xbs - Online na nuvem

PROGRAMA:

NOME

xbs - modelagem de molécula de bola e bastão

SINOPSE

xbs [-id] [-h] [-geográfico gg] [-sc x] [-cor]
[-t título] [-bw] [-st] [-rv] [-autocolor]
[-hh]

DESCRIÇÃO

xbs usa gráficos X-window para produzir plotagens de bola e palito. Ele lê as coordenadas e
outros dados de um arquivo de entrada id.bs (por exemplo, ch4.bs) e possivelmente diferentes "frames" com
coordenadas deslocadas de um arquivo de movimento auxiliar ID.mv (por exemplo, ch4.mv). Os arquivos padrão
são in.bs e in.mv Na distribuição Debian, veja os exemplos de arquivos de entrada e script em
/ usr / share / doc / xbs / examples.

OPÇÕES

-geográfico gg
definir a geometria da janela

-sc x
definir fator de escala

-t título
definir o título da janela

-cor
usar cor

-bw b / w com tons de cinza suaves

-st p / b com cinzas pontilhados

-rv cores reversas

-autocolorir
escolheu as próprias cores

-hh longa ajuda

-geográfico gg
definir a geometria da janela

INPUT FORMATO

Em um caso simples, um arquivo ch4.bs poderia ter a seguinte aparência:

átomo C 0.000 0.000 0.000
átomo H 1.155 1.155 1.155
átomo H -1.155 -1.155 1.155
átomo H 1.155 -1.155 -1.155
átomo H -1.155 1.155 -1.155

especificação C 1.000 0.7
spec H 0.700 1.00

obrigações CC 0.000 4.000 0.109 1.00
ligações CH 0.000 3.400 0.109 1.00
ligações HH 0.000 2.800 0.109 1.00

Isso define as coordenadas no formato
espécie de átomo xyz

e como desenhar cada espécie atômica, no formato
cor do raio do nome da especificação

e como desenhar ligações, no formato ligações nome1 nome2 comprimento mínimo comprimento máximo raio cor

Um arquivo de movimentação contém frames adicionais como este:

quadro Este é o quadro número dois
0.000 0.000 0.000 1.155 1.155 1.155 -1.155 -1.155 1.155
1.155 -1.155 -1.155 -1.155 1.155 -1.155

Depois da palavra-chave 'frame', vem uma string de identificação e, em seguida, vêm as coordenadas para todos
os átomos. As quebras de linha podem aparecer em qualquer lugar entre as coordenadas.

Outras linhas de entrada também são possíveis, nomeadamente as linhas que definem os parâmetros (ver abaixo).
Exemplo: 'inc 5' define o incremento da rotação para 5 graus.

Em ambos os arquivos, as linhas que começam com * e as linhas em branco são comentários.

USO

Depois de iniciar o programa com 'xbs ch4', o gráfico pode ser controlado diretamente por
chaves. Por exemplo, para girar a molécula use as teclas do cursor e as teclas "," e "." o
os dois últimos foram escolhidos porque estão abaixo de "<" e ">" que se parecem com setas. Dar um passo
através dos frames para mostrar um "filme", ​​use as teclas '[' e ']'. Uma série de outras chaves são
definido para funcionar diretamente. Funções mais complicadas são feitas pressionando 'i' para obter
uma linha de entrada e, em seguida, digitando um comando. Use 'xbs -hh' para obter informações sobre as chaves e
comandos.

Dimensionamento: as teclas '+' e '-' aumentam ou diminuem o tamanho do gráfico.

Perspectiva: a tecla p muda a perspectiva. O padrão é desativado. Para pseudoperspectiva, o
os tamanhos das esferas dependem da distância do visualizador, mas as posições na página são
inalterado. Para uma verdadeira perspectiva, os tamanhos e as posições mudam. A força
do efeito de perspectiva depende da distância do visualizador, que é mostrado no
linha de status. É alterado com as teclas 'd' e 'D' ou pode ser definido diretamente com o comando
'dist'. (Nota: se você chegar muito perto e colocar o ponto de vista dentro de um átomo, o programa
tentará colorir todo o universo, o que demora muito).

Iluminação: o comando 'gramp slope middle' esmaece os átomos na parte de trás por um exponencial
rampa. O comando 'light xyz' sombreia os átomos como se a luz brilhasse ao longo do vetor
(x, y, z). Esses comandos funcionam apenas no modo preto / branco. Para voltar à coloração normal,
digite 'gramp' ou 'light' sem argumentos.

Posicionamento: as teclas 8,6,4,2 do teclado movem o gráfico em um incremento dpos (que pode ser
definido pelo comando 'dpos'). A tecla '*' do teclado salva a posição atual como 'casa' (ou use
comando 'pos' para definir a posição inicial diretamente). A tecla 7 do teclado move o terreno para casa.
As posições são relativas ao centro da janela.

