Este é o aplicativo Linux chamado Pontos cuja última versão pode ser baixada como Pontos-3.0-src.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online gratuitamente este aplicativo chamado Pontos com OnWorks.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Pontos
DESCRIÇÃO
Pontos é um programa Java gráfico fácil de usar para o cálculo de matrizes de distância (ou similaridade) não corrigidas de alinhamentos de sequência de DNA no formato PHYLIP. Também cria alinhamentos de "diferença" dos regulares (e vice-versa).
Ele pode lidar com lacunas e ambigüidades de maneiras diferentes.
As lacunas podem ser:
- todos usados;
- todos ignorados;
- ignorado apenas no final das sequências, de forma pareada;
- ignorado apenas nas extremidades, mas agora globalmente (na verdade, cortando todo o alinhamento para as sequências mais distantes das extremidades).
Ambiguidades (coisas como R, Y, N, W, etc. em uma sequência de DNA) podem ser tratadas como:
- considerar ambigüidades como sempre diferentes;
- considere a ambigüidade como parcialmente diferente (por exemplo, R seria 0.5 diferente de A ou G);
- ignorar ambigüidades em cada comparação de pares;
- remove todas as colunas, globalmente, que mostram qualquer ambigüidade.
Pontos foi escrito em Linux, mas deve ser executado em qualquer sistema em que o Java funcione. Pontos é licenciado pela GPL versão 3.
Público
Ciência / Pesquisa, Usuários Finais / Desktop
Interface com o usuário
Java swing
Linguagem de Programação
Java
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/pontos/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
