Este é o aplicativo Linux chamado SnowyOwl, cuja versão mais recente pode ser baixada como SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado SnowyOwl com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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Coruja das Neves
DESCRIÇÃO
SnowyOwl é um pipeline de previsão de genes que usa dados de RNA-Seq para treinar e fornecer dicas para a geração de previsões de genes baseadas no modelo Hidden Markov (HMM) e para avaliar os modelos resultantes. O pipeline foi validado e simplificado comparando suas previsões com modelos de genes curados manualmente em três genomas de fungos, e seus resultados mostram aumentos substanciais na sensibilidade e seletividade em relação às previsões de genes anteriores. A sensibilidade é obtida executando repetidamente o preditor do gene HMM Augustus com parâmetros de entrada variados, e seletividade ao escolher os modelos com melhor homologia para proteínas conhecidas e melhor concordância com os dados de RNA-Seq. SnowyOwl previu com sucesso genes em 26 novos genomas de fungos.
O pipeline pode ser instalado localmente para alto rendimento e controle sobre a configuração. Ele também pode ser executado em um servidor remoto por meio de uma interface da web conveniente para uso ocasional.
Funcionalidades
- Predição de genes usando dados de RNA-Seq
- Alta sensibilidade e especificidade
- Pipeline simplificado e validado com modelos de genes selecionados manualmente
- Altamente configurável
- Configuração padrão para fungos ascomicetos e basidiomicetos
- Instale e execute localmente para controle e flexibilidade
- Execute remotamente por meio de uma interface da web para sua conveniência
Público
Ciência / pesquisa, usuários finais avançados
Interface com o usuário
Baseado na web, linha de comando, GTK +
Linguagem de Programação
Python, PHP
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
