Este é o aplicativo do Windows chamado Scaffold_Builder, cuja versão mais recente pode ser baixada como scaffold_builder_v2.2.zip. Ele pode ser executado online no provedor de hospedagem gratuito OnWorks para estações de trabalho.
Baixe e execute online este aplicativo chamado Scaffold_Builder com OnWorks gratuitamente.
Siga estas instruções para executar este aplicativo:
- 1. Baixe este aplicativo em seu PC.
- 2. Entre em nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que você deseja.
- 3. Carregue este aplicativo em tal gerenciador de arquivos.
- 4. Inicie qualquer emulador on-line OS OnWorks a partir deste site, mas um emulador on-line melhor do Windows.
- 5. No sistema operacional OnWorks Windows que você acabou de iniciar, acesse nosso gerenciador de arquivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX com o nome de usuário que deseja.
- 6. Baixe o aplicativo e instale-o.
- 7. Baixe o Wine de seus repositórios de software de distribuição Linux. Depois de instalado, você pode clicar duas vezes no aplicativo para executá-lo com o Wine. Você também pode experimentar o PlayOnLinux, uma interface sofisticada do Wine que o ajudará a instalar programas e jogos populares do Windows.
Wine é uma forma de executar software Windows no Linux, mas sem a necessidade de Windows. Wine é uma camada de compatibilidade do Windows de código aberto que pode executar programas do Windows diretamente em qualquer desktop Linux. Essencialmente, o Wine está tentando reimplementar o suficiente do Windows do zero para que possa executar todos os aplicativos do Windows sem realmente precisar do Windows.
SCREENSHOTS
Ad
Construtor de andaimes
DESCRIÇÃO
Scaffold_builder é um software para ordenar contigs gerados por sequenciamento de rascunho ao longo de uma sequência de referência. As lacunas são preenchidas com N's e pequenas sobreposições são alinhadas com o algoritmo Needleman-Wunsch e o consenso criado com os códigos IUPAC. O Scaffold_builder pode ajudar na montagem e anotação de genomas, revelando o que está faltando e permitindo o sequenciamento direcionado para fechar essas lacunas.(c) Silva GG, Dutilh BE, Matthews TD, Elkins K, Schmieder R, Dinsdale EA, Edwards RA.
Por favor, cite: "Combining de novo and reference-guided assembly with Scaffold_builder", Source Code for Biology and Medicine 2013.
Funcionalidades
- andaime
- rascunho do genoma
- bioinformática
Interface com o usuário
Baseado na Web, linha de comando
Linguagem de Programação
Python
Este é um aplicativo que também pode ser obtido em https://sourceforge.net/projects/scaffold-b/. Ele foi hospedado no OnWorks para ser executado on-line da maneira mais fácil a partir de um de nossos sistemas operacionais gratuitos.