusivas.
If -soma-subvols é especificado, esses subvolumes extremos são somados, e a saída
tem um único subvolume com esse resultado.
Por padrão, um ponto de dados é um extremo apenas se for mais extremo do que qualquer outro
ponto de dados que está dentro a partir dele. Se -modo consolidado é usado, isso
em vez disso, começa encontrando todos os pontos de dados que são mais extremos do que seus imediatos
vizinhos, então, enquanto houver qualquer extremo dentro um do outro, pegue
os dois extremos mais próximos um do outro e mesclá-los em um por uma média ponderada
com base em quantos extremos originais foram mesclados em cada um.
Por padrão, todos os subvolumes de entrada são usados sem suavização, use -subvolume para
especificar um único subvolume para usar e -presmooth para suavizar a entrada antes
encontrando os extremos.
-volume-preenchimento-buracos PREENCHA OS FUROS EM UM VOLUME ROI
wb_command -volume-preenchimento-buracos
- o volume de ROI de entrada - output - o volume do ROI de saída
Encontra todas as partes conectadas ao rosto que não estão incluídas na ROI e preenche todas, exceto
o maior com uns.
-volume-localizar-clusters CLUSTERS DE FILTRO POR VOLUME
wb_command -volume-localizar-clusters
- o volume de entrada - limite para valores de dados
- limite para o volume do cluster, em mm ^ 3 - saída -
o volume de saída
[-menos-que] - encontre valores menores que , ao invés de
maior
[-roi] - selecione uma região de interesse
- o roi, como um arquivo de volume
[-subvolume] - seleciona um único subvolume
- o número ou nome do subvolume
[-size-ratio] - ignora clusters menores do que uma determinada fração do
maior aglomerado no mapa - fração do maior volume do cluster
[-distance] - ignora os clusters além de uma determinada distância do
maior aglomerado - quão longe do maior cluster um cluster pode estar,
Beira
para a borda, em mm
[-start] - começa a rotular os clusters a partir de um valor diferente de 1
- o valor para dar ao primeiro cluster encontrado
Produz um volume com números inteiros diferentes de zero para todos os voxels em um grande o suficiente
cluster e zeros em outro lugar. Os inteiros denotam associação de cluster (por padrão,
o primeiro cluster encontrado usará o valor 1, o segundo cluster 2, etc). Por padrão, os valores
Maior que são considerados em um cluster, use -Menor que para
teste para valores menores que o limite. Para aplicar isso como uma máscara aos dados, ou
para fazer limites mais complicados, consulte -volume-matemática.
-volume-gradiente GRADIENTE DE UM ARQUIVO DE VOLUME
wb_command -volume-gradiente
- o volume de entrada - saída - o gradiente de saída
volume de magnitude
[-presmooth] - suaviza o volume antes de calcular o gradiente
- sigma para função de ponderação gaussiana, em mm
[-roi] - selecione uma região de interesse para obter o gradiente de
- a região para obter o gradiente dentro
[-vetores] - vetores de saída
- saída - os vetores como um arquivo de volume
[-subvolume] - selecione um único subvolume para obter o gradiente de
- o número ou nome do subvolume
Calcula o gradiente do volume fazendo regressões lineares para cada voxel,
considerando apenas seus vizinhos de rosto, a menos que existam poucos vizinhos de rosto. O
o vetor gradiente é construído a partir das derivadas parciais do resultado linear
função, e a magnitude desse vetor é a saída. Se especificado, o volume
a saída do vetor é organizada com os componentes x, y e z de um subvolume como
subvolumes consecutivos.
-tabela de exportação de rótulo de volume TABELA DE ETIQUETA DE EXPORTAÇÃO DE VOLUME COMO TEXTO
wb_command -tabela de exportação de rótulo de volume
- o arquivo de etiqueta de volume de entrada - o número ou nome da etiqueta
mapa para usar - output - o arquivo de texto de saída
Pega a tabela de rótulos do mapa de rótulos de volume e grava em um formato de texto
combinando com o que é esperado por -importação de rótulo de volume.
