Este é o aplicativo Linux denominado PTESFinder, cuja versão mais recente pode ser baixada como ptesfinder_v1.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado PTESFinder com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
PTESFinder
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DESCRIÇÃO
PTESFinder é um pipeline computacional para identificar eventos de embaralhamento de exon pós-transcricional de dados RNAseq de alto rendimento. O PTESFinder potencializa o poder das ferramentas RNASeq estabelecidas e exclui sistematicamente todas as classes conhecidas de estruturas de falsos positivos, aplicando filtros rigorosos projetados para direcionar especificamente esses falsos positivos. PTESFinder compara qualidades de alinhamento de mapeamento de leituras para estruturas PTES putativas com qualidades das mesmas leituras quando mapeadas para regiões genômicas e transcrições emendadas canonicamente. Essa abordagem aumenta a confiança nas leituras de suporte do PTES. As leituras que emanam de eventos de troca de modelo são frequentemente caracterizadas por grandes indels quando alinhadas ao transcriptoma. O PTESFinder usa filtros adicionais para excluir leituras com alinhamentos ambíguos em torno das junções exon-exon PTES, aumentando ainda mais a confiança nessas leituras de suporte. PTESFinder identifica mais estruturas PTES do que outros métodos publicados, mantendo a alta especificidade.
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Linguagem de Programação
Shell Unix, Java
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/ptesfinder-v1/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
