Aceasta este comanda autoligand care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
AutoLigand: - identificarea situsului de legare a ligandului unui receptor
REZUMAT
Se sugerează să porniți AutoLigand prin interfața grafică oferită de autodocktools.
autoligand r FileBaseName -p #_of_pts Cele de mai sus este o simplificare furnizată pentru
Pachetul Debian. Invocarea obișnuită a liniei de comandă se face prin python
/usr/share/pyshared/AutoDockTools/AutoLigand.py -r FileBaseName -p #_de_pt
DESCRIERE
autoligand este o legătură simbolică către scriptul Python AutoLigand.py. Care efectuează un an
investigarea automată a probabilității ca o anumită parte a unei proteine să se lege de
liganzi.
Descrierea comenzii...
-r FileBaseName = doar partea de nume din fișierele de hartă a receptorului (adică, FileBaseName.C.map)
-p #_of_pts = numărul de puncte de umplere de utilizat (int)
Notă: poate fi omis dacă -a optiunea folosita.
Parametri optionali:
[-a #] = numărul de atomi grei pentru ligand (#_of_pts va fi setat la 6x atomi) [-x #
-y # -z #] = opționale x,y,z coords pentru pornirea umplerii (float)
când este introdus punctul de pornire, va fi rulată o singură umplere
[-i # -j # -k #] = opționale x,y,z coords pentru al doilea punct (float)
când este introdus al doilea punct, umplerea va conecta ambele puncte NOTĂ: conexiunea
calea nu a fost optimizată - utilizați cu discreție
[-f #] = numărul de umpleri de generat - implicit este 10 [-e] = folosiți atomul suplimentar
tipurile NA, N, SA și A
NOTĂ: aceste rezultate pot fi problematice - utilizați cu discreție
[-m] = faceți un film cu progresul de umplere a ieșirii
Utilizați autoligand online folosind serviciile onworks.net
