Aceasta este comanda bamtools care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
bamtools - set de instrumente pentru manipularea fișierelor BAM (alinierea genomului).
REZUMAT
bamtools [--help] COMANDĂ [ARGS]
DESCRIERE
BamTools facilitează analiza cercetării și gestionarea datelor folosind fișiere BAM. Se descurcă cu
cantitatea enormă de date produsă de tehnologiile actuale de secvențiere care este de obicei
stocate în formate binare comprimate, care nu sunt ușor de gestionat de analizatorii bazați pe text
utilizate în mod obișnuit în cercetarea bioinformatică.
OPŢIUNI
converti
Face conversie între BAM și o serie de alte formate
count Tipărește numărul de aliniamente în fișierele BAM
acoperire
Imprimă statistici de acoperire din fișierul BAM de intrare
filtru Filtrează fișierele BAM după criteriile specificate de utilizator
header Tipărește informații despre antetul BAM
index Generează index pentru fișierul BAM
îmbinare Îmbină mai multe fișiere BAM într-un singur fișier
aleatoriu Selectați aliniamente aleatorii din fișierele BAM existente, destinate mai mult ca o testare
instrument.
rezolvă
Rezolvă citirile cu sfârșitul pereche (marcând steag-ul IsProperPair după cum este necesar)
retur Îndepărtează semnele duplicate și restabilește calitățile de bază originale
sort Sortează fișierul BAM în funcție de anumite criterii
split Împarte un fișier BAM pe proprietatea specificată de utilizator, creând un nou fișier de ieșire BAM pentru
fiecare valoare găsită
statistici Imprimă câteva statistici de bază din fișierele BAM de intrare
Consultați „COMANDA de ajutor bamtools” pentru mai multe informații despre o anumită comandă.
Utilizați bamtools online folosind serviciile onworks.net
