Este é o aplicativo Linux chamado rRNAFinder cuja versão mais recente pode ser baixada como rRNAFinder-v1.1.1.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado rRNAFinder com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
rRNAFinder
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DESCRIÇÃO
rRNAFinder é um pequeno pacote de software perl, que pode ser usado para prever e classificar automaticamente os genes do RNA do ribossomo usando os contigs do genoma / metagenoma como entrada. O software foi testado apenas no sistema operacional Linux.
O programa "rRNAFinder.pl" incluído no pacote usa o programa nhmmer pesquisando nos bancos de dados arc.hmm, bac.hmm e euk.hmm para identificar genes rRNA dos contigs de entrada. Os genes de rRNA predicados incluem os genes de rRNA 16S, 18S, 23S, 28S, 5S e 5.8S.
O programa "rna2taxon.pl" aceita as sequências do gene rRNA no formato fasta geradas acima como uma entrada para produzir as atribuições taxonômicas para os genes de entrada. As sequências do gene rRNA de entrada são pesquisadas nos bancos de dados SILVA SSU e LSU baixados e reformatados usando blastn.
Consulte o arquivo README.md do repositório rRNAFinder GitHub localizado em https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder para obter instruções sobre como configurar e executar rRNAFinder
Funcionalidades
- Prever genes de rRNA (genes de rRNA 5s, 5.8s, 16s, 18s, 23s, 28s)
- Atribuição taxonômica dos genes de rRNA previstos usando pesquisa de blastn contra bancos de dados SILVA SSU e LSU
- Rápido e pode usar vários threads de CPU
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Linha de comando
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
