babel - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

hărmălaie, obabel — un convertor pentru fișiere de date pentru chimie și modelare moleculară

REZUMAT

hărmălaie [-H opțiuni de ajutor]
hărmălaie [OPŢIUNI] [-i tip de introducere] infile [-o tip de ieşire] outfile

obabel [-H opțiuni de ajutor]
obabel [OPŢIUNI] [-i tip de introducere | -"Zâmbete-șir"] infile [-o tip de ieşire] -O outfile

DESCRIERE

hărmălaie este un program multiplatform conceput pentru a interconversia între multe formate de fișiere utilizate în
modelare moleculară și chimie computațională și domenii conexe.

obabel și hărmălaie sunt ușor diferite. Primul este mai aproape de convenția normală Unix
pentru programe de linie de comandă și mai flexibil atunci când utilizatorul trebuie să specifice valorile parametrilor
asupra opțiunilor. Cu hărmălaie aceasta funcționează numai atunci când opțiunea este ultima pe linie; cu obabel
nu se aplică o astfel de restricție. În plus, are o comandă rapidă pentru introducerea șirurilor SMILES, care
poate fi folosit în locul unui fișier de intrare.

Open Babel este, de asemenea, un set complet de instrumente pentru programatori pentru dezvoltarea de software de chimie. Pentru
mai multe informații, consultați paginile web Open Babelhttp://openbabel.org/>.

OPŢIUNI

Dacă sunt date numai fișiere de intrare și de ieșire, Open Babel va ghici tipul de fișier din
extensia numelui de fișier.

-"Zâmbete-șir"
Introduceți șirul SMILES și utilizați-l în locul unui fișier de intrare. Șirul SMILES ar trebui să fie
cuprinse între ghilimele. Poate fi folosit mai mult de unul și poate fi un titlu de moleculă
incluse dacă sunt incluse între ghilimele.

-a Opțiuni
Opțiuni de intrare specifice formatului. Vedea -H format-ID pentru opțiunile permise de un anumit
format

--addtotitle
Adăugați text la titlul moleculei curente

--addformula
Adăugați formula moleculară după titlul moleculei curente

-b Convertiți legăturile dative: de exemplu, [N+]([O-])=O în N(=O)=O

-c Coordonatele atomice centrale la (0,0,0)

-C Combinați moleculele din primul fișier cu altele având același nume

-e Continuați după erori

-d Ștergeți hidrogenii

---nivel de eroare 2
Filtrați nivelul de erori și avertismente afișate:
1 = numai erori critice
2 = includeți și avertismentele (implicit)
3 = include și mesaje informaționale
4 = include mesaje „jurnal de audit” de modificări ale datelor
5 = includeți și mesajele de depanare

-f # Pentru intrare cu mai multe intrări, începeți importul cu molecula # ca primă intrare

-F Ieșiți tipurile de amprente disponibile

-h Adăugați hidrogeni

-H Informații de utilizare a ieșirii

-H format-ID
Informații de formatare de ieșire și opțiuni pentru formatul specificat

-Sală
Informații de formatare și opțiuni pentru toate formatele

-i
Specifică formatul de intrare, vezi mai jos pentru formatele disponibile

-j

--a te alatura
Uniți toate moleculele de intrare într-o singură intrare de moleculă de ieșire

-k Traduceți cuvinte cheie pentru modelarea chimiei computaționale (de exemplu, GAMESS și Gaussian)

-m Produceți mai multe fișiere de ieșire, pentru a permite:
- Împărțirea unui fișier de intrare - puneți fiecare moleculă în numere consecutive
fișiere de ieșire
- Conversie în lot - convertiți fiecare dintre mai multe fișiere de intrare într-unul specificat
format de iesire

-l # Pentru intrări multiple, opriți importul cu molecula # ca ultima intrare

-o format-ID
Specifică formatul de ieșire, vezi mai jos pentru formatele disponibile

-O outfile
Specificați fișierul de ieșire. Această opțiune se aplică pentru obabel numai.

-p Adăugați hidrogeni corespunzători pentru pH (utilizați transformări în phmodel.txt)

--proprietate
Adăugați sau înlocuiți o proprietate (de exemplu, într-un fișier SD MDL)

-s INTELIGENTE
Convertiți numai molecule care se potrivesc cu modelul SMARTS specificat

--separa
Separați fragmentele deconectate în înregistrări moleculare individuale

-t Toate fișierele de intrare descriu o singură moleculă

--titlu titlu
Adăugați sau înlocuiți titlul molecular

-x Opțiuni
Opțiuni de ieșire specifice formatului. Vedea -H format-ID pentru opțiunile permise de un anumit
format

-v INTELIGENTE
Convertiți numai molecule NU modelul SMARTS corespunzător specificat

