Este é o aplicativo Linux denominado ChIP-RNA-seqPRO para rodar em Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como cloudclientID.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado ChIP-RNA-seqPRO para ser executado em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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ChIP-RNA-seqPRO para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
ChIP-RNA-seqPRO: Uma estratégia para identificar regiões de desregulação epigenética associada com splicing de transcrito aberrante e sites de edição de RNA. Scripts python executáveis empacotados junto com bibliotecas de anotação personalizadas, entrada de dados de demonstração e guia README.9/26: v1.1 Atualizado MAIN_IV para depurar erro lançado por python pandas que não suportam mais 'subconjunto'.
Este código não será mais mantido / atualizado ativamente aqui. Um recurso baseado em nuvem para análise comparativa de conjuntos de dados de epigenética, variação de sequência e expressão agora está disponível. Visite Cloudomics, projeto para recursos baseados em nuvem: https://sourceforge.net/projects/cloudomics-for-aws/
Recursos
- Ferramenta para análise comparativa de uma ampla variedade de conjuntos de dados de amostra emparelhados de sequenciamento baseado em RNA (ChIPseq, MBDseq, etc.)
- Se você usar esta ferramenta ou qualquer uma das bibliotecas de anotação, inclua a seguinte referência: Champion M., Hlady R., Yan H., Evans J., Nie J., Lee J., Bogenberger J., Nandakumar K., Davila J., Moore R., Nair A., O'Brien D., Zhu Y., Kortüm K., Ordog T., Zhang Z., Joseph R., Kocher J., Jonasch E., Robertson K., Tibes R. e H. Ho T. (2015). Estratégias de bioinformática para identificação de regiões de desregulação epigenética associadas ao splicing de transcrição aberrante e edição de RNA. Em Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, páginas 163-170. DOI: 10.5220 / 0005248001630170
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Shell Unix, Python
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/chiprnaseqpro/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