-importação de rótulo de volume IMPORTAR UM VOLUME DE ETIQUETA PARA O FORMATO DE CUIDADO
wb_command -importação de rótulo de volume
- o volume da etiqueta para importar - arquivo de texto contendo o
valores e nomes para rótulos - saída - o volume do rótulo da bancada de trabalho de saída
[-discard-others] - define quaisquer voxels com valores não mencionados no rótulo
lista para o ??? etiqueta
[-unlabeled-value] - define o valor que será interpretado como não rotulado
- o valor numérico para não rotulado (padrão 0)
[-subvolume] - seleciona um único subvolume para importar
- o número ou nome do subvolume
[-drop-unused-labels] - remove quaisquer valores de rótulo não usados do rótulo
mesa
Cria um novo volume com informações de rótulo no cabeçalho do acento circunflexo nifti
formato de extensão. Você pode especificar a string vazia ('' funcionará em linux / mac) para
, que será tratado como se fosse um arquivo vazio. A lista de rótulos
o arquivo deve ter linhas no seguinte formato:
Não especifique a chave "sem rótulo" no arquivo, presume-se que 0 significa que não
etiquetado a menos -valor não rotulado é especificado. Os nomes das etiquetas devem estar em um separado
linha, mas pode conter espaços ou outros caracteres incomuns (mas não nova linha).
O espaço em branco é cortado em ambas as extremidades do nome do rótulo, mas é mantido se estiver no
meio de um rótulo. Os valores de vermelho, verde, azul e alfa devem ser inteiros de
0 a 255, e irá especificar a cor com a qual o rótulo é desenhado (alfa de 255 significa
opaco, que provavelmente é o que você deseja). Por padrão, ele definirá novos nomes de rótulos
com nomes de LABEL_ # para quaisquer valores encontrados que não sejam mencionados na lista
arquivo, especifique -descartar-outros para, em vez disso, definir esses voxels para a chave "sem etiqueta".
-volume-rótulo-para-roi FAÇA UMA ETIQUETA DE VOLUME EM UM VOLUME ROI
wb_command -volume-rótulo-para-roi
- o arquivo de etiqueta de volume de entrada - saída - o volume de saída
lima
[-nome] - selecionar rótulo pelo nome
- o nome do rótulo do qual você deseja um roi
[-key] - seleciona rótulo por chave
- a chave da etiqueta da qual você deseja um roi
[-map] - seleciona um único mapa de rótulo para usar
- o número ou nome do mapa
Para cada mapa em , um mapa é criado em onde todos os locais
etiquetado com ou com uma chave de recebem o valor 1, e
todos os outros locais recebem 0. Exatamente um dos -nome e -chave deve ser especificado.
Especificar -map usar apenas um mapa de .
-mapeamento de rótulo de volume para superfície MAPEAR UM VOLUME DE ETIQUETA PARA UM ARQUIVO DE ETIQUETA DE SUPERFÍCIE
wb_command -mapeamento de rótulo de volume para superfície
- o volume de onde mapear os dados - a superfície para mapear os dados
- output - o arquivo de etiqueta gifti de saída
[-subvol-select] - seleciona um único subvolume para mapear
- o número ou nome do subvolume
Usa o método de mapeamento de voxel envolvente para mapear os dados do rótulo para um arquivo de rótulo gifti.
-volume-matemática AVALIE A EXPRESSÃO NOS ARQUIVOS DE VOLUME
wb_command -volume-matemática
- a expressão a avaliar, entre aspas - saída - o
volume de saída
[-fixnan] - substitui os resultados NaN por um valor
- valor para substituir NaN por
[-var] - repetível - um arquivo de volume para usar como uma variável
- o nome da variável, conforme usado na expressão - o volume
arquivo para usar como esta variável
[-subvolume] - seleciona um único subvolume
- o número ou nome do subvolume
[-repetir] - reutilizar um único subvolume para cada subvolume de cálculo
Este comando avalia em cada voxel independentemente.
Lá
deve ser pelo menos um -var opção (para obter o espaço do volume), mesmo se o
especificado nele não é usado em . Todos os volumes devem ter o mesmo volume
espaço. Nomes de arquivos não são válidos em , use um nome de variável e um -var
opção com correspondência para especificar um arquivo de entrada. Se o -subvolume opção
dado a qualquer -var opção, apenas um subvolume é usado desse arquivo. Se -repetir is
especificado, o arquivo deve ter apenas um subvolume ou ter o -subvolume
opção especificada. Todos os arquivos que não usam -repetir deve ter o mesmo número de
subvolumes solicitados para serem usados. O formato de é o seguinte:
As expressões consistem em constantes, variáveis, operadores, parênteses e funções,
em notação infixa, como 'exp (-x + 3) * escala '. Variáveis são strings de qualquer
comprimento, usando os caracteres az, AZ, 0-9 e _, mas não pode assumir o nome de um
constante nomeada. Atualmente, há apenas uma constante nomeada, PI. Os operadores
são +, -, *, /, ^,>, <,> =, <=, ==,! =,!, &&, ||. Estes se comportam como em C, exceto
que ^ é exponenciação, ou seja, pow (x, y), e tem maior precedência do que outros
operadores binários (também, '-3 ^ -4 ^ -5' significa '- (3 ^ (- (4 ^ -5)))'). O <=,> =, == e! =
operadores recebem uma pequena quantidade de espaço de manobra, igual a um milionésimo do
menor dos valores absolutos dos valores sendo comparados.
