Este é o aplicativo Linux chamado ForceGen, cuja versão mais recente pode ser baixada como ForceGenV0.4.jar. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado ForceGen com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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ForçaGen
DESCRIÇÃO
Por favor cite:ForceGen: derivação da constante de ligação covalente atômica para Gromacs. Nash A, Collier T, Birch HL, de Leeuw NH. Journal of Molecular Modeling (2018), (24) 5. DOI: 10.1007 / s00894-017-3530-6
Vídeo de instrução:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
Este jar executável Java deriva constantes de força de ligação de segunda ordem para alongamento e ângulo de ligação a partir de cálculos gaussianos da mecânica quântica. Os cálculos são compatíveis com a família do campo de força Amber ou qualquer campo de força derivado do tensor de segunda ordem do Hessian a partir de fragmentos moleculares. A saída tornou-se compatível com o formato de topologia Gromacs.
Exemplos de uso incluem a derivação de constantes de força de ligação e valores de equilíbrio para:
- metais ligados em sítios ativos de proteína
-aminoácidos modificados
-pequenas moléculas / moléculas de drogas
Um zip de arquivos de exemplo pode ser encontrado seguindo o link "Procurar todos os arquivos".
Escrito pelo Dr. Anthony Nash (Oxford)
Apoiado pelo Dr. Thomas Collier, Prof Helen Birch &
Funcionalidades
- Derivação da constante da força de alongamento da ligação
- Derivação constante da força do ângulo de ligação
- Compatibilidade com topologia Gromacs
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/forcegen/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
