Este é o aplicativo Linux chamado SOAP3-DP, cuja versão mais recente pode ser baixada como soap3-dp-2.3.172-cuda4.2-linux-AmazonEC2.tar.gz. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado SOAP3-DP com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
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SOAP3-DP
DESCRIÇÃO
Código mais recente no GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAP3-dp
SOAP3-dp, por meio do aproveitamento do poder computacional da CPU e GPU com algoritmos otimizados, oferece alta velocidade e sensibilidade simultaneamente. Comparado com alinhadores amplamente adotados, incluindo BWA, Bowtie2, SeqAlto, CUSHAW2, GEM e alinhadores baseados em GPU BarraCUDA e CUSHAW, SOAP3-dp foi encontrado para ser duas a dezenas de vezes mais rápido, mantendo a maior sensibilidade e menor taxa de descoberta falsa (FDR ) no Illumina lê com comprimentos diferentes. SOAP3-dp oferece suporte nativo ao formato de arquivo BAM e fornece o mesmo esquema de pontuação do BWA, o que permite que ele seja integrado aos pipelines de análise existentes.
Citação: Luo R, Wong T, Zhu J, Liu CM, Zhu X, et al. (2013) SOAP3-dp: Alinhador de leitura curta baseado em GPU rápido, preciso e sensível. PLoS ONE 8 (5): e65632. doi: 10.1371 / journal.pone.0065632
Público
Ciência / Pesquisa
Interface com o usuário
Console / Terminal
Linguagem de Programação
C ++, C
Categorias
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/soap3dp/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.