A comparação e os operadores lógicos retornam 0 ou 1, você pode fazer o mascaramento com expressões
como 'x * (máscara> 0)'. Para todos os operadores lógicos, uma entrada é considerada verdadeira sse
é maior que 0. A expressão '0 <x <5' não está sintaticamente errada, mas
NÃO fará o que é desejado, porque é avaliado da esquerda para a direita, ou seja, '((0
x) <5) ', que sempre retornará 1, pois os dois resultados possíveis de uma comparação são
menor que 5. Um aviso é gerado se uma expressão desse tipo for detectada.
Use algo como 'x> 0 && x <5' para obter o comportamento desejado.
Espaços em branco entre os elementos são ignorados, 'sin (2 * x)' é equivalente a
'sin (2 * x)', mas 'está em (2 * x)' é um erro. A multiplicação implícita não é permitida,
a expressão '2x' será analisada como uma variável. Os parênteses são (), não use
[] ou {}. As funções requerem parênteses, a expressão 'sin x' é um erro.
As seguintes funções são suportadas:
sin: 1 argumento, o seno do argumento (as unidades são radianos) cos: 1 argumento, o
cosseno do argumento (as unidades são radianos) tan: 1 argumento, a tangente do
argumento (unidades são radianos) asin: 1 argumento, o inverso do seno do argumento,
em radianos acos: 1 argumento, o inverso do cosseno do argumento, em radianos
atan: 1 argumento, o inverso da tangente do argumento, em radianos atan2: 2
argumentos, atan2 (y, x) retorna o inverso da tangente de
(y / x), em radianos, determinando o quadrante pelo sinal de ambos os argumentos
sinh: 1 argumento, o seno hiperbólico do argumento cosh: 1 argumento, o
cosseno hiperbólico do argumento tanh: 1 argumento, a tangente hiperbólica do
argumento asinh: 1 argumento, o seno hiperbólico inverso do argumento acosh: 1
argumento, o cosseno hiperbólico inverso do argumento atanh: 1 argumento, o
tangente hiperbólica inversa do argumento ln: 1 argumento, o logaritmo natural de
o argumento exp: 1 argumento, a constante e elevada à potência do argumento
log: 1 argumento, o logaritmo de base 10 do argumento sqrt: 1 argumento, o quadrado
raiz do argumento abs: 1 argumento, o valor absoluto do argumento floor: 1
argumento, o maior inteiro não maior que o argumento round: 1 argumento, o
o número inteiro mais próximo, com laços arredondados a partir de
zero
ceil: 1 argumento, o menor inteiro não menor que o argumento min: 2 argumentos,
min (x, y) retorna y se (x> y), caso contrário x max: 2 argumentos, max (x, y) retorna y
if (x <y), x caso contrário mod: 2 argumentos, mod (x, y) = x - y * floor (x / y), ou 0 se
y == 0 clamp: 3 argumentos, clamp (x, baixo, alto) = min (máx (x, baixo), alto)
-fusão de volume INCORPORE OS ARQUIVOS DE VOLUME EM UM NOVO ARQUIVO
wb_command -fusão de volume
- output - o arquivo de volume de saída
[-volume] - repetível - especifica um arquivo de volume de entrada
- um arquivo de volume para usar subvolumes de
[-subvolume] - repetível - seleciona um único subvolume para usar
- o número ou nome do subvolume
[-up-to] - usa uma gama inclusiva de subvolumes
- o número ou nome do último subvolume para
incluir
[-reverse] - usa o intervalo na ordem inversa
Pega um ou mais arquivos de volume e constrói um novo arquivo de volume concatenando
subvolumes deles. Os arquivos de volume de entrada devem ter o mesmo espaço de volume.
Exemplo: wb_command -fusão de volume out.nii -volume primeiro.nii -subvolume 1 -volume
segundo.nii
Este exemplo pegaria o primeiro subvolume de first.nii, seguido por todos
subvolumes de second.nii e escreva-os em out.nii.
