Este é o aplicativo Linux chamado UniPyRange para rodar em Linux online, cuja versão mais recente pode ser baixada como UniPyRangeSuite.py. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuita OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado UniPyRange para rodar em Linux online com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie o emulador OnWorks Linux online ou Windows online ou emulador MACOS online a partir deste site.
- 5. No sistema operacional OnWorks Linux que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo, instale-o e execute-o.
SCREENSHOTS
Ad
UniPyRange para rodar em Linux online
DESCRIÇÃO
Script python muito simples que evita o trabalho de contar os aminoácidos / bases de DNA em arquivos fasta do banco de dados Uniprot e NCBI RefSeq (1, 2).Digamos que você queira a sequência de aminoácidos no intervalo 128-387 de uma proteína de 1000 aminoácidos - este script o ajudará a evitar erros de contagem, apenas mostrando a você a sequência especificada em aminoácidos e codificando pares de bases de DNA (ideal para design de primer de amplificação ) de um ID Uniprot especificado.
- Requer BioPython (3) e Pacote de Bioserviços (4)
(1)
O Consórcio UniProt
UniProt: um hub para informações de proteínas
Res. de Ácidos Nucleicos. 43: D204-D212 (2015).
(2)
RefSeq: uma atualização nas sequências de referência de mamíferos. Nucleic Acids Res. 2014 de janeiro de 1; 42 (1): D756-63.
(3)
Cock PJ et al. Bioinformática (2009)
(4)
Cokelaer et al, Bioinformática (2013)
Linguagem de Programação
Python
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/unipyrange/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado online da maneira mais fácil a partir de um de nossos Sistemas Operativos gratuitos.