Este é o aplicativo Linux chamado locusvu para rodar no Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como LocusVu.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado locusvu para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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locusvu para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
LocusVu é uma nova ferramenta de software baseada em Java que aceita uma lista de loci genômicos (posições no cromossomo) como entrada e automatiza a busca de informações relacionadas (banda citogenética, nome do gene, dados OMIM etc.) de bancos de dados públicos como o navegador de genoma UCSC base de dados. Em seguida, permite vários fluxos de trabalho nos resultados recuperados, como comparar vários conjuntos de dados (genômica comparativa), visualizar genes vizinhos para um loci de dentro da própria ferramenta ou representar graficamente esses resultados em gráficos de barras / setores. O LocusVu possui uma interface de usuário simples e fácil de usar no front-end que permite a interação intuitiva do usuário com a lógica subjacente.A ferramenta pode ser facilmente estendida para adicionar suporte para outros bancos de dados (por exemplo, Ensembl) ou para buscar informações
de outras tabelas no banco de dados. Assim, LocusVu fornece uma estrutura básica que pode ser usada por usuários e desenvolvedores para simplificar fluxos de trabalho existentes e criar novos para dar suporte à análise de dados em genômica.
Funcionalidades
- Automatiza a recuperação de dados de bancos de dados (atualmente banco de dados do navegador do genoma UCSC)
- Ativa fluxos de trabalho em resultados recuperados como ..
- ..comparando vários conjuntos de dados (genômica comparativa)
- ..ver genes vizinhos para um locus (de dentro da própria ferramenta)
- .. representar graficamente os resultados (gráficos de barras / setores)
- GUI fácil de usar na interface para uso intuitivo
- Registro com Log4j para depuração fácil
- Facilmente extensível
Público
Ciência / Pesquisa, Desenvolvedores
Interface com o usuário
Java swing
Linguagem de Programação
Java
Ambiente de Banco de Dados
MySQL
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/locusvu/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