-paleta de volume DEFINIR A PALETA DE UM ARQUIVO DE VOLUME
wb_command -paleta de volume
- o arquivo de volume a ser modificado - o modo de mapeamento
[-subvolume] - seleciona um único subvolume
- o número ou nome do subvolume
[-pos-percent] - porcentagem min / max para coloração de dados positiva
- o percentil para os dados menos positivos - a
percentil para os dados mais positivos
[-neg-percent] - porcentagem min / max para coloração de dados negativos
- o percentil para os dados menos negativos - a
percentil para os dados mais negativos
[-pos-user] - valores mín. / máx. do usuário para coloração de dados positiva
- o valor para os dados menos positivos - O valor que
para os dados mais positivos
[-neg-user] - valores mín. / máx. do usuário para coloração de dados negativa
- o valor para os dados menos negativos - O valor que
para os dados mais negativos
[-interpolar] - interpolar cores
- booleano, se interpolar
[-disp-pos] - exibe dados positivos
- booleano, se exibir
[-disp-neg] - exibe dados positivos
- booleano, se exibir
[-disp-zero] - exibe dados mais próximos de zero do que o corte mínimo
- booleano, se exibir
[-palette-name] - define a paleta usada
- o nome da paleta
[-limiar] - definir o limite
- configuração de limite - mostrar valores dentro ou fora dos limites
- limite inferior - limite superior
O arquivo de volume original é substituído pela versão modificada.
By
padrão, todas as colunas do arquivo de volume são ajustadas para as novas configurações, use o
-subvolume opção para alterar apenas um subvolume. Configurações de mapeamento não especificadas em
as opções serão tiradas do primeiro subvolume. O o argumento deve ser um de
o seguinte:
MODE_AUTO_SCALE MODE_AUTO_SCALE_ABSOLUTE_PERCENTAGE MODE_AUTO_SCALE_PERCENTAGE
MODE_USER_SCALE
o argumento para -nome da paleta deve ser um dos seguintes:
PSYCH PSYCH-NO-NONE ROY-BIG ROY-BIG-BL Laranja-Amarelo Cinza_Interp_Positive
Gray_Interp clear_brain videen_style fidl raich4_clrmid raich6_clrmid HSB8_clrmid
RBGYR20 RBGYR20P POS_NEG vermelho-amarelo azul-azul claro FSL power_surf fsl_red fsl_green
fsl_blue fsl_yellow JET256
o argumento para -limiar deve ser um dos seguintes:
THRESHOLD_TYPE_OFF THRESHOLD_TYPE_NORMAL
o argumento para -limiar deve ser um dos seguintes:
THRESHOLD_TEST_SHOW_OUTSIDE THRESHOLD_TEST_SHOW_INSIDE
-reamostragem de volume-parcela PACOTES DE VOLUME SUAVES E RESAMPLE
wb_command -reamostragem de volume-parcela
- o volume de dados de entrada - volume do rótulo de onde o
pacotes atualmente são - etiqueta do volume de onde os pacotes devem ser
- sigma de kernel gaussiano para suavizar durante a reamostragem -
saída - volume de saída
[-fix-zeros] - trata os valores zero como não sendo dados
[-subvolume] - seleciona um único subvolume como entrada
- o número ou nome do subvolume
Suaviza e reamostra a região dentro de cada etiqueta em parcelas de curvas para a região de
o mesmo nome de etiqueta em pacotes novos. Quaisquer voxels na região do rótulo de saída, mas
fora da região do rótulo de entrada será extrapolado a partir de dados próximos. O
-fixar zeros opção faz com que a suavização não use um valor de entrada se for zero, mas
ainda escreve um valor suavizado para o voxel, e após a suavização ser concluída, ele irá
verifique quaisquer valores restantes de zero e preencha-os com os valores extrapolados.
Nota: todos os volumes devem ter as mesmas dimensões e espaçamento.
Para usar um
espaço de saída diferente, veja -volume-parcel-resampling-genérico.
-volume-parcel-resampling-genérico PARCELAS DE VOLUME SUAVES E COM RESEMPLO DE VOLUME DIFERENTE
ESPAÇO
wb_command -volume-parcel-resampling-genérico
- o volume de dados de entrada - volume do rótulo de onde o
pacotes atualmente são - etiqueta do volume de onde os pacotes devem ser
- sigma de kernel gaussiano para suavizar durante a reamostragem -
saída - volume de saída
[-fix-zeros] - trata os valores zero como não sendo dados
[-subvolume] - seleciona um único subvolume como entrada
- o número ou nome do subvolume
Suaviza e reamostra a região dentro de cada etiqueta em parcelas de curvas para a região de
o mesmo nome de etiqueta em pacotes novos. Quaisquer voxels na região do rótulo de saída, mas
fora da região do rótulo de entrada será extrapolado a partir de dados próximos. O
-fixar zeros opção faz com que a suavização não use um valor de entrada se for zero, mas
ainda escreve um valor suavizado para o voxel, e após a suavização ser concluída, ele irá
verifique quaisquer valores restantes de zero e preencha-os com os valores extrapolados.
