Aceasta este comanda autodock4 care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
autodock - andocare a liganzilor chimici la receptorii proteici
REZUMAT
autodock4 [Opțiuni]
DESCRIERE
AutoDock realizează andocarea automată a compușilor chimici la proteine, adică prezice
modul în care moleculele mici, cum ar fi substraturile sau candidații la medicamente, se leagă de un receptor 3D cunoscut
structura.
AutoDockSuite este alcătuit din două programe principale din care AutoDock efectuează andocare
ligand la un set de grile care descriu proteina țintă și pre-calculele AutoGrid
aceste grile.
OPŢIUNI
-p nume_fișier_parametru
-l log_filename
-o Folosiți vechiul format PDBQ, încărcați q în coloanele 55-61
-k Păstrați numerele originale ale reziduurilor
-i Ignorați verificarea antetului
-t Analizați fișierul PDBQ pentru a verifica torsiunile, apoi opriți.
-c < command_file Mod de comandă, după fișier
-c | control_program Mod de comandă, de control_program
EXEMPLU
Pe Debian, directorul /usr/share/doc/autodock oferă exemple de rulat. Schimbați-vă la asta
director și despachetați (ca rădăcină) fișierele hărți gzipped, apoi executați AutoDock așa cum se arată
de mai jos:
gunzip *.map.gz
autodock4 -p 1pgp.dpf -l /tmp/1pgp.dlg
Interpretarea rezultatelor este ajutată de suita AutoDockTools. Vă rugăm să inspectați de asemenea
tutoriale oferite online.
Utilizați autodock4 online folosind serviciile onworks.net