-V Ieșiți numărul versiunii și ieșiți

-z Comprimați rezultatul cu gzip

FILE FORMATE

Următoarele formate sunt acceptate în prezent de Open Babel:
acr -- Carine ASCI Crystal
alc -- Format alchimie
arc -- Format CAR Accelrys/MSI Biosym/Insight II [numai citire]
bgf -- format MSI BGF
casetă -- Format Dock 3.5 Box
bs -- Format Ball and Stick
c3d1 -- formatul Chem3D cartezian 1
c3d2 -- formatul Chem3D cartezian 2
caccrt -- Format cartezian cacao
cache -- format CAChe MolStruct [doar scriere]
cacint -- Format intern Cacao [doar scriere]
poate -- Format Canonical SMILES
mașină -- format Accelrys/MSI Biosym/Insight II CAR [numai citire]
ccc -- format CCC [numai citire]
cdx -- format binar ChemDraw [numai citire]
cdxml -- formatul ChemDraw CDXML
cht -- Format Chemtool [doar scriere]
cif -- Fișier cu informații cristalografice
cml -- Limbajul de marcare chimică
cmlr -- Format de reacție CML
com -- Intrare carteziană Gaussian 98/03 [doar scriere]
copiere -- Copiază textul brut [numai pentru scriere]
crk2d -- Chemical Resource Kit 2D diagramă format
crk3d -- Format 3D Chemical Resource Kit
csr -- Format CSR Accelrys/MSI Quanta [doar scriere]
cssr -- Format CSD CSSR [doar scriere]
ct -- Formatul ChemDraw Connection Table
dmol -- format de coordonate DMol3
ent -- Format Protein Data Bank
fa -- format FASTA [doar scriere]
fasta -- format FASTA [doar scriere]
fch -- Format de fișier punct de control formatat Gaussian [Numai citire]
fchk -- Format de fișier punct de control formatat Gaussian [Numai citire]
fck -- Format de fișier punct de control formatat Gaussian [Numai citire]
feat -- Format caracteristică
fh -- Format Fenske-Hall Z-Matrix [doar scriere]
remediere -- format SMILES FIX [numai pentru scriere]
fpt -- Format de amprentă [doar scriere]
fract -- Formă liberă Format fracționar
fs -- Deschide baza de date Babel FastSearching
fsa -- format FASTA [doar scriere]
g03 -- Ieșire Gaussian 98/03 [numai citire]
g98 -- Ieșire Gaussian 98/03 [numai citire]
gam -- Ieșire GAMESS [numai citire]
gamin -- Intrare GAMESS [doar scriere]
gamout -- Ieșire GAMESS [Numai citire]
gau -- Intrare carteziană Gaussian 98/03 [doar scriere]
gjc -- Intrare carteziană Gaussian 98/03 [doar scriere]
gjf -- Intrare carteziană Gaussian 98/03 [doar scriere]
gpr -- Format Ghemical
gr96 -- format GROMOS96 [doar scriere]
hin -- formatul HyperChem HIN
inchi -- IUPAC InChI [doar scriere]
inp -- Intrare GAMESS [doar scriere]
ins -- format ShelX [numai citire]
jin -- Format de intrare Jaguar [doar scriere]
jout -- Format de ieșire Jaguar [Numai citire]
mdl -- format MDL MOL
mmd -- format MacroModel
mmod -- format MacroModel
mol -- format MDL MOL
mol2 -- format Sybyl Mol2
molreport -- Deschideți raportul moleculei Babel [doar scriere]
moo -- Format de ieșire MOPAC [numai citire]
mop -- format cartezian MOPAC
mopcrt -- Format cartezian MOPAC
mopin -- MOPAC Intern
mopout -- Format de ieșire MOPAC [numai citire]
mpc -- format cartezian MOPAC
mpd -- Format de descriptor Sybyl [doar scriere]
mpqc -- Format de ieșire MPQC [Numai citire]
mpqcin -- Format de intrare simplificat MPQC [doar scriere]
nw -- Format de intrare NWChem [doar scriere]
nwo -- Format de ieșire NWChem [numai citire]
pc -- format PubChem [numai citire]
pcm -- format PCModel
pdb -- Formatul Protein Data Bank
pov -- format de intrare POV-Ray [doar scriere]
pqs -- format Parallel Quantum Solutions
prep -- Format Amber Prep [numai citire]
qcin -- Format de intrare Q-Chem [doar scriere]
qcout -- Format de ieșire Q-Chem [numai citire]
raport -- Deschideți formatul de raport Babel [doar scriere]
res -- format ShelX [numai citire]
rxn -- format MDL RXN
sd -- format MDL MOL
sdf -- format MDL MOL
smi -- formatul SMILES
sy2 -- format Sybyl Mol2
tdd -- Formatul termo
test -- Format de testare [doar scriere]
therm -- Formatul Thermo
tmol -- Format de coordonate TurboMole
txyz -- Format Tinker MM2 [doar scriere]
unixyz -- formatul UniChem XYZ
vmol -- format ViewMol
xed -- format XED [doar scriere]
xml -- Format XML general [numai citire]
xyz -- format de coordonate carteziene XYZ
yob -- YASARA.org format YOB
zin -- Format de intrare ZINDO [doar scriere]

FORMAT OPŢIUNI

Formatele de fișiere individuale pot avea opțiuni de formatare suplimentare.

Opțiunile de format de intrare sunt precedate de „a”, de exemplu -as

Opțiunile de format de ieșire sunt precedate de „x”, de exemplu -xn

Pentru mai multe informații și opțiuni specifice, utilizați -H
de exemplu, -Hcml

EXEMPLE

Conversie standard:
babel -ixyz etanol.xyz -opdb etanol.pdb
Conversie dintr-un fișier SMI în STDIN într-un fișier Mol2 scris în STDOUT:
babel -ismi -omol2
Împărțiți un fișier cu mai multe molecule în new1.smi, new2.smi etc.:
babel infile.mol new.smi -m

Utilizați babel online folosind serviciile onworks.net