O volume de saída usará o espaço de volume das novas parcelas, que não precisa
estar no mesmo espaço de volume que a entrada.
-suavização de pacote de volume PARTES SUAVES EM UM VOLUME SEPARADAMENTE
wb_command -suavização de pacote de volume
- o volume para suavizar - um volume de rótulo contendo o
parcelas para alisar - o sigma do kernel de alisamento gaussiano, em mm
- saída - o volume de saída
[-fix-zeros] - trata os valores zero como não sendo dados
[-subvolume] - selecione um único subvolume para suavizar
- o número ou nome do subvolume
O volume é suavizado dentro de cada rótulo no volume do rótulo usando dados apenas de
dentro do rótulo. Equivalente à suavização de volume em execução com ROIs correspondentes a cada um
etiquete separadamente e, em seguida, adicione os volumes resultantes, mas mais rápido.
-volume-reduzir EXECUTAR OPERAÇÃO DE REDUÇÃO ATRAVÉS DE SUBVOLUMES
wb_command -volume-reduzir
- o arquivo de volume para reduzir - o operador de redução a usar
- saída - o volume de saída
[-exclude-outliers] - exclui outliers de cada série temporal por padrão
desvio - número de desvios padrão abaixo da média para
incluir
- número de desvios padrão acima da média para
incluir
Para cada voxel, pega os dados entre os subvolumes como um vetor e realiza o
redução especificada nele, colocando o resultado no volume de saída único naquele
voxel. Os operadores de redução são os seguintes:
MAX: o valor máximo MIN: o valor mínimo INDEXMAX: o índice baseado em 1 do
valor máximo INDEXMIN: o índice baseado em 1 do valor mínimo SUM: soma todos os valores
PRODUTO: multiplique todos os valores MEAN: a média dos dados STDEV: o padrão
desvio (denominador N) SAMPSTDEV: o desvio padrão da amostra (N-1
denominador) VARIANCE: a variância dos dados MEDIAN: a mediana dos dados
MODE: o modo dos dados COUNT_NONZERO: o número de elementos diferentes de zero no
dados,
-volume-remove-ilhas REMOVER ILHAS DE UM VOLUME ROI
wb_command -volume-remove-ilhas
- o volume de ROI de entrada - output - o volume do ROI de saída
Encontra todas as partes conectadas por face da ROI e zera todas, exceto a maior.
-volume-reorientar ALTERAR A ORDEM DE VOXEL DE UM ARQUIVO DE VOLUME
wb_command -volume-reorientar
- o volume para reorientar - a orientação desejada
- out - o volume reorientado
Altera a ordem do voxel e as informações de espaçamento / origem do cabeçalho de forma que o
o valor de qualquer ponto espacial permanece inalterado. Strings de orientação parecem 'LPI',
o que significa que o primeiro índice é da esquerda para a direita, o segundo é posterior ao anterior e
o terceiro é inferior ao superior. Os caracteres válidos são:
Esquerda para a direita
R direita para a esquerda
P posterior para anterior
A anterior para posterior
Eu inferior a superior
S superior para inferior
-volume-rois-de-extrema CRIAR MAPAS DE ROI DE VOLUME DE MAPAS EXTREMA
wb_command -volume-rois-de-extrema
- o volume de entrada - limite de distância do centro do voxel, em mm
- saída - o volume de saída
[-gaussian] - gera um kernel gaussiano em vez de um ROI plano
- o sigma para o kernel gaussiano, em mm
[-roi] - selecione uma região de interesse para usar
- a região a ser usada
[-overlap-logic] - como lidar com ROIs sobrepostos, padrão ALLOW
- o método de resolução de sobreposições
[-subvolume] - selecione um único subvolume para obter o gradiente de
- o número ou nome do subvolume
Para cada valor diferente de zero em cada mapa, faça um mapa com um ROI em torno desse local.
Se o -gaussiano opção for especificada, então os kernels gaussianos normalizados são produzidos
em vez de ROIs. o argumento para - lógica de sobreposição deve ser um de ALLOW,
MAIS PRÓXIMO ou EXCLUIR. ALLOW é o padrão e significa que as ROIs são tratadas
independentemente e podem se sobrepor. MAIS PRÓXIMO significa que os ROIs não podem se sobrepor, e que
nenhuma ROI contém vértices que estão mais próximos de um vértice original diferente. EXCLUIR significa
que os ROIs não podem se sobrepor e que qualquer vértice dentro da faixa de mais de um ROI
não pertence a nenhum ROI.
