Este é o aplicativo Linux chamado MIPGen, cuja versão mais recente pode ser baixada como mipgen_v15.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado MIPGen com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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MIPGen
DESCRIÇÃO
Gerador de potencial de interação molecular
MIPGEN é um programa python que irá calcular grades de potencial de interação molecular
sobre uma determinada molécula, que pode ser uma proteína ou um pequeno composto orgânico (droga).
A saída será uma série de grades com formato DX (* .dx) que o usuário poderá
para visualizar usando qualquer programa de visualização molecular como VMD, PyMol, Chimera ...
Para obter mais informações sobre dependências e uso, leia a documentação.
Os usuários podem postar qualquer bug ou solicitação no menu BUGS & REQUESTS. (será necessária uma conta no sourceforge).
Funcionalidades
- Geração de MIP totalmente automática com um arquivo PDB simples.
- Código-fonte aberto. Os usuários são bem-vindos para contribuir estendendo as análises ou melhorando o código.
- Calcular os potenciais de interação molecular baseados em grade sobre os peptídeos e outros sistemas macromoleculares (provavelmente ainda lento para sistemas grandes)
- Calcular MIP sobre moléculas pequenas
- Sondas personalizáveis. Já implementado: Sondas hidrofóbicas, doadoras H-Bond, aceitadoras H-Bond e eletrostáticas.
- Atribuição automática de tipos de átomos a pequenas moléculas e proteínas por meio da interface com o Antechamber de código aberto e tLeap do pacote AmbertTools (http://ambermd.org)
Público
Ciência / pesquisa, usuários finais avançados, desenvolvedores, usuários finais / desktop
Interface com o usuário
Console / Terminal
Linguagem de Programação
Python
Ambiente de Banco de Dados
SQLite
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/mipgen/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
