Este é o aplicativo Linux chamado PBSuite para rodar em Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como PBSuite_15.8.24.tgz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado PBSuite para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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PBSuite para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
Atualmente, ele hospeda dois projetos criados e mantidos por Adam English.PBJelly - a ferramenta de atualização do genoma.
PBHoney - a ferramenta de descoberta de variação estrutural
Ambos estão contidos no código PBSuite encontrado em downloads.
----- PB Jelly -----
Leia o papel
http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0047768
PBJelly é um pipeline altamente automatizado que alinha leituras de sequenciamento longas (como leituras PacBio RS ou leituras 454 longas em formato fasta) para montagens de rascunho de alta confiança. O PBJelly preenche ou reduz o máximo possível de lacunas capturadas para produzir genomas de rascunho atualizados.
----- PBQuerida-----
Leia o papel
http://www.biomedcentral.com/1471-2105/15/180/abstract
PBHoney é uma implementação de duas abordagens de identificação de variantes projetadas para explorar a alta capacidade de mapeamento de leituras longas (ou seja, maiores que 10,000 bp). A PBHoney considera a discordância intra-leitura e as caudas soft-clip de leituras longas para identificar variantes estruturais.
Recursos
- Conjunto do Genoma
- Atualização do genoma
- Variação Estrutural
- Avaliação de montagem
Público
Ciência / Pesquisa
Linguagem de Programação
Python
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/pb-jelly/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