-volume-configurar-espaço ALTERAR INFORMAÇÕES DE ESPAÇO DE VOLUME
wb_command -volume-configurar-espaço
- o volume de entrada - saída - o volume de saída
[-prumo] - definido via ordem do eixo e espaçamento / deslocamento
- uma string como 'XYZ' que especifica qual índice está ao longo
qual dimensão espacial
- mudança na coordenada x de incrementar o relevante
índice
- mudança na coordenada y de incrementar o relevante
índice
- mudança na coordenada z a partir do incremento do relevante
índice
- a coordenada x do primeiro voxel - a coordenada y de
o primeiro voxel - a coordenada z do primeiro voxel
[-sform] - definido por meio de uma forma nifti
- aumento na coordenada x a partir do incremento do índice i
- aumento na coordenada x a partir do incremento do índice j - aumentar em
coordenada x do incremento do índice k - coordenada x do primeiro voxel
- aumento na coordenada y a partir do incremento do índice i
- aumento na coordenada y a partir do incremento do índice j - aumentar em
coordenada y a partir do incremento do índice k - coordenada y do primeiro voxel
- aumento na coordenada z a partir do incremento do índice i
- aumento na coordenada z a partir do incremento do índice j - aumentar em
Coordenada z do incremento do índice k - coordenada z do primeiro voxel
Grava uma cópia do arquivo de volume, com as informações de espaçamento alteradas conforme
Especificadas. Não ocorre nenhum reordenamento dos dados do voxel. Exatamente um de -prumo or
-formar deve ser especificado.
- suavização de volume SUAVIZAR UM ARQUIVO DE VOLUME
wb_command - suavização de volume
- o volume para suavizar - o sigma do kernel de suavização gaussiana,
em mm - saída - o volume de saída
[-roi] - suave apenas a partir de dados dentro de um ROI
- o volume a ser usado como ROI
[-fix-zeros] - trata os valores zero como não sendo dados
[-subvolume] - selecione um único subvolume para suavizar
- o número ou nome do subvolume
Suavização gaussiana para volumes.
Por padrão, suaviza todos os subvolumes com
sem ROI, se o ROI for dado, apenas voxels positivos no volume de ROI têm seus valores
usado e todos os outros voxels são definidos como zero. Suavizar um volume não ortogonal irá
ser significativamente mais lento, porque a operação não pode ser separada em
Alisamentos unidimensionais sem distorcer a forma do kernel.
O -fixar zeros opção faz com que a suavização não use um valor de entrada se for zero,
mas ainda escreve um valor suavizado para o voxel. Isso é útil para zeros que
indicam falta de informação, impedindo-os de puxar para baixo a intensidade de
voxels próximos, dando ao zero um valor extrapolado.
-estatísticas de volume ESTATÍSTICAS ESPACIAIS EM UM ARQUIVO DE VOLUME
wb_command -estatísticas de volume
- o volume de entrada
[-reduzir] - usar uma operação de redução
- a operação de redução
[-percentil] - fornece o valor em um percentil
- o percentil para encontrar
[-subvolume] - exibe apenas a saída para um subvolume
- o número ou nome do subvolume
[-roi] - considera apenas os dados dentro de uma roi
- o roi, como um arquivo de volume
[-match-maps] - cada subvolume de entrada usa o correspondente
subvolume do arquivo roi
[-show-map-name] - imprime o índice do mapa e o nome antes de cada saída
Para cada subvolume da entrada, um único número é impresso, resultante da
redução especificada ou operação de percentil. Usar -subvolume para apenas dar saída
para um único subvolume. Usar -Rei para considerar apenas os dados dentro de uma região.
Exatamente um de -reduzir or -percentil deve ser especificado.
O argumento para o -reduzir a opção deve ser uma das seguintes:
MAX: o valor máximo MIN: o valor mínimo INDEXMAX: o índice baseado em 1 do
valor máximo INDEXMIN: o índice baseado em 1 do valor mínimo SUM: soma todos os valores
PRODUTO: multiplique todos os valores MEAN: a média dos dados STDEV: o padrão
desvio (denominador N) SAMPSTDEV: o desvio padrão da amostra (N-1
denominador) VARIANCE: a variância dos dados MEDIAN: a mediana dos dados
MODE: o modo dos dados COUNT_NONZERO: o número de elementos diferentes de zero no
dados,
-volume-tfce FAÇA TFCE EM UM ARQUIVO DE VOLUME
wb_command -volume-tfce
- o volume para executar o TFCE - saída - o volume de saída
[-presmooth] - suaviza o volume antes de executar TFCE
- o sigma para o kernel de alisamento gaussiano, em mm
[-roi] - selecione uma região de interesse para executar o TFCE
- a área para executar o TFCE, como um volume
[-parâmetros] - definir parâmetros para TFCE integral
- expoente para o volume do cluster (padrão 0.5) - expoente para o valor limite
(padrão 2.0)
[-subvolume] - seleciona um único subvolume
- o número ou nome do subvolume
O aprimoramento do cluster sem limite é um método para aumentar o valor relativo de
regiões que formariam clusters em um teste de limite padrão. Isto é
realizado avaliando a integral de:
e (h, p) ^ E * h ^ H * dh
em cada vértice p, onde h varia de 0 ao valor máximo nos dados, e e (h,
p) é a extensão do cluster contendo o vértice p no limiar h. Negativo
os valores são aprimorados de forma semelhante negando os dados, executando o mesmo processo e
negando o resultado.
