Este é o aplicativo Linux chamado bspipe cuja versão mais recente pode ser baixada como bspipe-1.3.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado bspipe com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
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DESCRIÇÃO
BSpipe é um pipeline abrangente de controle de qualidade de sequência e mapeamento para análise funcional de regiões diferencialmente metiladas:
(1) avaliação da qualidade do sequenciamento,
(2) limpeza de sequência,
(3) mapeamento de leitura de sequência,
(4) quantificação de metilação,
(4) comparações de amostras com base no perfil de metilação,
(5) identificação de DMRs (regiões diferencialmente metiladas),
(6) anotação de DMRs,
(7) análise funcional de genes diferencialmente metilados,
(8) geração de arquivos de entrada para visualização, e
(9) suporte para tecnologias de sequenciamento avançadas, como TAB-seq, OxBS-seq, MAP-it e NOMe-seq.
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Unix Shell, Perl, S / R
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/bspipe/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