Salvando: o comando 'save' grava os dados em um arquivo (default Save.bs). Se houver vários
quadros, um arquivo de movimento também é escrito. O comando 'salvar' tem algumas opções, veja abaixo.

Impressão: o comando 'imprimir' grava a saída em um arquivo postscript, por padrão o arquivo
'Bs.ps'. Um arquivo de impressão permanece aberto até que seja explicitamente fechado. Desta forma, vários enredos
podem ser sobrepostos na mesma página, usando as teclas do cursor do teclado para deslocar os subtramas
na página. O comando 'imprimir' tem algumas opções, veja abaixo.

ONLINE AJUDA

Digitar 'xbs -h' e 'xbs -hh' fornece uma ajuda curta, respectivamente longa.

Depois de iniciar o xbs, a tecla 'h' alterna uma visão geral. Esta é a mesma informação que é
obtido com 'xbs -hh'.

Na linha de entrada, use 'help print' ou 'print?' ou mesmo 'print -h' para obter ajuda em um
comando específico como (neste caso) imprimir. Esta ajuda também mostra todas as opções possíveis
para o comando.

A barra de espaço alterna informações extras sobre o gráfico escrito na janela.

COMANDOS

1. Cor:

- Uma cor é especificada como um número entre 0 e 1 (valor cinza), três números
entre 0 e 1 (valores de vermelho, verde, azul ou RGB), ou como um nome de cor do arquivo
/usr/lib/X11/rgb.txt (ou semelhante).

- No arquivo de entrada, a cor de cada espécie ou vínculo é definida dessas três formas.

- As seguintes opções xbs estão relacionadas à cor: -color ativar cores (padrão) bw
usa apenas cinzas -st usa apenas cinzas, pontilhada de alguns valores -rv inverte tudo
cores -auto escolha suas próprias cores. Você pode alterá-los interativamente com a atualização
comando. Para consistência, o preto agora é 0 e o branco é 1. A opção -rv muda isso.
A única razão para usar -bw ou -st é que os comandos 'light' e 'gramp' não funcionam
com cores.

- A opção '-auto' é usada para colorir os átomos de alguma forma padrão. Essas cores são
definido na rotina 'set_auto_colors' no arquivo subs.h. A partir do rótulo da espécie (ou seja, Pd3
ou Mg-a) a parte alfa principal é extraída e maiúscula (ou seja, PD ou MG) e este
string é usada para selecionar uma cor. A ideia é colocar as cores favoritas de alguém no
rotina e, em seguida, recompilar xbs.

- O comando 'color' muda as cores dos átomos de forma interativa, ou seja. 'cor C * verde'
muda a cor de todas as espécies correspondentes. Para mostrar a cor de uma espécie, use o
sem especificar uma cor (ou seja, 'cor C1' ou 'cor C-a').

- Quando os dados são salvos com o comando 'salvar', as cores atuais (conforme definido com 'cor')
são salvos como uma string. Com 'save -rgb' os valores RGB são escritos em vez da cor
nomes. Se a opção -rv for usada, as cores invertidas serão salvas como valores RGB.

2. Alguns comandos têm opções, por exemplo. imprimir, salvar, atualizar. Por exemplo:

imprimir -T imprimir e adicionar algumas informações como título

print -t 'text ....' imprime e coloca o texto como título

update -rv update mas ligue a reversão

update + rv update mas desligue a reversão

update -bw update mas mude para preto / branco

save -rgb salva com cores como valores rgb

salvar passo n salvar apenas a cada enésimo quadro
(bom para compactar um arquivo .mv grande).

Use 'help update' etc na linha de entrada para ver as opções.

3. Correspondência de padrões para rótulos de átomos: * corresponde a qualquer string + qualquer caractere.
Isso pode ser usado no comando 'color' e nas linhas 'bonds' no arquivo de entrada
(que determinam quais títulos são desenhados). Por exemplo, 'bonds C * H * ...' seleciona todos
laços entre
átomos como C1 e H34 etc. e 'bonds * * ...' seleciona todos os pares.

4. Outras mudanças diversas:

- A tecla 'a' exibe as direções dos eixos.

- A tecla 'n' mostra os nomes ou números dos átomos. A tecla 'c' mostra as coordenadas.

- Para fechar um arquivo de impressão postscript, use o comando 'close'.

- O comando 'dup xyz' duplica todos os átomos deslocados por (x, y, z).

- Comando 'cut xyzab' corta os átomos entre a e b
ao longo do vetor (x, y, z).

- A linha de entrada possui uma lista de histórico para recuperar comandos antigos.
Use as setas para cima e para baixo quando a linha de entrada estiver ativa.

- Em alguns sistemas, a tecla backspace não funciona para editar o
linha de entrada. Portanto, a tecla de seta para a esquerda foi definida para ter
a função backspace também.

Use xbs online usando serviços onworks.net