Este método é explicado em: Smith SM, Nichols TE., "Threshold-free cluster
aprimoramento: abordando problemas de suavização, dependência de limite e
localização na inferência de cluster. "Neuroimage. 2009 de janeiro de 1;44(1): 83-98. PMID:
18501637
-mapeamento de volume para superfície VOLUME DO MAPA PARA A SUPERFÍCIE
wb_command -mapeamento de volume para superfície
- o volume de onde mapear os dados - a superfície para mapear os dados
- output - o arquivo de métrica de saída
[-trilinear] - usa interpolação de volume trilinear
[-enclosing] - valor de uso do voxel envolvente
[-cubic] - usa splines cúbicos
[-ribbon-constrained] - usa algoritmo de mapeamento com restrição de faixa de opções
- a superfície interna da fita - a superfície externa de
a fita
[-volume-roi] - use um volume roi
- o arquivo de volume
[-voxel-subdiv] - divisões do voxel ao estimar os pesos do voxel
- número de subdivisões, padrão 3
[-pesos de saída] - escreve os pesos de voxel de um vértice para um volume
Arquivo - o número do vértice para obter os pesos do voxel, baseado em 0
- saída - volume para escrever os pesos para
[-estilo-mielina] - use o método de mapeamento de mielina
- um volume roi da fita cortical para este
hemisfério
- um arquivo métrico de espessura cortical - kernel guassiano em mm
para pesar voxels dentro da faixa
[-subvol-select] - seleciona um único subvolume para mapear
- o número ou nome do subvolume
Você deve especificar exatamente um método de mapeamento.
O voxel envolvente usa o
valor do voxel dentro do vértice, enquanto trilinear faz um 3D linear
interpolação baseada nos voxels imediatamente em cada lado do vértice
posição.
O método de mapeamento de faixa de opções constrói um poliedro a partir dos vizinhos do vértice em
cada superfície, e estima a quantidade de volume deste poliedro que cai
dentro de quaisquer voxels próximos, para usar como pesos para amostragem. O volume ROI é
útil para excluir efeitos de volume parcial de voxels pelos quais as superfícies passam, e
fará com que o mapeamento ignore voxels que não tenham um valor positivo no
mascarar. O número da subdivisão especifica como se aproxima da quantidade de
volume que o poliedro cruza, dividindo cada voxel em pedaços NxNxN, e
verificando se o centro de cada peça está dentro do poliedro. Se você tem
voxels muito grandes, considere aumentar isso se você obtiver zeros em sua saída.
O método de estilo de mielina usa parte do comando caret5 de mapeamento de mielina para fazer o
mapeamento: para cada vértice de superfície, leve todos os voxels mais próximos do que a espessura no
vértices que estão dentro da ROI da faixa de opções e a menos da metade do valor da espessura de distância
do vértice ao longo da direção da normal da superfície, e aplique um gaussiano
kernel com o sigma especificado para obter os pesos a serem usados.
-volume-vetor-operação FAÇA UMA OPERAÇÃO DE VETOR EM ARQUIVOS DE VOLUME
wb_command -volume-vetor-operação
- primeiro arquivo de entrada de vetor - segundo arquivo de entrada vetorial
- que operação vetorial fazer - output - o arquivo de saída
[-normalize-a] - normaliza os vetores da primeira entrada
[-normalize-b] - normaliza os vetores da segunda entrada
[-normalize-output] - normaliza os vetores de saída (não é válido para ponto
produtos)
[-magnitude] - mostra a magnitude do resultado (não é válido para ponto
produtos)
Faz uma operação vetorial em dois arquivos de volume (que devem ter um múltiplo de 3
subvolumes). Qualquer uma das entradas pode ter vários vetores (mais de 3
subvolumes), mas não ambos (pelo menos um deve ter exatamente 3 subvolumes). O
-magnitude e -normalize-saída as opções não podem ser especificadas em conjunto ou com o
Operação DOT. O parâmetro deve ser um dos seguintes:
DOT CROSS ADICIONAR SUBTRATO
-volume-warpfield-reamostra RESAMPLE VOLUME USANDO WARPFIELD
wb_command -volume-warpfield-reamostra
- volume para reamostrar - o campo de guerra a ser aplicado
- um arquivo de volume no espaço de volume que você deseja para o
saída
- o método de reamostragem - saída - o volume de saída
[-fnirt] - DEVE ser usado se estiver usando um campo de guerra fnirt
- o volume da fonte usado ao gerar o warpfield
Faça uma nova amostra de um arquivo de volume com um warpfield.
