Este é o aplicativo Linux denominado ferramenta EXCAVATOR para rodar em Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como EXCAVATOR_Package_v2.2.tgz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado ferramenta EXCAVATOR para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Ferramenta ESCAVADORA para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
ATENÇÃO !!!!! ATENÇÃO !!!!! ATENÇÃO !!!!! ATENÇÃO !!!!!Publicamos recentemente no BMC Genomics um novo pacote de software, denominado XCAVATOR, para a identificação de CNVs / CNAs de experimentos de sequenciamento de genoma inteiro de leituras curtas e longas (https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-017-4137-0).
XCAVATOR está disponível gratuitamente em http://sourceforge.net/projects/xcavator/.
EXCAVATOR é um novo pacote de software para a detecção de variantes do número de cópias (CNVs) de dados de sequenciamento de exoma completo.
EXCAVATOR foi publicado na Genome Biology (http://genomebiology.com/2013/14/10/R120/abstract).
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ATENÇÃO!!!!! Para usar a ferramenta ESCAVADORA de maneira adequada, os usuários devem fazer o download dos arquivos de capacidade de mapeamento do uniqueome no seguinte link:
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg19_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz (para hg19)
http://grimmond.imb.uq.edu.au/uniqueome/downloads/hg18_uniqueome.coverage.base-space.25.1.Wig.gz
Funcionalidades
- Sequenciamento de próxima geração
- Copiar Variantes de Número
- Sequenciamento Completo de Exoma
Linguagem de Programação
Perl
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/excavatortool/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.