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wiggle2gff3p - Online na nuvem

Execute wiggle2gff3p no provedor de hospedagem gratuita OnWorks no Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

Este é o comando wiggle2gff3p que pode ser executado no provedor de hospedagem gratuita OnWorks usando uma de nossas várias estações de trabalho online gratuitas, como Ubuntu Online, Fedora Online, emulador online do Windows ou emulador online do MAC OS

PROGRAMA:

NOME


wiggle2gff3.pl - Converte arquivos no formato UCSC WIG em arquivos gff3

SINOPSE


wiggle2gff3.pl [opções] WIG_FILE> load_data.gff3

Converte arquivos no formato UCSC WIG em arquivos gff3 adequados para carregar no GBrowse
bancos de dados. Isso é usado para dados quantitativos de alta densidade, como CNV, SNP e expressão
matrizes.

DESCRIÇÃO


Use este conversor quando você tiver dados quantitativos densos para exibir usando o xyplot,
densidade ou glifos do mapa de calor e muitos itens de dados (milhares) para carregar no GBrowse. Isto
cria um ou mais arquivos binários com espaço eficiente contendo os dados quantitativos, como
bem como um pequeno arquivo GFF3 que pode ser carregado no Chado ou em outros bancos de dados GBrowse.

O uso típico é o seguinte:

% wiggle2gff3.pl --method = microarray_oligo my_data.wig> my_data.gff3

Opções
As seguintes opções são aceitas:

--method = Defina o método para as linhas GFF3 que representam
each quantitative data point in the track.
O padrão é "microarray_oligo."

--source = Defina o campo de origem para o arquivo GFF3. O padrão é
Nenhum.

--gff3 Cria um arquivo no formato GFF3 (o padrão)

--featurefile Cria um arquivo de formato "featurefile" - este é o
formato simplificado usado para uploads do GBrowse. Esse
opção é incompatível com a opção --gff3.

--sample Se verdadeiro, arquivos muito grandes (> 5 MB) serão amostrados
obter desvio mínimo, máximo e padrão; de outra forma
todo o arquivo será verificado para obter essas estatísticas.
Isso processará os arquivos mais rápido, mas pode perder itens atípicos
valores.

--path = Especifique o diretório no qual colocar o wiggle binário
arquivos. O padrão é o diretório temporário atual
(/ Tmp ou o que for apropriado para o seu sistema operacional).

--base = O mesmo que "--path".

--trackname especifica a base do nome da trilha para a criação do wigfile

--help Esta documentação.

Este script aceitará uma variedade de estilos de opção, incluindo opções abreviadas
("--meth = foo"), opções de caractere único ("-m foo") e outras variantes comuns.

Binário mexer arquivos
Os arquivos binários "wiggle" criados por este utilitário podem ser lidos usando o
Bio :: Graphics :: Módulo Wiggle. Os dados quantitativos são dimensionados para o intervalo de 1-255
(perdendo muita precisão, mas ainda mais do que suficiente para a visualização de dados) e armazenados
em um formato compactado em que cada arquivo corresponde ao comprimento de um único cromossomo ou
contig.

Uma vez criados, os arquivos binários não devem ser movidos ou renomeados, a menos que você tenha o cuidado de
fazer as alterações correspondentes nos nomes de caminho fornecidos pelo atributo "wigfile" no GFF3
linhas de recurso de arquivo. Você também deve ter cuidado ao usar o comando cp para copiar o
arquivos binários; eles são formatados com "buracos" de tal forma que os dados ausentes não
ocupar qualquer espaço no disco. Se você copiá-los, os buracos serão preenchidos com zeros e o
a economia de espaço será perdida. Melhor usar o comando "tar" com sua opção --sparse para
mover os arquivos de um lugar para outro.

Exemplo PERUCA Envie o
Este exemplo é dehttp://genome.ucsc.edu/goldenPath/help/wiggle.html>:

# nome do arquivo: exemplo.wig
#
# 300 gráfico de barras de base ampla, autoScale está ativado por padrão == gráfico
# limites irão mudar dinamicamente para mostrar sempre a gama completa de dados
# na janela de visualização, prioridade = 20 posiciona este como o segundo gráfico
# Nota, sistema de coordenadas semiaberto relativo a zero em uso para formato de leito
track type = wiggle_0 name = "Formato da cama" description = "Formato CAMA" \
visibilidade = cor total = 200,100,0 altColor = 0,100,200 prioridade = 20
chr19 59302000 59302300 -1.0
chr19 59302300 59302600 -0.75
chr19 59302600 59302900 -0.50
chr19 59302900 59303200 -0.25
chr19 59303200 59303500 0.0
chr19 59303500 59303800 0.25
chr19 59303800 59304100 0.50
chr19 59304100 59304400 0.75
chr19 59304400 59304700 1.00
# 150 gráfico de barras de base ampla em posições arbitrariamente espaçadas,
# linha limite desenhada em y = 11.76
# autoScale off view range definido para [0:25]
# prioridade = 10 posiciona como o primeiro gráfico
# Nota, sistema de coordenadas um-relativo em uso para este formato
track type = wiggle_0 name = "variableStep" description = "variableStep format" \
visibilidade = full autoScale = off viewLimits = 0.0: 25.0 cor = 255,200,0 \
yLineMark = 11.76 yLineOnOff = na prioridade = 10
variableStep chrom = chr19 span = 150
59304701 10.0
59304901 12.5
59305401 15.0
59305601 17.5
59305901 20.0
59306081 17.5
59306301 15.0
59306691 12.5
59307871 10.0
Gráfico de pontos largos de base # 200 a cada 300 bases, gráfico de 50 pixels de altura
# autoScale desativado e intervalo de visualização definido para [0: 1000]
# prioridade = 30 posiciona este como o terceiro gráfico
# Nota, sistema de coordenadas um-relativo em uso para este formato
track type = wiggle_0 name = "fixedStep" description = "fixed step" visibilidade = full \
autoScale = off viewLimits = 0: 1000 color = 0,200,100 maxHeightPixels = 100: 50: 20 \
graphType = pontos prioridade = 30
fixedStep chrom = chr19 start = 59307401 step = 300 span = 200
1000
900
800
700
600
500
400
300
200
100

Você pode convertê-lo em um arquivo GFF3 carregável com o seguinte comando:

wiggle2gff3.pl --meth = example --so = example --path = / var / gbrowse / db example.wig \
> exemplo.gff3

A saída será semelhante a esta:

## gff-version 3

chr19 example example 59302001 59304700. . . Name = Bed Format; wigfile = / var / gbrowse / db / track001.chr19.1199828298.wig
chr19 example example 59304701 59308020. . . Name = variableStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track002.chr19.1199828298.wig
chr19 example example 59307401 59310400. . . Name = fixedStep; wigfile = / var / gbrowse / db / track003.chr19.1199828298.wig

Use wiggle2gff3p online usando serviços onworks.net


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