Os métodos recomendados são
CUBIC (spline cúbico) para a maioria dos dados e ENCLOSING_VOXEL para os dados do rótulo. O
parâmetro deve ser um dos:
ENCLOSING CUBICO_VOXEL TRILINEAR
-estatísticas ponderadas por volume ESTATÍSTICAS ESPACIAIS PONDERADAS EM UM ARQUIVO DE VOLUME
wb_command -estatísticas ponderadas por volume
- o volume de entrada
[-weight-volume] - usa pesos de um arquivo de volume
- arquivo de volume contendo os pesos
[-subvolume] - exibe apenas a saída para um subvolume
- o número ou nome do subvolume
[-roi] - considera apenas os dados dentro de uma roi
- o roi, como um arquivo de volume
[-match-maps] - cada subvolume de entrada usa o correspondente
subvolume do arquivo roi
[-média] - calcular a média ponderada
[-stdev] - cálculo do desvio padrão ponderado
[-sample] - estimar a desv. padrão da população a partir da amostra
[-percentil] - computar percentil ponderado
- o percentil para encontrar
[-sum] - calcular a soma ponderada
[-show-map-name] - imprime o índice do mapa e o nome antes de cada saída
Para cada subvolume da entrada, um único número é impresso, resultante da
operação especificada. Se -peso-volume não é especificado, o volume de cada voxel é
usado. Usar -subvolume para fornecer saída apenas para um único subvolume. Usar -Rei para
considere apenas os dados dentro de uma região. Exatamente um de -significar, -stdev, -percentil
or -soma deve ser especificado.
utilização -soma sem -peso-volume é equivalente a integrar com respeito a
volume.
-wbsparse-merge-denso MERGE WBSPARSE ARQUIVOS AO LONGO DA DIMENSÃO DENSA
wb_command -wbsparse-merge-denso
- com qual dimensão unir, ROW ou COLUMN - saída
- o arquivo wbsparse de saída
[-wbsparse] - repetível - especifica um arquivo wbsparse de entrada
- um arquivo wbsparse para mesclar
Os arquivos wbsparse de entrada devem ter mapeamentos correspondentes ao longo da direção não
especificado, e o mapeamento ao longo da direção especificada deve ser modelos cerebrais.
-zip-arquivo de cena ZERAR UM ARQUIVO DE CENA E SEUS ARQUIVOS DE DADOS
wb_command -zip-arquivo de cena
- o arquivo de cena para fazer o arquivo zip - o nome
da pasta criada quando o arquivo zip é
descompactado
- out - o arquivo zip que será criado
[-base-dir] - especifica um diretório em que todos os arquivos de dados estão em algum lugar
dentro, isso se tornará a raiz da estrutura de diretório do arquivo zip
- o diretório
Se o arquivo zip já existir, ele será sobrescrito.
If -base-dir não é
especificado, o diretório que contém o arquivo de cena é usado para o diretório base.
O arquivo de cena deve conter apenas caminhos relativos, e nenhum arquivo de dados pode estar fora
o diretório base.
-zip-spec-arquivo ZERAR UM ARQUIVO DE ESPECIFICAÇÕES E SEUS ARQUIVOS DE DADOS
wb_command -zip-spec-arquivo
- o arquivo de especificação a ser adicionado ao arquivo zip - o nome
da pasta criada quando o arquivo zip é
descompactado
- out - o arquivo zip que será criado
[-base-dir] - especifica um diretório em que todos os arquivos de dados estão em algum lugar
dentro, isso se tornará a raiz da estrutura de diretório do arquivo zip
- o diretório
Se o arquivo zip já existir, ele será sobrescrito.
If -base-dir não é
especificado, o diretório que contém o arquivo spec é usado para o diretório base.
O arquivo de especificação deve conter apenas caminhos relativos e nenhum arquivo de dados pode estar fora
o diretório base. Arquivos de cena dentro de arquivos de especificação não são verificados para quais arquivos
eles fazem referência, certifique-se de que todos os arquivos de dados referenciados pelos arquivos de cena também são
referenciado pelo arquivo de especificação.
Use wb_command online usando serviços onworks.net
