Este é o aplicativo Linux chamado MANTI.pl / muda.pl cuja última versão pode ser baixada como muda.pl-v3.2.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado MANTI.pl / muda.pl com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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MANTI.pl / muda.pl
DESCRIÇÃO
-------- ATENÇÃO INICIAR: RENAMING
muda.pl foi renomeado para MANTI.pl com v3.7, o desenvolvimento do projeto pode ser rastreado na página do projeto MANTI em sourceforge.net. Versões antigas permanecem aqui para fins de arquivamento.
-------- ATENÇÃO FIM
muda.pl é um script de avaliação (escrito em Perl) sem grandes dependências.
Ele reúne informações de 4 arquivos de saída MaxQuant diferentes em um arquivo mestre adequado explicitamente para análises de neo-terminais de proteínas. A âncora central para a reunião de dados é o arquivo modifySpecificPeptides.txt - dados adicionais são inferidos de diferentes outros arquivos de origem da pasta MaxQuant txt, mas o ponto de partida para a montagem de dados é apenas o arquivo modifySpecificPeptides.txt. Talvez também seja útil para propósitos proteômicos normais, mas este script é altamente otimizado para identificação e validação de neoterminal de proteínas.
Para uma explicação mais completa dos parâmetros do script e estratégia de avaliação, consulte o extenso manual PDF.
Funcionalidades
- Avaliação de dados MaxQuant
- Identificação e validação de Proteína-Termini
- Anotação e montagem de dados UniProt
- Re-mapeamento de Termini identificados para Isoforms
- Integração Limma, LOCALIZER e TopFINDer
- Bem documentado
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Perl
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/muda/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
