Este é o aplicativo Linux denominado Protospacer Workbench, cuja versão mais recente pode ser baixada como Protospacer_Workbench.MacOSX.64bit.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado Protospacer Workbench com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
Ad
Bancada de Protoespaçador
DESCRIÇÃO
O Protospacer Workbench ajuda a projetar, analisar e compartilhar locais-alvo CRISPR para qualquer organismo ou conjunto de sequências formatadas em FASTA.O projeto de RNAs-guia para o sistema de edição do genoma CRISPR / Cas é intuitivamente fácil, mas computacionalmente difícil. A principal dificuldade surge da necessidade de identificar potenciais fora dos alvos que podem ser bastante diferentes do alvo pretendido. As ferramentas on-line atuais para o projeto de RNA-guia fornecem uma interface amigável ao software de mapeamento de sequências, como Bowtie ou BLAST. No entanto, embora rápidos, esses algoritmos de mapeamento não foram projetados com uma alta tolerância a erros, um recurso crítico para determinar possíveis desvios do alvo. Onde as ferramentas online falham, as ferramentas offline têm sucesso. No entanto, as ferramentas offline requerem conhecimento da linha de comando que poucos, que utilizam o CRISPR, possuem. O Protospacer Workbench visa preencher a lacuna entre o design de RNA guia online e offline. O software está atualmente disponível para OS X e será portado para outros sistemas operacionais em breve.
Funcionalidades
- Encontre todos os alvos CRISPR disponíveis rapidamente
- Avalie projetos de RNA-guia exaustivamente
- Compartilhar alvos e listas de RNA-guia
- Design para qualquer organismo
- Gerenciar múltiplos bancos de dados
- Fluxo de trabalho passo a passo
- Obtenha relatórios sobre o desempenho esperado do RNA-guia
- Use várias ferramentas de terceiros em uma interface
- Design multi-alvo
- Gerenciar grandes listas de alvos / guias de RNA
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/protospacerwb/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
