Este é o aplicativo Linux denominado sgRNAcas9, cuja versão mais recente pode ser baixada como sgRNAcas9_3.0.5.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado sgRNAcas9 com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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sgRNAcas9
DESCRIÇÃO
Este pacote consiste em programas para realizar uma busca por locais alvo CRISPR (protoespaçadores) com parâmetros definidos pelo usuário, prever potenciais locais de clivagem fora do alvo em todo o genoma Cas9 (POT), classificar o POT em três categorias, oligonucleotídeos de projeto de lote para construir 20 -nt (nucleotídeos) ou vetores de expressão de sgRNA truncados, extrair sequências de nucleotídeos de comprimento desejado que flanqueiam os locais de clivagem on- ou off-target para projetar pares de iniciadores de PCR para validar as mutações pelo ensaio de clivagem T7E1. É importante ressaltar que, ao identificar potenciais locais fora do alvo in silico, o sgRNAcas9 permite a seleção de locais alvo mais específicos e auxilia na identificação de locais fora do alvo genuínos, facilitando significativamente o projeto de sgRNA para aplicações de edição de genoma.Cita: Xie S, ShenB, Zhang C, Huang X, Zhang Y. sgRNAcas9: um pacote de software para projetar CRISPR sgRNA e avaliar potenciais locais de clivagem fora do alvo. PLoS One. 2014,9 (6): e100448.
http://www.biootools.com/
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/sgrnacas9/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.